seq1 = pF1KA1962.tfa, 2232 bp
seq2 = pF1KA1962/gi568815589f_111427396.tfa (gi568815589f:111427396_111643167), 215772 bp

>pF1KA1962 2232
>gi568815589f:111427396_111643167 (Chr9)

1-412  (100001-100412)   100% ->
413-501  (103480-103568)   100% ->
502-628  (106344-106470)   100% ->
629-721  (106866-106958)   100% ->
722-2232  (114262-115772)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAAGCTGTAGTGCCCTTGAACAAGATGACAGCCATCTCACCAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAAGCTGTAGTGCCCTTGAACAAGATGACAGCCATCTCACCAGAACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAAACTCTGGCCTCGACTGAACAAAATGAGGTCCCAAGAGTGGTTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAAACTCTGGCCTCGACTGAACAAAATGAGGTCCCAAGAGTGGTTACTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGGGAACAAGAAGCTATTTTAAGAGGAAATGCTGCTGATGCAGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGGGGAACAAGAAGCTATTTTAAGAGGAAATGCTGCTGATGCAGAGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCAGACAGAGGTTTAGGTGGTTTTGTTACTCAGAAGTAGCTGGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCAGACAGAGGTTTAGGTGGTTTTGTTACTCAGAAGTAGCTGGACCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAAGCTCTGAGTCAACTCTGGGAGCTCTGCAATCAGTGGCTGAGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAAGCTCTGAGTCAACTCTGGGAGCTCTGCAATCAGTGGCTGAGACCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACATTCACACGAAAGAACAGATTTTAGAGCTTCTGGTGTTTGAGCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACATTCACACGAAAGAACAGATTTTAGAGCTTCTGGTGTTTGAGCAGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGACCATTTTGCCTGGGGAGATCAGGATTTGGGTAAAGTCACAACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGACCATTTTGCCTGGGGAGATCAGGATTTGGGTAAAGTCACAACATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGAGAGTAGTGAGGAAGTGGTGACCCTAATAGAAGATTTGACCCAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGAGAGTAGTGAGGAAGTGGTGACCCTAATAGAAGATTTGACCCAGATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGAAGAAAAAG         ATCCAGTCTCTCAAGATTCTACTGTTTCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGAAGAAAAAGGTG...TAGATCCAGTCTCTCAAGATTCTACTGTTTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAAGAGGAGAACTCAAAAGAGGATAAAATGGTCACTGTTTGTCCCAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103509 CAAGAGGAGAACTCAAAAGAGGATAAAATGGTCACTGTTTGTCCCAATAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGAGTCCTGT         GAATCTATAACATTGAAGGATGTAGCTGTGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103559 TGAGTCCTGTGTA...TAGGAATCTATAACATTGAAGGATGTAGCTGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACTTTTCAAGAGGAGAGTGGAAGAAGCTGGAGCCTTTTCAAAAGGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106375 ACTTTTCAAGAGGAGAGTGGAAGAAGCTGGAGCCTTTTCAAAAGGAGCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TATAAGGAAGTGCTACTGGAAAACCTCAGGAACCTAGAATTTCTGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106425 TATAAGGAAGTGCTACTGGAAAACCTCAGGAACCTAGAATTTCTGGGTA.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629      ACTTTCCAGTTTCAAAATTAGAGTTGATTTCCCAGCTAAAGTGGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106475 ..CAGACTTTCCAGTTTCAAAATTAGAGTTGATTTCCCAGCTAAAGTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTGAATTGCCATGGCTGCTGGAAGAAGTCTCAAAAAGCTCCCGACTAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106911 TTGAATTGCCATGGCTGCTGGAAGAAGTCTCAAAAAGCTCCCGACTAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    722        ATGAATCAGCTTTAGATAAAATAATAGAAAGGTGCCTCAGGGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106961 G...TAGATGAATCAGCTTTAGATAAAATAATAGAAAGGTGCCTCAGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGATGATCATGGCTTGATGGAAGAATCCCAGCAATATTGTGGCAGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114305 TGATGATCATGGCTTGATGGAAGAATCCCAGCAATATTGTGGCAGCTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGGAGGATCACGGTAATCAGGGAAATTCAAAAGGAAGAGTCGCACAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114355 AGGAGGATCACGGTAATCAGGGAAATTCAAAAGGAAGAGTCGCACAAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AAAACTCTTGGGAGTGGCAGTAGGGGTAAGAAATTTGACCCAGATAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114405 AAAACTCTTGGGAGTGGCAGTAGGGGTAAGAAATTTGACCCAGATAAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCCCTTTGGACATAATTTCAAAGAAACTTCAGACTTAATTAAACATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114455 CCCCTTTGGACATAATTTCAAAGAAACTTCAGACTTAATTAAACATCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GAGTCTACTTGAGGAAGAAATCTCGGAGGTATAATGAAAGCAAGAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114505 GAGTCTACTTGAGGAAGAAATCTCGGAGGTATAATGAAAGCAAGAAACCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TTCAGTTTTCATTCAGACCTTGTTCTGAACCGCAAGGAGAAAACCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114555 