seq1 = pF1KA1953.tfa, 2826 bp
seq2 = pF1KA1953/gi568815588r_7463086.tfa (gi568815588r:7463086_7766892), 303807 bp

>pF1KA1953 2826
>gi568815588r:7463086_7766892 (Chr10)

(complement)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-135  (111218-111262)   100% ->
136-299  (124803-124966)   100% ->
300-401  (126038-126139)   100% ->
402-652  (129415-129665)   99% ->
653-822  (149611-149780)   100% ->
823-939  (150795-150911)   100% ->
940-1108  (180824-180992)   100% ->
1109-1418  (186829-187138)   100% ->
1419-1978  (189881-190440)   100% ->
1979-2032  (193698-193751)   100% ->
2033-2149  (197109-197225)   100% ->
2150-2527  (200486-200863)   100% ->
2528-2826  (203509-203807)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCCTGCTGCTGGGGCTGTGCCTGGGGCTGTCCCTGTGTGTGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCCTGCTGCTGGGGCTGTGCCTGGGGCTGTCCCTGTGTGTGGGGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGAAGAGGCGCAGAGCTGGGGCCACTCTTCGGAGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 GCAGGAAGAGGCGCAGAGCTGGGGCCACTCTTCGGAGCAGGTA...TAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGACTCAGGGTCCCGAGGCAAGTCAGACTGTTGCAGAGGCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 111219 ATGGACTCAGGGTCCCGAGGCAAGTCAGACTGTTGCAGAGGCTGGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    136    AAAACCAAACCTTTGATGACAGAATTCTCAGTGAAGTCTACCATCAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124800 CAGAAAACCAAACCTTTGATGACAGAATTCTCAGTGAAGTCTACCATCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTCCCGTTATGCCTTCACTACGGTTTCCTGCAGAATGCTGAACAGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124850 TTCCCGTTATGCCTTCACTACGGTTTCCTGCAGAATGCTGAACAGAGCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGAAGACCAGGACATTGAGTTCCAGATGCAGATTCCAGCTGCAGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124900 CTGAAGACCAGGACATTGAGTTCCAGATGCAGATTCCAGCTGCAGCTTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCACCAACTTCACTAT         GCTTATTGGAGACAAGGTGTATCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 124950 ATCACCAACTTCACTATGTA...CAGGCTTATTGGAGACAAGGTGTATCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGGCGAAATTACAGAGAGAGAAAAGAAGAGTGGTGATAGGGTAAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126062 GGGCGAAATTACAGAGAGAGAAAAGAAGAGTGGTGATAGGGTAAAAGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAGGAATAAAACCACAGAAGAAAATGG         AGAGAAGGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 126112 AAAGGAATAAAACCACAGAAGAAAATGGGTA...CAGAGAGAAGGGGACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAAATATTCAGAGCTTCTGCAGTGATTCCCAGCAAAGACAAAGCCGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 129428 GAAATATTCAGAGCTTCTGCAGTGATTCCCAGCAAGGACAAAGCCGCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTTCCTGAGTTATGAGGAGCTTCTGCAGAGGCGCCTGGGCAAGTACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129478 TTTCCTGAGTTATGAGGAGCTTCTGCAGAGGCGCCTGGGCAAGTACGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACAGCATCAGCGTGCGGCCCCAGCAGCTGTCCGGGAGGCTGAGCGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129528 ACAGCATCAGCGTGCGGCCCCAGCAGCTGTCCGGGAGGCTGAGCGTGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGAATATCCTGGAGAGCGCGGGCATCGCATCCCTGGAGGTGCTGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129578 GTGAATATCCTGGAGAGCGCGGGCATCGCATCCCTGGAGGTGCTGCCGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCACAACAGCAGGCAGAGGGGCAGTGGGCGCGGGGAAG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 129628 TCACAACAGCAGGCAGAGGGGCAGTGGGCGCGGGGAAGGTG...CAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATTCTGGGCCTCCCCCATCTACTGTCATTAACCAAAATGAAACATTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149614 ATTCTGGGCCTCCCCCATCTACTGTCATTAACCAAAATGAAACATTTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACATAATTTTTAAACCTACTGTAGTACAACAAGCCAGGATTGCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149664 AACATAATTTTTAAACCTACTGTAGTACAACAAGCCAGGATTGCCCAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGAATTTTGGGAGACTTTATCATTAGATATGACGTCAATAGAGAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149714 TGGAATTTTGGGAGACTTTATCATTAGATATGACGTCAATAGAGAACAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCATTGGGGACATCCAG         GTTCTAAATGGCTATTTTGTGCAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 149764 GCATTGGGGACATCCAGGTA...CAGGTTCTAAATGGCTATTTTGTGCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TACTTTGCTCCTAAAGACCTTCCTCCTTTACCCAAGAATGTGGTATTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150819 TACTTTGCTCCTAAAGACCTTCCTCCTTTACCCAAGAATGTGGTATTCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCTTGACAGCAGTGCTTCTATGGTGGGAACCAAACTCCGGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 150869 GCTTGACAGCAGTGCTTCTATGGTGGGAACCAAACTCCGGCAGGTG...T

