seq1 = pF1KB0039.tfa, 1536 bp
seq2 = pF1KB0039/gi568815587r_47372233.tfa (gi568815587r:47372233_47599523), 227291 bp

>pF1KB0039 1536
>gi568815587r:47372233_47599523 (Chr11)

(complement)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-259  (110500-110687)   100% ->
260-342  (112283-112365)   100% ->
343-391  (112726-112774)   100% ->
392-523  (115004-115135)   100% ->
524-603  (115992-116071)   100% ->
604-765  (116668-116829)   100% ->
766-841  (120572-120647)   100% ->
842-970  (122099-122227)   100% ->
971-1081  (122568-122678)   100% ->
1082-1267  (124003-124188)   100% ->
1268-1411  (126293-126436)   100% ->
1412-1536  (127167-127291)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCGTTTAAGTTGGATTTCCTTCCAGAAATGATGGTGGATCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCGTTTAAGTTGGATTTCCTTCCAGAAATGATGGTGGATCATTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTTTGAATTCCAGTCCCGT         CTCAAAGAAAATGAACGGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 CTCTTTGAATTCCAGTCCCGTGTA...CAGCTCAAAGAAAATGAACGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTGGACCACCCAGACCAACCAGATCTTGATGCTATCAAGATGTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110520 CCCTGGACCACCCAGACCAACCAGATCTTGATGCTATCAAGATGTTTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCCAGGTTCCAAGGACCTGGTCTGAAAAGGACTTGCGGGAACTCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110570 GGCCAGGTTCCAAGGACCTGGTCTGAAAAGGACTTGCGGGAACTCTTCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAGTATGGTGCTGTGTATGAAATCAACGTCCTAAGGGATAGGAGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110620 ACAGTATGGTGCTGTGTATGAAATCAACGTCCTAAGGGATAGGAGCCAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCCGCCTCAGAGCAAAG         GGTGCTGTTTTGTTACATTTTAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 110670 ACCCGCCTCAGAGCAAAGGTT...CAGGGTGCTGTTTTGTTACATTTTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCCGTAAAGCTGCATTAGAAGCTCAGAATGCTCTTCACAACATGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112306 ACCCGTAAAGCTGCATTAGAAGCTCAGAATGCTCTTCACAACATGAAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTCCCAGGG         ATGCATCACCCTATACAGATGAAACCTGCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 112356 CCTCCCAGGGGTA...CAGATGCATCACCCTATACAGATGAAACCTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAGTGAGAAGAACAATG         TGGAAGACAGGAAGCTGTTTATT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112757 ACAGTGAGAAGAACAATGGTA...CAGTGGAAGACAGGAAGCTGTTTATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGTATGATTTCCAAGAAGTGCACTGAAAATGACATCCGAGTCATGTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115027 GGTATGATTTCCAAGAAGTGCACTGAAAATGACATCCGAGTCATGTTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTCGTTTGGACAGATTGAAGAATGCCGGATATTGCGGGGACCTGATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115077 TTCGTTTGGACAGATTGAAGAATGCCGGATATTGCGGGGACCTGATGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGAGCCGAG         GTTGTGCATTTGTGACTTTTACAACAAGAGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 115127 TGAGCCGAGGTA...CAGGTTGTGCATTTGTGACTTTTACAACAAGAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGGCACAGACGGCTATCAAGGCAATGCACCAAGCACAGACCATGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 116024 ATGGCACAGACGGCTATCAAGGCAATGCACCAAGCACAGACCATGGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    604        GGTTGCTCATCACCCATGGTGGTAAAATTTGCTGATACACAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116074 A...CAGGGTTGCTCATCACCCATGGTGGTAAAATTTGCTGATACACAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGGACAAAGAACAGAAGAGAATGGCCCAGCAGCTCCAGCAGCAGATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116711 