seq1 = pF1KA2011.tfa, 3072 bp
seq2 = pF1KA2011/gi568815588r_102303203.tfa (gi568815588r:102303203_102517038), 213836 bp

>pF1KA2011 3072
>gi568815588r:102303203_102517038 (Chr10)

(complement)

1-654  (100001-100654)   100% ->
655-757  (100920-101022)   100% ->
758-1124  (101810-102176)   100% ->
1125-1553  (102842-103270)   100% ->
1554-1748  (104464-104658)   100% ->
1749-1829  (104812-104892)   100% ->
1830-1942  (105220-105332)   100% ->
1943-2001  (105923-105981)   100% ->
2002-2091  (106092-106181)   100% ->
2092-2135  (109773-109816)   100% ->
2136-2326  (111503-111693)   100% ->
2327-2397  (111786-111856)   100% ->
2398-2555  (111984-112141)   100% ->
2556-2700  (112312-112456)   100% ->
2701-2844  (113054-113197)   100% ->
2845-3072  (113609-113836)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAGGGTGCCATGCGCTTCTGCTCGGAAGGCGACTGTGCCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCAGGGTGCCATGCGCTTCTGCTCGGAAGGCGACTGTGCCATCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCACCACGATGCCCACGCCGCTGGCTCCCCGAAGGCCCGGTGCCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCACCACGATGCCCACGCCGCTGGCTCCCCGAAGGCCCGGTGCCCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCCCCCAGCCAGCATGTATGGCAGCACAGGCTCCTTGCTACGGCGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCCCCCAGCCAGCATGTATGGCAGCACAGGCTCCTTGCTACGGCGAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGGTCCAGGTCCTCGAGGCCGGGAACTGGGACGTGTGACAGCACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAGGTCCAGGTCCTCGAGGCCGGGAACTGGGACGTGTGACAGCACCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TACACCTCTGCGTGGCCCCCCCTCACCCCGTGTTGCTCCCTCACCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TACACCTCTGCGTGGCCCCCCCTCACCCCGTGTTGCTCCCTCACCCTGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CACCCTCTTCACCCACTGGGCAGCCCCCACCCGGGGCCCAGAGCTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CACCCTCTTCACCCACTGGGCAGCCCCCACCCGGGGCCCAGAGCTCTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTCATCTTCCGCTTTGTGGAGAAGGCCAGTGTGAGGCCACTGAATGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTCATCTTCCGCTTTGTGGAGAAGGCCAGTGTGAGGCCACTGAATGGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACCTGCTCCAGGGGGCTTGAGTCGGAGCTGGGATCTGGGTGGGGTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACCTGCTCCAGGGGGCTTGAGTCGGAGCTGGGATCTGGGTGGGGTTTCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTCCCAGGCCCACCCCAGCCCTTGGGCCTGGCTCCAACCGGAAGTTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTCCCAGGCCCACCCCAGCCCTTGGGCCTGGCTCCAACCGGAAGTTACGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGGAAGCATCCACATCAGACCCACTCCCCGCCAGAGGAGGCTCGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGGAAGCATCCACATCAGACCCACTCCCCGCCAGAGGAGGCTCGGCCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACCTGGCAGCCGGAACCTTGTACATGGGCCGCCAGCCCCACCCCAGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACCTGGCAGCCGGAACCTTGTACATGGGCCGCCAGCCCCACCCCAGGTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GAGCAGATGGCCTTTACTCCTCTCTCCCCAATGGGCTGGGGGGCCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GAGCAGATGGCCTTTACTCCTCTCTCCCCAATGGGCTGGGGGGCCCCCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGCGCCTGGCCACACTCTTCGGAGGACCTGCTGACACTGGATTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGCGCCTGGCCACACTCTTCGGAGGACCTGCTGACACTGGATTCCTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCAG         GGGGATACCTGGTCCTCCCCCCGGGAAGTCTCCTCTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCAGGTA...CAGGGGGATACCTGGTCCTCCCCCCGGGAAGTCTCCTCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATGCCCAGAGAATCGCTAGAGCCAAATGGGAATTCTTCTATGGCTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100957 ATGCCCAGAGAATCGCTAGAGCCAAATGGGAATTCTTCTATGGCTCCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GACCCCCCCAGCTCAG         GTGCTAAGCCCCCAGAGCAGGCCCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101007 GACCCCCCCAGCTCAGGTA...CAGGTGCTAAGCCCCCAGAGCAGGCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCCATCTCCACCTGGGGTGGGCTCAAGGCAGGGCTCTGGGGTGGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101835 CCCATCTCCACCTGGGGTGGGCTCAAGGCAGGGCTCTGGGGTGGCTGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GGCGAGCAGCCAAGTACTCCGAGACAGACCTGGACACGGTGCCCCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101885 GGCGAGCAGCCAAGTACTCCGAGACAGACCTGGACACGGTGCCCCTGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TGCTACCGCGAGACTGACATCGATGAGGTGCTGGCTGAGCGGGAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101935 