seq1 = pF1KA2015.tfa, 2976 bp
seq2 = pF1KA2015/gi568815589r_38475473.tfa (gi568815589r:38475473_38720285), 244813 bp

>pF1KA2015 2976
>gi568815589r:38475473_38720285 (Chr9)

(complement)

1-206  (100001-100206)   100% ->
207-321  (104242-104356)   100% ->
322-495  (104519-104692)   99% ->
496-602  (108965-109071)   100% ->
603-740  (109876-110013)   100% ->
741-808  (112793-112860)   100% ->
809-862  (117074-117127)   100% ->
863-936  (119082-119155)   100% ->
937-1854  (123883-124800)   99% ->
1855-2004  (126377-126526)   100% ->
2005-2117  (131623-131735)   100% ->
2118-2247  (133974-134103)   99% ->
2248-2529  (142138-142419)   100% ->
2530-2741  (143022-143233)   99% ->
2742-2976  (144588-144821)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGAAGCTCTTCAGCTTCGGGAGACGCCTGGGCCAGGCGCTCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGAAGCTCTTCAGCTTCGGGAGACGCCTGGGCCAGGCGCTCCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCATGGACCAAGAGTATGCGGGTCCGGGTTACGACATTCGGGACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCATGGACCAAGAGTATGCGGGTCCGGGTTACGACATTCGGGACTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACTGCGGAAGATCCACAGGGCTGCCATCAAGGGCGACGCCGCGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACTGCGGAAGATCCACAGGGCTGCCATCAAGGGCGACGCCGCGGAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCGCTGCCTGACGCGCAGGTTCCGGGACTTGGACGCCCGCGACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCGCTGCCTGACGCGCAGGTTCCGGGACTTGGACGCCCGCGACAGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGACAG         GACTGTTCTACATTTGGCCTGTGCCCATGGCCGTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGACAGGTA...TAGGACTGTTCTACATTTGGCCTGTGCCCATGGCCGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCAAGTGGTCACTCTCTTGCTGCACAGAAGATGCCAGATCGACATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104277 TGCAAGTGGTCACTCTCTTGCTGCACAGAAGATGCCAGATCGACATCTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACAGACTAAACAGGACACCTTTAATGAAG         GCTGTACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104327 GACAGACTAAACAGGACACCTTTAATGAAGGTA...TAGGCTGTACACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCAGGAAGAGGCTTGTGCCATCGTTCTCCTGGAATGTGGCGCCAATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104530 CCAGGAAGAGGCTTGTGCCATCGTTCTCCTGGAATGTGGCGCCAATCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACATTAAGGATATCTACGGCAACACTGCTCTCCATTATGCCGTGTATAAT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104580 ACATTGAGGATATCTACGGCAACACTGCTCTCCATTATGCCGTGTATAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGGGGACTTCACTGGCAGAAAGACTGCTTTCCCACCATGCAAATATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104630 AAGGGGACTTCACTGGCAGAAAGACTGCTTTCCCACCATGCAAATATTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGCACTAAACAAG         GAGGGAAACACTCCACTTTTGTTTGCTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104680 AGCACTAAACAAGGTA...CAGGAGGGAAACACTCCACTTTTGTTTGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAAATTCCAGGAGACAGCATATGGTGGAATTTTTATTGAAGAACCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108993 TAAATTCCAGGAGACAGCATATGGTGGAATTTTTATTGAAGAACCAGGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AATATACATGCCGTTGACAATTTCAAAAG         AACAGCCCTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109043 AATATACATGCCGTTGACAATTTCAAAAGGTG...TAGAACAGCCCTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACTTGCAGTACAGCATAACTTGTCAAGTATCGTCACCCTCCTGCTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109888 ACTTGCAGTACAGCATAACTTGTCAAGTATCGTCACCCTCCTGCTTCAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAAATATACGTATCTCTTCTCAAGACATGTTTGGCCAAACTGCCGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109938 AAAATATACGTATCTCTTCTCAAGACATGTTTGGCCAAACTGCCGAGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TATGCTCTTTGTTCTGATTTGAGAAG         CATCCGACAACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 109988 TATGCTCTTTGTTCTGATTTGAGAAGGTA...TAGCATCCGACAACAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTTGGAACATAAAAATAAAATGCTTAAAAATCATCTTCGAAATGACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112808 TTTGGAACATAAAAATAAAATGCTTAAAAATCATCTTCGAAATGACAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAG         AAACAGCAGCTATGAAGCCTGCAAATTTGAAAAAAAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112858 AAGGTA...CAGAAACAGCAGCTATGAAGCCTGCAAATTTGAAAAAAAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAAGAACGTGCAAAAG         CAGAACACAACCTAAAAGTGGCTTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 117112 AAAGAACGTGCAAAAGGTA...CAGCAGAACACAACCTAAAAGTGGCTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGAGGAAAAGCAAGAAAGGCTCCAAAGAAGTGAAAATAAACAGCCACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 119107 AGAGGAAAAGCAAGAAAGGCTCCAAAGAAGTGAAAATAAACAGCCACAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937         GATTCTCAAAGTTACGGAAAAAAGAAGGATGCGATGTATGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119157 TA...TAGGATTCTCAAAGTTACGGAAAAAAGAAGGATGCGATGTATGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AATTTTATGTTGAAGAAAGACATTGCCATGCTCAAAGAGGAATTATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123925 