seq1 = pF1KA1687.tfa, 2154 bp
seq2 = pF1KA1687/gi568815575f_87417894.tfa (gi568815575f:87417894_87766531), 348638 bp

>pF1KA1687 2154
>gi568815575f:87417894_87766531 (ChrX)

1-422  (100001-100422)   99% ->
423-590  (195984-196151)   100% ->
591-727  (196541-196677)   100% ->
728-924  (200039-200235)   100% ->
925-1137  (204318-204530)   100% ->
1138-1324  (207717-207903)   100% ->
1325-1549  (214317-214541)   100% ->
1550-1712  (215856-216018)   100% ->
1713-1925  (217670-217882)   100% ->
1926-2097  (246871-247042)   100% ->
2098-2154  (248582-248638)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGTGTCTGGCAAGAAAGAGTTTGATGTGAAACAGATCCTAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGTGTCTGGCAAGAAAGAGTTTGATGTGAAACAGATCCTAAGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACGCTGGAGGTGGTTTAGTCATCCTTTTCAAGGTTCCACCAACACTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACGCTGGAGGTGGTTTAGTCATCCTTTTCAAGGTTCCACCAACACTGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTGTCTTCAGCAGGAAGGATATGAGCATAGAGGGACCCCGGTTCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTGTCTTCAGCAGGAAGGATATGAGCATAGAGGGACCCCGGTTCAGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGTTGAAGAGCCACTCTCGGGACAGAAACGGACTGAAGAAAAGCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGTTGAAGAGCCACTCTCGGGACAGAAACGGACTGAAGAAAAGCAACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCCTGTCCACCACAATATACTGGCACCAGTGCCAGGACCGGCCCCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCCTGTCCACCACAATATACTGGCACCAGTGCCAGGACCGGCCCCTGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATCAGAGAGCCGTTCAGAATTTGCAGCAACATAATCTGATAGTTCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100251 ATCAGAGAGCCGTTCAGAATTTGCAGCAACATAATCTGATAGTACATTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAAGCAAATGAAGATACTCCTAAATCAGTTCCAGAGAAGAATTTATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAAGCAAATGAAGATACTCCTAAATCAGTTCCAGAGAAGAATTTATTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAAGCTTGTGAGAAACGCGCACAAGATTTGGAGATGATGGCTGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGAAGCTTGTGAGAAACGCGCACAAGATTTGGAGATGATGGCTGATGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATATAGAAGATTCTACAGCAAG         ATTAGATACACAACACTCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100401 ATATAGAAGATTCTACAGCAAGGTA...CAGATTAGATACACAACACTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAAGACATGAATGCCACCAGATCTGAAGAGCAGTTCCATGTTATAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196003 GAAGACATGAATGCCACCAGATCTGAAGAGCAGTTCCATGTTATAAACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGCAGAGCAAACTCTTCGTAAAATGGAGAACTACTTGAAAGAGAAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196053 CGCAGAGCAAACTCTTCGTAAAATGGAGAACTACTTGAAAGAGAAACAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TATGTGATGTGCTACTGATTGCAGGACACCTCCGCATCCCAGCCCATAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 196103 TATGTGATGTGCTACTGATTGCAGGACACCTCCGCATCCCAGCCCATAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    591         GTTGGTTCTCAGCGCAGTGTCTGATTATTTTGCTGCAATGTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196153 TA...CAGGTTGGTTCTCAGCGCAGTGTCTGATTATTTTGCTGCAATGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TACTAATGATGTGCTTGAAGCCAAACAAGAAGAGGTCAGGATGGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196583 TACTAATGATGTGCTTGAAGCCAAACAAGAAGAGGTCAGGATGGAAGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TAGATCCAAATGCACTAAATTCCTTGGTGCAGTATGCTTACACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 196633 TAGATCCAAATGCACTAAATTCCTTGGTGCAGTATGCTTACACAGGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    728     GAGTCCTGCAATTGAAAGAAGATACCATTGAAAGTTTGCTGGCTGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196683 .TAGGAGTCCTGCAATTGAAAGAAGATACCATTGAAAGTTTGCTGGCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGCTTGTCTTCTGCAGCTGACTCAGGTCATTGATGTTTGCTCCAATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200085 AGCTTGTCTTCTGCAGCTGACTCAGGTCATTGATGTTTGCTCCAATTTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCATAAAGCAGCTCCATCCTTCAAACTGCTTAGGGATTCGATCATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200135 TCATAAAGCAGCTCCATCCTTCAAACTGCTTAGGGATTCGATCATTTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GATGCCCAAGGCTGTACAGAACTTCTGAACGTGGCACACAAATACACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200185 GATGCCCAAGGCTGTACAGAACTTCTGAACGTGGCACACAAATACACTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 G         GAACACTTCATTGAGGTAATAAAAAACCAAGAATTCCTCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200235 GGTA...TAGGAACACTTCATTGAGGTAATAAAAAACCAAGAATTCCTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGCTTCCAGCTAATGAAATTTCAAAACTTCTGTGCAGTGATGACATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204358 TGCTTCCAGCTAATGAAATTTCAAAACTTCTGTGCAGTGATGACATTAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GTGCCTGATGAAGAGACCATTTTTCATGCTCTAATGCAGTGGGTGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204408 