seq1 = pF1KB0406.tfa, 2427 bp
seq2 = pF1KB0406/gi568815592f_28183814.tfa (gi568815592f:28183814_28402281), 218468 bp

>pF1KB0406 2427
>gi568815592f:28183814_28402281 (Chr6)

1-396  (100001-100396)   100% ->
397-553  (101738-101894)   100% ->
554-642  (103267-103355)   100% ->
643-772  (113003-113132)   100% ->
773-869  (114082-114178)   100% ->
870-2427  (116911-118468)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATGAAGCTTTGCCAGGCCCTGCTCCTGAAAATGAAGATGGCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTATGAAGCTTTGCCAGGCCCTGCTCCTGAAAATGAAGATGGCCTTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAGTGAAGGAGGAAGATCCCACCTGGGAGCAGGTGTGCAACTCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAAGTGAAGGAGGAAGATCCCACCTGGGAGCAGGTGTGCAACTCACAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGGCAGCTCCCACACTCAGGAGATTTGCCGCCTGCGCTTTCGGCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGGCAGCTCCCACACTCAGGAGATTTGCCGCCTGCGCTTTCGGCACTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCTACCAGGAGGCTCACGGACCCCAGGAAGCTCTGGCCCAACTCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCTACCAGGAGGCTCACGGACCCCAGGAAGCTCTGGCCCAACTCCGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACTTTGTCATCAATGGCTGAGACCGGAGATGCACACCAAGGAACAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACTTTGTCATCAATGGCTGAGACCGGAGATGCACACCAAGGAACAGATAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGAACTGCTGGTGCTGGAGCAGTTCCTGACCATCCTGCCCAAGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGAACTGCTGGTGCTGGAGCAGTTCCTGACCATCCTGCCCAAGGAGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGCCCTGTGTGAAGACATATCCTCTGGAGAGTGGAGAGGAGGCAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGCCCTGTGTGAAGACATATCCTCTGGAGAGTGGAGAGGAGGCAGTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGTGCTGGAGAATCTAGAGACAGGAAGTGGAGACACAGGACAACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100351 AGTGCTGGAGAATCTAGAGACAGGAAGTGGAGACACAGGACAACAGGTG.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397      GCCTCTGTCTATATTCAGGGACAGGACATGCACCCAATGGTGGCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ..CAGGCCTCTGTCTATATTCAGGGACAGGACATGCACCCAATGGTGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAATATCAAGGAGTCTCTTTGGAGTGTCAGAGCCTCCAGCTCCTGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101783 GAATATCAAGGAGTCTCTTTGGAGTGTCAGAGCCTCCAGCTCCTGCCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GATAACCACCCTGAAGTGTGAACCTCCACAGCGTCCTCAAGGGAACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101833 GATAACCACCCTGAAGTGTGAACCTCCACAGCGTCCTCAAGGGAACCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AAGAAGTGAGTG         GGCCTGTTCCCCACGGATCAGCTCATCTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101883 AAGAAGTGAGTGGTG...CAGGGCCTGTTCCCCACGGATCAGCTCATCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGGAAAAAAACCCCAGAGACAAGGCTGTAGTGCCTGTGTTTAACCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103296 CAGGAAAAAAACCCCAGAGACAAGGCTGTAGTGCCTGTGTTTAACCCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAGGTCCCAG         ACATTGGTGAAGACTGAGGAAGAAACAGCCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103346 CAGGTCCCAGGTA...TAGACATTGGTGAAGACTGAGGAAGAAACAGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGCCGTTGCTGCAGAGAAGTGGTCACATCTGAGTCTGACTCGGAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113034 AGGCCGTTGCTGCAGAGAAGTGGTCACATCTGAGTCTGACTCGGAGGAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTCTGTGGGAACTCAGCTCAGGAGACAGTTATGAGCCTCAGTCCGATGA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113084 CTCTGTGGGAACTCAGCTCAGGAGACAGTTATGAGCCTCAGTCCGATGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    773         CTGAAGAAATTGTAACTAAAGATAGATTGTTTAAAGCAAAGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113134 TA...TAGCTGAAGAAATTGTAACTAAAGATAGATTGTTTAAAGCAAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAGAAACTTCTGAAGAAATGGAACAAAGTGGAGAAGCCTCAGGAAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114124 AAGAAACTTCTGAAGAAATGGAACAAAGTGGAGAAGCCTCAGGAAAGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AACAG         AGAGTGTGCACCCCAGATTCCTTGTAGTACTCCTAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114174 AACAGGTG...CAGAGAGTGTGCACCCCAGATTCCTTGTAGTACTCCTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGCTACTGAAAGGACAGTTGCACATTTGAACACTCTGAAGGACCGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116947 TGCTACTGAAAGGACAGTTGCACATTTGAACACTCTGAAGGACCGTCACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CAGGTGATTTGTGGGCCCGCATGCACATCTCATCCCTGGAATATGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116997 CAGGTGATTTGTGGGCCCGCATGCACATCTCATCCCTGGAATATGCTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GGAGACATTACCCGAAAAGGGAGAAAAAAAGACAAAGCTCGAGTGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117047 GGAGACATTACCCGAAAAGGGAGAAAAAAAGACAAAGCTCGAGTGAGTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 ACTGCTCCAAGGCCTCTCATTCTCTGGTGACTCAGATGTGGAAAAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117097 ACTGCTCCAAGGCCTCTCATTCTCTGGTGACTCAGATGTGGAAAAAGATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ATGAGCCTGAGATCCAGCCTGCTCAAAAGAAGTTAAAGGTATCATGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117147 