seq1 = pF1KA1966.tfa, 2181 bp
seq2 = pF1KA1966/gi568815594r_68214243.tfa (gi568815594r:68214243_68438386), 224144 bp

>pF1KA1966 2181
>gi568815594r:68214243_68438386 (Chr4)

(complement)

1-28  (88634-88661)   100% ->
29-130  (100003-100104)   100% ->
131-459  (100487-100815)   99% ->
460-883  (100937-101360)   100% ->
884-973  (104990-105079)   100% ->
974-1027  (105540-105593)   100% ->
1028-1122  (106190-106284)   100% ->
1123-1231  (108077-108185)   100% ->
1232-1349  (108268-108385)   100% ->
1350-1434  (114164-114248)   100% ->
1435-1601  (115472-115638)   100% ->
1602-1684  (118182-118264)   100% ->
1685-1721  (119525-119561)   100% ->
1722-1761  (119658-119697)   100% ->
1762-1824  (119806-119868)   100% ->
1825-1959  (121939-122073)   100% ->
1960-2181  (124064-124285)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTGACAGTCGGGAGGAGAAAG         ATGGAGAACTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  88634 ATGGCGGCTGACAGTCGGGAGGAGAAAGGTT...CAGATGGAGAACTTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGTTCTGGATGATATTTTAACTGAAGTACCAGAACAAGATGATGAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 TGTTCTGGATGATATTTTAACTGAAGTACCAGAACAAGATGATGAACTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATAATCCAGAGAGTGAACAAGATAAAAATGAGAAAAAGG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100066 ATAATCCAGAGAGTGAACAAGATAAAAATGAGAAAAAGGGTA...AAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCAAAAAGAAAAAGTGATCGAATGGAATCTACTGATACCAAACGACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100489 TCAAAAAGAAAAAGTGATCGAATGGAATCTACTGATACCAAACGACAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCCTTCTGTCCATTCAAGACAACTGGTTTCTAAGCCACTGAGCTCATCTG
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100539 GCCTTCTGTCCATTCTAGACAACTGGTTTCTAAGCCACTGAGCTCATCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTAGCAATAACAAAAGAATAGTTAGTACAAAAGGAAAGTCAGCCACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100589 TTAGCAATAACAAAAGAATAGTTAGTACAAAAGGAAAGTCAGCCACAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATAAAAATGAGGAATATCAAAGATCTGAAAGAAACAAGCGTCTAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100639 TATAAAAATGAGGAATATCAAAGATCTGAAAGAAACAAGCGTCTAGATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGATCGGAAAATTCGTCTATCAAGTAGTGCCTCCAGAGAACCTTATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100689 TGATCGGAAAATTCGTCTATCAAGTAGTGCCTCCAGAGAACCTTATAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATCAACCTGAAAAAACCTGTGTCCGGAAAAGGGATCCTGAAAGGAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100739 ATCAACCTGAAAAAACCTGTGTCCGGAAAAGGGATCCTGAAAGGAGGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAATCTCCTACGCCAGATGGTTCTGAG         AGAATTGGGCTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100789 AAATCTCCTACGCCAGATGGTTCTGAGGTA...CAGAGAATTGGGCTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGTGGATAGACGTGCAAGCAGATCCAGCCAGTCTTCTAAGGAAGAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AGTGGATAGACGTGCAAGCAGATCCAGCCAGTCTTCTAAGGAAGAAGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTCTGAAGAATATGGCTCTGACCATGAGACTGGCAGCAGTGGTTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ACTCTGAAGAATATGGCTCTGACCATGAGACTGGCAGCAGTGGTTCTTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GATGAGCAAGGGAACAACACTGAGAATGAGGAGGAAGGAGTGGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GATGAGCAAGGGAACAACACTGAGAATGAGGAGGAAGGAGTGGAAGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGTGGAGGAAGATGAAGAAGTAGAAGAAGATGCAGAAGAAGATGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TGTGGAGGAAGATGAAGAAGTAGAAGAAGATGCAGAAGAAGATGAAGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGATGAAGATGGAGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TGGATGAAGATGGAGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAGGAGGAGGAGGAAGAAGAAGAATATGAACAGGATGAGAGAGACCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GAGGAGGAGGAGGAAGAAGAAGAATATGAACAGGATGAGAGAGACCAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGAGGAGGGAAATGATTATGACACTCGAAGTGAGGCCAGTGACTCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 AGAGGAGGGAAATGATTATGACACTCGAAGTGAGGCCAGTGACTCTGGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CTGAATCTGTTTCCTTCACAGATGGGTCTGTCAGATCTGGTTCAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CTGAATCTGTTTCCTTCACAGATGGGTCTGTCAGATCTGGTTCAGGCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GATGGATCAG         ATGAGAAAAAGAAGGAAAGGAAGAGAGCTAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GATGGATCAGGTA...TAGATGAGAAAAAGAAGGAAAGGAAGAGAGCTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AGGCATATCTCCAATTGTTTTTGATAGAAGTGGAAGCTCTGCATCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105021 AGGCATATCTCCAATTGTTTTTGATAGAAGTGGAAGCTCTGCATCAGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CATATGCAG         GTTCAGAAAAGAAGCATGAGAAATTATCATCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105071 CATATGCAGGTA...CAGGTTCAGAAAAGAAGCATGAGAAATTATCATCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TCCGTTCGTGCTGTCCGAAAAG         ATCAAACCAGTAAACTCAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105572 TCCGTTCGTGCTGTCCGAAAAGGTA...CAGATCAAACCAGTAAACTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ATATGTGCTTCAAGATGCAAGATTTTTCCTCATAAAGAGTAACAACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106209 ATATGTGCTTCAAGATGCAAGATTTTTCCTCATAAAGAGTAACAACCATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGAATGTGTCTCTTGCCAAAGCGAAG         GGTGTATGGTCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 106259 AGAATGTGTCTCTTGCCAAAGCGAAGGTA...TAGGGTGTATGGTCCACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CTCCCTGTAAATGAGAAGAAATTAAATCTTGCATTTAGATCTGCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108092 CTCCCTGTAAATGAGAAGAAATTAAATCTTGCATTTAGATCTGCAAGGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGTTATCTTAATATTTTCTGTCAGAGAGAGTGGAAAATTTCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108142 TGTTATCTTAATATTTTCTGTCAGAGAGAGTGGAAAATTTCAAGGTA...