TGCTACCGCGAGACTGACATCGATGAGGTGCTGGCTGAGCGGGAGGAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CGACTCGGCCATCGAAAGTCAGCCCAGCTCTGAGGGCCCACCAGGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101985 CGACTCGGCCATCGAAAGTCAGCCCAGCTCTGAGGGCCCACCAGGCACTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCTACCCACCTGCCCCACGGCCCGGCCCACTCCCTGGCCCTCATCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102035 CCTACCCACCTGCCCCACGGCCCGGCCCACTCCCTGGCCCTCATCCCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CTCGGCAGTGGCAATGAGGATGAGGACGACGATGAGGCAGGTGGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102085 CTCGGCAGTGGCAATGAGGATGAGGACGACGATGAGGCAGGTGGGGAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AGATGTGGACGACGAGGTGTTTGAGGCCTCTGAAGGGGCCCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102135 AGATGTGGACGACGAGGTGTTTGAGGCCTCTGAAGGGGCCCGGTG...CA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1125  GCCAGGGAGCCGGATGCCTCTCAAGTCACCTGTGCCCTTTCTACCTGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102841 GGCCAGGGAGCCGGATGCCTCTCAAGTCACCTGTGCCCTTTCTACCTGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ACGAGCCCCTCGGCTGATGGGCCTGACTCTTTCAGTTGTGTGTTCGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102891 ACGAGCCCCTCGGCTGATGGGCCTGACTCTTTCAGTTGTGTGTTCGAAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CATCCTGGAGTCACACCGGGCCAAAGGCACCTCCTATACCAGCCTCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102941 CATCCTGGAGTCACACCGGGCCAAAGGCACCTCCTATACCAGCCTCGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CGCTGGAGGCCTTGGCCTCACCTGGCCCAACCCAGAGCCCCTTCTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102991 CGCTGGAGGCCTTGGCCTCACCTGGCCCAACCCAGAGCCCCTTCTTCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 TTTGAGCTGCCTCCCCAACCCCCTGCACCCCGGCCCGACCCACCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103041 TTTGAGCTGCCTCCCCAACCCCCTGCACCCCGGCCCGACCCACCAGCTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CGCCCCACTTGCCCCTCTTGAACCGGATTCTGGTACCAGCTCTGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103091 CGCCCCACTTGCCCCTCTTGAACCGGATTCTGGTACCAGCTCTGCTGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 ATGGTCCTTGGACACAGAGAGGGGAGGAGGAGGAGGCAGAGGCCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103141 ATGGTCCTTGGACACAGAGAGGGGAGGAGGAGGAGGCAGAGGCCAGAGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 AAGCTGGCCCCAGGGAGGGAGCCCCCTAGTCCCTGCCACTCAGAGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103191 AAGCTGGCCCCAGGGAGGGAGCCCCCTAGTCCCTGCCACTCAGAGGACAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CCTTGGGCTGGGGGCAGCACCCCTTGGCAG         CGAACCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103241 CCTTGGGCTGGGGGCAGCACCCCTTGGCAGGTA...CAGCGAACCACCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 TGAGCCAGCTGGTGTCCGACTCAGACTCAGAGCTGGACAGCACAGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104475 TGAGCCAGCTGGTGTCCGACTCAGACTCAGAGCTGGACAGCACAGAGCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CTGGCCCTGGGAAGCACAGACACCTTGTCCAATGGGCAGAAAGCGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104525 CTGGCCCTGGGAAGCACAGACACCTTGTCCAATGGGCAGAAAGCGGACCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 GGAGGCTGCGCAGCGCCTGGCCAAGAGGCTGTACCGACTAGATGGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104575 GGAGGCTGCGCAGCGCCTGGCCAAGAGGCTGTACCGACTAGATGGCTTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 GGAAGGCCGATGTGGCCCGGCACCTGGGCAAGAA         CAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104625 GGAAGGCCGATGTGGCCCGGCACCTGGGCAAGAAGTA...CAGCAATGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 TTCAGCAAACTGGTGGCTGGGGAGTACCTCAAGTTCTTTGTCTTCACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104819 TTCAGCAAACTGGTGGCTGGGGAGTACCTCAAGTTCTTTGTCTTCACGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 CATGACTCTGGACCAAGCTCTCAG         GGTGTTTCTGAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104869 CATGACTCTGGACCAAGCTCTCAGGTG...CAGGGTGTTTCTGAAGGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 TGGCCTTAATGGGTGAGACCCAGGAACGAGAGCGCGTGCTGGCCCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105237 TGGCCTTAATGGGTGAGACCCAGGAACGAGAGCGCGTGCTGGCCCACTTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 TCCCAGCGATACTTCCAGTGCAATCCTGAAGCCCTGTCCTCAGAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105287 TCCCAGCGATACTTCCAGTGCAATCCTGAAGCCCTGTCCTCAGAGGGTG.

