seq1 = pF1KA1624.tfa, 1800 bp
seq2 = pF1KA1624/gi568815589f_129953933.tfa (gi568815589f:129953933_130235118), 281186 bp

>pF1KA1624 1800
>gi568815589f:129953933_130235118 (Chr9)

1-141  (100001-100141)   100% ->
142-255  (121704-121817)   100% ->
256-306  (122480-122530)   100% ->
307-386  (123367-123446)   100% ->
387-526  (125698-125837)   100% ->
527-564  (129633-129670)   100% ->
565-621  (132488-132544)   100% ->
622-729  (136944-137051)   100% ->
730-863  (138316-138449)   100% ->
864-939  (145525-145600)   100% ->
940-1013  (146697-146770)   100% ->
1014-1131  (147174-147291)   100% ->
1132-1262  (150488-150618)   100% ->
1263-1306  (153564-153607)   100% ->
1307-1363  (156438-156494)   98% ->
1364-1450  (160645-160731)   97% ->
1451-1500  (170983-171032)   100% ->
1501-1584  (173551-173634)   100% ->
1585-1706  (174708-174829)   100% ->
1707-1800  (181093-181186)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCTCTGGCGCCCGTCGGCTCCCCCGCCTCCCGCGGTCCTAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCTCTGGCGCCCGTCGGCTCCCCCGCCTCCCGCGGTCCTAGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGCGGGCCTCCGGCTGCTCCCAATGCTGGGTTTGCTGCAGTTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGCGGGCCTCCGGCTGCTCCCAATGCTGGGTTTGCTGCAGTTGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGAGCCTGGCCTGGGCCGCGTCCATCACCTGGCACTCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100101 CCGAGCCTGGCCTGGGCCGCGTCCATCACCTGGCACTCAAGGTA...TAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGATGTGAGGCATAAAGTTCATCTGAACACCTTTGGCTTCTTCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121704 GATGATGTGAGGCATAAAGTTCATCTGAACACCTTTGGCTTCTTCAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGGTACATGGTGGTGAATGTCAGTAGCCTCTCACTGAATGAGCCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121754 TGGGTACATGGTGGTGAATGTCAGTAGCCTCTCACTGAATGAGCCTGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAAGGATGTGACT         ATTGGATTTAGCCTAGACCGTACAAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 121804 ACAAGGATGTGACTGTA...TAGATTGGATTTAGCCTAGACCGTACAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGATGGCTTTTCTTCTTACCTG         GATGAAGATGTGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 122507 AATGATGGCTTTTCTTCTTACCTGGTG...CAGGATGAAGATGTGAATTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTGTATTTTAAAGAAACAGTCTGTCTCTGTCACCCTTTTAATCCTAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123384 CTGTATTTTAAAGAAACAGTCTGTCTCTGTCACCCTTTTAATCCTAGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTCCAGAAGTGA         GGTAAGAGTAAAGTCTCCACCAGAAGCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 123434 TCTCCAGAAGTGAGTA...TAGGGTAAGAGTAAAGTCTCCACCAGAAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGTACCCAGTTACCAAAGATCATCTTCAGCAGGGATGAGAAAGTCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125726 GGTACCCAGTTACCAAAGATCATCTTCAGCAGGGATGAGAAAGTCCTTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCAGAGCCAGGAGCCTAATGTTAACCCTGCTTCAGCAGGCAACCAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125776 TCAGAGCCAGGAGCCTAATGTTAACCCTGCTTCAGCAGGCAACCAGACCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAAGACACAAG         ATGGTGGAAAGTCTAAAAGAAGTACAGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 125826 AGAAGACACAAGGTA...TAGATGGTGGAAAGTCTAAAAGAAGTACAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATTCAAAG         GCCATGGGAGAGAAATCCTTTTCTGTTCATAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 129662 GATTCAAAGGTA...TAGGCCATGGGAGAGAAATCCTTTTCTGTTCATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TAATGGTGGGGCAGTGTCATTTCAG         TTTTTCTTTAACATCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 132520 TAATGGTGGGGCAGTGTCATTTCAGGTA...CAGTTTTTCTTTAACATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GCACTGATGACCAAGAAGGCCTTTACAGTCTTTATTTTCATAAATGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136960 GCACTGATGACCAAGAAGGCCTTTACAGTCTTTATTTTCATAAATGCCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGAAAAGAATTGCCAAGTGACAAGTTTACATTCAGCCTTGAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 137010 GGAAAAGAATTGCCAAGTGACAAGTTTACATTCAGCCTTGATGTG...CA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    730  ATTGAGATCACAGAGAAGAATCCTGACAGCTACCTCTCAGCAGGAGAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138315 GATTGAGATCACAGAGAAGAATCCTGACAGCTACCTCTCAGCAGGAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTCCTCTCCCCAAATTATACATCTCAATGGCCTTTTTCTTCTTTCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138365 TTCCTCTCCCCAAATTATACATCTCAATGGCCTTTTTCTTCTTTCTTTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GGGACCATCTGGATTCATATCCTTCGAAAACGACG         GAATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 138415 GGGACCATCTGGATTCATATCCTTCGAAAACGACGGTA...TAGGAATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGTATTTAAAATCCACTGGCTGATGGCGGCCCTTCCTTTCACCAAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145531 TGTATTTAAAATCCACTGGCTGATGGCGGCCCTTCCTTTCACCAAGTCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TTTCCTTGGTGTTCCATGCA         ATTGACTACCACTACATCTCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 145581 TTTCCTTGGTGTTCCATGCAGTA...CAGATTGACTACCACTACATCTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 TCCCAGGGCTTCCCTATCGAAGGCTGGGCTGTTGTGTACTACATAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146718 TCCCAGGGCTTCCCTATCGAAGGCTGGGCTGTTGTGTACTACATAACTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCT         TTTGAAAGGGGCGCTACTCTTCATCACCATTGCACTCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146768 CCTGTA...CAGTTTGAAAGGGGCGCTACTCTTCATCACCATTGCACTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TTGGCACTGGCTGGGCTTTCATTAAGCACATCCTTTCTGATAAAGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147212 TTGGCACTGGCTGGGCTTTCATTAAGCACATCCTTTCTGATAAAGACAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AAGATCTTCATGATTGTCATTCCACTCCAG         GTCCTGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 147262 AAGATCTTCATGATTGTCATTCCACTCCAGGTA...TAGGTCCTGGCAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 TGTAGCCTACATCATCATAGAGTCCACCGAGGAGGGCACGACTGAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150499 TGTAGCCTACATCATCATAGAGTCCACCGAGGAGGGCACGACTGAATATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GCTTGTGGAAGGACTCTCTATTTCTGGTCGACCTGTTGTGTTGTGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150549 GCTTGTGGAAGGACTCTCTATTTCTGGTCGACCTGTTGTGTTGTGGTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 ATCCTCTTCCCAGTGGTGTG         GTCAATCAGACATTTACAAGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 150599 ATCCTCTTCCCAGTGGTGTGGTG...TAGGTCAATCAGACATTTACAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 AGCATCAGCAACAGATGGAAAAG         GTGACAGCATGGGACCTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 153585 AGCATCAGCAACAGATGGAAAAGGCA...CAGGTGACAGCATGGGACCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TTCAGCAGAGAGCGAATCTGAGAGCAGGAAGTCGCATAG         AG
        ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||>>>...>>>||
 156456 TTCAGCAGAGAGCGAATCTAAGAGCAGGAAGTCGCATAGGTA...TAGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 TCTCGCCATTTTGCCCGGGCTGATCTTGAACTCCTGGCCTCTAGCTGTCC
        |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 160647 TCTCACCATTTTGCCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCCTCTAGCTGTCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 TCCTGCCTCAGTCTCCCAAAGGGCTGGGATTACAG         CTGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 160697 TCCTGCCTCAGTCTCCCAAAGGGCTGGGATTACAGGTG...TAGCTGCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 TTAACTTAGCAAAGCTGAAACTTTTCAGACATTATTACGTCTTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 170989 TTAACTTAGCAAAGCTGAAACTTTTCAGACATTATTACGTCTTGGTA...

