seq1 = pF1KA1936.tfa, 2412 bp
seq2 = pF1KA1936/gi568815581r_1681289.tfa (gi568815581r:1681289_1927994), 246706 bp

>pF1KA1936 2412
>gi568815581r:1681289_1927994 (Chr17)

(complement)

1-134  (100001-100134)   99% ->
135-279  (115880-116024)   100% ->
280-369  (123280-123369)   100% ->
370-1537  (126971-128138)   99% ->
1538-1720  (140391-140573)   100% ->
1721-1884  (141022-141185)   100% ->
1885-2020  (143534-143669)   100% ->
2021-2137  (144519-144635)   100% ->
2138-2261  (144837-144960)   99% ->
2262-2412  (146556-146706)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCTGCCTGTGGATGAGTGGAAATCATATCTGCTTCAAAAGTGGGC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCTGCCTGTGGATGAATGGAAATCATATCTGCTTCAAAAGTGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCACTCCCGACGTCTGTTCAGGTCACAATTTCTACAGCAGAGACCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCACTCCCGACGTCTGTTCAGGTCACAATTTCTACAGCAGAGACCTTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGATATCTTTCTTCACTCCTCTTCACTTCTTCA         ACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100101 GGGATATCTTTCTTCACTCCTCTTCACTTCTTCAGTA...CAGACCTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGAGCTGTTTCTAAAAAGACTTTCTAAAGGTTACTTGGTGGGAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115887 GATGAGCTGTTTCTAAAAAGACTTTCTAAAGGTTACTTGGTGGGAAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCGGACGCTCCTCTTTTCTACAGAGAAGAAGGAAACAAAAAATTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115937 CTCGGACGCTCCTCTTTTCTACAGAGAAGAAGGAAACAAAAAATTTCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAAAGATTACACAGGAGCTGCAGTGCTGTACTCTAAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 115987 AGAAAGATTACACAGGAGCTGCAGTGCTGTACTCTAAGGTA...CAGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGTCACATTCAAGGCCTAACACTGAGGACATGTCACTGTGTCATGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123283 GTGTCACATTCAAGGCCTAACACTGAGGACATGTCACTGTGTCATGCTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCGCTCGGCAGCCCTCTTCCACCTGGGTCAGTATGAG         ACGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 123333 CCGCTCGGCAGCCCTCTTCCACCTGGGTCAGTATGAGGTG...CAGACGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTCTTAAAGACATTAACATAGCACAGACACATGGGTATCCAGAAAGGTTG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 126975 GTCTTAAAGACATTAACAGAGCACAGACACATGGGTATCCAGAAAGGTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAACCCAAGATTATGTTACGTAAAGCAGAATGTCTGGTGGCCCTGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127025 CAACCCAAGATTATGTTACGTAAAGCAGAATGTCTGGTGGCCCTGGGGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACTGCAGGAGGCAAGCCAGACCATCAGTGATCTTGAAAGGAACTTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127075 ACTGCAGGAGGCAAGCCAGACCATCAGTGATCTTGAAAGGAACTTCACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCACACCAGCCCTAGCAGATGTCCTCCCTCAGACTCTGCAGAGAAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127125 CCACACCAGCCCTAGCAGATGTCCTCCCTCAGACTCTGCAGAGAAACCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CATCGTCTGAAAATGAAGATGCAAGAAAAGGACAGTCTCACAGAAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127175 CATCGTCTGAAAATGAAGATGCAAGAAAAGGACAGTCTCACAGAAAGCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCCAGCAGCTCTGGCCAAAACCCTTGAGGATGCAGCGCTGAGGGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127225 CCCAGCAGCTCTGGCCAAAACCCTTGAGGATGCAGCGCTGAGGGAGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGAACAACTTTCCAATGCCTCATCATCCATCGGCTTATGCGTAGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127275 