GTGCCTGATGAAGAGACCATTTTTCATGCTCTAATGCAGTGGGTGGGGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGATGTGCAGAATAGGCAAGGAGAACTGGGGATGCTGCTTTCTTACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204458 TGATGTGCAGAATAGGCAAGGAGAACTGGGGATGCTGCTTTCTTACATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GACTGCCATTACTCCCACCACAG         TTACTGGCAGATCTTGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 204508 GACTGCCATTACTCCCACCACAGGTA...CAGTTACTGGCAGATCTTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ACCAGTTCCATGTTTACTGGTGATCTTGAGTGTCAGAAGCTCCTGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207735 ACCAGTTCCATGTTTACTGGTGATCTTGAGTGTCAGAAGCTCCTGATGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 AGCTATGAAGTATCATCTTTTGCCTGAGAGAAGATCCATGATGCAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207785 AGCTATGAAGTATCATCTTTTGCCTGAGAGAAGATCCATGATGCAAAGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CTCGGACAAAGCCTAGAAAATCAACTGTGGGGGCACTTTATGCTGTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207835 CTCGGACAAAGCCTAGAAAATCAACTGTGGGGGCACTTTATGCTGTAGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GGCATGGATGCTATGAAAG         GTACTACTACTATTGAAAAATA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 207885 GGCATGGATGCTATGAAAGGTA...CAGGTACTACTACTATTGAAAAATA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TGACCTCAGGACCAACAGTTGGCTACATATTGGCACCATGAATGGCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214339 TGACCTCAGGACCAACAGTTGGCTACATATTGGCACCATGAATGGCCGTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GGCTTCAATTTGGAGTCGCAGTTATTGATAATAAGCTCTATGTCGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214389 GGCTTCAATTTGGAGTCGCAGTTATTGATAATAAGCTCTATGTCGTGGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GGAAGAGACGGTTTAAAAACTTTGAATACAGTGGAATGTTTTAATCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214439 GGAAGAGACGGTTTAAAAACTTTGAATACAGTGGAATGTTTTAATCCAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TGGCAAAATCTGGACTGTGATGCCTCCCATGTCAACACATCGGCACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214489 TGGCAAAATCTGGACTGTGATGCCTCCCATGTCAACACATCGGCACGGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 TAG         GTGTAGCCACTCTTGAAGGACCAATGTATGCTGTAGGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214539 TAGGTA...TAGGTGTAGCCACTCTTGAAGGACCAATGTATGCTGTAGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GGTCATGATGGATGGAGCTATCTAAATACTGTAGAAAGATGGGACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215894 GGTCATGATGGATGGAGCTATCTAAATACTGTAGAAAGATGGGACCCTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GGGACGACAGTGGAATTACGTAGCCAGTATGTCAACTCCTAGAAGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215944 GGGACGACAGTGGAATTACGTAGCCAGTATGTCAACTCCTAGAAGCACAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 TTGGTGTTGTTGCATTAAACAACAA         ATTATATGCTATTGGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 215994 TTGGTGTTGTTGCATTAAACAACAAGTG...TAGATTATATGCTATTGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GGACGTGATGGAAGTTCCTGCCTCAAATCAATGGAATACTTTGACCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217686 GGACGTGATGGAAGTTCCTGCCTCAAATCAATGGAATACTTTGACCCACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 CACTAACAAGTGGAGTTTGTGTGCTCCAATGTCCAAAAGACGTGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217736 CACTAACAAGTGGAGTTTGTGTGCTCCAATGTCCAAAAGACGTGGAGGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 TGGGAGTTGCCACATACAATGGATTCTTATATGTTGTAGGGGGGCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217786 TGGGAGTTGCCACATACAATGGATTCTTATATGTTGTAGGGGGGCATGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 GCCCCTGCTTCCAACCATTGCTCCAGGCTTTCTGACTGTGTGGAACG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 217836 GCCCCTGCTTCCAACCATTGCTCCAGGCTTTCTGACTGTGTGGAACGGTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1926       GTATGATCCAAAAGGTGATTCATGGTCAACTGTGGCACCTCTGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217886 ...AAGGTATGATCCAAAAGGTGATTCATGGTCAACTGTGGCACCTCTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 GTGTTCCTCGAGATGCTGTTGCTGTGTGCCCTCTTGGAGACAAACTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246915 GTGTTCCTCGAGATGCTGTTGCTGTGTGCCCTCTTGGAGACAAACTCTAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 GTGGTTGGAGGATATGACGGACATACTTATTTGAACACAGTTGAGTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246965 GTGGTTGGAGGATATGACGGACATACTTATTTGAACACAGTTGAGTCATA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 TGATGCACAGAGAAATGAATGGAAAGAG         GAAGTTCCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 247015 TGATGCACAGAGAAATGAATGGAAAGAGGTA...TAGGAAGTTCCTGTTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 ACATTGGAAGAGCTGGTGCATGTGTTGTAGTGGTGAAGCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248595 ACATTGGAAGAGCTGGTGCATGTGTTGTAGTGGTGAAGCTACCC