seq1 = pF1KA1649.tfa, 1263 bp
seq2 = pF1KA1649/gi568815576r_42485794.tfa (gi568815576r:42485794_42714857), 229064 bp

>pF1KA1649 1263
>gi568815576r:42485794_42714857 (Chr22)

(complement)

1-59  (100001-100059)   100% ->
60-450  (111698-112088)   100% ->
451-537  (112802-112888)   100% ->
538-633  (115065-115160)   100% ->
634-813  (118493-118672)   100% ->
814-891  (119244-119321)   100% ->
892-1021  (122774-122903)   100% ->
1022-1088  (127286-127352)   100% ->
1089-1263  (128890-129064)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACATCTCCCTGGACGAACTCATCAGGAAGCGCGGGGCGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACATCTCCCTGGACGAACTCATCAGGAAGCGCGGGGCGGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAGGACG         GCTTAATGCCAGACCGGGAGTTGGAGGTGTCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAAGGACGGTG...CAGGCTTAATGCCAGACCGGGAGTTGGAGGTGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GATCTCGAGTTGGGATCCAGCAAGGCCTTCTCAGCCAGTCAACACGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111730 GATCTCGAGTTGGGATCCAGCAAGGCCTTCTCAGCCAGTCAACACGCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCACCTTCCAGCAGAGATTTGATGCCCGGCAGAAGATTGGCCTCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111780 GCCACCTTCCAGCAGAGATTTGATGCCCGGCAGAAGATTGGCCTCTCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCCGGCTCAAACTGGGAGTCAAGGATGCCCGGGAGAAGCTTTTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111830 TGCCCGGCTCAAACTGGGAGTCAAGGATGCCCGGGAGAAGCTTTTGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGATGCCCGATTTCGAATCAAAGGGAAAGTGCAGGATGCCAGAGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111880 AAGATGCCCGATTTCGAATCAAAGGGAAAGTGCAGGATGCCAGAGAGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTGAACTCTCGCAAGCAGCAGACCACGGTGCCCCAGAAGCCCCGCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111930 TTGAACTCTCGCAAGCAGCAGACCACGGTGCCCCAGAAGCCCCGCCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGCTGATGCCCGGGAGAAGATCAGCTTGAAGAGGAGTTCCCCTGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111980 TGCTGATGCCCGGGAGAAGATCAGCTTGAAGAGGAGTTCCCCTGCTGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCATAAACCCACCCATTGGGACAGTGACCCCTGCTCTGAAGCTCACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112030 TCATAAACCCACCCATTGGGACAGTGACCCCTGCTCTGAAGCTCACCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCATCCAG         GTTCCACAGCAGAAAGCCATGGCACCACTTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112080 ACCATCCAGGTG...CAGGTTCCACAGCAGAAAGCCATGGCACCACTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCCCCATCCTGCCGGAATGAGAATCAATGTTGTCAATAACCACCAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112834 TCCCCATCCTGCCGGAATGAGAATCAATGTTGTCAATAACCACCAGGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AACAG         AATTTATATGACCTGGATGAAGATGATGATGGTATA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112884 AACAGGTA...CAGAATTTATATGACCTGGATGAAGATGATGATGGTATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTTCCGTTCCTACTAAACAGATGAAGTTTGCAGCCTCAGGCGGCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115101 GCTTCCGTTCCTACTAAACAGATGAAGTTTGCAGCCTCAGGCGGCTTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCACCACATG         GCTGGGCTAAGCAGTTCCAAGCTTTCCATGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 115151 CCACCACATGGTA...TAGGCTGGGCTAAGCAGTTCCAAGCTTTCCATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCAAGGCCCTCCCTCTCACCAAAGTGGTTCAGAATGATGCATACACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118524 CCAAGGCCCTCCCTCTCACCAAAGTGGTTCAGAATGATGCATACACAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCTGCTCTCCCTTCCTCTATTCGAACAAAAGCCTTGACCAACATGTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118574 CCTGCTCTCCCTTCCTCTATTCGAACAAAAGCCTTGACCAACATGTCCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GACACTGGTGAACAAGGAAGAACCCCCCAAAGAGCTGCCAGCTGCTGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 118624 GACACTGGTGAACAAGGAAGAACCCCCCAAAGAGCTGCCAGCTGCTGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814         CCTGTTCTCAGCCCATTGGAAGGCACCAAGATGACTGTGAAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118674 TG...CAGCCTGTTCTCAGCCCATTGGAAGGCACCAAGATGACTGTGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AATCTGCACCCTCGAGTCACTGAGGAGGACATTGTT         GAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 119286 AATCTGCACCCTCGAGTCACTGAGGAGGACATTGTTGTA...CAGGAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTTCTGTGTGTGTGGGGCCCTCAAGCGAGCTCGACTGGTCCATCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122779 TTTCTGTGTGTGTGGGGCCCTCAAGCGAGCTCGACTGGTCCATCCTGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TAGCGGAGGTGGTGTTTGTGAAAAAGGACGATGCCATCACCGCATATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122829 TAGCGGAGGTGGTGTTTGTGAAAAAGGACGATGCCATCACCGCATATAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AAGTACAACAACCGGTGTCTGGACG         GGCAGCCGATGAAGTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 122879 AAGTACAACAACCGGTGTCTGGACGGTA...CAGGGCAGCCGATGAAGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAACCTTCACATGAATGGGAATGTTATCACCTCAGACCAGCCCATCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127302 CAACCTTCACATGAATGGGAATGTTATCACCTCAGACCAGCCCATCCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 T         GCGGCTGAGTGACAGCCCATCAATGAAAAAGGAGAGCGAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127352 TGTG...CAGGCGGCTGAGTGACAGCCCATCAATGAAAAAGGAGAGCGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTGCCTCGCAGGGTGAACTCTGCCTCCTCCTCCAACCCCCCTGCCGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128930 CTGCCTCGCAGGGTGAACTCTGCCTCCTCCTCCAACCCCCCTGCCGAAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGACCCTGACACCATCCTGAAGGCACTCTTCAAGTCCTCAGGGGCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128980 GGACCCTGACACCATCCTGAAGGCACTCTTCAAGTCCTCAGGGGCCTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1229 TGACCACGCAGCCCACAGAATTCAAAATCAAGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129030 TGACCACGCAGCCCACAGAATTCAAAATCAAGCTT