seq1 = pF1KB0404.tfa, 1836 bp
seq2 = pF1KB0404/gi568815586f_57594162.tfa (gi568815586f:57594162_57820906), 226745 bp

>pF1KB0404 1836
>gi568815586f:57594162_57820906 (Chr12)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-339  (100589-100765)   100% ->
340-403  (101619-101682)   100% ->
404-480  (101801-101877)   100% ->
481-579  (102114-102212)   100% ->
580-790  (121599-121809)   100% ->
791-892  (121931-122032)   100% ->
893-993  (122251-122351)   100% ->
994-1045  (122532-122583)   100% ->
1046-1134  (123709-123797)   100% ->
1135-1410  (123985-124260)   100% ->
1411-1600  (124832-125021)   100% ->
1601-1713  (126245-126357)   100% ->
1714-1836  (126623-126745)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGAAACGCTGCTGTCCAGTTTGTTAGGACTGCTGCTTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGAAACGCTGCTGTCCAGTTTGTTAGGACTGCTGCTTCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTCCTGTTACCCGCAAGTCTGACCGGCGGTGTCGGGAGCCTGAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTCCTGTTACCCGCAAGTCTGACCGGCGGTGTCGGGAGCCTGAACCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGCTGAGTGAGATGCGTTATGGGATCGAGATCCTGCCGTTGCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAGCTGAGTGAGATGCGTTATGGGATCGAGATCCTGCCGTTGCCTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGGGAGGGCAG         AGCCAATCTTCGGACGTGGTGATTGTCTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGGGAGGGCAGGTG...CAGAGCCAATCTTCGGACGTGGTGATTGTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCTAAGTACAAACAGCGCTATGAGTGTCGCCTGCCAGCTGGAGCTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100618 CTCTAAGTACAAACAGCGCTATGAGTGTCGCCTGCCAGCTGGAGCTATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTTCCAGCGTGAAAGGGAGGAGGAAACACCTGCTTACCAAGGGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100668 ACTTCCAGCGTGAAAGGGAGGAGGAAACACCTGCTTACCAAGGGCCTGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCCCTGAGTTGTTGAGCCCAATGAGAGATGCTCCCTGCTTGCTGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100718 ATCCCTGAGTTGTTGAGCCCAATGAGAGATGCTCCCTGCTTGCTGAAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    340        ACAAAGGACTGGTGGACATATGAATTCTGTTATGGACGCCACA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100768 G...CAGACAAAGGACTGGTGGACATATGAATTCTGTTATGGACGCCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCAGCAATACCACATGGAAG         ATTCAGAGATCAAAGGTGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101662 TCCAGCAATACCACATGGAAGGTA...CAGATTCAGAGATCAAAGGTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCCTCTATCTCGGCTACTACCAATCAGCCTTCGACTGGGATGATGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101821 GTCCTCTATCTCGGCTACTACCAATCAGCCTTCGACTGGGATGATGAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCCAAG         GCCTCCAAGCAGCATCGTCTTAAACGCTACCACA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101871 AGCCAAGGTG...CAGGCCTCCAAGCAGCATCGTCTTAAACGCTACCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCCAGACCTATGGCAATGGGTCCAAGTGCGACCTTAATGGGAGGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102148 GCCAGACCTATGGCAATGGGTCCAAGTGCGACCTTAATGGGAGGCCCCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGGCCGAGGTTCGG         TTCCTCTGTGACGAGGGTGCAGGTAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102198 GAGGCCGAGGTTCGGGTG...CAGTTCCTCTGTGACGAGGGTGCAGGTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTCTGGGGACTACATCGATCGCGTGGACGAGCCCTTGTCCTGCTCTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121625 CTCTGGGGACTACATCGATCGCGTGGACGAGCCCTTGTCCTGCTCTTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCTGACCATTCGCACTCCTCGGCTCTGCCCCCACCCTCTCCTCCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121675 TGCTGACCATTCGCACTCCTCGGCTCTGCCCCCACCCTCTCCTCCGGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCACCCAGTGCTGCACCGCAGGCCATCCTCTGTCACCCTTCCCTACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121725 CCACCCAGTGCTGCACCGCAGGCCATCCTCTGTCACCCTTCCCTACAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGAGGAGTACATGGCCTACGTTCAGAGGCAAGCCG         ACTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 121775 TGAGGAGTACATGGCCTACGTTCAGAGGCAAGCCGGTG...TAGACTCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGCAGTATGGAGATAAAATCATAGAGGAGCTGCAAGATCTAGGCCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121937 AGCAGTATGGAGATAAAATCATAGAGGAGCTGCAAGATCTAGGCCCCCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGTGGAGTGAGACCAAGTCTGGGGTGGCACCCCAAAAGATGGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 121987 GTGTGGAGTGAGACCAAGTCTGGGGTGGCACCCCAAAAGATGGCAGGTA.

