seq1 = pF1KB0468.tfa, 2952 bp
seq2 = pF1KB0468/gi568815594r_147981347.tfa (gi568815594r:147981347_148536860), 555514 bp

>pF1KB0468 2952
>gi568815594r:147981347_148536860 (Chr4)

(complement)

1-1757  (100001-101757)   99% ->
1758-1897  (276744-276883)   100% ->
1898-2014  (341999-342115)   100% ->
2015-2365  (381960-382310)   100% ->
2366-2510  (384248-384392)   100% ->
2511-2641  (416573-416703)   100% ->
2642-2799  (422600-422757)   100% ->
2800-2952  (455362-455514)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACCAAAGGCTACCACAGTCTCCCTGAAGGTCTAGATATGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGACCAAAGGCTACCACAGTCTCCCTGAAGGTCTAGATATGGAAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACGGTGGGGTCAAGTTTCTCAGGCTGTGGAGCGTTCTTCCCTGGGACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACGGTGGGGTCAAGTTTCTCAGGCTGTGGAGCGTTCTTCCCTGGGACCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGAGAGGACCGATGAGAATAACTACATGGAGATTGTCAACGTAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGAGAGGACCGATGAGAATAACTACATGGAGATTGTCAACGTAAGCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTTCCGGTGCTATTCCAAACAACAGTACTCAAGGAAGCAGCAAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTTTCCGGTGCTATTCCAAACAACAGTACTCAAGGAAGCAGCAAAGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACAAGAACTACTCCCTTGCCTTCAGCAAGACAATAATCGGCCTGGGATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100201 ACAAGAACTACTCCCTTGCCTTCAGCAAGACAATAATCGGCCTGGGATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAACATCTGATATTAAAACTGAGCTGGAATCTAAGGAACTTTCAGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAACATCTGATATTAAAACTGAGCTGGAATCTAAGGAACTTTCAGCAACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTAGCTGAGTCCATGGGTTTATATATGGATTCTGTAAGAGATGCTGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTAGCTGAGTCCATGGGTTTATATATGGATTCTGTAAGAGATGCTGACTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTCCTATGAGCAGCAGAACCAACAAGGAAGCATGAGTCCAGCTAAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTCCTATGAGCAGCAGAACCAACAAGGAAGCATGAGTCCAGCTAAGATTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATCAGAATGTTGAACAGCTGGTGAAATTTTACAAAGGAAATGGCCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATCAGAATGTTGAACAGCTGGTGAAATTTTACAAAGGAAATGGCCATCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCTTCCACTCTAAGTTGTGTGAACACGCCCTTGAGATCATTTATGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCTTCCACTCTAAGTTGTGTGAACACGCCCTTGAGATCATTTATGTCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTCTGGGAGCTCCGTGAATGGTGGCGTCATGCGCGCCATTGTTAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100501 CTCTGGGAGCTCCGTGAATGGTGGCGTCATGCGCGCCGTTGTTAAAAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTATCATGTGTCATGAGAAAAGCCCGTCTGTTTGCAGCCCTCTGAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTATCATGTGTCATGAGAAAAGCCCGTCTGTTTGCAGCCCTCTGAACATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACATCTTCGGTTTGCAGCCCTGCTGGAATCAACTCTGTGTCCTCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACATCTTCGGTTTGCAGCCCTGCTGGAATCAACTCTGTGTCCTCCACCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGCCAGCTTTGGCAGTTTTCCAGTGCACAGCCCAATCACCCAGGGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGCCAGCTTTGGCAGTTTTCCAGTGCACAGCCCAATCACCCAGGGAACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTCTGACATGCTCCCCTAATGTTGAAAATCGAGGCTCCAGGTCGCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTCTGACATGCTCCCCTAATGTTGAAAATCGAGGCTCCAGGTCGCACAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCTGCACATGCTAGCAATGTGGGCTCTCCTCTCTCAAGTCCGTTAAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCTGCACATGCTAGCAATGTGGGCTCTCCTCTCTCAAGTCCGTTAAGTAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATGAAATCCTCAATTTCCAGCCCTCCAAGTCACTGCAGTGTAAAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATGAAATCCTCAATTTCCAGCCCTCCAAGTCACTGCAGTGTAAAATCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CAGTCTCCAGTCCCAATAATGTCACTCTGAGATCCTCTGTGTCTAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CAGTCTCCAGTCCCAATAATGTCACTCTGAGATCCTCTGTGTCTAGCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCAAATATTAACAACTCAAGGTGCTCTGTTTCCAGCCCTTCGAACACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCAAATATTAACAACTCAAGGTGCTCTGTTTCCAGCCCTTCGAACACTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TAACAGATCCACGCTTTCCAGTCCGGCAGCCAGTACTGTGGGATCTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TAACAGATCCACGCTTTCCAGTCCGGCAGCCAGTACTGTGGGATCTATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GTAGCCCTGTAAACAATGCCTTCAGCTACACTGCTTCTGGCACCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GTAGCCCTGTAAACAATGCCTTCAGCTACACTGCTTCTGGCACCTCTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGATCCAGTACATTGCGGGATGTGGTTCCCAGTCCAGACACGCAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GGATCCAGTACATTGCGGGATGTGGTTCCCAGTCCAGACACGCAGGAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AGGTGCTCAAGAGGTCCCTTTTCCTAAGACTGAGGAAGTAGAGAGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AGGTGCTCAAGAGGTCCCTTTTCCTAAGACTGAGGAAGTAGAGAGTGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TCTCAAATGGTGTGACTGGCCAGCTTAATATTGTCCAGTACATAAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TCTCAAATGGTGTGACTGGCCAGCTTAATATTGTCCAGTACATAAAACCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GAACCAGATGGAGCTTTTAGCAGCTCATGTCTAGGAGGAAATAGCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GAACCAGATGGAGCTTTTAGCAGCTCATGTCTAGGAGGAAATAGCAAAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 