seq1 = pF1KA1700.tfa, 1995 bp
seq2 = pF1KA1700/gi568815586r_12376836.tfa (gi568815586r:12376836_12621098), 244263 bp

>pF1KA1700 1995
>gi568815586r:12376836_12621098 (Chr12)

(complement)

1-228  (100001-100228)   100% ->
229-367  (101099-101237)   100% ->
368-531  (120417-120580)   100% ->
532-691  (133912-134071)   100% ->
692-815  (140753-140876)   100% ->
816-1995  (143084-144263)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCATGAGATGATTGGAACTCAAATTGTTACTGAGAGGTTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCATGAGATGATTGGAACTCAAATTGTTACTGAGAGGTTGGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGCTGGAAAGTGGAACGGAAAAAGTGCTGCTAATTGATAGCCGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGCTGGAAAGTGGAACGGAAAAAGTGCTGCTAATTGATAGCCGGCCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGTGGAATACAATACATCCCACATTTTGGAAGCCATTAATATCAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGTGGAATACAATACATCCCACATTTTGGAAGCCATTAATATCAACTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCAAGCTTATGAAGCGAAGGTTGCAACAGGACAAAGTGTTAATTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCAAGCTTATGAAGCGAAGGTTGCAACAGGACAAAGTGTTAATTACAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTCATCCAGCATTCAGCGAAACATAAG         GTTGACATTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100201 GCTCATCCAGCATTCAGCGAAACATAAGGTA...CAGGTTGACATTGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAGTCAGAAGGTTGTAGTTTACGATCAAAGCTCCCAAGATGTTGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101112 GCAGTCAGAAGGTTGTAGTTTACGATCAAAGCTCCCAAGATGTTGCCTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCTCTTCAGACTGTTTTCTCACTGTACTTCTGGGTAAACTGGAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101162 CTCTCTTCAGACTGTTTTCTCACTGTACTTCTGGGTAAACTGGAGAAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTCAACTCTGTTCACCTGCTTGCAG         GTGGGTTTGCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101212 CTTCAACTCTGTTCACCTGCTTGCAGGTA...TAGGTGGGTTTGCTGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTCTCGTTGTTTCCCTGGCCTCTGTGAAGGAAAATCCACTCTAGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120432 TCTCTCGTTGTTTCCCTGGCCTCTGTGAAGGAAAATCCACTCTAGTCCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACCTGCATTTCTCAGCCTTGCTTACCTGTTGCCAACATTGGGCCAACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120482 ACCTGCATTTCTCAGCCTTGCTTACCTGTTGCCAACATTGGGCCAACCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AATTCTTCCCAATCTTTATCTTGGCTGCCAGCGAGATGTCCTCAACAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 120532 AATTCTTCCCAATCTTTATCTTGGCTGCCAGCGAGATGTCCTCAACAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532         GAGCTGATGCAGCAGAATGGGATTGGTTATGTGTTAAATGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120582 TG...TAGGAGCTGATGCAGCAGAATGGGATTGGTTATGTGTTAAATGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGCAATACCTGTCCAAAGCCTGACTTTATCCCCGAGTCTCATTTCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133954 AGCAATACCTGTCCAAAGCCTGACTTTATCCCCGAGTCTCATTTCCTGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGTGCCTGTGAATGACAGCTTTTGTGAGAAAATTTTGCCGTGGTTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134004 TGTGCCTGTGAATGACAGCTTTTGTGAGAAAATTTTGCCGTGGTTGGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AATCAGTAGATTTCATTG         AGAAAGCAAAAGCCTCCAATGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 134054 AATCAGTAGATTTCATTGGTA...CAGAGAAAGCAAAAGCCTCCAATGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGTGTTCTAGTGCACTGTTTAGCTGGGATCTCCCGCTCCGCCACCATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140776 TGTGTTCTAGTGCACTGTTTAGCTGGGATCTCCCGCTCCGCCACCATCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TATCGCCTACATCATGAAGAGGATGGACATGTCTTTAGATGAAGCTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140826 TATCGCCTACATCATGAAGAGGATGGACATGTCTTTAGATGAAGCTTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 G         ATTTGTGAAAGAAAAAAGACCTACTATATCTCCAAACTTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140876 GGTG...CAGATTTGTGAAAGAAAAAAGACCTACTATATCTCCAAACTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AATTTTCTGGGCCAACTCCTGGACTATGAGAAGAAGATTAAGAACCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143124 AATTTTCTGGGCCAACTCCTGGACTATGAGAAGAAGATTAAGAACCAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGGAGCATCAGGGCCAAAGAGCAAACTCAAGCTGCTGCACCTGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143174 