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893      GTGCGAGCCCGACCAAGGATGACAGTAAGGACTCAGATTTCTGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122037 ..TAGGTGCGAGCCCGACCAAGGATGACAGTAAGGACTCAGATTTCTGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGATGCTTAATGAGCCAGAGGACCAGGCCCCAGGAGGGGAGGAGGTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122296 AGATGCTTAATGAGCCAGAGGACCAGGCCCCAGGAGGGGAGGAGGTGCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCTGAG         GAGCAGGACCCAAGCCCTGAGGCAGCAGATTCAGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122346 GCTGAGGTG...CAGGAGCAGGACCCAAGCCCTGAGGCAGCAGATTCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTCTGGTGCTCCCAATG         ATTTTCAGAACAACGTGCAGGTCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 122567 TTCTGGTGCTCCCAATGGTG...CAGATTTTCAGAACAACGTGCAGGTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGTCATTCGAAGCCCTGCGGATTTGATTCGATTCATAGAGGAGCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123733 AAGTCATTCGAAGCCCTGCGGATTTGATTCGATTCATAGAGGAGCTGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGTGGAACAAAAAAG         GGGAAGCCAAATATAGGCCAAGAGCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 123783 GGTGGAACAAAAAAGGTA...CAGGGGAAGCCAAATATAGGCCAAGAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GCCTGTGGATGATGCTGCAGAAGTCCCTCAGAGGGAACCAGAGAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124011 GCCTGTGGATGATGCTGCAGAAGTCCCTCAGAGGGAACCAGAGAAGGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GGGGTGATCCAGAACGGCAGAGAGAGATGGAAGAAGAGGAGGATGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124061 GGGGTGATCCAGAACGGCAGAGAGAGATGGAAGAAGAGGAGGATGAGGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAGGATGAGGATGAAGATGAGGATGAACGGCAGTTACTGGGAGAATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124111 GAGGATGAGGATGAAGATGAGGATGAACGGCAGTTACTGGGAGAATTTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAAGGAACTGGAAGGGATCCTGCTTCCGTCAGACCGAGACCGGCTCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124161 GAAGGAACTGGAAGGGATCCTGCTTCCGTCAGACCGAGACCGGCTCCGTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CGGAGGTGAAGGCTGGCATGGAGCGGGAACTGGAAAACATCATCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124211 CGGAGGTGAAGGCTGGCATGGAGCGGGAACTGGAAAACATCATCCAGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411          ACAGAGAAAGAGCTGGACCCAGATGGGCTGAAGAAGGAGTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124261 GCA...CAGACAGAGAAAGAGCTGGACCCAGATGGGCTGAAGAAGGAGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AGAGCGGGATCGGGCAATGCTGGCTCTCACATCCACTCTCAACAAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124873 AGAGCGGGATCGGGCAATGCTGGCTCTCACATCCACTCTCAACAAACTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TCAAAAGACTGGAGGAAAAACAGAGTCCAGAGCTGGTGAAGAAGCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124923 TCAAAAGACTGGAGGAAAAACAGAGTCCAGAGCTGGTGAAGAAGCACAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AAAAAGAGGGTTGTCCCCAAAAAGCCTCCCCCATCACCCCAACCTACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 124973 AAAAAGAGGGTTGTCCCCAAAAAGCCTCCCCCATCACCCCAACCTACAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601         GGAAAATTGAGATCAAAATTGTCCGCCCATGGGCTGAAGGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125023 TG...CAGGGAAAATTGAGATCAAAATTGTCCGCCCATGGGCTGAAGGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CTGAAGAGGGTGCACGTTGGCTGACTGATGAGGACACGAGAAACCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126287 CTGAAGAGGGTGCACGTTGGCTGACTGATGAGGACACGAGAAACCTCAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GAGATCTTCTTCAATATCTTG         GTGCCGGGAGCTGAAGAGGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 126337 GAGATCTTCTTCAATATCTTGGTA...CAGGTGCCGGGAGCTGAAGAGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CCAGAAGGAACGCCAGCGGCAGAAAGAGCTGGAGAGCAATTACCGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126643 CCAGAAGGAACGCCAGCGGCAGAAAGAGCTGGAGAGCAATTACCGCCGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGTGGGGCTCTCCAGGTGGGGAGGGCACAGGGGACCTGGACGAATTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126693 TGTGGGGCTCTCCAGGTGGGGAGGGCACAGGGGACCTGGACGAATTTGAC

   1950 
   1834 TTC
        |||
 126743 TTC