AAATTCGGATTCTTCATTCTCAGTACCAATAAAGCAAGAATCAACCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 AAATTCGGATTCTTCATTCTCAGTACCAATAAAGCAAGAATCAACCAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 ATTCATGTTCAGGCACCTCTTTTAAAGGGAATCCAACAGTAAACCCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 ATTCATGTTCAGGCACCTCTTTTAAAGGGAATCCAACAGTAAACCCGTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CCATTTATGGATGGCTCGTATTTTTCCTTTATGGATGATAAAGACTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CCATTTATGGATGGCTCGTATTTTTCCTTTATGGATGATAAAGACTATTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 TTCCCTATCAGGAATTTTAGGACCACCTGTGCCCGGCTTTGATGGTAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 TTCCCTATCAGGAATTTTAGGACCACCTGTGCCCGGCTTTGATGGTAACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 GTGAAGGCAGCGGATTCCCAGTGGGTATTAAACAAGAACCAGATGACGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 101451 GTGAAGGCAGCGGATTCCCAGTGGGTATTAAACAAGAACCAGATGATGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 AGCTATTACCCAGAGGCCAGCATCCCTTCCTCTGCTATTGTTGGGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 AGCTATTACCCAGAGGCCAGCATCCCTTCCTCTGCTATTGTTGGGGTGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 TTCAGGTGGACAGTCCTTCCACTACAGGATTGGTGCTCAAGGTACAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 TTCAGGTGGACAGTCCTTCCACTACAGGATTGGTGCTCAAGGTACAATAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 CTTTATCACGATCGGCTAGAGACCAATCTTTCCAACACCTGAGTTCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 CTTTATCACGATCGGCTAGAGACCAATCTTTCCAACACCTGAGTTCCTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CCTCCTGTCAATACTTTAGTGGAGTCATGGAAATCACACGGCGACCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 CCTCCTGTCAATACTTTAGTGGAGTCATGGAAATCACACGGCGACCTGTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 GTCTAGAAGAAGTGATGGGTATCCGGTCTTAGAATACATTCCAGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 GTCTAGAAGAAGTGATGGGTATCCGGTCTTAGAATACATTCCAGAAAATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 TATCAAG         CTCTACTTTACGAAGTGTTTCTACTGGATCTTCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 TATCAAGGTA...CAGCTCTACTTTACGAAGTGTTTCTACTGGATCTTCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 AGACCTTCAAAAATATGTTTGGTGTGTGGGGATGAGGCTTCAGGATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276778 AGACCTTCAAAAATATGTTTGGTGTGTGGGGATGAGGCTTCAGGATGCCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 TTATGGGGTAGTCACCTGTGGCAGCTGCAAAGTTTTCTTCAAAAGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276828 TTATGGGGTAGTCACCTGTGGCAGCTGCAAAGTTTTCTTCAAAAGAGCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 TGGAAG         GGCAACACAACTATTTATGTGCTGGAAGAAATGAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276878 TGGAAGGTA...CAGGGCAACACAACTATTTATGTGCTGGAAGAAATGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 TGCATCATTGATAAGATTCGACGAAAGAATTGTCCTGCTTGCAGACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 342034 TGCATCATTGATAAGATTCGACGAAAGAATTGTCCTGCTTGCAGACTTCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983 GAAATGTCTTCAAGCTGGAATGAATTTAGGAG         CACGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 342084 GAAATGTCTTCAAGCTGGAATGAATTTAGGAGGTA...TAGCACGAAAGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 CAAAGAAGTTGGGAAAGTTAAAAGGGATTCACGAGGAGCAGCCACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 381969 CAAAGAAGTTGGGAAAGTTAAAAGGGATTCACGAGGAGCAGCCACAGCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 CAGCAGCCCCCACCCCCACCCCCACCCCCGCAAAGCCCAGAGGAAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 382019 CAGCAGCCCCCACCCCCACCCCCACCCCCGCAAAGCCCAGAGGAAGGGAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2124 AACGTACATCGCTCCTGCAAAAGAACCCTCGGTCAACACAGCACTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 382069 AACGTACATCGCTCCTGCAAAAGAACCCTCGGTCAACACAGCACTGGTTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2174 CTCAGCTCTCCACAATCTCACGAGCGCTCACACCTTCCCCCGTTATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 382119 CTCAGCTCTCCACAATCTCACGAGCGCTCACACCTTCCCCCGTTATGGTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2224 CTTGAAAACATTGAACCTGAAATTGTATATGCAGGCTATGACAGCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 382169 CTTGAAAACATTGAACCTGAAATTGTATATGCAGGCTATGACAGCTCAAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2274 ACCAGATACAGCCGAAAATCTGCTCTCCACGCTCAACCGCTTAGCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 382219 ACCAGATACAGCCGAAAATCTGCTCTCCACGCTCAACCGCTTAGCAGGCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2324 AACAGATGATCCAAGTCGTGAAGTGGGCAAAGGTACTTCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 382269 AACAGATGATCCAAGTCGTGAAGTGGGCAAAGGTACTTCCAGGTA...CA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366  GATTTAAAAACTTGCCTCTTGAGGACCAAATTACCCTAATCCAGTATTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 384247 GGATTTAAAAACTTGCCTCTTGAGGACCAAATTACCCTAATCCAGTATTC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2415 TTGGATGTGTCTATCATCATTTGCCTTGAGCTGGAGATCGTACAAACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 384297 TTGGATGTGTCTATCATCATTTGCCTTGAGCTGGAGATCGTACAAACATA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2465 CGAACAGCCAATTTCTCTATTTTGCACCAGACCTAGTCTTTAATGA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 384347 CGAACAGCCAATTTCTCTATTTTGCACCAGACCTAGTCTTTAATGAGTA.

