seq1 = pF1KA1680.tfa, 2700 bp
seq2 = pF1KA1680/gi568815594f_90208285.tfa (gi568815594f:90208285_91699054), 1490770 bp

>pF1KA1680 2700
>gi568815594f:90208285_91699054 (Chr4)

1-1324  (100001-101324)   100% ->
1325-1510  (104579-104764)   100% ==
1603-1724  (259949-260070)   100% ->
1725-1932  (419741-419948)   100% ==
2009-2095  (607476-607562)   100% ==
2216-2700  (1390286-1390770)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGACTCAGGATCAAGACGATCTACCCTGGTCTCCCGGTTGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGACTCAGGATCAAGACGATCTACCCTGGTCTCCCGGTTGCCAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTCAGAAGAAGTATTAACAGAAGACATGATTCTCTTCCTTCTTCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTCAGAAGAAGTATTAACAGAAGACATGATTCTCTTCCTTCTTCACCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTTCCAGTAATACAGTTGGTGTCCACAGTTCCTCTCCTTCCAGCACTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTTCCAGTAATACAGTTGGTGTCCACAGTTCCTCTCCTTCCAGCACTAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCAAGCTCAGGTAGCACAGGTAAACGGAGGAGCATATTCCGTACTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCAAGCTCAGGTAGCACAGGTAAACGGAGGAGCATATTCCGTACTCCTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATTAGCTTCCACCATAAGAAGGGGAGTGAGCCTAAGCAAGAGCCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATTAGCTTCCACCATAAGAAGGGGAGTGAGCCTAAGCAAGAGCCTACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCAGAACCTTAGTATTTCAAATGGTGCTCAACCTGGTCACAGCAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCAGAACCTTAGTATTTCAAATGGTGCTCAACCTGGTCACAGCAATATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGAAACTGAGTTTGGAAGAACATATTAAGACCAGGGGAAGACATTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGAAACTGAGTTTGGAAGAACATATTAAGACCAGGGGAAGACATTCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGTTTTAGTAGTTCACGAAATAAGAAGATAACAAGATCTTTGACAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGTTTTAGTAGTTCACGAAATAAGAAGATAACAAGATCTTTGACAGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATTTTGAAAGGGAAAAAGAGCACTCAACTAACAAGAATGTCTTTATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATTTTGAAAGGGAAAAAGAGCACTCAACTAACAAGAATGTCTTTATAAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGTCTAAGTTCTGGCAAAAGTGAAGGGGATGATTCTGGTTTCACAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGTCTAAGTTCTGGCAAAAGTGAAGGGGATGATTCTGGTTTCACAGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCAAACTCGTCGTTCTGTTAAGCAGTCAACAAGGAAGCTACTCCCTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCAAACTCGTCGTTCTGTTAAGCAGTCAACAAGGAAGCTACTCCCTAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTTTTTCATCTCACTATAAATTTTCTAAGCCAGTTCTACAGAGCCAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTTTTTCATCTCACTATAAATTTTCTAAGCCAGTTCTACAGAGCCAATCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATTTCATTGGTACAACAGTCTGAATTCTCATTGGAAGTTACACAGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATTTCATTGGTACAACAGTCTGAATTCTCATTGGAAGTTACACAGTACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGAGAGAGAACCTGTATTAGTAAGAGCTTCGCCATCCTGTTCTGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGAGAGAGAACCTGTATTAGTAAGAGCTTCGCCATCCTGTTCTGTGGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TAACAGAACGGGCAGGAAGCTCTTTACAATCTCCTTTGCTTTCTGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TAACAGAACGGGCAGGAAGCTCTTTACAATCTCCTTTGCTTTCTGCTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTTACCACAGCTCAGACACCTTCAGAATTTTTAGCCTTGACTGAAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTTACCACAGCTCAGACACCTTCAGAATTTTTAGCCTTGACTGAAGATTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGTGTCTGAAATGGATGCATTTTCTAAAAGTGGAAGCATGGCATCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGTGTCTGAAATGGATGCATTTTCTAAAAGTGGAAGCATGGCATCCCACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTGACAACTTTGGCCACAATGATTCTACCTCTCAGATGTCCCTCAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTGACAACTTTGGCCACAATGATTCTACCTCTCAGATGTCCCTCAATTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCTGCTGTTACAAAGACAACAACAGAACTTACGGGAACTGTTCCCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCTGCTGTTACAAAGACAACAACAGAACTTACGGGAACTGTTCCCTGTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AATTATGTCTCCTGGGAAATATAGGTTAGAGGGTCAATGTAGCACTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AATTATGTCTCCTGGGAAATATAGGTTAGAGGGTCAATGTAGCACTGAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CTAATTCATTACCGGAAACCTCTGCTGCTAATCAGAAGGAAGTGTTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CTAATTCATTACCGGAAACCTCTGCTGCTAATCAGAAGGAAGTGTTATTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CAAATTGCTGAACTACCTGCTACAAGTGTGAGCCACTCAGAGAGTAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CAAATTGCTGAACTACCTGCTACAAGTGTGAGCCACTCAGAGAGTAACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 ACCAGCAGATAGTGAAAGAGAAGAAAATATAGGGTTACAAAATGGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 ACCAGCAGATAGTGAAAGAGAAGAAAATATAGGGTTACAAAATGGTGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CAATGCTGGGGACAAACTCCCCAAGGAAACTTGGATTTTATGAGCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CAATGCTGGGGACAAACTCCCCAAGGAAACTTGGATTTTATGAGCAACAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AAAGCAATAGCGGAACATGTAAAAGGGATCCATCCTATTTCAGATTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AAAGCAATAGCGGAACATGTAAAAGGGATCCATCCTATTTCAGATTCAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GATAATACCTACTTCTGGTGATCATCATATTTTTAACAAAACATCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GATAATACCTACTTCTGGTGATCATCATATTTTTAACAAAACATCACATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GATATGAAGCAAATCCTGCCAAAG         TTCTTGCCAGTAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101301 GATATGAAGCAAATCCTGCCAAAGGTA...TAGTTCTTGCCAGTAGTCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 AGTCCATTTCGTGAAGGAAGATTTATAGAGAGGAGACTGCGATCCTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104596 AGTCCATTTCGTGAAGGAAGATTTATAGAGAGGAGACTGCGATCCTCGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 AGAAGGCACTGCAGGGAGTAGCAGAATGATTTTGAAACCGAAAGATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104646 AGAAGGCACTGCAGGGAGTAGCAGAATGATTTTGAAACCGAAAGATGGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 ATATAGAAGAAGTTAATAGTTTAAGAAAGCAAAGAGCAGGTTCTTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104696 ATATAGAAGAAGTTAATAGTTTAAGAAAGCAAAGAGCAGGTTCTTCATCT

