seq1 = pF1KB0410.tfa, 2466 bp
seq2 = pF1KB0410/gi568815589f_132570599.tfa (gi568815589f:132570599_132788942), 218344 bp

>pF1KB0410 2466
>gi568815589f:132570599_132788942 (Chr9)

1-357  (100001-100357)   100% ->
358-2184  (107379-109205)   99% ->
2185-2315  (112965-113095)   100% ->
2316-2404  (116641-116729)   100% ->
2405-2466  (118283-118344)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACACGGCCGACCAGGCCCGGGTGGGGCCCGCGGACGACGGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACACGGCCGACCAGGCCCGGGTGGGGCCCGCGGACGACGGGCCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGTCTGGGGAGGAGGAGGGAGAGGGGGGCGGCGAGGCGGGCGGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGTCTGGGGAGGAGGAGGGAGAGGGGGGCGGCGAGGCGGGCGGGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCAGCAGCGGACGCGGCCCCGGGGCCCAGCGCTGCATTCCGCCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCAGCAGCGGACGCGGCCCCGGGGCCCAGCGCTGCATTCCGCCTCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGACTCGGCGGGAGCCGGCCGTGAAGCTGCAGTATGCGGTGAGCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGACTCGGCGGGAGCCGGCCGTGAAGCTGCAGTATGCGGTGAGCGGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAACCGCTGGCTTGGTCCGAGGACCACCGCGTGTCTGTGTCCACGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAACCGCTGGCTTGGTCCGAGGACCACCGCGTGTCTGTGTCCACGGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAGCATCGCTGTGCTGGAGCTCATCTGCGACGTGCACAACCCGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAGCATCGCTGTGCTGGAGCTCATCTGCGACGTGCACAACCCGGGCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACCTGGTTATCCACCGCACCTCGGTGCCCGCACCGCTCAACAGCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACCTGGTTATCCACCGCACCTCGGTGCCCGCACCGCTCAACAGCTGTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTCAAA         GTTGGCTCAAAAACAGAAGTTGCTGAGTGCAAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTCAAAGTA...CAGGTTGGCTCAAAAACAGAAGTTGCTGAGTGCAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGAAATTCGCCGCCTCCAAGGACCCCACGGTCAGTCAGACTTTCATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107413 AGAAATTCGCCGCCTCCAAGGACCCCACGGTCAGTCAGACTTTCATGTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATAGGGTGTTCAACCCTGAGGGGAAGGCTTTACCACCAATGAGAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107463 GATAGGGTGTTCAACCCTGAGGGGAAGGCTTTACCACCAATGAGAGGATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAAGTACACCAGCTGGTCTCCCATGGGTTGCGATGCTAATGGCAGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107513 CAAGTACACCAGCTGGTCTCCCATGGGTTGCGATGCTAATGGCAGGTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCTTGGCAGCACTGACCATGGACAATCGCCTGACCATCCAGGCAAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107563 TCTTGGCAGCACTGACCATGGACAATCGCCTGACCATCCAGGCAAATCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AACAGACTGCAGTGGGTCCAGCTGGTTGACCTGACTGAGATCTATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107613 AACAGACTGCAGTGGGTCCAGCTGGTTGACCTGACTGAGATCTATGGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ACGTCTTTATGAGACCAGTTACAGGCTCTCTAAAAATGAGGCCCCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107663 ACGTCTTTATGAGACCAGTTACAGGCTCTCTAAAAATGAGGCCCCGGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GAAATCTCGGGGATTTTGCTGAGTTTCAGAGGAGACACAGCATGCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107713 GAAATCTCGGGGATTTTGCTGAGTTTCAGAGGAGACACAGCATGCAGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCAGTCAGAATGGAGTGGTCGGGCATCTGTACCACCCAGCAGGTCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107763 CCAGTCAGAATGGAGTGGTCGGGCATCTGTACCACCCAGCAGGTCAAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TAACAACGAATGCCGGGACGTTGGCAGTGTGCTCCTGGCTGTCCTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107813 TAACAACGAATGCCGGGACGTTGGCAGTGTGCTCCTGGCTGTCCTCTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AAAACGGTAATATCGCCGTGTGGCAGTTTCAGCTGCCGTTTGTAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107863 AAAACGGTAATATCGCCGTGTGGCAGTTTCAGCTGCCGTTTGTAGGAAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GAATCCATCTCTTCATGCAACACAATTGAGTCAGGAATCACCTCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107913 GAATCCATCTCTTCATGCAACACAATTGAGTCAGGAATCACCTCTCCCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGTATTGTTTTGGTGGGAATATGAGCACAATAATCGAAAAATGAGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107963 TGTATTGTTTTGGTGGGAATATGAGCACAATAATCGAAAAATGAGTGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TTATTGTGGGGAGTGCTTTTGGACCCATAAAAATTCTTCCTGTCAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108013 TTATTGTGGGGAGTGCTTTTGGACCCATAAAAATTCTTCCTGTCAATCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AAAGCAGTCAAAGGCTATTTCACTTTAAGGCAGCCTGTTATCTTGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108063 AAAGCAGTCAAAGGCTATTTCACTTTAAGGCAGCCTGTTATCTTGTGGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 AGAAATGGACCAGTTACCTGTGCACAGTATCAAATGTGTGCCACTTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108113 AGAAATGGACCAGTTACCTGTGCACAGTATCAAATGTGTGCCACTTTATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 ATCCTTACCAGAAGTGTAGTTGCAGCTTAGTAGTGGCTGCAAGAGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108163 ATCCTTACCAGAAGTGTAGTTGCAGCTTAGTAGTGGCTGCAAGAGGCTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TATGTATTTTGGTGTCTTCTTCTGATCTCCAAAGCAGGGCTGAATGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108213 TATGTATTTTGGTGTCTTCTTCTGATCTCCAAAGCAGGGCTGAATGTTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CAATTCCCATGTCACAGGCCTTCACTCACTGCCAATTGTCTCCATGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108263 CAATTCCCATGTCACAGGCCTTCACTCACTGCCAATTGTCTCCATGACTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CAGACAAACAGAATGGAACAGTCTATACTTGCTCCAGTGACGGAAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108313 CAGACAAACAGAATGGAACAGTCTATACTTGCTCCAGTGACGGAAAGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 AGGCAGCTGATTCCCATTTTCACAGATGTTGCATTGAAGTTTGAACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108363 AGGCAGCTGATTCCCATTTTCACAGATGTTGCATTGAAGTTTGAACACCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 GTTGATTAAACTCTCAGATGTGTTTGGCTCAGTGAGGACTCACGGGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108413 GTTGATTAAACTCTCAGATGTGTTTGGCTCAGTGAGGACTCACGGGATAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CAGTGAGCCCCTGCGGTGCATACCTGGCCATCATCACCACTGAGGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108463 CAGTGAGCCCCTGCGGTGCATACCTGGCCATCATCACCACTGAGGGCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 ATCAACGGCCTCCACCCTGTTAACAAAAACTACCAGGTCCAATTTGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108513 ATCAACGGCCTCCACCCTGTTAACAAAAACTACCAGGTCCAATTTGTTAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TCTCAAAACCTTTGAAGAAGCAGCTGCTCAGCTCCTGGAATCTTCAGTTC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 108563 TCTCAAAACCTTTGAAGAGGCAGCTGCTCAGCTCCTGGAATCTTCAGTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 AAAACCTTTTTAAGCAGGTAGATTTAATAGACCTAGTACGCTGGAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108613 AAAACCTTTTTAAGCAGGTAGATTTAATAGACCTAGTACGCTGGAAGATT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 TTAAAAGATAAACATATCCCTCAATTTTTACAAGAAGCTTTGGAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108663 TTAAAAGATAAACATATCCCTCAATTTTTACAAGAAGCTTTGGAAAAAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 GATTGAAAGCAGTGGAGTCACCTATTTTTGGCGTTTTAAGCTTTTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108713 GATTGAAAGCAGTGGAGTCACCTATTTTTGGCGTTTTAAGCTTTTCCTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 TGAGGATTTTATATCAGTCAATGCAGAAAACCCCTTCAGAAGCCTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108763 TGAGGATTTTATATCAGTCAATGCAGAAAACCCCTTCAGAAGCCTTGTGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 AAACCCACCCATGAGGACTCAAAAATCTTACTAGTGGATTCGCCTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108813 AAACCCACCCATGAGGACTCAAAAATCTTACTAGTGGATTCGCCTGGGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 GGGCAATGCTGACGATGAACAGCAGGAAGAAGGCACTTCTTCCAAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108863 GGGCAATGCTGACGATGAACAGCAGGAAGAAGGCACTTCTTCCAAACAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 TGGTGAAGCAAGGCCTGCAGGAGAGGAGCAAGGAAGGAGATGTAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108913 TGGTGAAGCAAGGCCTGCAGGAGAGGAGCAAGGAAGGAGATGTAGAGGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 CCCACTGATGACTCGCTCCCCACGACTGGAGATGCTGGAGGCCGTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108963 CCCACTGATGACTCGCTCCCCACGACTGGAGATGCTGGAGGCCGTGAGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 AATGGAAGAGAAACTCCTGGAAATCCAAGGGAAAATCGAAGCTGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109013 AATGGAAGAGAAACTCCTGGAAATCCAAGGGAAAATCGAAGCTGTGGAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042 TGCACTTGACCAGGGAACACATGAAGCGAGTCTTAGGAGAAGTGTATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109063 TGCACTTGACCAGGGAACACATGAAGCGAGTCTTAGGAGAAGTGTATCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2092 CACACCTGGATCACAGAAAACACTAGCATCCCCACCCGCGGACTCTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109113 CACACCTGGATCACAGAAAACACTAGCATCCCCACCCGCGGACTCTGTAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2142 CTTTTTAATGTCTGATGAAGAGTATGATGACAGAACTGCACGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 109163 CTTTTTAATGTCTGATGAAGAGTATGATGACAGAACTGCACGGGTA...T