ATGAGCCTGAGATCCAGCCTGCTCAAAAGAAGTTAAAGGTATCATGTTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CCAGAAAAGAGTTGGACCAAAAGAGACATTAAACCCAATTTTCCAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117197 CCAGAAAAGAGTTGGACCAAAAGAGACATTAAACCCAATTTTCCAAGCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GTCAGCACTGGATTCTGGACTTTTGAATCTCAAGAGCGAAAAGTTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117247 GTCAGCACTGGATTCTGGACTTTTGAATCTCAAGAGCGAAAAGTTGAACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CAGTAGAGCTTTTTGAATTATTTTTTGATGATGAAACATTCAACTTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117297 CAGTAGAGCTTTTTGAATTATTTTTTGATGATGAAACATTCAACTTAATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GTCAATGAAACCAATAATTATGCTTCTCAGAAAAATGTCAGCTTGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117347 GTCAATGAAACCAATAATTATGCTTCTCAGAAAAATGTCAGCTTGGAAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CACAGTTCAGGAAATGAGGTGTGTGTTTGGTGTCTTACTTTTGAGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117397 CACAGTTCAGGAAATGAGGTGTGTGTTTGGTGTCTTACTTTTGAGTGGAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TTATGAGGCATCCTAGAAGGGAAATGTATTGGGAAGTCTCTGACACCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117447 TTATGAGGCATCCTAGAAGGGAAATGTATTGGGAAGTCTCTGACACCGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CAGAACCTGGTTAGAGATGCAATCAGAAGGGACAGATTTGAATTGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117497 CAGAACCTGGTTAGAGATGCAATCAGAAGGGACAGATTTGAATTGATTTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 CTCAAACCTGCACTTTGCAGATAATGGCCACCTAGATCAAAAAGATAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117547 CTCAAACCTGCACTTTGCAGATAATGGCCACCTAGATCAAAAAGATAAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 TTACAAAGTTGAGACCTCTCATAAAACAAATGAATAAAAATTTCCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117597 TTACAAAGTTGAGACCTCTCATAAAACAAATGAATAAAAATTTCCTCTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 TATGCTCCCCTGGAAGAATACTATTGCTTTGATAAGTCAATGTGTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117647 TATGCTCCCCTGGAAGAATACTATTGCTTTGATAAGTCAATGTGTGAATG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CTTTGATAGTGACCAATTCCTGAATGGAAAGCCTATTAGAATTGGCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117697 CTTTGATAGTGACCAATTCCTGAATGGAAAGCCTATTAGAATTGGCTATA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 AAATTTGGTGTGGTACAACCACACAGGGTTATCTGGTTTGGTTTGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117747 AAATTTGGTGTGGTACAACCACACAGGGTTATCTGGTTTGGTTTGAACCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 TATCAAGAAGAATCAACTATGAAGGTAGATGAGGATCCTGATCTTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117797 TATCAAGAAGAATCAACTATGAAGGTAGATGAGGATCCTGATCTTGGGTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 AGGTGGAAATCTAGTGATGAACTTCGCTGATGTTCTTTTAGAGAGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117847 AGGTGGAAATCTAGTGATGAACTTCGCTGATGTTCTTTTAGAGAGAGGTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 AGTATCCCTATCACCTGTGTTTTGATAGCTTCTTTACAAGTGTCAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117897 AGTATCCCTATCACCTGTGTTTTGATAGCTTCTTTACAAGTGTCAAATTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 TTGTCAGCCTTGAAAAAGAAGGGGGTGAGGGCAACAGGAACAATTCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117947 TTGTCAGCCTTGAAAAAGAAGGGGGTGAGGGCAACAGGAACAATTCGTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 GAACAGGACCGAAAAATGTCCCCTTATGAATGTAGAACATATGAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117997 GAACAGGACCGAAAAATGTCCCCTTATGAATGTAGAACATATGAAAAAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 TGAAGAGAGGGTATTTTGATTTCCGAATAGAAGAAAACAATGAGATAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118047 TGAAGAGAGGGTATTTTGATTTCCGAATAGAAGAAAACAATGAGATAATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 TTGTGTCGTTGGTATGGGGATGGCATTATCAGTCTGTGCTCCAATGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118097 TTGTGTCGTTGGTATGGGGATGGCATTATCAGTCTGTGCTCCAATGCTGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106 GGGCATAGAACCAGTCAATGAGGTAAGCTGTTGTGATGCTGATAACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118147 GGGCATAGAACCAGTCAATGAGGTAAGCTGTTGTGATGCTGATAACGAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2156 AAATCCCTCAGATAAGTCAACCATCCATAGTAAAAGTGTATGATGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118197 AAATCCCTCAGATAAGTCAACCATCCATAGTAAAAGTGTATGATGAATGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2206 AAGGAAGGTGTAGCTAAAATGGATCAAATTATTTCGAAATACAGGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118247 AAGGAAGGTGTAGCTAAAATGGATCAAATTATTTCGAAATACAGGGTGAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2256 GATAAGAAGCAAGAAATGGTACTCAATTTTGGTGAGCTACATGATTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118297 GATAAGAAGCAAGAAATGGTACTCAATTTTGGTGAGCTACATGATTGATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2306 TAGCCATGAACAATGCATGGCAACTACACAGAGCCTGTAACCCAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118347 TAGCCATGAACAATGCATGGCAACTACACAGAGCCTGTAACCCAGGTGCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2356 TCTCTAGACCCCTTGGATTTTCGGAGATTTGTTGCACATTTCTACTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118397 TCTCTAGACCCCTTGGATTTTCGGAGATTTGTTGCACATTTCTACTTGGA

   2450     .    :    .    :
   2406 ACACAATGCTCATCTGTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||
 118447 ACACAATGCTCATCTGTCAGAT