seq1 = pF1KA1533.tfa, 2175 bp
seq2 = pF1KA1533/gi568815579f_34909117.tfa (gi568815579f:34909117_35126138), 217022 bp

>pF1KA1533 2175
>gi568815579f:34909117_35126138 (Chr19)

1-23  (96793-96815)   100% ->
24-234  (100003-100213)   100% ->
235-255  (100307-100327)   100% ->
256-340  (100772-100856)   100% ->
341-444  (100976-101079)   100% ->
445-540  (101168-101263)   100% ->
541-621  (102358-102438)   100% ->
622-734  (104140-104252)   100% ->
735-885  (104425-104575)   100% ->
886-1084  (105073-105271)   100% ->
1085-1228  (106708-106851)   100% ->
1229-1347  (110075-110193)   100% ->
1348-1490  (110275-110417)   100% ->
1491-1594  (112386-112489)   100% ->
1595-1768  (112575-112748)   100% ->
1769-1856  (112835-112922)   100% ->
1857-1964  (114120-114227)   100% ->
1965-2085  (114311-114431)   100% ->
2086-2175  (116933-117022)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATATGTTAAGGCTTGGAG         CACCACACCCCACTCTGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  96793 ATGGCATATGTTAAGGCTTGGAGGTA...CAGCACCACACCCCACTCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCGGAGCACGCCAAGCAGCTCCCCATCGCTCCGGAAACGGCTGCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 CCGGAGCACGCCAAGCAGCTCCCCATCGCTCCGGAAACGGCTGCAGCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCCCCCAAGCCGGCCCCCACCTGAGCCAGAACCAGGCACCATGGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100071 TGCCCCCAAGCCGGCCCCCACCTGAGCCAGAACCAGGCACCATGGTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGGATCAGATAGCTCCTCAGAGAAGGGTGGGGTGCCTGGGACCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100121 AAGGGATCAGATAGCTCCTCAGAGAAGGGTGGGGTGCCTGGGACCCCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACCCAGAGCCTAGGCAGCCGGAACTTCATCCGCAACAGCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100171 CACCCAGAGCCTAGGCAGCCGGAACTTCATCCGCAACAGCAAGGTT...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   AAGATGCAGAGCTGGTACAGT         ATGCTGAGCCCCACTTAT
        >>|||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100305 AGAAGATGCAGAGCTGGTACAGTGTA...CAGATGCTGAGCCCCACTTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGCAGCGTAATGAGGACTTCCGGAAACTGTTCAGCAAACTCCCCGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100790 AAGCAGCGTAATGAGGACTTCCGGAAACTGTTCAGCAAACTCCCCGAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGAACGCCTCATTGTGG         ATTACTCCTGCGCCCTGCAGCGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100840 AGAACGCCTCATTGTGGGTG...CAGATTACTCCTGCGCCCTGCAGCGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGATCCTGCTCCAGGGCCGCCTCTACCTCTCTGAGAACTGGATCTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101000 AGATCCTGCTCCAGGGCCGCCTCTACCTCTCTGAGAACTGGATCTGCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TACAGCAACATCTTCCGCTGGGAGACCACG         ATCTCCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101050 TACAGCAACATCTTCCGCTGGGAGACCACGGTG...CAGATCTCCATCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCTGAAGGAAGTGACATGTCTGAAGAAGGAAAAGACGGCCAAGCTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101179 GCTGAAGGAAGTGACATGTCTGAAGAAGGAAAAGACGGCCAAGCTGATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCAACGCCATCCAGATCTGCACGGAGAGCGAGAAG         CATTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101229 CCAACGCCATCCAGATCTGCACGGAGAGCGAGAAGGTG...CAGCATTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TTCACTTCCTTTGGGGCCCGTGACCGCTGCTTCCTCCTCATCTTCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102364 TTCACTTCCTTTGGGGCCCGTGACCGCTGCTTCCTCCTCATCTTCCGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTGGCAGAATGCACTGCTTGAAAAG         ACGCTGAGTCCCCGCG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102414 CTGGCAGAATGCACTGCTTGAAAAGGTG...CAGACGCTGAGTCCCCGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGCTCTGGCACCTGGTGCATCAGTGCTACGGCTCAGAGCTGGGCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104156 AGCTCTGGCACCTGGTGCATCAGTGCTACGGCTCAGAGCTGGGCCTCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AGTGAGGATGAGGACTATGTCTCCCCCTTGCAGCTGAACGGTCTGGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104206 AGTGAGGATGAGGACTATGTCTCCCCCTTGCAGCTGAACGGTCTGGGGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    735       GACCCCCAAGGAAGTGGGAGATGTGATCGCCCTGAGCGACATCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104256 ...CAGGACCCCCAAGGAAGTGGGAGATGTGATCGCCCTGAGCGACATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CCTCCTCGGGGGCAGCTGACCGCAGCCAGGAGCCAAGCCCAGTGGGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104469 CCTCCTCGGGGGCAGCTGACCGCAGCCAGGAGCCAAGCCCAGTGGGTTCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CGCCGTGGCCATGTCACGCCCAACCTTTCCCGAGCCAGCAGCGACGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104519 CGCCGTGGCCATGTCACGCCCAACCTTTCCCGAGCCAGCAGCGACGCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCATGGG         GCAGAGGAGGACAAGGAGGAGCAGGTAGACAGCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104569 CCATGGGGTG...CAGGCAGAGGAGGACAAGGAGGAGCAGGTAGACAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGCCAGACGCCTCCTCCAGCCAGACAGTGACCCCGGTGGCTGAACCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105107 AGCCAGACGCCTCCTCCAGCCAGACAGTGACCCCGGTGGCTGAACCCCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AGCACAGAGCCCACCCAGCCTGACGGGCCCACCACCCTGGGCCCCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105157 AGCACAGAGCCCACCCAGCCTGACGGGCCCACCACCCTGGGCCCCTTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCTGCTGCCCAGTGAGGAGCTATTGACAGACACAAGTAACTCCTCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105207 TCTGCTGCCCAGTGAGGAGCTATTGACAGACACAAGTAACTCCTCTTCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCACTGGGGAGGAAG         CGGACTTGGCTGCCCTGCTTCCCGAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105257 CCACTGGGGAGGAAGGTG...CAGCGGACTTGGCTGCCCTGCTTCCCGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTCTCCGGCCGCCTCCTCATCAACTCTGTCTTCCATGTGGGCGCTGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106734 CTCTCCGGCCGCCTCCTCATCAACTCTGTCTTCCATGTGGGCGCTGAGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GCTCCAGCAGATGCTCTTCTCGGACTCGCCCTTCCTCCAGGGCTTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106784 GCTCCAGCAGATGCTCTTCTCGGACTCGCCCTTCCTCCAGGGCTTCCTAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGCAGTGCAAGTTCACAG         ACGTGACGCTGAGCCCCTGGAGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106834 AGCAGTGCAAGTTCACAGGTC...TAGACGTGACGCTGAGCCCCTGGAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GGGGACAGCAAGTGCCACCAGCGCCGGGTGCTGACGTACACCATCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110098 GGGGACAGCAAGTGCCACCAGCGCCGGGTGCTGACGTACACCATCCCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CAGCAACCCACTGGGCCCCAAGAGCGCCTCCGTGGTGGAGACACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 110148 CAGCAACCCACTGGGCCCCAAGAGCGCCTCCGTGGTGGAGACACAGGTG.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1348      ACGCTGTTCCGGCGCGGCCCCCAGGCCGGCGGGTGTGTGGTGGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110198 ..CAGACGCTGTTCCGGCGCGGCCCCCAGGCCGGCGGGTGTGTGGTGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TCCGAGGTGCTGACGCAGGGCATCCCCTACCAGGACTACTTCTACACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110320 TCCGAGGTGCTGACGCAGGGCATCCCCTACCAGGACTACTTCTACACTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCACCGCTACTGCATCCTGGGTCTGGCCCGGAACAAGGCGCGGCTCCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 110370 CCACCGCTACTGCATCCTGGGTCTGGCCCGGAACAAGGCGCGGCTCCGGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1491        AGTGTCTTCTGAGATCCGCTACCGAAAGCAGCCGTGGAGCCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110420 G...CAGAGTGTCTTCTGAGATCCGCTACCGAAAGCAGCCGTGGAGCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GTGAAGTCGCTCATTGAGAAGAACTCGTGGAGCGGCATTGAAGACTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112429 GTGAAGTCGCTCATTGAGAAGAACTCGTGGAGCGGCATTGAAGACTATTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CCACCATCTGG         AGCGAGAGCTCGCCAAGGCTGAGAAGCTGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 112479 CCACCATCTGGGTA...CAGAGCGAGAGCTCGCCAAGGCTGAGAAGCTGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CTCTGGAGGAAGGCGGGAAGGATGCCCGGGGCTTGCTATCCGGCCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112605 CTCTGGAGGAAGGCGGGAAGGATGCCCGGGGCTTGCTATCCGGCCTGCGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CGGCGGAAGCGGCCCCTGAGCTGGCGGGCTCACGGGGACGGGCCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112655 CGGCGGAAGCGGCCCCTGAGCTGGCGGGCTCACGGGGACGGGCCCCAGCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CCCAGATCCTGACCCCTGTGCCCGGGCCGGCATTCACACCTCGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 112705 CCCAGATCCTGACCCCTGTGCCCGGGCCGGCATTCACACCTCGGGTA...