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501    ATTGTGTGTTACATATACTTCACTAGGATCATTGCATTTCTCCTCAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173548 CAGATTGTGTGTTACATATACTTCACTAGGATCATTGCATTTCTCCTCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 ACTCGCTGTTCCATTCCAGTGGAAGTGGCTCTACCAG         CTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 173598 ACTCGCTGTTCCATTCCAGTGGAAGTGGCTCTACCAGGTA...CAGCTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1589 TGGATGAAACGGCCACACTGGTCTTCTTTGTTCTAACGGGGTATAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174712 TGGATGAAACGGCCACACTGGTCTTCTTTGTTCTAACGGGGTATAAATTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1639 CGTCCGGCTTCAGATAACCCCTACCTACAACTTTCTCAGGAAGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174762 CGTCCGGCTTCAGATAACCCCTACCTACAACTTTCTCAGGAAGAAGAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1689 CTTGGAAATGGAGTCCGT         TGTGACAACATCTGGGGTGATGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 174812 CTTGGAAATGGAGTCCGTGTA...CAGTGTGACAACATCTGGGGTGATGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1730 AAAGTATGAAGAAAGTCAAGAAGGTGACCAACGGCTCCGTGGAGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181116 AAAGTATGAAGAAAGTCAAGAAGGTGACCAACGGCTCCGTGGAGCCCCAG

   1950     .    :    .    :
   1780 GGCGAGTGGGAAGGCGCCGTG
        |||||||||||||||||||||
 181166 GGCGAGTGGGAAGGCGCCGTG