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2511      AGAGAAGATGCATCAGTCTGCCATGTATGAACTATGCCAGGGGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 384397 ..CAGAGAGAAGATGCATCAGTCTGCCATGTATGAACTATGCCAGGGGAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2556 GCACCAAATCAGCCTTCAGTTCGTTCGACTGCAGCTCACCTTTGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416618 GCACCAAATCAGCCTTCAGTTCGTTCGACTGCAGCTCACCTTTGAAGAAT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2606 ACACCATCATGAAAGTTTTGCTGCTACTAAGCACAA         TTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 416668 ACACCATCATGAAAGTTTTGCTGCTACTAAGCACAAGTA...CAGTTCCA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2647 AAGGATGGCCTCAAAAGCCAGGCTGCATTTGAAGAAATGAGGACAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 422605 AAGGATGGCCTCAAAAGCCAGGCTGCATTTGAAGAAATGAGGACAAATTA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2697 CATCAAAGAACTGAGGAAGATGGTAACTAAGTGTCCCAACAATTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 422655 CATCAAAGAACTGAGGAAGATGGTAACTAAGTGTCCCAACAATTCTGGGC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2747 AGAGCTGGCAGAGGTTCTACCAACTGACCAAGCTGCTGGACTCCATGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 422705 AGAGCTGGCAGAGGTTCTACCAACTGACCAAGCTGCTGGACTCCATGCAT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2797 GAC         CTGGTGAGCGACCTGCTGGAATTCTGCTTCTACACCTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 422755 GACGTG...CAGCTGGTGAGCGACCTGCTGGAATTCTGCTTCTACACCTT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2838 CCGAGAGTCCCATGCGCTGAAGGTAGAGTTCCCCGCAATGCTGGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 455400 CCGAGAGTCCCATGCGCTGAAGGTAGAGTTCCCCGCAATGCTGGTGGAGA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2888 TCATCAGCGACCAGCTGCCCAAGGTGGAGTCGGGGAACGCCAAGCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 455450 TCATCAGCGACCAGCTGCCCAAGGTGGAGTCGGGGAACGCCAAGCCGCTC

   3000     .    :    .
   2938 TACTTCCACCGGAAG
        |||||||||||||||
 455500 TACTTCCACCGGAAG