seq1 = pF1KA1598.tfa, 1893 bp
seq2 = pF1KA1598/gi568815588r_116786347.tfa (gi568815588r:116786347_117105079), 318733 bp

>pF1KA1598 1893
>gi568815588r:116786347_117105079 (Chr10)

(complement)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-111  (125772-125824)   100% ->
112-172  (136368-136428)   100% ->
173-267  (144850-144944)   100% ->
268-436  (150870-151038)   100% ->
437-534  (153074-153171)   100% ->
535-616  (156083-156164)   100% ->
617-711  (160062-160156)   100% ->
712-858  (164468-164614)   100% ->
859-1012  (175078-175231)   100% ->
1013-1112  (177189-177288)   100% ->
1113-1195  (183564-183646)   100% ->
1196-1305  (189596-189705)   100% ->
1306-1359  (193237-193290)   100% ->
1360-1480  (198333-198453)   100% ->
1481-1673  (203123-203315)   100% ->
1674-1893  (218514-218733)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACAGCTCGGACGAAGAGAAGCAGCTGCAGCTCATTACCAGTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACAGCTCGGACGAAGAGAAGCAGCTGCAGCTCATTACCAGTCTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCAAG         CAATAGGCGAATATGAAGACCTTAGAGCAGAGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGCAAGGTA...TAGCAATAGGCGAATATGAAGACCTTAGAGCAGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCAGAAAACAAAGGAGAAG         TGTGACAAAATTAGGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 125805 ACCAGAAAACAAAGGAGAAGGTT...CAGTGTGACAAAATTAGGCAAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CGAGATGAAGCCGTTAAAAAACTGGAAGAATTTCAGAAAA         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 136389 CGAGATGAAGCCGTTAAAAAACTGGAAGAATTTCAGAAAAGTA...TAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TTCTCACATGGTCATAGAGGAAGTTAATTTCATGCAGAACCATCTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144851 TTCTCACATGGTCATAGAGGAAGTTAATTTCATGCAGAACCATCTTGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TAGAGAAGACTTGTCGAGAAAGTGCTGAAGCTTTGGCAACAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 144901 TAGAGAAGACTTGTCGAGAAAGTGCTGAAGCTTTGGCAACAAAGGTG...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    268    CTAAATAAAGAAAATAAAACGTTGAAAAGAATCAGCATGTTGTACAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150867 TAGCTAAATAAAGAAAATAAAACGTTGAAAAGAATCAGCATGTTGTACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGCCAAGCTGGGACCAGATGTAATAACTGAAGAGATAAACATTGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150917 GGCCAAGCTGGGACCAGATGTAATAACTGAAGAGATAAACATTGATGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAGATTCGACTACAGACACAGACGGTGCCGCCGAGACTTGTGTCTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150967 AAGATTCGACTACAGACACAGACGGTGCCGCCGAGACTTGTGTCTCAGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGTGTCAGAAGCAAATTAAAG         AACTTCGAGATCAAATTGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 151017 CAGTGTCAGAAGCAAATTAAAGGTA...CAGAACTTCGAGATCAAATTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATCTGTTCAGGAGGAAAAGAAGATTTTAGCCATTGAGCTGGAAAATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153093 ATCTGTTCAGGAGGAAAAGAAGATTTTAGCCATTGAGCTGGAAAATCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGAGCAAACTCGTAGAAGTAATTGAAGAA         GTAAATAAAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 153143 AGAGCAAACTCGTAGAAGTAATTGAAGAAGTA...TAGGTAAATAAAGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AAACAAGAAAAGACTGTTTTAAATTCAGAAGTTCTTGAACAGAGAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156095 AAACAAGAAAAGACTGTTTTAAATTCAGAAGTTCTTGAACAGAGAAAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTTAGAAAAATGCAATAGAG         TGTCCATGTTAGCTGTAGAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 156145 CTTAGAAAAATGCAATAGAGGTA...AAGTGTCCATGTTAGCTGTAGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGTATGAGGAGATGCAAGTAAACCTGGAGCTGGAGAAGGACCTTCGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160083 AGTATGAGGAGATGCAAGTAAACCTGGAGCTGGAGAAGGACCTTCGAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAAGCAGAGTCATTTGCACAAGAG         ATGTTCATTGAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 160133 AAAGCAGAGTCATTTGCACAAGAGGTG...CAGATGTTCATTGAGCAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CAAGCTAAAGAGACAAAGCCACCTTCTGCTGCAGAGCTCCATCCCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164485 CAAGCTAAAGAGACAAAGCCACCTTCTGCTGCAGAGCTCCATCCCTGATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGCAGCTTTTGAAAGCTTTAGACGAAAATGCAAAACTCACCCAGCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164535 AGCAGCTTTTGAAAGCTTTAGACGAAAATGCAAAACTCACCCAGCAACTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAAGAAGAGAGAATTCAGCATCAACAAAAG         GTCAAAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 164585 GAAGAAGAGAGAATTCAGCATCAACAAAAGGTA...TAGGTCAAAGAATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AGAAGAGCAACTAGAAAATGAAACACTCCACAAAGAAATACACAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175089 AGAAGAGCAACTAGAAAATGAAACACTCCACAAAGAAATACACAACCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AACAGCAACTGGAGCTTCTAGAGGAAGATAAAAAGGAATTGGAATTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175139 AACAGCAACTGGAGCTTCTAGAGGAAGATAAAAAGGAATTGGAATTGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TATCAGAATTCTGAAGAGAAAGCCAGAAATTTAAAGCACTCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 175189 TATCAGAATTCTGAAGAGAAAGCCAGAAATTTAAAGCACTCTGGTA...C