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    940   ACCAAGGATGCCCTCTTCACAATTCTCCATGACCTCCGACCCCAGGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180822 AGACCAAGGATGCCCTCTTCACAATTCTCCATGACCTCCGACCCCAGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGTTTCAGTATCATTGGATTTTCCAACCGGATCAAAGTATGGAAGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180872 CGTTTCAGTATCATTGGATTTTCCAACCGGATCAAAGTATGGAAGGACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTTGATATCAGTCACTCCAGACAGCATCAGGGATGGGAAAGTGTACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180922 CTTGATATCAGTCACTCCAGACAGCATCAGGGATGGGAAAGTGTACATTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACCATATGTCACCCACTGGAG         GCACAGACATCAACGGGGCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 180972 ACCATATGTCACCCACTGGAGGTA...CAGGCACAGACATCAACGGGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTGCAGAGGGCCATCAGGCTCCTCAACAAGTACGTGGCCCACAGTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186849 CTGCAGAGGGCCATCAGGCTCCTCAACAAGTACGTGGCCCACAGTGGCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGGAGACCGGAGCGTGTCCCTCATCGTCTTCCTGACGGATGGGAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186899 TGGAGACCGGAGCGTGTCCCTCATCGTCTTCCTGACGGATGGGAAGCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CGGTCGGGGAGACGCACACCCTCAAGATCCTCAACAACACCCGAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186949 CGGTCGGGGAGACGCACACCCTCAAGATCCTCAACAACACCCGAGAGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GCCCGAGGCCAAGTCTGCATCTTCACCATTGGCATCGGCAACGACGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186999 GCCCGAGGCCAAGTCTGCATCTTCACCATTGGCATCGGCAACGACGTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CTTCAGGCTGCTGGAGAAACTGTCGCTGGAGAACTGTGGCCTCACACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187049 CTTCAGGCTGCTGGAGAAACTGTCGCTGGAGAACTGTGGCCTCACACGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GCGTGCACGAGGAGGAGGACGCAGGCTCGCAGCTCATCGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 187099 GCGTGCACGAGGAGGAGGACGCAGGCTCGCAGCTCATCGGGTC...CAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TTCTACGATGAAATCAGGACCCCGCTCCTCTCTGACATCCGCATCGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189882 TTCTACGATGAAATCAGGACCCCGCTCCTCTCTGACATCCGCATCGATTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TCCCCCCAGCTCAGTGGTGCAGGCCACCAAGACCCTGTTCCCCAACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189932 TCCCCCCAGCTCAGTGGTGCAGGCCACCAAGACCCTGTTCCCCAACTACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TCAACGGCTCGGAGATCATCATTGCGGGGAAGCTGGTGGACAGGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189982 TCAACGGCTCGGAGATCATCATTGCGGGGAAGCTGGTGGACAGGAAGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GATCACCTGCACGTGGAGGTCACCGCCAGCAACAGTAAGAAATTCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190032 GATCACCTGCACGTGGAGGTCACCGCCAGCAACAGTAAGAAATTCATCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CCTGAAGACAGATGTGCCTGTGCGGCCTCAGAAGGCAGGGAAAGATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190082 CCTGAAGACAGATGTGCCTGTGCGGCCTCAGAAGGCAGGGAAAGATGTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CAGGAAGCCCCAGGCCTGGAGGCGATGGAGAGGGGGACACCAACCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190132 CAGGAAGCCCCAGGCCTGGAGGCGATGGAGAGGGGGACACCAACCACATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GAGCGTCTCTGGAGCTACCTCACCACAAAGGAGCTGCTGAGCTCCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190182 GAGCGTCTCTGGAGCTACCTCACCACAAAGGAGCTGCTGAGCTCCTGGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GCAAAGTGACGATGAACCGGAGAAGGAGCGGCTGCGGCAGCGGGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190232 GCAAAGTGACGATGAACCGGAGAAGGAGCGGCTGCGGCAGCGGGCCCAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CCCTGGCTGTGAGCTACCGCTTCCTCACTCCCTTCACCTCCATGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190282 