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2185   GTGCTGATTGGACATATCTCAAAGAAGATGAACAAACAGACTTTCCCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112963 AGGTGCTGATTGGACATATCTCAAAGAAGATGAACAAACAGACTTTCCCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2233 GAGCACTGTAGTTTGTGTAAAGAGATCTTGCCATTCACAGATCGCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113013 GAGCACTGTAGTTTGTGTAAAGAGATCTTGCCATTCACAGATCGCAAACA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2283 GGCAGTCTGTTCCAATGGCCACATTTGGCTCCG         GTGCTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 113063 GGCAGTCTGTTCCAATGGCCACATTTGGCTCCGGTA...CAGGTGCTTCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2324 TAACCTACCAGTCCTGCCAGAGTTTGATATATAGAAGGTGTTTGCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116649 TAACCTACCAGTCCTGCCAGAGTTTGATATATAGAAGGTGTTTGCTCCAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2374 GACAGCATTGCCCGGCATCCAGCTCCAGAAG         ATCCCGACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 116699 GACAGCATTGCCCGGCATCCAGCTCCAGAAGGTG...CAGATCCCGACTG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2415 GATTAAGAGGTTACTGCAAAGCCCCTGCCCTTTCTGTGATTCTCCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118293 GATTAAGAGGTTACTGCAAAGCCCCTGCCCTTTCTGTGATTCTCCTGTCT

   2500 
   2465 TC
        ||
 118343 TC