seq1 = pF1KB0434.tfa, 2598 bp
seq2 = pF1KB0434/gi568815594f_139201778.tfa (gi568815594f:139201778_139488081), 286304 bp

>pF1KB0434 2598
>gi568815594f:139201778_139488081 (Chr4)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-139  (132397-132481)   100% ->
140-244  (135071-135175)   100% ->
245-402  (139135-139292)   100% ->
403-537  (141049-141183)   100% ->
538-691  (142409-142562)   100% ->
692-811  (147685-147804)   100% ->
812-907  (149414-149509)   100% ->
908-1014  (149728-149834)   100% ->
1015-1087  (152249-152321)   100% ->
1088-1257  (155609-155778)   100% ->
1258-1410  (157966-158118)   100% ->
1411-1539  (158723-158851)   100% ->
1540-1753  (159947-160160)   100% ->
1754-1947  (168434-168627)   100% ->
1948-2056  (174588-174696)   100% ->
2057-2155  (176979-177077)   100% ->
2156-2302  (183055-183201)   100% ->
2303-2400  (184356-184453)   100% ->
2401-2598  (186107-186304)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGCCGTGAGCCTCCCGCCCAAGGAGAATGCGCTCTTCAAGCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGCCGTGAGCCTCCCGCCCAAGGAGAATGCGCTCTTCAAGCGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTG         AGGTGTTATGAACATAAACAGTATAGAAATGGATTGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGGTA...CAGAGGTGTTATGAACATAAACAGTATAGAAATGGATTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATTCTGTAAACAAATACTTTCTAATCCCAAATTTGCAGAGCATGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 132434 AATTCTGTAAACAAATACTTTCTAATCCCAAATTTGCAGAGCATGGAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140        AAACCTTGGCTATGAAAGGATTAACATTGAACTGTTTGGGGAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132484 A...TAGAAACCTTGGCTATGAAAGGATTAACATTGAACTGTTTGGGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAAGGAAGAAGCTTATGAATTGGTTCGTAGAGGTTTGAGAAATGACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135114 AAAGGAAGAAGCTTATGAATTGGTTCGTAGAGGTTTGAGAAATGACTTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAGTCATGTGT         GTTGGCACGTTTATGGCCTTCTTCAGAGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 135164 AGAGTCATGTGTGTA...TAGGTTGGCACGTTTATGGCCTTCTTCAGAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCAGACAAGAAGTATGATGAAGCCATTAAGTGTTACAGAAATGCACTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139164 TCAGACAAGAAGTATGATGAAGCCATTAAGTGTTACAGAAATGCACTAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATGGGATAAAGACAATCTTCAAATCTTAAGGGACCTTTCCTTACTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139214 ATGGGATAAAGACAATCTTCAAATCTTAAGGGACCTTTCCTTACTACAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCAAATGCGAGATCTTGAGGGTTACAGG         GAAACGAGGTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 139264 TTCAAATGCGAGATCTTGAGGGTTACAGGGTA...AAGGAAACGAGGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGTTACTTCAGCTTCGACCTGCGCAGAGAGCATCATGGATTGGTTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141061 CAGTTACTTCAGCTTCGACCTGCGCAGAGAGCATCATGGATTGGTTATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TATTGCTTACCATTTATTAGAAGATTATGAAATGGCAGCAAAGATTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141111 TATTGCTTACCATTTATTAGAAGATTATGAAATGGCAGCAAAGATTTTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGAATTTAGGAAAACACAACAG         ACATCCCCTGACAAGGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 141161 AAGAATTTAGGAAAACACAACAGGTA...CAGACATCCCCTGACAAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATTATGAATATAGTGAACTACTCTTATATCAGAATCAAGTTCTTCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142427 GATTATGAATATAGTGAACTACTCTTATATCAGAATCAAGTTCTTCGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCAGGTCTCTATAGAGAAGCTTTGGAACATCTTTGTACCTATGAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142477 AGCAGGTCTCTATAGAGAAGCTTTGGAACATCTTTGTACCTATGAAAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGATTTGTGATAAACTTGCTGTAGAAGAAACCAAAG         GGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 142527 AGATTTGTGATAAACTTGCTGTAGAAGAAACCAAAGGTA...CAGGGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTTCTGTTGCAACTATGTCGTTTGGAAGATGCTGCAGATGTTTATAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147690 