TGGAGCATCAGGGCCAAAGAGCAAACTCAAGCTGCTGCACCTGGAGAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CAAATGAACCTGTCCCTGCTGTCTCAGAGGGTGGACAGAAAAGCGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143224 CAAATGAACCTGTCCCTGCTGTCTCAGAGGGTGGACAGAAAAGCGAGACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCCCTCAGTCCACCCTGTGCCGACTCTGCTACCTCAGAGGCAGCAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143274 CCCCTCAGTCCACCCTGTGCCGACTCTGCTACCTCAGAGGCAGCAGGACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AAGGCCCGTGCATCCCGCCAGCGTGCCCAGCGTGCCCAGCGTGCAGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143324 AAGGCCCGTGCATCCCGCCAGCGTGCCCAGCGTGCCCAGCGTGCAGCCGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CGCTGTTAGAGGACAGCCCGCTGGTACAGGCGCTCAGTGGGCTGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143374 CGCTGTTAGAGGACAGCCCGCTGGTACAGGCGCTCAGTGGGCTGCACCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TCCGCAGACAGGCTGGAAGACAGCAATAAGCTCAAGCGTTCCTTCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143424 TCCGCAGACAGGCTGGAAGACAGCAATAAGCTCAAGCGTTCCTTCTCTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GGATATCAAATCAGTTTCATATTCAGCCAGCATGGCAGCATCCTTACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143474 GGATATCAAATCAGTTTCATATTCAGCCAGCATGGCAGCATCCTTACATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GCTTCTCCTCATCAGAAGATGCTTTGGAATACTACAAACCTTCCACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143524 GCTTCTCCTCATCAGAAGATGCTTTGGAATACTACAAACCTTCCACTACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CTGGATGGGACCAACAAGCTATGCCAGTTCTCCCCTGTTCAGGAACTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143574 CTGGATGGGACCAACAAGCTATGCCAGTTCTCCCCTGTTCAGGAACTATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GGAGCAGACTCCCGAAACCAGTCCTGATAAGGAGGAAGCCAGCATCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143624 GGAGCAGACTCCCGAAACCAGTCCTGATAAGGAGGAAGCCAGCATCCCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AGAAGCTGCAGACCGCCAGGCCTTCAGACAGCCAGAGCAAGCGATTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143674 AGAAGCTGCAGACCGCCAGGCCTTCAGACAGCCAGAGCAAGCGATTGCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 TCGGTCAGAACCAGCAGCAGTGGCACCGCCCAGAGGTCCCTTTTATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143724 TCGGTCAGAACCAGCAGCAGTGGCACCGCCCAGAGGTCCCTTTTATCTCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 ACTGCATCGAAGTGGGAGCGTGGAGGACAATTACCACACCAGCTTCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143774 ACTGCATCGAAGTGGGAGCGTGGAGGACAATTACCACACCAGCTTCCTTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 TCGGCCTTTCCACCAGCCAGCAGCACCTCACGAAGTCTGCTGGCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143824 TCGGCCTTTCCACCAGCCAGCAGCACCTCACGAAGTCTGCTGGCCTGGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 CTTAAGGGCTGGCACTCGGATATCTTGGCCCCCCAGACCTCTACCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143874 CTTAAGGGCTGGCACTCGGATATCTTGGCCCCCCAGACCTCTACCCCTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CCTGACCAGCAGCTGGTATTTTGCCACAGAGTCCTCACACTTCTACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143924 CCTGACCAGCAGCTGGTATTTTGCCACAGAGTCCTCACACTTCTACTCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 CCTCAGCCATCTACGGAGGCAGTGCCAGTTACTCTGCCTACAGCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143974 CCTCAGCCATCTACGGAGGCAGTGCCAGTTACTCTGCCTACAGCTGCAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 CAGCTGCCCACTTGCGGAGACCAAGTCTATTCTGTGCGCAGGCGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144024 CAGCTGCCCACTTGCGGAGACCAAGTCTATTCTGTGCGCAGGCGGCAGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 GCCAAGTGACAGAGCTGACTCGCGGCGGAGCTGGCATGAAGAGAGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144074 GCCAAGTGACAGAGCTGACTCGCGGCGGAGCTGGCATGAAGAGAGCCCCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 TTGAAAAGCAGTTCAAACGCAGAAGCTGCCAAATGGAATTTGGAGAGAGC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144124 TTGAAAAGCAGTTTAAACGCAGAAGCTGCCAAATGGAATTTGGAGAGAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 ATCATGTCAGAGAACAGGTCACGGGAAGAGCTGGGGAAAGTGGGCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144174 ATCATGTCAGAGAACAGGTCACGGGAAGAGCTGGGGAAAGTGGGCAGTCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 GTCTAGCTTTTCGGGCAGCATGGAAATCATTGAGGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144224 GTCTAGCTTTTCGGGCAGCATGGAAATCATTGAGGTCTCC