seq1 = pF1KA2033.tfa, 2238 bp
seq2 = pF1KA2033/gi568815579r_52604752.tfa (gi568815579r:52604752_53015326), 410575 bp

>pF1KA2033 2238
>gi568815579r:52604752_53015326 (Chr19)

(complement)

9-142  (207188-207320)   97% ->
143-852  (213625-214337)   86% <-
853-955  (214841-214944)   84% ->
956-1104  (215281-215429)   87% <-
1105-1174  (215598-215667)   87% ->
1175-1252  (216173-216249)   83% ==
1310-1369  (248221-248280)   90% ->
1370-1445  (248453-248524)   84% ->
1446-1542  (248604-248705)   83% <-
1543-1601  (249038-249100)   81% ->
1602-1740  (249185-249323)   85% ==
1785-1800  (250124-250139)   100% <-
1801-1873  (309116-309188)   89% ->
1874-1982  (309358-309462)   86% <-
1983-2046  (309547-309610)   87% <-
2047-2129  (309943-310030)   80% ->
2130-2232  (310114-310216)   86%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      9 TTCTCAGGGTCTATTGACATTCAGGGATGTGGCCATAGAATTCTCTCAGG
        ||-|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 207188 TT TCAGGGTCTATTGACATTCAGGGACGTGGCCATAGAATTCTCTCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     59 AGGAGTGGAAATGCCTGGACCCTGCTCAGAGGACTCTATACAGGGACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
 207237 AGGAGTGGAAATGCCTGGACCCTGCTCAGAGGACTCTTTACAGGGATGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    109 ATGCTGGAGAATTATAGGAACCTGGTCTCCCTGG         ATATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 207287 ATGCTGGAGAATTATAGGAACCTGGTCTCCCTGGGTG...TAGATATCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 TTCCAAATGCACGATGAAG GAGTTCTTGTCAACAGCGCAAGGCAACAGA
        ||||||||||| |||||||- |-||||| ||||||| ||||||||| | |
 213632 TTCCAAATGCATGATGAAGACA TTCTTCTCAACAGGGCAAGGCAATACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199 GAAGTGTTCCATGCAGGGACATTGCAAATACATGAAAGTCATCACAATGG
        |||| ||||||  ||||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||
 213681 GAAGCGTTCCACACAGGGACATTGCAAAGACAAGCAAGTCATCACATTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    249 AGATTTTTGCTACCAGGATGTTGATAAAGATATTCATGACTATGAATTTC
        ||||||||||| |||| |  |||| ||||| ||||||| ||   | ||||
 213731 AGATTTTTGCTTCCAGAAAATTGAGAAAGACATTCATGGCTTCCAGTTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    299 AATGGCAAGAAGATGAAAGAAATGGCCATGAAGCACCCATGACAAAAATC
        | ||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||
 213781 AGTGGAAAGAAGATGAAACAAATGACCATGCAGCACCCATGACAGAAATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    349 AAAAAGTTGACAGGTAGTACAGAACGATATGATCAAAGTCATGCTAGAAA
        ||| ||||||| ||||||||||  | | |||||||||| |||||| ||||
 213831 AAAGAGTTGACTGGTAGTACAGGCCAACATGATCAAAGGCATGCTGGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    399 CAAGCCTATTAAAGATCAGCTTGGATCAAGCTTTCATTCGCATCTGCCTG
        ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 213881 CAAGCATATTAAAGATCAGCTTGGATTAAGCTTTCATTCGCATCTGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    449 AAATGCACATATTTCAGACCGAAGAGAAAATTGATAATCAAGTTGTGAAG
        || |||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||| ||||
 213931 AACTGCACATATTTCAGCCTGAAGGGAAAATTGGTAATCAAGTTGAGAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    499 TCTATCCACGATGCTTCCTTGGTTTCAACAGCCCAAAGAATTTCTTGTAG
        |||||| || |||||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||||
 213981 TCTATCAACAATGCTTCCTCAGTTTCAACATCCCAAAGAATTTGTTGTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    549 GCCCAAAACCCATATATCTAATAACCATGGGAATAATT TCTGGAATTCT
