seq1 = pF1KA1867.tfa, 2334 bp
seq2 = pF1KA1867/gi568815587r_126324583.tfa (gi568815587r:126324583_127100509), 775927 bp

>pF1KA1867 2334
>gi568815587r:126324583_127100509 (Chr11)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-133  (537598-537675)   100% ->
134-283  (573823-573972)   100% ->
284-433  (579046-579195)   100% ->
434-591  (627044-627201)   100% ->
592-742  (637203-637353)   100% ->
743-848  (644056-644161)   100% ->
849-997  (651353-651501)   100% ->
998-1125  (653624-653751)   100% ->
1126-1252  (655405-655531)   100% ->
1253-1353  (659961-660061)   100% ->
1354-1552  (663501-663699)   100% ->
1553-1588  (665207-665242)   100% ->
1589-1696  (668984-669091)   100% ->
1697-1806  (671222-671331)   100% ->
1807-1893  (674786-674872)   100% ->
1894-2334  (675487-675927)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAACCCTTCCAGCTCGATCTGCTCTTCGTCTGCTTCTTCCTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAACCCTTCCAGCTCGATCTGCTCTTCGTCTGCTTCTTCCTCTTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAAG         AGCTGGGCCTCCAGAAGAGAGGATGCTGTCTGGTGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAAGGTA...CAGAGCTGGGCCTCCAGAAGAGAGGATGCTGTCTGGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGGCTACATGGCCAAGGACAAGTTTCGGAGAATGAATGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 537634 TGGGCTACATGGCCAAGGACAAGTTTCGGAGAATGAATGAAGGTC...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    134  GCCAAGTCTATTCCTTCAGCCAGCAGCCCCAGGACCAGGTGGTGGTGTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 573822 GGCCAAGTCTATTCCTTCAGCCAGCAGCCCCAGGACCAGGTGGTGGTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGGACAGCCAGTGACGCTACTTTGCGCCATCCCCGAATACGATGGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 573872 GGGACAGCCAGTGACGCTACTTTGCGCCATCCCCGAATACGATGGCTTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCTGTGGATCAAGGACGGCTTGGCTCTGGGTGTGGGCAGGGACCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 573922 TTCTGTGGATCAAGGACGGCTTGGCTCTGGGTGTGGGCAGGGACCTCTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 A         GTTACCCACAGTACCTGGTGGTAGGGAACCACCTGTCAGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 573972 AGTG...CAGGTTACCCACAGTACCTGGTGGTAGGGAACCACCTGTCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGCACCACCTGAAGATCCTGAGGGCAGAGCTGCAAGACGATGCGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 579086 GGAGCACCACCTGAAGATCCTGAGGGCAGAGCTGCAAGACGATGCGGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACGAGTGCCAGGCCATCCAGGCCGCCATCCGCTCCCGCCCCGCACGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 579136 ACGAGTGCCAGGCCATCCAGGCCGCCATCCGCTCCCGCCCCGCACGCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACAGTCCTGG         TGCCGCCTGATGACCCCGTCATCCTGGGGGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 579186 ACAGTCCTGGGTA...CAGTGCCGCCTGATGACCCCGTCATCCTGGGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCCTGTGATCAGCCTGCGTGCGGGGGACCCTCTCAACCTCACCTGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 627075 CCCTGTGATCAGCCTGCGTGCGGGGGACCCTCTCAACCTCACCTGCCACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGACAATGCCAAGCCTGCAGCCTCCATCATCTGGTTGCGAAAGGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 627125 CAGACAATGCCAAGCCTGCAGCCTCCATCATCTGGTTGCGAAAGGGAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTCATCAATGGGGCCACCTACTCCAAG         ACCCTGCTTCGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 627175 GTCATCAATGGGGCCACCTACTCCAAGGTG...AAGACCCTGCTTCGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGGCAAGCGGGAGAGCATCGTCAGCACCCTCTTCATCTCCCCTGGTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 637217 CGGCAAGCGGGAGAGCATCGTCAGCACCCTCTTCATCTCCCCTGGTGACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGAGAATGGCCAGAGCATCGTGTGTCGTGCCACCAACAAAGCCATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 637267 TGGAGAATGGCCAGAGCATCGTGTGTCGTGCCACCAACAAAGCCATCCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGAGGAAAGGAGACGTCGGTCACCATTGACATCCAGC         ACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 637317 GGAGGAAAGGAGACGTCGGTCACCATTGACATCCAGCGTG...CAGACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCCACTGGTCAACCTCTCGGTGGAGCCACAGCCAGTGCTGGAGGACAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 644060 TCCACTGGTCAACCTCTCGGTGGAGCCACAGCCAGTGCTGGAGGACAACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCGTCACTTTCCACTGCTCTGCAAAGGCCAACCCAGCTGTCACCCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 644110 TCGTCACTTTCCACTGCTCTGCAAAGGCCAACCCAGCTGTCACCCAGTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AG         GTGGGCCAAGCGGGGCCAGATCATCAAGGAGGCATCTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 644160 AGGTG...CAGGTGGGCCAAGCGGGGCCAGATCATCAAGGAGGCATCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGAGGTGTACAGGACCACAGTGGACTACACGTACTTCTCAGAGCCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 651392 AGAGGTGTACAGGACCACAGTGGACTACACGTACTTCTCAGAGCCCGTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCTGTGAGGTGACCAACGCCCTGGGCAGCACCAACCTCAGCCGCACGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 651442 CCTGTGAGGTGACCAACGCCCTGGGCAGCACCAACCTCAGCCGCACGGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GACGTCTACT         TTGGGCCCCGGATGACCACAGAACCCCAATC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 651492 GACGTCTACTGTG...CAGTTGGGCCCCGGATGACCACAGAACCCCAATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTTGCTCGTGGATCTGGGCTCTGATGCCATCTTCAGCTGCGCCTGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 653655 CTTGCTCGTGGATCTGGGCTCTGATGCCATCTTCAGCTGCGCCTGGACCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCAACCCATCCCTGACCATCGTCTGGATGAAGCGGGGCTCCGGAGTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 653705 GCAACCCATCCCTGACCATCGTCTGGATGAAGCGGGGCTCCGGAGTGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1126       GTCCTGAGCAATGAGAAGACCCTGACCCTCAAATCCGTGCGCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 653755 ...TAGGTCCTGAGCAATGAGAAGACCCTGACCCTCAAATCCGTGCGCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGAGGACGCGGGCAAGTACGTGTGCCGGGCTGTGGTGCCCCGTGTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 655449 GGAGGACGCGGGCAAGTACGTGTGCCGGGCTGTGGTGCCCCGTGTGGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCGGGGAGAGAGAGGTGACCCTGACCGTCAATG         GACCCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 655499 CCGGGGAGAGAGAGGTGACCCTGACCGTCAATGGTA...CAGGACCCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATCATCTCCAGCACCCAGACCCAGCACGCCCTCCACGGCGAGAAGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 659969 ATCATCTCCAGCACCCAGACCCAGCACGCCCTCCACGGCGAGAAGGGCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GATCAAGTGCTTCATCCGGAGCACGCCGCCGCCGGACCGCATC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 660019 GATCAAGTGCTTCATCCGGAGCACGCCGCCGCCGGACCGCATCGTG...C

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1354   GCCTGGTCCTGGAAGGAGAACGTTCTGGAGTCGGGCACATCGGGGCGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 663499 AGGCCTGGTCCTGGAAGGAGAACGTTCTGGAGTCGGGCACATCGGGGCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TATACGGTGGAGACCATCAGCACCGAGGAGGGCGTCATCTCCACCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 663549 TATACGGTGGAGACCATCAGCACCGAGGAGGGCGTCATCTCCACCCTGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CATCAGCAACATCGTGCGGGCCGACTTCCAGACCATCTACAACTGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 663599 CATCAGCAACATCGTGCGGGCCGACTTCCAGACCATCTACAACTGCACGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CCTGGAACAGCTTCGGCTCCGACACTGAGATCATCCGGCTCAAGGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 663649 CCTGGAACAGCTTCGGCTCCGACACTGAGATCATCCGGCTCAAGGAGCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 G         GTTCGGAAATGAAGTCGGGAGCCGGGCTGGAAGCAG    
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 663699 GGTG...CAGGTTCGGAAATGAAGTCGGGAGCCGGGCTGGAAGCAGGTA.