ATGAACAACTTTCCAATGCCTCATCATCCATCGGCTTATGCGTAGATCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTAAAAGGTCGCTGTCTCGTTGCCACAAAAGATATTCTCCCAGGAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127325 TTAAAAGGTCGCTGTCTCGTTGCCACAAAAGATATTCTCCCAGGAGAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCTGGTGCAGGAGGATGCTTTTGTGAGTGTTCTCAACCCAGGAGAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127375 CCTGGTGCAGGAGGATGCTTTTGTGAGTGTTCTCAACCCAGGAGAACTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CACCACCGCATCACGGCCTAGACAGCAAATGGGACACCAGAGTCACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127425 CACCACCGCATCACGGCCTAGACAGCAAATGGGACACCAGAGTCACCAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GGGGACCTCTATTGTCACCGATGTTTGAAGCACACTTTGGCCACAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127475 GGGGACCTCTATTGTCACCGATGTTTGAAGCACACTTTGGCCACAGTTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GTGTGACGGATGCAGTTATGCCAAGTATTGCAGCCAGGAGTGTTTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127525 GTGTGACGGATGCAGTTATGCCAAGTATTGCAGCCAGGAGTGTTTGCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGGCCTGGGAGCTCTACCACAGGACAGAATGTCCTCTGGGAGGGCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127575 AGGCCTGGGAGCTCTACCACAGGACAGAATGTCCTCTGGGAGGGCTGCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CTCACACTGGGTGTCTTTTGCCACATTGCCCTGAGGTTGACTCTTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127625 CTCACACTGGGTGTCTTTTGCCACATTGCCCTGAGGTTGACTCTTTTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GGGATTTGAGGATGTTCGCAAAATCATAACGAAGCTTTGTGATAAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127675 GGGATTTGAGGATGTTCGCAAAATCATAACGAAGCTTTGTGATAAGATTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GTAACAAGGACATCTGTTTACCTGAAAGCAACAATCAGGTCAAGACACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127725 GTAACAAGGACATCTGTTTACCTGAAAGCAACAATCAGGTCAAGACACTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AATTATGGCCTAGGGGAGAGTGAGAAAAATGGCAACATCGTTGAGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127775 AATTATGGCCTAGGGGAGAGTGAGAAAAATGGCAACATCGTTGAGACCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 AATTCCTGGATGCGATATTAATGGGAAGTATGAAAATAATTATAATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127825 AATTCCTGGATGCGATATTAATGGGAAGTATGAAAATAATTATAATGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TCTTCAACCTTTTGCCCCACACTGAAAACCATAGCCCAGAGCACAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127875 TCTTCAACCTTTTGCCCCACACTGAAAACCATAGCCCAGAGCACAAATTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CTCTGTGCTCTCTGTGTTTCTGCACTGTGCAGACAGCTAGAAGCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127925 CTCTGTGCTCTCTGTGTTTCTGCACTGTGCAGACAGCTAGAAGCAGCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 TTTACAGGCCATCCCAACTGAGAGGATTGTGAACTCCTCTCAGCTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127975 TTTACAGGCCATCCCAACTGAGAGGATTGTGAACTCCTCTCAGCTTAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 CAGCAGTGACACCTGAATTGTGTCCTGACGTGACTATTTGGGGAGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128025 CAGCAGTGACACCTGAATTGTGTCCTGACGTGACTATTTGGGGAGTGGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 ATGCTGAGACACATGTTACAGCTTCAGTGTAACGCTCAGGCGATGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128075 ATGCTGAGACACATGTTACAGCTTCAGTGTAACGCTCAGGCGATGACCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CATACAACACACAG         GACCTAAAGGGAGCATCGTTACCGACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 128125 CATACAACACACAGGTA...CAGGACCTAAAGGGAGCATCGTTACCGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GCAGGCAGGTGCGCCTTGCCACAGGCATCTTCCCTGTTATCAGCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140418 