CTTCTGTTGCAACTATGTCGTTTGGAAGATGCTGCAGATGTTTATAGAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATTGCAAGAGAGAAATCCTGAAAACTGGGCCTATTACAAAGGCTTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147740 ATTGCAAGAGAGAAATCCTGAAAACTGGGCCTATTACAAAGGCTTGGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGCACTCAAGCCAG         CTAATATGTTAGAACGGCTAAAAATT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 147790 AAGCACTCAAGCCAGGTA...CAGCTAATATGTTAGAACGGCTAAAAATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TATGAGGAAGCCTGGACTAAATATCCCAGGGGACTGGTGCCAAGAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149440 TATGAGGAAGCCTGGACTAAATATCCCAGGGGACTGGTGCCAAGAAGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCCGTTAAACTTTTTATCTG         GTGAGAAGTTTAAAGAATGTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 149490 GCCGTTAAACTTTTTATCTGGTA...AAGGTGAGAAGTTTAAAGAATGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGGATAAGTTCCTAAGGATGAATTTCAGCAAGGGTTGCCCACCAGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149749 TGGATAAGTTCCTAAGGATGAATTTCAGCAAGGGTTGCCCACCAGTCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AATACTTTAAGATCATTATACAAAGACAAAGAAAAG         GTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 149799 AATACTTTAAGATCATTATACAAAGACAAAGAAAAGGTA...TAGGTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AATCATAGAAGAGTTAGTAGTAGGTTATGAAACCTCTCTAAAAAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152254 AATCATAGAAGAGTTAGTAGTAGGTTATGAAACCTCTCTAAAAAGCTGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGTTATTTAACCCCAATG         ATGATGGAAAGGAGGAACCACCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 152304 GGTTATTTAACCCCAATGGTA...AAGATGATGGAAAGGAGGAACCACCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ACCACATTACTTTGGGTCCAGTACTACTTGGCACAACATTATGACAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155632 ACCACATTACTTTGGGTCCAGTACTACTTGGCACAACATTATGACAAAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGGTCAGCCATCTATTGCTTTGGAGTACATAAATACTGCTATTGAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155682 TGGTCAGCCATCTATTGCTTTGGAGTACATAAATACTGCTATTGAAAGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CACCTACATTAATAGAACTCTTTCTCGTGAAAGCTAAAATCTATAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 155732 CACCTACATTAATAGAACTCTTTCTCGTGAAAGCTAAAATCTATAAGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1258       CATGCTGGAAATATTAAAGAAGCTGCAAGGTGGATGGATGAGGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155782 ...AAGCATGCTGGAAATATTAAAGAAGCTGCAAGGTGGATGGATGAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CCAGGCCTTGGACACAGCAGACAGATTTATCAACTCCAAATGTGCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158010 CCAGGCCTTGGACACAGCAGACAGATTTATCAACTCCAAATGTGCAAAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACATGCTAAAAGCCAACCTGATTAAAGAAGCTGAAGAAATGTGCTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158060 ACATGCTAAAAGCCAACCTGATTAAAGAAGCTGAAGAAATGTGCTCAAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTTACAAGG         GAAGGAACATCAGCGGTAGAGAATTTGAATGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 158110 TTTACAAGGGTT...TAGGAAGGAACATCAGCGGTAGAGAATTTGAATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AATGCAGTGCATGTGGTTCCAAACAGAATGTGCCCAGGCTTATAAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158755 AATGCAGTGCATGTGGTTCCAAACAGAATGTGCCCAGGCTTATAAAGCAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TGAATAAATTTGGTGAAGCACTTAAGAAATGTCATGAGATTGAGAGA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 158805 TGAATAAATTTGGTGAAGCACTTAAGAAATGTCATGAGATTGAGAGAGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1540       CATTTTATAGAAATCACTGATGACCAGTTTGACTTTCATACATA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158855 ...TAGCATTTTATAGAAATCACTGATGACCAGTTTGACTTTCATACATA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CTGTATGAGGAAGATTACCCTTAGATCATATGTGGACTTATTAAAACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159991 CTGTATGAGGAAGATTACCCTTAGATCATATGTGGACTTATTAAAACTAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AAGATGTACTTCGACAGCATCCATTTTACTTCAAGGCAGCAAGAATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160041 