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1013   TTGATGAACTCCAGAAACGAGTGAACCAGTCTGAGAATTCAGTACCTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177187 AGTTGATGAACTCCAGAAACGAGTGAACCAGTCTGAGAATTCAGTACCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CACCACCTCCTCCTCCACCACCACTTCCCCCTCCACCTCCCAATCCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177237 CACCACCTCCTCCTCCACCACCACTTCCCCCTCCACCTCCCAATCCTATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CG         ATCCCTCATGTCCATGATCCGGAAACGATCCCACCCCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177287 CGGTA...AAGATCCCTCATGTCCATGATCCGGAAACGATCCCACCCCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TGGCAGTGGTGCTAAGAAAGAAAAGGCAACTCAACCAGAAACAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 183603 TGGCAGTGGTGCTAAGAAAGAAAAGGCAACTCAACCAGAAACAAGTA...

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1196    CTGAAGAAGTCACAGATCTAAAGAGGCAAGCAGTTGAAGAGATGATG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189593 CAGCTGAAGAAGTCACAGATCTAAAGAGGCAAGCAGTTGAAGAGATGATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GATAGAATTAAAAAGGGAGTTCATCTTAGACCCGTTAATCAGACAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189643 GATAGAATTAAAAAGGGAGTTCATCTTAGACCCGTTAATCAGACAGCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 ACCGAAGACAAAG         CCAGAATCTTCGAAAGGCTGCGAAAGTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 189693 ACCGAAGACAAAGGTA...TAGCCAGAATCTTCGAAAGGCTGCGAAAGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CAGTGGATGAACTAAAAGGAATACTG         GGGACACTTAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 193265 CAGTGGATGAACTAAAAGGAATACTGGTA...TAGGGGACACTTAACAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 TCCACTAGTTCAAGAAGCTTAAAATCCCTTGACCCTGAAAACAGTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198348 TCCACTAGTTCAAGAAGCTTAAAATCCCTTGACCCTGAAAACAGTGAAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 TGAGTTAGAAAGGATTTTGCGTCGCAGAAAGGTGACAGCAGAAGCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198398 TGAGTTAGAAAGGATTTTGCGTCGCAGAAAGGTGACAGCAGAAGCAGATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 GCAGTA         GTCCAACTGGGATATTAGCCACCTCAGAGTCCAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198448 GCAGTAGTA...AAGGTCCAACTGGGATATTAGCCACCTCAGAGTCCAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 TCCATGCCAGTGTTGGGTTCTGTATCCAGTGTAACAAAAACAGCCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203158 TCCATGCCAGTGTTGGGTTCTGTATCCAGTGTAACAAAAACAGCCTTGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CAAGAAAACTCTGGAGGCAGAATTCAACAGCCCGTCCCCCCCAACACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203208 CAAGAAAACTCTGGAGGCAGAATTCAACAGCCCGTCCCCCCCAACACCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 AGCCAGGTGAAGGGCCCCGTAAATTGGAAGGATGCACAAGTTCCAAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203258 AGCCAGGTGAAGGGCCCCGTAAATTGGAAGGATGCACAAGTTCCAAGGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 ACGTTTCA         GCCTCCCAGTAGCATTGGATGCAGGAAAAAATA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 203308 ACGTTTCAGTA...TAGGCCTCCCAGTAGCATTGGATGCAGGAAAAAATA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 CATTGACGGTGAAAAACAAGCCGAACCAGTTGTAGTTTTAGATCCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218547 CATTGACGGTGAAAAACAAGCCGAACCAGTTGTAGTTTTAGATCCTGTTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 CTACACATGAACCCCAAACCAAAGACCAGGTTGCTGAAAAAGATCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218597 CTACACATGAACCCCAAACCAAAGACCAGGTTGCTGAAAAAGATCCAACT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 CAACACAAGGAGGATGAAGGCGAAATTCAACCAGAAAACAAAGAAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218647 CAACACAAGGAGGATGAAGGCGAAATTCAACCAGAAAACAAAGAAGACAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .
   1857 CATTGAAAACGTGAGAGAGACAGACAGCTCCAACTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218697 CATTGAAAACGTGAGAGAGACAGACAGCTCCAACTGC