seq1 = pF1KA1717.tfa, 1098 bp
seq2 = pF1KA1717/gi568815594r_139411666.tfa (gi568815594r:139411666_139656137), 244472 bp

>pF1KA1717 1098
>gi568815594r:139411666_139656137 (Chr4)

(complement)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-170  (109089-109218)   100% ->
171-372  (122772-122973)   100% ->
373-562  (126918-127107)   100% ->
563-644  (132703-132784)   100% ->
645-762  (135744-135861)   100% ->
763-920  (138096-138253)   100% ->
921-1098  (144295-144472)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATAGCGACGACGAGATGGTGGAGGAGGCGGTGGAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGATAGCGACGACGAGATGGTGGAGGAGGCGGTGGAAGGTA...CAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCACCTGGACGATGACGGATTACCGCACGGGTTCTGCACAGTCACCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109090 GCACCTGGACGATGACGGATTACCGCACGGGTTCTGCACAGTCACCTACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTCCACAGACAGATTTGAGGGGAACTTTGTTCACGGAGAAAAGAACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109140 CCTCCACAGACAGATTTGAGGGGAACTTTGTTCACGGAGAAAAGAACGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGGGGAAGTTCTTCTTCTTTGATGGCAG         CACCCTGGAGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109190 CGGGGGAAGTTCTTCTTCTTTGATGGCAGGTA...CAGCACCCTGGAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTATTATGTGGATGATGCCTTGCAGGGCCAGGGAGTTTACACTTACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122784 GTATTATGTGGATGATGCCTTGCAGGGCCAGGGAGTTTACACTTACGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGGGGGAGTTCTCCAGGGCACGTATGTAGACGGAGAGCTGAACGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122834 ATGGGGGAGTTCTCCAGGGCACGTATGTAGACGGAGAGCTGAACGGTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCCAGGAATATGACACAGATGGGAGACTGATCTTCAAGGGGCAGTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122884 GCCCAGGAATATGACACAGATGGGAGACTGATCTTCAAGGGGCAGTATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGATAACATTCGTCATGGAGTGTGCTGGATATATTACCCA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 122934 AGATAACATTCGTCATGGAGTGTGCTGGATATATTACCCAGTA...CAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGGAGGAAGCCTTGTAGGAGAAGTAAATGAAGATGGGGAGATGACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126919 ATGGAGGAAGCCTTGTAGGAGAAGTAAATGAAGATGGGGAGATGACTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGAAGATAGCCTATGTGTACCCTGATGAGAGGACCGCACTTTATGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126969 GAGAAGATAGCCTATGTGTACCCTGATGAGAGGACCGCACTTTATGGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATTTATTGATGGAGAGATGATAGAAGGCAAACTGGCTACCCTTATGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127019 ATTTATTGATGGAGAGATGATAGAAGGCAAACTGGCTACCCTTATGTCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGAAGAAGGGAGGCCTCACTTTGAACTGATGCCTGGAA         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 127069 CTGAAGAAGGGAGGCCTCACTTTGAACTGATGCCTGGAAGTA...CAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCAGTGTACCACTTTGATAAGTCGACTTCATCTTGCATTTCTACCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132705 TCAGTGTACCACTTTGATAAGTCGACTTCATCTTGCATTTCTACCAATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCTTCTTCCAGATCCTTATGAATCAGAAAG         GGTTTATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 132755 TCTTCTTCCAGATCCTTATGAATCAGAAAGGTA...TAGGGTTTATGTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGAATCTCTTATTTCCAGTGCTGGAGAAGGACTTTTTTCAAAGGTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135755 CTGAATCTCTTATTTCCAGTGCTGGAGAAGGACTTTTTTCAAAGGTAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGGGACCTAATACTGTTATGTCTTTTTATAATGGAGTTCGAATTACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135805 GTGGGACCTAATACTGTTATGTCTTTTTATAATGGAGTTCGAATTACACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCAAGAG         GTTGACAGCAGGGACTGGGCCCTTAATGGGAACA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135855 CCAAGAGGTG...CAGGTTGACAGCAGGGACTGGGCCCTTAATGGGAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCCTCTCCCTTGATGAAGAAACGGTCATTGATGTGCCTGAGCCCTATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138130 CCCTCTCCCTTGATGAAGAAACGGTCATTGATGTGCCTGAGCCCTATAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CACGTATCCAAGTACTGTGCCTCCTTGGGACACAAGGCAAATCACTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138180 CACGTATCCAAGTACTGTGCCTCCTTGGGACACAAGGCAAATCACTCCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CACTCCAAACTGCATCTACGATAT         GTTTGTCCACCCCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 138230 CACTCCAAACTGCATCTACGATATGTA...TAGGTTTGTCCACCCCCGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGGGCCCATCAAATGCATCCGCACCCTGAGAGCAGTGGAGGCCGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144312 TTGGGCCCATCAAATGCATCCGCACCCTGAGAGCAGTGGAGGCCGATGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGCTCACCGTTGCCTATGGCTATGACCACAGCCCCCCCGGGAAGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144362 GAGCTCACCGTTGCCTATGGCTATGACCACAGCCCCCCCGGGAAGAGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCCTGAAGCCCCTGAGTGGTACCAGGTGGAGCTGAAGGCCTTCCAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144412 GCCTGAAGCCCCTGAGTGGTACCAGGTGGAGCTGAAGGCCTTCCAGGCCA

   1150     .    :
   1088 CCCAGCAAAAG
        |||||||||||
 144462 CCCAGCAAAAG