CCCTGGCTGTGAGCTACCGCTTCCTCACTCCCTTCACCTCCATGAAGCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 AGGGGGCCGGTCCCACGCATGGATGGCCTGGAGGAGGCCCACGGCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190332 AGGGGGCCGGTCCCACGCATGGATGGCCTGGAGGAGGCCCACGGCATGTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 GGCTGCCATGGGACCCGAACCGGTGGTGCAGAGCGTGCGAGGAGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190382 GGCTGCCATGGGACCCGAACCGGTGGTGCAGAGCGTGCGAGGAGCTGGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 CGCAGCCAG         GACCTTTGCTCAAGAAGCCATACCAGCCAAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 190432 CGCAGCCAGGTA...TAGGACCTTTGCTCAAGAAGCCATACCAGCCAAGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 ATTAAAATCTCTAAAACATCAG         TGGATGGTGATCCCCACTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 193730 ATTAAAATCTCTAAAACATCAGGTA...CAGTGGATGGTGATCCCCACTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 TGTTGTGGATTTCCCCCTGAGCAGACTCACCGTGTGCTTCAACATTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197128 TGTTGTGGATTTCCCCCTGAGCAGACTCACCGTGTGCTTCAACATTGATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 GGCAGCCCGGGGACATCCTCAGGCTGGTCTCTGATCACAGGGACTCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 197178 GGCAGCCCGGGGACATCCTCAGGCTGGTCTCTGATCACAGGGACTCTGGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2150        GTGTCACAGTGAACGGAGAGTTAATTGGGGCACCCGCCCCTCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197228 A...GAGGTGTCACAGTGAACGGAGAGTTAATTGGGGCACCCGCCCCTCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 AAATGGCCACAAGAAACAGCGCACTTACTTGCGCACTATCACCATCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200529 AAATGGCCACAAGAAACAGCGCACTTACTTGCGCACTATCACCATCCTCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 TCAACAAGCCAGAGAGATCTTATCTCGAGATCACACCGAGCAGAGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200579 TCAACAAGCCAGAGAGATCTTATCTCGAGATCACACCGAGCAGAGTCATC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 TTGGATGGTGGGGACAGACTGGTGCTCCCCTGCAACCAGAGTGTGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200629 TTGGATGGTGGGGACAGACTGGTGCTCCCCTGCAACCAGAGTGTGGTGGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 GGGGAGCTGGGGGCTGGAGGTGTCCGTGTCTGCCAACGCCAATGTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200679 GGGGAGCTGGGGGCTGGAGGTGTCCGTGTCTGCCAACGCCAATGTCACCG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 TCACCATCCAGGGCTCCATAGCCTTTGTCATCCTCATCCACCTCTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200729 TCACCATCCAGGGCTCCATAGCCTTTGTCATCCTCATCCACCTCTACAAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 AAGCCGGCGCCCTTCCAGCGACACCACCTGGGTTTCTACATTGCCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200779 AAGCCGGCGCCCTTCCAGCGACACCACCTGGGTTTCTACATTGCCAACAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2493 CGAGGGCCTTTCCAGCAACTGCCACGGACTGCTGG         GTCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 200829 CGAGGGCCTTTCCAGCAACTGCCACGGACTGCTGGGTA...CAGGTCAGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 TCCTGAATCAGGATGCCAGACTCACAGAAGACCCTGCAGGGCCCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203515 TCCTGAATCAGGATGCCAGACTCACAGAAGACCCTGCAGGGCCCAGCCAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 AACCTCACTCACCCTCTGCTCCTTCAGGTGGGAGAGGGGCCTGAGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203565 AACCTCACTCACCCTCTGCTCCTTCAGGTGGGAGAGGGGCCTGAGGCCGT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2634 CCTAACAGTGAAAGGCCACCAAGTCCCAGTGGTCTGGAAGCAAAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203615 CCTAACAGTGAAAGGCCACCAAGTCCCAGTGGTCTGGAAGCAAAGGAAGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2684 TTTACAACGGGGAAGAGCAGATAGACTGCTGGTTTGCCAGGAACAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203665 TTTACAACGGGGAAGAGCAGATAGACTGCTGGTTTGCCAGGAACAATGCC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2734 GCCAAACTGATTGACGGGGAGTACAAGGATTACCTGGCATCCCATCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203715 GCCAAACTGATTGACGGGGAGTACAAGGATTACCTGGCATCCCATCCATT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :
   2784 TGACACAGGGATGACACTTGGCCAGGGAATGTCCAGGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 203765 TGACACAGGGATGACACTTGGCCGGGGAATGTCCAGGGAGCTC