        ||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||- ||  -|||||
 214031 GCCCAAAACCCATATTTCTAATAAGTATGGAAATAATTCCCTCC ATTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598 TCATTACTCACACAAAAACAGGAA GTACACATGAGAGAAAAATCTTTCC
        |||||||||||||||||||-||||-|||||||||||||||||||||||||
 214080 TCATTACTCACACAAAAAC GGAATGTACACATGAGAGAAAAATCTTTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AATGTAATGAGAGTGGCAAAGCCTTTAATTACAGCTCACTCTTAAGGAAA
        |||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||| ||||  |||
 214129 AATGTATTGAGAGTGGCAAATCCTTTAATTGTAGCTCACTTTTAAAAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CATCAGATAATCCATTTAG  CAGACA AATATAAATGTGATGTATGTGG
        |||||||||| ||| ||||-- ||| |-||| |||||||||||||| |||
 214179 CATCAGATAACCCACTTAGAAGAGAAACAATGTAAATGTGATGTATATGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    744 CAAGCTCTTTAATCAGAAGCGAAACCTAGCATGCCATCGTAGATGTCACA
        |||| | ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||
 214229 CAAGGTATTTAATCAGAAGCGATACCTTGCATGCCATCGTAGATCTCACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    794 CTGGTGAGAATCCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGCAAGACCTTCAGTCAG
         || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| 
 214279 TTGATGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGCAAGATCTTTGGTCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844 ACGTCATCC          CTTACATGCCATCGTAGACTTCATACTGGAG
        |   |||||<<<...<<<-||| || |||||| |||||||||||||| ||
 214329 AATACATCCCTC...AACTCTTGCACGCCATCATAGACTTCATACTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    884 AGAAACCTTACAAATGTGAAGAATGTGACAAAGCTTTCCATTTCAAATCA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||   | |||||||
 214873 AGAAACCATACAAATGTGAAGAATGTGACAAAGTTTTCAGGTGCAAATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    934  ATACTTGAAAGACATAGGATAA         TTCATACTGAAGAGAAAC
        -| -||||||||||||||||  |>>>...>>>||||||||| ||||||||
 214923 CAC CTTGAAAGACATAGGAGGATTC...GAGTTCATACTGGAGAGAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CATATAAGTGTAATGAGTGTGGCAAGACCTTTAGGCAGA AGTCAATC C
        | || ||||||||||||||||||||||||||  | ||||-|-||-|||-|
 215299 CTTACAAGTGTAATGAGTGTGGCAAGACCTTCCGTCAGACA TC ATCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1022 TTACACGCCATCATCGACTTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTAAT
        ||| |  ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||
 215347 TTATAATCCATCGTAGGCTTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1072 GAGTGTGGCAAGACCTTTAGTCACAAGTCATCC         CTTACATG
        ||||||||||||||||| ||||| | |||||||<<<...<<<|||  || 
 215397 GAGTGTGGCAAGACCTTCAGTCAGATGTCATCCCTC...AACCTTGTATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1113 CCATCATAGACTTCATACTGGAGAGAAACCCT ACAAATGTAATGAGTGT
        ||||||||||||||||| |||||||||||| |-|-|| ||||||||||||
 215606 CCATCATAGACTTCATAGTGGAGAGAAACCTTGA AAGTGTAATGAGTGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1162 GGCAAGACCTTTA         GTCA CAAGTCATCCCTTACATGCCATC
        ||||||||||| |>>>...>>>-|||-|-|||||  |||| || | ||||
 215655 GGCAAGACCTTCAGTC...TAA TCAAC AGTCACACCTTGCAAGTCATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GTAGACTTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAATGTGAAGAATGTGACAAA
         ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||
 216199 ATAGTCTTCATACTGCAGAGAAATCTTACAAATGTGAAGACTGTGACAAA

