seq1 = pF1KA1788.tfa, 1233 bp
seq2 = pF1KA1788/gi568815587r_44164857.tfa (gi568815587r:44164857_44410062), 245206 bp

>pF1KA1788 1233
>gi568815587r:44164857_44410062 (Chr11)

(complement)

1-466  (100001-100466)   100% ->
467-777  (134405-134715)   99% ->
778-906  (142441-142569)   99% ->
907-1233  (144880-145206)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGCTGAGACTTGCGTCTCTTACTGCGAGTCGCCGGCCGCTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGCTGAGACTTGCGTCTCTTACTGCGAGTCGCCGGCCGCTGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACGCCTACTACAGCCCGGTGTCGCAGAGTCGGGAGGGCTCGTCGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACGCCTACTACAGCCCGGTGTCGCAGAGTCGGGAGGGCTCGTCGCCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTAGGGCATTTCCCGGAGGCGACAAGTTCGGCACAACTTTCCTGTCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTAGGGCATTTCCCGGAGGCGACAAGTTCGGCACAACTTTCCTGTCGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCGCCAAAGCACAGGGATTCGGGGACGCCAAGAGCCGGGCCCGTTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCGCCAAAGCACAGGGATTCGGGGACGCCAAGAGCCGGGCCCGTTACGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCTGGGCAGCAGGACCTGGCGACACCCCTGGAGAGTGGAGCTGGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCTGGGCAGCAGGACCTGGCGACACCCCTGGAGAGTGGAGCTGGGGCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGGCTCCTTTAACAAGTTCCAGCCCCAGCCGTCGACCCCGCAGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGGGCTCCTTTAACAAGTTCCAGCCCCAGCCGTCGACCCCGCAGCCCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGCCGCCGCAGCCGCAGCCGCAGCAGCAGCAGCCGCAGCCCCAGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCGCCGCCGCAGCCGCAGCCGCAGCAGCAGCAGCCGCAGCCCCAGCCGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCGCAACCGCATCTTTACTTGCAGCGAGGCGCCTGCAAGACGCCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGCGCAACCGCATCTTTACTTGCAGCGAGGCGCCTGCAAGACGCCCCCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACGGCAGCCTCAAACTCCAGGAAGGCAGCAGCGGCCACAGCGCGGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACGGCAGCCTCAAACTCCAGGAAGGCAGCAGCGGCCACAGCGCGGCCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGGTTCCCTGCTACG         CTAAAGAGAGCTCCCTGGGTGAGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGGTTCCCTGCTACGGTG...CAGCTAAAGAGAGCTCCCTGGGTGAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGAGTTACCCCCTGACTCTGACACTGTGGGGATGGACAGCAGCTACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134430 AGAGTTACCCCCTGACTCTGACACTGTGGGGATGGACAGCAGCTACCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GTGTCAAGGAGGCTGGGGTGAAGGGGCCCCAGGACCGGGCCAGCTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134480 GTGTCAAGGAGGCTGGGGTGAAGGGGCCCCAGGACCGGGCCAGCTCAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTCCCCAGCCCATTGGAGAAGGCCGACTCGGAGAGCAACAAGGGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 134530 CTCCCCAGCCCATTGGAGAAGGCCGACTCAGAGAGCAACAAGGGCAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCGGCGGAACCGGACCACCTTCACCAGCTACCAGCTGGAGGAGCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134580 GCGGCGGAACCGGACCACCTTCACCAGCTACCAGCTGGAGGAGCTGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGGTCTTCCAGAAGACCCACTACCCAGACGTGTATGCACGGGAACAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 134630 AGGTCTTCCAGAAGACCCACTACCCAGACGTGTATGCGCGGGAACAGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCCATGAGGACAGACCTCACTGAGGCCCGCGTGCAG         GTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 134680 GCCATGAGGACAGACCTCACTGAGGCCCGCGTGCAGGTC...TAGGTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GTTCCAGAACCGAAGGGCCAAGTGGAGGAAGCGGGAGCGTTTTGGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142446 GTTCCAGAACCGAAGGGCCAAGTGGAGGAAGCGGGAGCGTTTTGGGCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGCAGCAGGTTCGAACCCACTTCTCCACTGCATATGAGCTGCCCCTTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 142496 TGCAGCAGGTTCGAACCCACTTCTCCACTGCATATGAGCTGCCCCTCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 ACCCGAGCTGAGAACTACGCCCAG         ATTCAGAACCCGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 142546 ACCCGAGCTGAGAACTACGCCCAGGTA...CAGATTCAGAACCCGTCCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GCTCGGCAACAACGGGGCTGCCTCACCAGTGCCAGCCTGCGTGGTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144897 GCTCGGCAACAACGGGGCTGCCTCACCAGTGCCAGCCTGCGTGGTCCCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GCGACCCGGTGCCTGCCTGCATGTCCCCTCATGCCCACCCCCCTGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144947 GCGACCCGGTGCCTGCCTGCATGTCCCCTCATGCCCACCCCCCTGGCTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GGGGCCAGCAGCGTCACCGACTTCCTGAGTGTGTCTGGGGCTGGCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144997 GGGGCCAGCAGCGTCACCGACTTCCTGAGTGTGTCTGGGGCTGGCAGTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CGTGGGCCAGACGCACATGGGCAGCCTGTTTGGAGCAGCCAGCCTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145047 CGTGGGCCAGACGCACATGGGCAGCCTGTTTGGAGCAGCCAGCCTCAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CAGGCCTCAATGGCTACGAGCTCAACGGCGAGCCGGACCGCAAGACCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145097 CAGGCCTCAATGGCTACGAGCTCAACGGCGAGCCGGACCGCAAGACCTCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AGCATCGCGGCCCTCCGCATGAAGGCCAAGGAGCACAGTGCGGCCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145147 AGCATCGCGGCCCTCCGCATGAAGGCCAAGGAGCACAGTGCGGCCATTTC

   1250     .    :
   1224 CTGGGCCACA
        ||||||||||
 145197 CTGGGCCACA