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1232    GGTTTGCAAGACTTTCTTCAGAATCACATCACGGAGGATCTCCTATA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108265 TAGGGTTTGCAAGACTTTCTTCAGAATCACATCACGGAGGATCTCCTATA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CACTGGGTGCTTCCAGCAGGAATGAGTGCTAAAATGCTGGGAGGTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108315 CACTGGGTGCTTCCAGCAGGAATGAGTGCTAAAATGCTGGGAGGTGTCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TAAAATTGACTGGATTTGCAG         GCGTGAATTACCCTTCACTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 108365 TAAAATTGACTGGATTTGCAGGTA...TAGGCGTGAATTACCCTTCACTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGTCGGCTCATCTCACCAATCCTTGGAATGAACATAAACCAGTAAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114184 AGTCGGCTCATCTCACCAATCCTTGGAATGAACATAAACCAGTAAAGATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GGACGTGATGGACAG         GAAATTGAACTTGAATGTGGAACCCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 114234 GGACGTGATGGACAGGTT...TAGGAAATTGAACTTGAATGTGGAACCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GCTTTGTCTTCTGTTTCCCCCCGATGAAAGTATTGACTTGTATCAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115498 GCTTTGTCTTCTGTTTCCCCCCGATGAAAGTATTGACTTGTATCAGGTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TTCATAAAATGCGTCACAAGAGAAGAATGCATTCTCAGCCCCGATCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115548 TTCATAAAATGCGTCACAAGAGAAGAATGCATTCTCAGCCCCGATCACGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GGACGTCCATCCCGTCGAGAACCAGTCCGGGATGTGGGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 115598 GGACGTCCATCCCGTCGAGAACCAGTCCGGGATGTGGGAAGGTT...TAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GCGTCGACCAGAAGATTATGATATTCATAACAGCAGAAAGAAACCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118182 GCGTCGACCAGAAGATTATGATATTCATAACAGCAGAAAGAAACCAAGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TTGACTATCCCCCTGAGTTTCACCAGAGACCAG         GGTATTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 118232 TTGACTATCCCCCTGAGTTTCACCAGAGACCAGGTT...CAGGGTATTTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AAGGATCCACGATACCAGGAAGTGGACAG         ACGATTTTCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 119533 AAGGATCCACGATACCAGGAAGTGGACAGGTA...CAGACGATTTTCAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AGTTCGCCGAGATGTGTTTTTAAATGGG         TCCTACAATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119670 AGTTCGCCGAGATGTGTTTTTAAATGGGGTA...TAGTCCTACAATGATT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ATGTGAGGGAATTTCATAACATGGGACCACCACCACCTTGGCAAGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119819 ATGTGAGGGAATTTCATAACATGGGACCACCACCACCTTGGCAAGGAATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825          CCCCCTTACCCAGGAATGGAACAACCTCCACACCATCCTTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119869 GTT...TAGCCCCCTTACCCAGGAATGGAACAACCTCCACACCATCCTTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CTATCAGCACCATGCTCCACCTCCTCAAGCTCATCCCCCTTACTCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121980 CTATCAGCACCATGCTCCACCTCCTCAAGCTCATCCCCCTTACTCAGGAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 ATCATCCAGTACCACATGAAGCAAGATACAGAGATAAACGAGTA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 122030 ATCATCCAGTACCACATGAAGCAAGATACAGAGATAAACGAGTAGTA...

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1960    CATGATTATGATATGAGGGTGGATGATTTCCTTCGTCGCACACAAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124061 TAGCATGATTATGATATGAGGGTGGATGATTTCCTTCGTCGCACACAAGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 TGTTGTCAGTGGCCGGAGAAGTAGACCCCGTGAAAGAGACCGGGAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124111 TGTTGTCAGTGGCCGGAGAAGTAGACCCCGTGAAAGAGACCGGGAACGAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 AGCGAGACCGCCCTAGAGATAACAGACGAGACAGAGAGCGAGATAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124161 AGCGAGACCGCCCTAGAGATAACAGACGAGACAGAGAGCGAGATAGAGGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 CGTGATAGAGAAAGAGAAAGAGAGCGATTATGTGATCGAGACAGAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124211 CGTGATAGAGAAAGAGAAAGAGAGCGATTATGTGATCGAGACAGAGACCG

   2300     .    :    .    :    .
   2157 AGGGGAGAGAGGTCGATATAGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||
 124261 AGGGGAGAGAGGTCGATATAGAAGA