TTCAGTTTTCATTCAGACCTTGTTCTGAACCGCAAGGAGAAAACCGCCGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AGAAAAGTCACGGAAATCTAATGATGGTGGGAAAGTCCTGAGTCACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114605 AGAAAAGTCACGGAAATCTAATGATGGTGGGAAAGTCCTGAGTCACTCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CAGCTCTTACTGAACATCAGAAACGTCAGAAGATTCATTTGGGGGATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114655 CAGCTCTTACTGAACATCAGAAACGTCAGAAGATTCATTTGGGGGATAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TCCCAAAAATGCAGTAAGTGTGGGATAATCTTTATTAGAAGATCAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114705 TCCCAAAAATGCAGTAAGTGTGGGATAATCTTTATTAGAAGATCAACTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TTCTAGGAGAAAAACCCCTATGTGTGAGAAATGTCGGAAAGATTCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114755 TTCTAGGAGAAAAACCCCTATGTGTGAGAAATGTCGGAAAGATTCATGTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 AAGAAGCAGCCTTAAATAAAGATGAGGGAAATGAGAGTGGAAAAAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 114805 AAGAAGCAGCCTTAAATAAAGATGAGGGAAATGAGAGTGGAGAAAAAACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CATAAATGTAGTAAGTGTGGAAAAGCCTTTGGCTATAGCGCCTCACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114855 CATAAATGTAGTAAGTGTGGAAAAGCCTTTGGCTATAGCGCCTCACTCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CAAACATCGGAGAATTCACACTGGAGAAAAACCCTATATGTGTAATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114905 CAAACATCGGAGAATTCACACTGGAGAAAAACCCTATATGTGTAATGAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GTGGAAAAGCTTTTAGTGATAGTTCATCGCTCACACCACATCATAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114955 GTGGAAAAGCTTTTAGTGATAGTTCATCGCTCACACCACATCATAGAACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CATAGTGGAGAGAAACCCTTCAAATGTGATGACTGTGGGAAAGGTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115005 CATAGTGGAGAGAAACCCTTCAAATGTGATGACTGTGGGAAAGGTTTCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CCTAAGTGCTCACCTCATTAAACATCAGAGAATTCATACTGGAGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115055 CCTAAGTGCTCACCTCATTAAACATCAGAGAATTCATACTGGAGAAAAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 CTTATAAATGTAAAGACTGTGGGAGACCCTTTAGTGACAGTTCATCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115105 CTTATAAATGTAAAGACTGTGGGAGACCCTTTAGTGACAGTTCATCTCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 ATTCAACATCAGCGAATTCATACTGGAGAAAAACCCTATACATGTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115155 ATTCAACATCAGCGAATTCATACTGGAGAAAAACCCTATACATGTAGCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 TTGTGGAAAATCCTTCAGTCATAGCTCATCCCTTTCCAAACATCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115205 TTGTGGAAAATCCTTCAGTCATAGCTCATCCCTTTCCAAACATCAGAGAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 TTCATACTGGAGAGAAACCCTATAAATGTGGCGAATGTGGAAAAGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115255 TTCATACTGGAGAGAAACCCTATAAATGTGGCGAATGTGGAAAAGCCTTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 AGGCAGAATTCATGCCTTACCCGGCATCAGAGAATTCACACTGGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115305 AGGCAGAATTCATGCCTTACCCGGCATCAGAGAATTCACACTGGAGAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 ACCATATTTGTGTAATGATTGCGGAATGACTTTTAGCCATTTTACGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115355 ACCATATTTGTGTAATGATTGCGGAATGACTTTTAGCCATTTTACGTCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 TGATTTATCATCAAAGACTTCATTCAGGAGAAAAACCCTACAAATGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115405 TGATTTATCATCAAAGACTTCATTCAGGAGAAAAACCCTACAAATGTAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 CAGTGTGAGAAAGCCTTCCCAACCCATTCACTGCTAAGTCGTCATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115455 CAGTGTGAGAAAGCCTTCCCAACCCATTCACTGCTAAGTCGTCATCAGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 AATTCATACTGGTGTAAAACCTTATAAATGTAAAGAATGTGGGAAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115505 AATTCATACTGGTGTAAAACCTTATAAATGTAAAGAATGTGGGAAGTCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 TCAGTCAGAGTTCATCTCTTAATGAGCACCACCGAATTCATACAGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115555 TCAGTCAGAGTTCATCTCTTAATGAGCACCACCGAATTCATACAGGAGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 AAACCCTATGAGTGTAACTATTGTGGTGCAACCTTTAGTCGAAGCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115605 AAACCCTATGAGTGTAACTATTGTGGTGCAACCTTTAGTCGAAGCTCAAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 CCTTGTAGAACACCTAAAAATTCATACCGGAAGGAGAGAATATGAATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115655 CCTTGTAGAACACCTAAAAATTCATACCGGAAGGAGAGAATATGAATGTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 ACGAATGTGAGAAGACATTTAAAAGTAATTCAGGCCTCATTAGACATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115705 ACGAATGTGAGAAGACATTTAAAAGTAATTCAGGCCTCATTAGACATCGG

   2250     .    :    .
   2215 GGATTTCACTCTGCAGAG
        ||||||||||||||||||
 115755 GGATTTCACTCTGCAGAG