seq1 = pF1KA1673.tfa, 2136 bp
seq2 = pF1KA1673/gi568815593f_173789734.tfa (gi568815593f:173789734_174056134), 266401 bp

>pF1KA1673 2136
>gi568815593f:173789734_174056134 (Chr5)

1-1125  (100001-101125)   100% ->
1126-1207  (120790-120871)   100% ->
1208-1231  (153293-153316)   100% ->
1232-1405  (155234-155407)   100% ->
1406-1495  (159775-159864)   100% ->
1496-1614  (160227-160345)   100% ->
1615-1729  (162091-162205)   100% ->
1730-1911  (163358-163539)   100% ->
1912-2136  (166177-166401)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGATTACGGGTTTGGAGTGCTAGTGCAAAGCAATACTGGGAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGATTACGGGTTTGGAGTGCTAGTGCAAAGCAATACTGGGAATAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCTGCTTTTCCAGTCAGATTCCATCCACATCTGCAGCCTCCACACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCTGCTTTTCCAGTCAGATTCCATCCACATCTGCAGCCTCCACACCATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCAAAATGCCACCCCCAGCCCTGCTGCTTTTATAAATAATAACACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCAAAATGCCACCCCCAGCCCTGCTGCTTTTATAAATAATAACACAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAATGGCAGCAGTGCTGGGTCAGCTTGGCTTTTTCCTGCTCCAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCAATGGCAGCAGTGCTGGGTCAGCTTGGCTTTTTCCTGCTCCAGCTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCATAACATTCAGGATGAGATCTTGGGGTCAGAAAAAGCAAAAAGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCATAACATTCAGGATGAGATCTTGGGGTCAGAAAAAGCAAAAAGTCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AACAGGAACAGCAAGACCCCTTAGAAAAGCAGCAGCTTTCCCCAAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AACAGGAACAGCAAGACCCCTTAGAAAAGCAGCAGCTTTCCCCAAGTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGTCAGGAAGCTGGAATACTGCCTGAAACAGAGAAGGCAAAATCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGTCAGGAAGCTGGAATACTGCCTGAAACAGAGAAGGCAAAATCAGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAATCAAGGGGACAATTCTTCGGAAAATGGCAATGGGAAGGAGAAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AAATCAAGGGGACAATTCTTCGGAAAATGGCAATGGGAAGGAGAAAATAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGATCGAATCTCCAGTGTTGACAGGGTTTGATTATCAAGAAGCCACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGATCGAATCTCCAGTGTTGACAGGGTTTGATTATCAAGAAGCCACTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTAGGTACTTCAACCCAACCCTTGACATCTAGCGCATCGTCTCTTACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTAGGTACTTCAACCCAACCCTTGACATCTAGCGCATCGTCTCTTACTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTCAGTAACTGGTCAGCAGCGATAGCGCCTTCCTCCTCTACAATAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTCAGTAACTGGTCAGCAGCGATAGCGCCTTCCTCCTCTACAATAATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATGAAGATGCAAGTTTCTTTCACCAGGGAGGGGTCCCTGCTGCTTCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATGAAGATGCAAGTTTCTTTCACCAGGGAGGGGTCCCTGCTGCTTCGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AATAACGGTGCTCTGTTGTTTCAAAATTTCCCCCATCATGTCAGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AATAACGGTGCTCTGTTGTTTCAAAATTTCCCCCATCATGTCAGCCCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTTGGAGGCAGCTTCTCTCCTCAGATCGGGCCTCTCTCACAGCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTTTGGAGGCAGCTTCTCTCCTCAGATCGGGCCTCTCTCACAGCACCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CACATCACCCTCATTTCCAGCATCATCACAGCCAGCATCAGCAGCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CACATCACCCTCATTTCCAGCATCATCACAGCCAGCATCAGCAGCAAAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGGTCTCCTGCCAGTCCCCATCCCCCACCCTTCACACATAGAAATGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGGTCTCCTGCCAGTCCCCATCCCCCACCCTTCACACATAGAAATGCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTTTAACCAGCTGCCTCATTTGGCGAATAATCTTAACAAACCCCCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTTTAACCAGCTGCCTCATTTGGCGAATAATCTTAACAAACCCCCCTCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CGTGGAGCAGCTACCAGAGTCCGTCACCAACACCCTCCTCTTCCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CGTGGAGCAGCTACCAGAGTCCGTCACCAACACCCTCCTCTTCCTGGAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCGGGCGGTGGTGGATATGGTGGCTGGGGAGGTTCCCAAGGCCGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CCGGGCGGTGGTGGATATGGTGGCTGGGGAGGTTCCCAAGGCCGAGATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCGCAGAGGGCTGAATGGTGGAATAACGCCCCTGAACTCCATCTCGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCGCAGAGGGCTGAATGGTGGAATAACGCCCCTGAACTCCATCTCGCCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGAAGAAAAATTTTGCAAGCAATCATATTCAGCTCCAGAAGTATGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGAAGAAAAATTTTGCAAGCAATCATATTCAGCTCCAGAAGTATGCTCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CCCAGCTCTGCCTTTGCACCTAAATCCTGGATGGAAGATAGCTTGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CCCAGCTCTGCCTTTGCACCTAAATCCTGGATGGAAGATAGCTTGAACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGCTGACAACATTTTTCCTTTTCCG         GATCGCCCCAGGACAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101101 GGCTGACAACATTTTTCCTTTTCCGGTA...CAGGATCGCCCCAGGACAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TCGACATGCACTCACTGGAGAGTTCACTCATTGACATAATGAGAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120806 TCGACATGCACTCACTGGAGAGTTCACTCATTGACATAATGAGAGCTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 AATGATACCATTAAAG         CAAGGACATATGGGCGAAGGAGAG 