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1589      AGTCTGTGCCGATGGCCGTCATCATTGGGGTGGCCGTAGGAGCTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 665247 ..CAGAGTCTGTGCCGATGGCCGTCATCATTGGGGTGGCCGTAGGAGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GTGTGGCCTTCCTCGTCCTTATGGCAACCATCGTGGCGTTCTGCTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 669029 GTGTGGCCTTCCTCGTCCTTATGGCAACCATCGTGGCGTTCTGCTGTGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CGTTCCCAGAGAA         ATCTCAAAGGTGTTGTGTCAGCCAAAAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 669079 CGTTCCCAGAGAAGTA...CAGATCTCAAAGGTGTTGTGTCAGCCAAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TGATATCCGAGTGGAAATTGTCCACAAGGAACCAGCCTCTGGTCGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 671250 TGATATCCGAGTGGAAATTGTCCACAAGGAACCAGCCTCTGGTCGGGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GTGAGGAGCACTCCACCATCAAGCAGCTGATG         ATGGACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 671300 GTGAGGAGCACTCCACCATCAAGCAGCTGATGGTA...CAGATGGACCGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GGTGAATTCCAGCAAGACTCAGTCCTGAAACAGCTGGAGGTCCTCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 674795 GGTGAATTCCAGCAAGACTCAGTCCTGAAACAGCTGGAGGTCCTCAAAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 AGAGGAGAAAGAGTTTCAGAACCTGAAG         GACCCCACCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 674845 AGAGGAGAAAGAGTTTCAGAACCTGAAGGTA...CAGGACCCCACCAATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 GCTACTACAGCGTCAACACCTTCAAAGAGCACCACTCAACCCCGACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 675500 GCTACTACAGCGTCAACACCTTCAAAGAGCACCACTCAACCCCGACCATC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 TCCCTCTCCAGCTGCCAGCCCGACCTGCGTCCTGCGGGTAAGCAGCGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 675550 TCCCTCTCCAGCTGCCAGCCCGACCTGCGTCCTGCGGGCAAGCAGCGTGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GCCCACAGGCATGTCCTTCACCAACATCTACAGCACCCTGAGCGGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 675600 GCCCACAGGCATGTCCTTCACCAACATCTACAGCACCCTGAGCGGCCAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GCCGCCTCTACGACTACGGGCAGCGGTTTGTGCTGGGCATGGGCAGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 675650 GCCGCCTCTACGACTACGGGCAGCGGTTTGTGCTGGGCATGGGCAGCTCG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 TCCATCGAGCTTTGTGAGCGGGAGTTCCAGAGAGGCTCCCTCAGCGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 675700 TCCATCGAGCTTTGTGAGCGGGAGTTCCAGAGAGGCTCCCTCAGCGACAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CAGCTCCTTCCTGGACACGCAGTGTGACAGCAGCGTCAGCAGCAGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 675750 CAGCTCCTTCCTGGACACGCAGTGTGACAGCAGCGTCAGCAGCAGCGGCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 AGCAGGATGGCTATGTGCAGTTCGACAAGGCCAGCAAGGCTTCTGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 675800 AGCAGGATGGCTATGTGCAGTTCGACAAGGCCAGCAAGGCTTCTGCTTCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 TCCTCCCACCACTCCCAGTCCTCGTCCCAGAACTCTGACCCCAGTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 675850 TCCTCCCACCACTCCCAGTCCTCGTCCCAGAACTCTGACCCCAGTCGACC

   2450     .    :    .    :    .
   2307 CCTGCAGCGGCGGATGCAGACTCACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 675900 CCTGCAGCGGCGGATGCAGACTCACGTC