AGGACAAAGAACAGAAGAGAATGGCCCAGCAGCTCCAGCAGCAGATGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAAATCAGCGCAGCATCTGTGTGGGGAAACCTTGCTGGTCTAAATACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116761 CAAATCAGCGCAGCATCTGTGTGGGGAAACCTTGCTGGTCTAAATACTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGGACCCCAGTATTTAGCA         CTTTATTTGCAGCTCCTTCAGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 116811 TGGACCCCAGTATTTAGCAGTG...TAGCTTTATTTGCAGCTCCTTCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGACTGCCTCCTCTGGGAACCTCAACACCCTGAGCAGCCTCCACCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120594 AGACTGCCTCCTCTGGGAACCTCAACACCCTGAGCAGCCTCCACCCAATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGAG         GGTTGAATGCAATGCAGTTACAGAATTTGGCTGCACT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120644 GGAGGTA...TAGGGTTGAATGCAATGCAGTTACAGAATTTGGCTGCACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGCTGCTGCAGCTAGTGCAGCTCAGAACACACCAAGTGGTACCAATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122136 AGCTGCTGCAGCTAGTGCAGCTCAGAACACACCAAGTGGTACCAATGCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCACTACATCCAGCAGTCCCCTCAGCGTGCTCACTAGTTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 122186 TCACTACATCCAGCAGTCCCCTCAGCGTGCTCACTAGTTCAGGTA...CA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    971  GGTCCTCACCTAGCTCTAGCAGCAGTAATTCTGTCAACCCCATAGCCTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122567 GGGTCCTCACCTAGCTCTAGCAGCAGTAATTCTGTCAACCCCATAGCCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ACTTGGAGCCCTGCAGACATTAGCTGGAGCAACGGCTGGCCTCAATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122617 ACTTGGAGCCCTGCAGACATTAGCTGGAGCAACGGCTGGCCTCAATGTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCTCTTTGGCAG         GAATGGCTGCTTTAAATGGTGGCCTGGGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 122667 GCTCTTTGGCAGGTA...AAGGAATGGCTGCTTTAAATGGTGGCCTGGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGCAGTGGCCTTTCCAATGGCACCGGGAGCACCATGGAGGCCCTCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124032 AGCAGTGGCCTTTCCAATGGCACCGGGAGCACCATGGAGGCCCTCACTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGCCTACTCGGGTATCCAGCAATATGCTGCTGCTGCGCTCCCCACTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124082 GGCCTACTCGGGTATCCAGCAATATGCTGCTGCTGCGCTCCCCACTCTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACAACCAGAATCTTCTGACACAGCAGAGTATTGGTGCTGCTGGAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124132 ACAACCAGAATCTTCTGACACAGCAGAGTATTGGTGCTGCTGGAAGCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAGGAAG         GTCCAGAGGGAGCCAACCTGTTCATCTACCACCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124182 AAGGAAGGTG...AAGGTCCAGAGGGAGCCAACCTGTTCATCTACCACCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCCCCAGGAGTTTGGTGATCAGGACCTGCTGCAGATGTTTATGCCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126327 GCCCCAGGAGTTTGGTGATCAGGACCTGCTGCAGATGTTTATGCCCTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GGAATGTCGTGTCTGCCAAGGTTTTCATAGACAAGCAGACAAACCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126377 GGAATGTCGTGTCTGCCAAGGTTTTCATAGACAAGCAGACAAACCTGAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAGTGTTTTG         GTTTTGTAAGTTACGACAATCCTGTTTCGGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 126427 AAGTGTTTTGGTA...CAGGTTTTGTAAGTTACGACAATCCTGTTTCGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCAAGCTGCCATCCAGTCCATGAACGGCTTTCAGATTGGCATGAAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127198 CCAAGCTGCCATCCAGTCCATGAACGGCTTTCAGATTGGCATGAAGCGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TTAAAGTGCAGCTCAAACGTTCGAAGAATGACAGCAAGCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127248 TTAAAGTGCAGCTCAAACGTTCGAAGAATGACAGCAAGCCCTAC