        ||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||>
 120856 AATGATACCATTAAAGGTA...CAGCAAGGACATATGGGCGAAGGAGAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1232         GTCAGTCTTCACTGTTTCCAATGGAAGATGGATTCTTGGATG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153318 TA...CAGGTCAGTCTTCACTGTTTCCAATGGAAGATGGATTCTTGGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 ATGGCCGTGGGGATCAGCCTCTTCATAGTGGCCTGGGTTCACCTCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155276 ATGGCCGTGGGGATCAGCCTCTTCATAGTGGCCTGGGTTCACCTCACTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 TTCAGTCACCAGAATGGGGAAAGAGTGGAACGATATTCTCGAAAGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155326 TTCAGTCACCAGAATGGGGAAAGAGTGGAACGATATTCTCGAAAGGTGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 TGTAGGCGGATTGCCTCCAGACATTGATGAAG         ATGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 155376 TGTAGGCGGATTGCCTCCAGACATTGATGAAGGTA...TAGATGAGATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CAGCTAGTTTTCGTCGCTTTGGCCCTCTGATTGTGGATTGGCCTCATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159784 CAGCTAGTTTTCGTCGCTTTGGCCCTCTGATTGTGGATTGGCCTCATAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 GCTGAGAGCAAATCCTATTTTCCTCCTAAAG         GCTATGCATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 159834 GCTGAGAGCAAATCCTATTTTCCTCCTAAAGGTA...CAGGCTATGCATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 CCTGCTGTTTCAAGATGAAAGCTCTGTGCAGGCTCTCATTGATGCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160237 CCTGCTGTTTCAAGATGAAAGCTCTGTGCAGGCTCTCATTGATGCATGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 TTGAAGAAGATGGAAAACTCTACCTTTGTGTATCAAGTCCCACTATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160287 TTGAAGAAGATGGAAAACTCTACCTTTGTGTATCAAGTCCCACTATCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GATAAGCCA         GTCCAGATTCGGCCTTGGAATCTCAGTGACAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 160337 GATAAGCCAGTA...TAGGTCCAGATTCGGCCTTGGAATCTCAGTGACAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 TGACTTTGTGATGGATGGTTCACAGCCACTTGACCCACGAAAAACTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162123 TGACTTTGTGATGGATGGTTCACAGCCACTTGACCCACGAAAAACTATAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TTGTTGGTGGTGTTCCTCGACCATTACGAGCTG         TGGAGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 162173 TTGTTGGTGGTGTTCCTCGACCATTACGAGCTGGTA...TAGTGGAGCTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GCGATGATAATGGATCGGCTATATGGAGGTGTGTGCTACGCTGGGATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163366 GCGATGATAATGGATCGGCTATATGGAGGTGTGTGCTACGCTGGGATTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 TACCGACCCTGAGCTAAAATACCCAAAAGGAGCTGGGAGAGTTGCGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163416 TACCGACCCTGAGCTAAAATACCCAAAAGGAGCTGGGAGAGTTGCGTTCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 CTAATCAACAGAGTTACATAGCTGCTATCAGTGCCCGCTTTGTTCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163466 CTAATCAACAGAGTTACATAGCTGCTATCAGTGCCCGCTTTGTTCAGCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 CAGCATGGAGAGATAGATAAACGG         GTGGAAGTTAAGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 163516 CAGCATGGAGAGATAGATAAACGGGTA...CAGGTGGAAGTTAAGCCATA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 TGTCTTGGATGATCAGCTGTGTGATGAATGTCAGGGGGCCCGTTGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166194 TGTCTTGGATGATCAGCTGTGTGATGAATGTCAGGGGGCCCGTTGTGGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 GGAAATTTGCTCCATTTTTCTGTGCTAATGTTACCTGTCTGCAGTATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166244 GGAAATTTGCTCCATTTTTCTGTGCTAATGTTACCTGTCTGCAGTATTAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 TGTGAATATTGCTGGGCTGCTATCCATTCTCGTGCTGGCAGGGAATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166294 TGTGAATATTGCTGGGCTGCTATCCATTCTCGTGCTGGCAGGGAATTCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 CAAGCCCCTGGTGAAGGAAGGCGGTGACCGCCCTCGGCATATTTCATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166344 CAAGCCCCTGGTGAAGGAAGGCGGTGACCGCCCTCGGCATATTTCATTCC

   2200     .
   2129 GCTGGAAC
        ||||||||
 166394 GCTGGAAC