GCAGGCAGGTGCGCCTTGCCACAGGCATCTTCCCTGTTATCAGCCTCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 AACCACTCCTGTAGCCCCAACACCAGCGTGTCCTTCATTAGCACTGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140468 AACCACTCCTGTAGCCCCAACACCAGCGTGTCCTTCATTAGCACTGTCGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 CACCATCCGGGCGTCACAGCGGATTAGAAAGGGGCAAGAGATTCTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140518 CACCATCCGGGCGTCACAGCGGATTAGAAAGGGGCAAGAGATTCTCCACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 GCTATG         GGCCTCACAAGAGCCGGATGGGGGTTGCCGAAAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140568 GCTATGGTG...CAGGGCCTCACAAGAGCCGGATGGGGGTTGCCGAAAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 CAGCAGAAGCTGAGGTCTCAGTATTTCTTTGACTGCGCCTGTCCAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141057 CAGCAGAAGCTGAGGTCTCAGTATTTCTTTGACTGCGCCTGTCCAGCTTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 TCAAACTGAGGCACACAGGATGGCTGCAGGGCCCAGGTGGGAAGCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141107 TCAAACTGAGGCACACAGGATGGCTGCAGGGCCCAGGTGGGAAGCATTCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 GTTGCAACAGTTGCGGAGCGCCCATGCAG         GGAGATGACGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 141157 GTTGCAACAGTTGCGGAGCGCCCATGCAGGTA...CAGGGAGATGACGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 CTGCGCTGTGGCAGCAGATCTTGTGCAGAATCCGCCGTCAGCAGGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143546 CTGCGCTGTGGCAGCAGATCTTGTGCAGAATCCGCCGTCAGCAGGGACCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 CCTGGTCTCTCGGTTACAGGACCTACAGCAGCAGGTCAGAGTGGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143596 CCTGGTCTCTCGGTTACAGGACCTACAGCAGCAGGTCAGAGTGGCCCAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 AGCTTCTCAGAGATGGTGAACTAG         AGCGAGCTGTTCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 143646 AGCTTCTCAGAGATGGTGAACTAGGTG...CAGAGCGAGCTGTTCAGCGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 CTGTCGGGGTGCCAGCGTGACGCCGAGAGCTTCCTGTGGGCAGAGCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144536 CTGTCGGGGTGCCAGCGTGACGCCGAGAGCTTCCTGTGGGCAGAGCACGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 CGTGGTGGGAGAGATCGCGGATGGCCTGGCCCGGGCCTGTGCTGCCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144586 CGTGGTGGGAGAGATCGCGGATGGCCTGGCCCGGGCCTGTGCTGCCTTAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138          GAGACTGGCAAAAGTCAGCCACCCATCTACAGAGGAGTCTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144636 GTA...CAGGAGACTGGCAAAAGTCAGCCACCCATCTACAGAGGAGTCTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2179 TGCGTGGTGGAGGTTCGCCACGGGCCGTCCAGTGTTGAAATGGGCCATGA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144878 TACGTGGTGGAGGTTCGCCACGGGCCGTCCAGTGTTGAAATGGGCCATGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2229 GCTCTTCAAATTGGCCCAGATCTTTTTCAACGG         GTTTGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 144928 GCTCTTCAAATTGGCCCAGATCTTTTTCAACGGGTG...CAGGTTTGCAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 TACCCGAAGCCCTGAGCACAATACAGAAAGCTGAGGAGGTTCTGTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146564 TACCCGAAGCCCTGAGCACAATACAGAAAGCTGAGGAGGTTCTGTCGCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2320 CACTGTGGCCCATGGGACGATGAAATCCAGGAGCTCCAGAAGATGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146614 CACTGTGGCCCATGGGACGATGAAATCCAGGAGCTCCAGAAGATGAAATC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :
   2370 CTGTTTGTTGGACTTACCACCCACCCCTGTAGGGCCTGCATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146664 CTGTTTGTTGGACTTACCACCCACCCCTGTAGGGCCTGCATTG