   1500     .    :    .
   1492 TCAAAAATGAACAGTTTGG
        |||||||||||||||||||
 104746 TCAAAAATGAACAGTTTGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1603 GTTTGCCGGGAGGACTCATATCACTCTGTCGTCTCATGTGCCGCAGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259949 GTTTGCCGGGAGGACTCATATCACTCTGTCGTCTCATGTGCCGCAGTAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1653 TCTTACTCCTATGGAACCAATGATAGAAATGAAGAAAAGAGAAGAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259999 TCTTACTCCTATGGAACCAATGATAGAAATGAAGAAAAGAGAAGAACCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1703 AATTTCCTGAGCCTTCCAAACA         GAATCTTTCCCTGAAATTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 260049 AATTTCCTGAGCCTTCCAAACAGTG...TAGGAATCTTTCCCTGAAATTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1744 ACAAAGGACGTTGATCAAGAAGCCAGGTGTTCCCACATCAGCCGAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419760 ACAAAGGACGTTGATCAAGAAGCCAGGTGTTCCCACATCAGCCGAATGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1794 CAACAGTCCATCTGCGGATTGGCCTCTACAAGGTGTGGAAGAAAACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419810 CAACAGTCCATCTGCGGATTGGCCTCTACAAGGTGTGGAAGAAAACGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1844 GCATAGATTCTCTGCCATTCAGACTGATGTTACAGGACTGCACGGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419860 GCATAGATTCTCTGCCATTCAGACTGATGTTACAGGACTGCACGGCAGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .
   1894 AAGACGTTATTATTAAAGATGAAGAGAGTTCTTCAAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419910 AAGACGTTATTATTAAAGATGAAGAGAGTTCTTCAAGAG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2009 AGGATATAATGAAAGATGAATGCTCGATGCTCAAGCTGCAGCTGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 607476 AGGATATAATGAAAGATGAATGCTCGATGCTCAAGCTGCAGCTGAAAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .
   2059 AAGGATGAACTCATTTCCCAACTTCAGGAAGAGCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 607526 AAGGATGAACTCATTTCCCAACTTCAGGAAGAGCTGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 AGGCTACATATCGAAATCGAATTGTGAGCCAAAATCTCAGCACAAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1390286 AGGCTACATATCGAAATCGAATTGTGAGCCAAAATCTCAGCACAAGGGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 AGAAAAGCAATACATACTCCCACCGAGGACCGTTTTAGGTATTCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1390336 AGAAAAGCAATACATACTCCCACCGAGGACCGTTTTAGGTATTCGGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 GGACCAGACAAGCCCCTACAAAAACAAGACCTGTCAACTCCCAAGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1390386 GGACCAGACAAGCCCCTACAAAAACAAGACCTGTCAACTCCCAAGTCTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 GTTTAAGTAATTTCCTGAAGGACAAGGAACTAGCAGAAGTTATCAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1390436 GTTTAAGTAATTTCCTGAAGGACAAGGAACTAGCAGAAGTTATCAAACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 TCAAGAGGAACTTATGAAACCCTCACTTCAGACGTTACACAGAACTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1390486 TCAAGAGGAACTTATGAAACCCTCACTTCAGACGTTACACAGAACTTACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 GGCCACCGTTGGGCAGAGCTCTCTGAAGCCAACAGCTAAGACAGAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1390536 GGCCACCGTTGGGCAGAGCTCTCTGAAGCCAACAGCTAAGACAGAAGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 TCTCCACGTTCTTAGAGAAACCAAAGGACCAAGTTGCTACGGCCCGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1390586 TCTCCACGTTCTTAGAGAAACCAAAGGACCAAGTTGCTACGGCCCGACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 CATTCGACCTTTACAGGCAGGTTTGGACAGCCACCCAGAGGGCCAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1390636 CATTCGACCTTTACAGGCAGGTTTGGACAGCCACCCAGAGGGCCAATCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2616 TTTACACATGTACAGCAGGAAGAATGTGTTTCTCCACCACAATTTACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1390686 TTTACACATGTACAGCAGGAAGAATGTGTTTCTCCACCACAATTTACACA

    450     .    :    .    :    .    :    .
   2666 GCACTGAGCTGCAAACTCTAGGCCAGCAGGATGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
1390736 GCACTGAGCTGCAAACTCTAGGCCAGCAGGATGGG