AATTTTATGTTGAAGAAAGACATTGCCATGCTCAAAGAGGAATTATATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AATAAAAAATGACAGTCTCAGAAAGGAAAAGAAATATATTCAGGAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123975 AATAAAAAATGACAGTCTCAGAAAGGAAAAGAAATATATTCAGGAAATTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAAGCATTACAGAAATAAATGCTAACTTTGAAAAGAGTGTAAGACTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124025 AAAGCATTACAGAAATAAATGCTAACTTTGAAAAGAGTGTAAGACTCAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAAAAAATGATAACAAAAACAGTGGCCCGGTATTCGCAACAGCTTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124075 GAAAAAATGATAACAAAAACAGTGGCCCGGTATTCGCAACAGCTTAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TCTGAAAGCTGAGAATGCAAGGCTGAATTCAGAATTGGAGAAGGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124125 TCTGAAAGCTGAGAATGCAAGGCTGAATTCAGAATTGGAGAAGGAAAAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACAACAAAGAAAGACTAGAAGCTGAAGTTGAATCCCTCCATTCTAGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 124175 ACAACAAAGAAAGACTAGAAGCTGAAGTTGAATCCCTCCATTCTAGCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GCCACTGCTATAAATGAGTACAATGAAATTGTGGAAAGAAAAGACCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124225 GCCACTGCTATAAATGAGTACAATGAAATTGTGGAAAGAAAAGACCTAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 ACTAGTTTTATGGAGAGCAGATGATGTTTCTAGACATGAAAAAATGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124275 ACTAGTTTTATGGAGAGCAGATGATGTTTCTAGACATGAAAAAATGGGTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CTAATATTTCTCAACTAACAGATAAGAATGAGTTGCTTACTGAACAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124325 CTAATATTTCTCAACTAACAGATAAGAATGAGTTGCTTACTGAACAGGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CATAAAGCTCGGGTGAAGTTCAATACCTTAAAAGGTAAGCTCCGTGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124375 CATAAAGCTCGGGTGAAGTTCAATACCTTAAAAGGTAAGCTCCGTGAGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 AAGAGATGCTCTCAGGGAAAAGACATTGGCTTTAGGAAGTGTACAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124425 AAGAGATGCTCTCAGGGAAAAGACATTGGCTTTAGGAAGTGTACAGCTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 ACCTAAGGCAAGCACAGCATCGAATAAAGGAAATGAAGCAGATGCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124475 ACCTAAGGCAAGCACAGCATCGAATAAAGGAAATGAAGCAGATGCATCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 AATGGAGAAGCTAAAGAAAGTCAATCCATTGGAAAGCAGAACTCTTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124525 AATGGAGAAGCTAAAGAAAGTCAATCCATTGGAAAGCAGAACTCTTTAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GGAGAGAATACGTCAACAAGAACTTGAAAATCTCTTGCTTGAACGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124575 GGAGAGAATACGTCAACAAGAACTTGAAAATCTCTTGCTTGAACGACAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 TAGAGGATGCTCGTAAGGAAGGCGATAATAAAGAGATAGTCATTAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124625 TAGAGGATGCTCGTAAGGAAGGCGATAATAAAGAGATAGTCATTAATATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CACAGAGACTGTCTTGAGAATGGAAAGGAAGATCTTCTAGAAGAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124675 CACAGAGACTGTCTTGAGAATGGAAAGGAAGATCTTCTAGAAGAAAGAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 TAAGGAATTAATGAAAGAATATAATTATTTAAAAGAAAAACTGCTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124725 TAAGGAATTAATGAAAGAATATAATTATTTAAAAGAAAAACTGCTTCAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 GTGAAAAAGAAAAAGCAGAAAGAGAA         GTGATTGTGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 124775 GTGAAAAAGAAAAAGCAGAAAGAGAAGTA...CAGGTGATTGTGAGAGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 TTTCAAGAAGAACTGGTCGATCACCTTAAAACATTTTCAATATCAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126392 TTTCAAGAAGAACTGGTCGATCACCTTAAAACATTTTCAATATCAGAGTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 TCCACTGGAAGGTACATCACATTGTCATATTAATTTGAATGAGACATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126442 TCCACTGGAAGGTACATCACATTGTCATATTAATTTGAATGAGACATGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 CTTCAAAGAAGAAATTATTTCAAGTAGAAATTCAA         CCTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 126492 CTTCAAAGAAGAAATTATTTCAAGTAGAAATTCAAGTA...AAGCCTGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 GAAAAACATGAAGAATTCAGAAAACTTTTTGAATTAATATCATTACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131629 GAAAAACATGAAGAATTCAGAAAACTTTTTGAATTAATATCATTACTGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 CTATACTGCGGACCAAATAAGAAAGAAAAATCGTGAATTAGAAGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131679 CTATACTGCGGACCAAATAAGAAAGAAAAATCGTGAATTAGAAGAAGAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 CAACTGG         ATATAAGAAATGCCTAGAAATGACAATAAATATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131729 CAACTGGGTA...CAGATATAAGAAATGCCTAGAAATGACAATAAATATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 TTAAATGCATTTGCAAATGAGGACTTCAATTGCCATGGAGACTTAAATAC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 134008 TTAAATGCATTTGCAAATGAGGACTTCAGTTGCCATGGAGACTTAAATAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 AGACCAACTGAAAATGGATATTCTGTTTAAGAAGCTAAAACAGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 134058 AGACCAACTGAAAATGGATATTCTGTTTAAGAAGCTAAAACAGAAGGTA.