   1300 
   1252 G
        |
 216249 G

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1310 CTTACAAGTGTAATGAGTGTGGAAAGACCTTTAG CCGGACATCATCCCT
        |||||||||||||||||||||||||| |||| ||-| || -|||||||||
 248221 CTTACAAGTGTAATGAGTGTGGAAAGTCCTTCAGTCAGGT ATCATCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1359 TACATGCCATC         GTAGACGTCATACTGGAGAGCAACCTTACA
        |||||||||||>>>...>>>--|-| -||||||||||||| |||||||||
 248270 TACATGCCATCGTA...TAG  A AT TCATACTGGAGAGAAACCTTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1400 AATGTGAAGAATGTGACAAAGCTTTCCGTTTCAAATCAAACCTTGA    
        ||||||||||||||||||||| |||| ||   ||||||| ||||||>>>.
 248479 AATGTGAAGAATGTGACAAAGTTTTCAGTCGGAAATCAACCCTTGAGTC.

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1446           AAGACATAGGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCATACAAG
        ..>>>-----||||||||  |||||||| |||||||||||| | ||||||
 248529 ..CAGCTGGCAAGACATAAAAGAATTCACACTGGAGAGAAAACTTACAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1486 TGTAATGAGTGTGGCAAGACCTTTAGTCGGAAGTCATACCTCACATGCCA
        ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||   ||||||
 248649 TGTAATGAGTGTGGCAAGACCTTCAGTCACAAGTCATCCCTTGTATGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1536 TCATAGA             CTTCATACTGGAGAGAAAGCTTACAAGTGT
        |||||||<<<...<<<---- |||||| |||||||||| |||||||||||
 248699 TCATAGACTT...TACTAGAATTCATAGTGGAGAGAAACCTTACAAGTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1573 AATGAGTGCAGCAAGACCTTTAGT TGGAA         GTCATCCCTT 
        ||||||||||||||||||||  ||-||-| >>>...>>>||||| ||||-
 249072 AATGAGTGCAGCAAGACCTTCCGTCTG AGGTC...GAGGTCATACCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1612 ACCTGCCATCGTAGACTTCATTCTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTAAGGA
        | -||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||
 249196 AT TGCCATCGTAGACTTCATAGTGGTGAGAAACCTTACAAGTGTAATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1662 GTGTGGCAAGACCTTCAATCAGCAGTTAACCCTTAAACGCCATCGTAGAC
        ||||||||||||||||| |||  ||  | |||||   | |||||||||||
 249245 GTGTGGCAAGACCTTCAGTCACAAGCCATCCCTTGTTCACCATCGTAGAC

    450     .    :    .    :    .
   1712 TTCATAGTGGAGAGAACCCTTACAAATGT
        |||||| |||||||||  |||||||||||
 249295 TTCATACTGGAGAGAAATCTTACAAATGT

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1785 ACATCAGAAAATTCAT         ACTGAACAGAATCCTTACAAGTGTA
        ||||||||||||||||<<<...<<<||||   |||| |||||||||||||
 250124 ACATCAGAAAATTCATTTT...CACACTGTTGAGAAACCTTACAAGTGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1826 ATGAGTGTGGCAAGACCTTCAGTC GGACGTCATCCCTTACATGCCATC 
        | ||||||||||||||||||||||-|||-|||||||||||| |||||||>
 309141 AAGAGTGTGGCAAGACCTTCAGTCAGGA GTCATCCCTTACCTGCCATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874         GTAGACTTCATACCGGAGAGAAACCTTACAAATGTGAAGAAT
        >>...>>>--|-|-||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 309190 TA...TAG  A A TTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAATGTGAAGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 GTGACAAAGCTTTCCGT GTGAAATCAAACCTTGA AGGACATAGGAGAA
        ||||||||| |||| ||-|-|||||||| | ||||-| -||||| |||||
 309396 GTGACAAAGTTTTCAGTCG GAAATCAACCATTGAGAC ACATAAGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1964 TTCATACTGGAGAGAAACC         TTACAAGTGTAATGAGTGTGGC
        |||||||||||||||||||<<<...<<<||| || |||||||||||||||
 309444 TTCATACTGGAGAGAAACCATA...AACTTATAAATGTAATGAGTGTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2005 AAGACCTTTAGTCGGAAGTCATATTTTGTATGCCATCATAGA        
        |||||||| ||||  |||||||   |||||||||||||||||<<<...<<
 309569 AAGACCTTCAGTCACAAGTCATCCCTTGTATGCCATCATAGACTT...TA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047      CTTCATACTGGAGAGAAACCTTATAAGTGTAATGAGTGTGGCAAG
        <---- |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||
 309942 CTAGAATTCATAGTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAGTGCAGCAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2092 AACTTTAGTCAGAAGTCATCCCTTATATGCCACCATAG          AC
        | ||| ||||| | ||||| |||| ||||||| |||||->>>...>>>||
 309992 ACCTTCAGTCACAGGTCATACCTTGTATGCCATCATAGAGTT...TAGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2132 TTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGCAAGACCTTT
        |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
 310116 TTCATAGTGGTGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGCAATACCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2182 AGTCAGAAGTCAAACCTTACATGCCATCGTAGACTTCATACTGGAGAAAA
         ||||    |||  ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||
 310166 CGTCACTGCTCATCCCTTATATACCATCGTAGACTTCATACTGGAGAGAA

    500 
   2232 A
        |
 310216 A