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1769    GCTCCCTCAGCTCCCGCTTCTCCGAACCATCTGTGGACCAGGGCCCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112832 CAGGCTCCCTCAGCTCCCGCTTCTCCGAACCATCTGTGGACCAGGGCCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GGGGCAGGCATCCCCAGTGCCCTGGTTCTCATCAGCATTGT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 112882 GGGGCAGGCATCCCCAGTGCCCTGGTTCTCATCAGCATTGTGTG...CAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 CCTTATCATCCTCATCGCCCTCAACGTCCTGCTCTTCTACCGCCTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114120 CCTTATCATCCTCATCGCCCTCAACGTCCTGCTCTTCTACCGCCTCTGGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 CCCTGGAAAGGACAGCCCACACCTTTGAGTCCTGGCACAGCCTGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114170 CCCTGGAAAGGACAGCCCACACCTTTGAGTCCTGGCACAGCCTGGCCCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GCCAAGGG         CAAGTTCCCCCAGACGGCCACAGAGTGGGCCGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 114220 GCCAAGGGGTG...CAGCAAGTTCCCCCAGACGGCCACAGAGTGGGCCGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GATCCTGGCGCTGCAGAAGCAATTCCACAGCGTGGAGGTGCACAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114344 GATCCTGGCGCTGCAGAAGCAATTCCACAGCGTGGAGGTGCACAAGTGGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 GGCAGATCCTGCGGGCCTCCGTGGAGCTCCTGGATGAG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 114394 GGCAGATCCTGCGGGCCTCCGTGGAGCTCCTGGATGAGGTA...CAGATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 AAGTTCTCGCTGGAGAAGCTGCACCAAGGCATCACAGTCTCAGACCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116936 AAGTTCTCGCTGGAGAAGCTGCACCAAGGCATCACAGTCTCAGACCCTCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .
   2139 CTTTGACACCCAGCCCCGGCCCGATGACAGCTTTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116986 CTTTGACACCCAGCCCCGGCCCGATGACAGCTTTTCC