seq1 = pF1KB0465.tfa, 1434 bp
seq2 = pF1KB0465/gi568815587f_113875326.tfa (gi568815587f:113875326_114089760), 214435 bp

>pF1KB0465 1434
>gi568815587f:113875326_114089760 (Chr11)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-219  (102446-102597)   100% ->
220-264  (103908-103952)   100% ->
265-374  (105878-105987)   100% ->
375-544  (107795-107964)   100% ->
545-705  (110690-110850)   100% ->
706-916  (111193-111403)   100% ->
917-1138  (111500-111721)   100% ->
1139-1434  (114140-114435)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCTGTGGGTCCAGCAGGCGCTGCTCGCCTTGCTCCTCCCCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCTGTGGGTCCAGCAGGCGCTGCTCGCCTTGCTCCTCCCCACACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGCACAGGGAGAAG         CCAGGAGGAGCCGAAACACCACCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGCACAGGGAGAAGGTA...CAGCCAGGAGGAGCCGAAACACCACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCCCGCTCTGCTGAGGCTGTCGGATTACCTTTTGACCAACTACAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102470 GGCCCGCTCTGCTGAGGCTGTCGGATTACCTTTTGACCAACTACAGGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTGTGCGCCCCGTGAGGGACTGGAGGAAGCCAACCACCGTATCCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102520 GGTGTGCGCCCCGTGAGGGACTGGAGGAAGCCAACCACCGTATCCATTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTCATTGTCTATGCCATCCTCAACGTG         GATGAGAAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102570 CGTCATTGTCTATGCCATCCTCAACGTGGTG...CAGGATGAGAAGAATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGTGCTGACCACCTACATCTGGTACCGGCAG         TACTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103921 AGGTGCTGACCACCTACATCTGGTACCGGCAGGTG...TAGTACTGGACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATGAGTTTCTCCAGTGGAACCCTGAGGACTTTGACAACATCACCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105887 GATGAGTTTCTCCAGTGGAACCCTGAGGACTTTGACAACATCACCAAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTCCATCCCCACGGACAGCATCTGGGTCCCGGACATTCTCATCAATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105937 GTCCATCCCCACGGACAGCATCTGGGTCCCGGACATTCTCATCAATGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 T         CGTGGATGTGGGGAAGTCTCCAAATATCCCGTACGTGTAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105987 TGTG...CAGCGTGGATGTGGGGAAGTCTCCAAATATCCCGTACGTGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATTCGGCATCAAGGCGAAGTTCAGAACTACAAGCCCCTTCAGGTGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107835 ATTCGGCATCAAGGCGAAGTTCAGAACTACAAGCCCCTTCAGGTGGTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCCTGTAGCCTCGACATCTACAACTTCCCCTTCGATGTCCAGAACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107885 TGCCTGTAGCCTCGACATCTACAACTTCCCCTTCGATGTCCAGAACTGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGCTGACCTTCACCAGTTGGCTGCACACCA         TCCAGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107935 CGCTGACCTTCACCAGTTGGCTGCACACCAGTG...CAGTCCAGGACATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACATCTCTTTGTGGCGCTTGCCAGAAAAGGTGAAATCCGACAGGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110701 AACATCTCTTTGTGGCGCTTGCCAGAAAAGGTGAAATCCGACAGGAGTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTTCATGAACCAGGGAGAGTGGGAGTTGCTGGGGGTGCTGCCCTACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110751 CTTCATGAACCAGGGAGAGTGGGAGTTGCTGGGGGTGCTGCCCTACTTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGGAGTTCAGCATGGAAAGCAGTAACTACTATGCAGAAATGAAGTTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110801 GGGAGTTCAGCATGGAAAGCAGTAACTACTATGCAGAAATGAAGTTCTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706          GTGGTCATCCGCCGGCGGCCCCTCTTCTATGTGGTCAGCCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110851 GTG...CAGGTGGTCATCCGCCGGCGGCCCCTCTTCTATGTGGTCAGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTACTGCCCAGCATCTTCCTCATGGTCATGGACATCGTGGGCTTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111234 GCTACTGCCCAGCATCTTCCTCATGGTCATGGACATCGTGGGCTTCTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCCCCCCAACAGTGGCGAGAGGGTCTCTTTCAAGATTACACTCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111284 TGCCCCCCAACAGTGGCGAGAGGGTCTCTTTCAAGATTACACTCCTCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGCTACTCGGTCTTCCTGATCATCGTTTCTGACACGCTGCCGGCCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111334 GGCTACTCGGTCTTCCTGATCATCGTTTCTGACACGCTGCCGGCCACTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATCGGCACTCCTCTCATTG         GTGTCTACTTTGTGGTGTGCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 111384 CATCGGCACTCCTCTCATTGGTA...CAGGTGTCTACTTTGTGGTGTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGCTCTGCTGGTGATAAGTTTGGCCGAGACCATCTTCATTGTGCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111521 TGGCTCTGCTGGTGATAAGTTTGGCCGAGACCATCTTCATTGTGCGGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTGCACAAGCAAGACCTGCAGCAGCCCGTGCCTGCTTGGCTGCGTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111571 GTGCACAAGCAAGACCTGCAGCAGCCCGTGCCTGCTTGGCTGCGTCACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGTTCTGGAGAGAATCGCCTGGCTACTTTGCCTGAGGGAGCAGTCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111621 GGTTCTGGAGAGAATCGCCTGGCTACTTTGCCTGAGGGAGCAGTCAACTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCCAGAGGCCCCCAGCCACCTCCCAAGCCACCAAGACTGATGACTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111671 CCCAGAGGCCCCCAGCCACCTCCCAAGCCACCAAGACTGATGACTGCTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 G         CCATGGGAAACCACTGCAGCCACATGGGAGGACCCCAGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111721 GGTG...CAGCCATGGGAAACCACTGCAGCCACATGGGAGGACCCCAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTTCGAGAAGAGCCCGAGGGACAGATGTAGCCCTCCCCCACCACCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114180 CTTCGAGAAGAGCCCGAGGGACAGATGTAGCCCTCCCCCACCACCTCGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGGCCTCGCTGGCGGTGTGTGGGCTGCTGCAGGAGCTGTCCTCCATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114230 AGGCCTCGCTGGCGGTGTGTGGGCTGCTGCAGGAGCTGTCCTCCATCCGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CAATTCCTGGAAAAGCGGGATGAGATCCGAGAGGTGGCCCGAGACTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114280 CAATTCCTGGAAAAGCGGGATGAGATCCGAGAGGTGGCCCGAGACTGGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCGCGTGGGCTCCGTGCTGGACAAGCTGCTATTCCACATTTACCTGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114330 GCGCGTGGGCTCCGTGCTGGACAAGCTGCTATTCCACATTTACCTGCTAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CGGTGCTGGCCTACAGCATCACCCTGGTTATGCTCTGGTCCATCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114380 CGGTGCTGGCCTACAGCATCACCCTGGTTATGCTCTGGTCCATCTGGCAG

   1500     .
   1429 TACGCT
        ||||||
 114430 TACGCT