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943      ACGGCGCCCACACGCTGACCTGTGCGCTCATGCTGCTCAACACGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105337 ..TAGACGGCGCCCACACGCTGACCTGTGCGCTCATGCTGCTCAACACGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 ATCTCCACGGCCAT         AACATCGGGAAGCGCATGACCTGCGGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105968 ATCTCCACGGCCATGTG...TAGAACATCGGGAAGCGCATGACCTGCGGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 GACTTCATCGGGAACCTGGAGGGCCTCAATGATGGCGGCGACTTCCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106119 GACTTCATCGGGAACCTGGAGGGCCTCAATGATGGCGGCGACTTCCCTAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 GGAGCTGCTCAAG         GCCTTGTACAGCTCCATCAAGAATGAGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106169 GGAGCTGCTCAAGGTG...CAGGCCTTGTACAGCTCCATCAAGAATGAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 AGCTGCAGTGGGCCAT         AGACGAGGAGGAGCTGAGACGCTCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 109801 AGCTGCAGTGGGCCATGTG...CAGAGACGAGGAGGAGCTGAGACGCTCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 CTGTCTGAGTTGGCCGACCCCAACCCCAAGGTCATCAAGCGGATCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111528 CTGTCTGAGTTGGCCGACCCCAACCCCAAGGTCATCAAGCGGATCAGCGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 GGGCAGTGGCAGTGGCTCCAGCCCTTTCCTGGACCTGACTCCCGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111578 GGGCAGTGGCAGTGGCTCCAGCCCTTTCCTGGACCTGACTCCCGAGCCTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2261 GGGCTGCCGTCTACAAGCACGGGGCCCTGGTGCGAAAGGTGCACGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111628 GGGCTGCCGTCTACAAGCACGGGGCCCTGGTGCGAAAGGTGCACGCAGAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2311 CCTGACTGCAGGAAGA         CACCTCGGGGCAAGCGGGGCTGGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111678 CCTGACTGCAGGAAGAGTA...CAGCACCTCGGGGCAAGCGGGGCTGGAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 GAGCTTCCACGGGATCCTCAAGGGCATGATCCTCTACCTGCAGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111811 GAGCTTCCACGGGATCCTCAAGGGCATGATCCTCTACCTGCAGAAGGTG.