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248      TTTAATGATCTTGTGGCCGAGAAGGAAGCTGTGTCTTCAGAATGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134108 ..CAGTTTAATGATCTTGTGGCCGAGAAGGAAGCTGTGTCTTCAGAATGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 GTCAATTTGGCCAAAGACAATGAAGTTCTTCATCAGGAGTTATTATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142183 GTCAATTTGGCCAAAGACAATGAAGTTCTTCATCAGGAGTTATTATCTAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 GAGAAATGTACAAGAGAAATGTGAAAAACTTGAGAAGGATAAAAAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142233 GAGAAATGTACAAGAGAAATGTGAAAAACTTGAGAAGGATAAAAAGATGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 TGGAAGAAGAAGTATTAAATCTTAAGACACATATGGAAAAAGATATGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142283 TGGAAGAAGAAGTATTAAATCTTAAGACACATATGGAAAAAGATATGGTA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 GAACTTGGTAAACTACAAGAATATAAATCGGAGCTGGATGAAAGGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142333 GAACTTGGTAAACTACAAGAATATAAATCGGAGCTGGATGAAAGGGCAGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2493 GCAGGAAATAGAAAAATTAGAAGAAATCCATTTACAG         AAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 142383 GCAGGAAATAGAAAAATTAGAAGAAATCCATTTACAGGTT...TAGAAAC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 AAGCAGAATATGAAAAACAATTAGAGCAGTTAAACAAGGATAATACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143026 AAGCAGAATATGAAAAACAATTAGAGCAGTTAAACAAGGATAATACGGCT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 TCACTAAAAAAGAAGGAACTCACACTTAAAGATGTGGAATGTAAATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143076 TCACTAAAAAAGAAGGAACTCACACTTAAAGATGTGGAATGTAAATTCTC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2634 CAAAATGAAAACTGCTTATGAAGAGGTTACAACTGAATTAGAAGAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143126 CAAAATGAAAACTGCTTATGAAGAGGTTACAACTGAATTAGAAGAATTTA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2684 AGGAAGTCTTTGCAGCAGCAGTGAAAGCTAACAATTCCATGTCAAAAAAA
        |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143176 AGGAAGCCTTTGCAGGAGCAGTGAAAGCTAACAATTCCATGTCAAAAAAA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2734 TTAATGAA         ATCGGATAAGAAAATAGCAGTGATCAGCACCAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 143226 TTAATGAAGTA...CAGATCGGATAAGAAAATAGCAGTGATCAGCACCAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2775 GCTCTTTACGGAGAAACAGCGGATGAAATATTTTCTCAGCACTCTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144621 GCTCTTTACGGAGAAACAGCGGATGAAATATTTTCTCAGCACTCTTCCTA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2825 CAAGGCCAGAACCAGAGTTACCTTGTGTTGAAAATCTTAATAGTATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144671 CAAGGCCAGAACCAGAGTTACCTTGTGTTGAAAATCTTAATAGTATAGAA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2875 CTCAACAGAAAATATATTCCCAAAACGGCCATAAGAATTCCTACTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144721 CTCAACAGAAAATATATTCCCAAAACGGCCATAAGAATTCCTACTTCAAA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2925 CCCACAGACTTCAAATAATTGCAAGAACTTCTTGACTGAGGTTTTGCTAT
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| -| |||
 144771 CCCACAGACTTCAAATAACTGCAAGAACTTCTTGACTGAGGTTA GTTAT

   3100 
   2975 GT
         |
 144820 AT