AAGATGTACTTCGACAGCATCCATTTTACTTCAAGGCAGCAAGAATTGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 ATAGAGATCTATTTGAAGCTTCATGACAACCCCCTTACAGATGAGAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160091 ATAGAGATCTATTTGAAGCTTCATGACAACCCCCTTACAGATGAGAATAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AGAACACGAAGCTGATACAG         CAAACATGTCTGACAAAGAGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 160141 AGAACACGAAGCTGATACAGGTA...CAGCAAACATGTCTGACAAAGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TAAAGAAGCTACGTAATAAACAAAGAAGAGCTCAAAAGAAAGCCCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168455 TAAAGAAGCTACGTAATAAACAAAGAAGAGCTCAAAAGAAAGCCCAGATA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GAAGAAGAGAAAAAAAATGCAGAAAAAGAAAAGCAGCAGAGAAATCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168505 GAAGAAGAGAAAAAAAATGCAGAAAAAGAAAAGCAGCAGAGAAATCAGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 AAAGAAGAAGGATGATGATGATGAGGAGATAGGAGGTCCAAAAGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168555 AAAGAAGAAGGATGATGATGATGAGGAGATAGGAGGTCCAAAAGAAGAAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TTATTCCAGAGAAACTGGCCAAG         GTTGAAACTCCATTGGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 168605 TTATTCCAGAGAAACTGGCCAAGGTA...TAGGTTGAAACTCCATTGGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GAAGCTATTAAATTTTTAACACCGTTGAAGAACTTGGTGAAGAACAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174606 GAAGCTATTAAATTTTTAACACCGTTGAAGAACTTGGTGAAGAACAAGAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 AGAGACTCATCTTTTTGCCTTTGAGATTTACTTTAGGAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 174656 AGAGACTCATCTTTTTGCCTTTGAGATTTACTTTAGGAAAGGTA...TAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 AAAAGTTTCTTTTGATGCTACAATCAGTAAAGAGGGCATTTGCTATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176979 AAAAGTTTCTTTTGATGCTACAATCAGTAAAGAGGGCATTTGCTATTGAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 TCTAGTCATCCCTGGCTTCATGAGTGTATGATTCGTCTCTTTAATACTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 177029 TCTAGTCATCCCTGGCTTCATGAGTGTATGATTCGTCTCTTTAATACTGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2156         CAGTGTGTGAAAGTAAAGATTTATCTGATACAGTTAGAACAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177079 TA...CAGCAGTGTGTGAAAGTAAAGATTTATCTGATACAGTTAGAACAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TATTAAAACAAGAAATGAATCGTCTTTTTGGAGCAACGAATCCAAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183097 TATTAAAACAAGAAATGAATCGTCTTTTTGGAGCAACGAATCCAAAGAAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 TTTAATGAAACTTTTCTGAAAAGGAATTCTGATTCATTGCCACACAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183147 TTTAATGAAACTTTTCTGAAAAGGAATTCTGATTCATTGCCACACAGATT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 ATCAG         CTGCCAAAATGGTATATTACTTAGATCCTTCTAGTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183197 ATCAGGTA...TAGCTGCCAAAATGGTATATTACTTAGATCCTTCTAGTC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 AGAAGCGAGCTATAGAGTTGGCAACAACACTTGATGAATCTCTCACTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184392 AGAAGCGAGCTATAGAGTTGGCAACAACACTTGATGAATCTCTCACTAAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 AGAAACCTCCAG         ACATGTATGGAGGTATTGGAAGCCTTGTA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 184442 AGAAACCTCCAGGTA...TAGACATGTATGGAGGTATTGGAAGCCTTGTA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 TGATGGTAGCCTAGGAGACTGTAAAGAAGCTGCTGAAATTTATAGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186136 TGATGGTAGCCTAGGAGACTGTAAAGAAGCTGCTGAAATTTATAGAGCAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 ATTGTCATAAGCTTTTCCCTTATGCTTTGGCTTTCATGCCTCCTGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186186 ATTGTCATAAGCTTTTCCCTTATGCTTTGGCTTTCATGCCTCCTGGATAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 GAAGAGGATATGAAGATCACAGTTAATGGAGATAGTTCTGCAGAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186236 GAAGAGGATATGAAGATCACAGTTAATGGAGATAGTTCTGCAGAAGCTGA

   2750     .    :    .
   2580 AGAACTGGCCAATGAAATT
        |||||||||||||||||||
 186286 AGAACTGGCCAATGAAATT