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398      GAGGAGTACAAGCCTGGGAAGGCCCTTTCAGAGACGGAGCTCAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111861 ..CAGGAGGAGTACAAGCCTGGGAAGGCCCTTTCAGAGACGGAGCTCAAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 AATGCCATCAGCATCCACCATGCCCTGGCCACTCGTGCCAGTGACTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112029 AATGCCATCAGCATCCACCATGCCCTGGCCACTCGTGCCAGTGACTACAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2493 CAAGAGGCCCCACGTCTTCTACCTGCGCACAGCTGACTGGCGGGTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112079 CAAGAGGCCCCACGTCTTCTACCTGCGCACAGCTGACTGGCGGGTCTTCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2543 TCTTCCAGGCCCC         GAGCCTGGAGCAGATGCAGTCCTGGATC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 112129 TCTTCCAGGCCCCGTG...CAGGAGCCTGGAGCAGATGCAGTCCTGGATC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 ACTCGCATCAATGTAGTAGCCGCTATGTTCTCTGCGCCCCCCTTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112340 ACTCGCATCAATGTAGTAGCCGCTATGTTCTCTGCGCCCCCCTTCCCAGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2634 TGCTGTTAGCTCCCAAAAGAAGTTCAGCCGCCCTCTCCTGCCCAGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112390 TGCTGTTAGCTCCCAAAAGAAGTTCAGCCGCCCTCTCCTGCCCAGCGCTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2684 CCACCCGCCTCTCCCAG         GAGGAGCAGGTGCGGACCCACGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112440 CCACCCGCCTCTCCCAGGTA...TAGGAGGAGCAGGTGCGGACCCACGAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2725 GCCAAGCTGAAGGCCATGGCAAGTGAGCTGCGGGAGCACCGGGCCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113078 GCCAAGCTGAAGGCCATGGCAAGTGAGCTGCGGGAGCACCGGGCCGCCCA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2775 GCTGGGCAAGAAGGGCCGGGGCAAGGAGGCTGAAGAGCAGCGGCAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113128 GCTGGGCAAGAAGGGCCGGGGCAAGGAGGCTGAAGAGCAGCGGCAGAAGG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2825 AGGCCTACCTGGAGTTTGAG         AAATCCCGCTACAGCACCTAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 113178 AGGCCTACCTGGAGTTTGAGGTG...CAGAAATCCCGCTACAGCACCTAT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2866 GCAGCGCTGCTTCGGGTCAAGCTGAAGGCAGGCAGTGAGGAGCTGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113630 GCAGCGCTGCTTCGGGTCAAGCTGAAGGCAGGCAGTGAGGAGCTGGATGC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2916 AGTGGAGGCAGCACTGGCCCAGGCCGGGAGCACAGAGGATGGACTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113680 AGTGGAGGCAGCACTGGCCCAGGCCGGGAGCACAGAGGATGGACTCCCTC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2966 CTTCTCACTCCAGTCCCTCCCTGCAGCCCAAACCCTCCAGCCAGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113730 CTTCTCACTCCAGTCCCTCCCTGCAGCCCAAACCCTCCAGCCAGCCCCGG

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3016 GCTCAGCGTCACAGCTCAGAGCCTCGGCCAGGGGCAGGCAGTGGGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113780 GCTCAGCGTCACAGCTCAGAGCCTCGGCCAGGGGCAGGCAGTGGGCGGCG

   3200     .
   3066 GAAGCCC
        |||||||
 113830 GAAGCCC