seq1 = pF1KA1508.tfa, 3378 bp
seq2 = pF1KA1508/gi568815581f_38358099.tfa (gi568815581f:38358099_38598510), 240412 bp

>pF1KA1508 3378
>gi568815581f:38358099_38598510 (Chr17)

7-171  (100001-100165)   100% ->
172-199  (102807-102834)   100% ->
200-295  (104748-104843)   100% ->
296-374  (105020-105098)   100% ->
375-429  (105230-105284)   100% ->
430-1594  (108069-109233)   99% ->
1595-1750  (111046-111201)   100% ->
1751-1862  (111426-111537)   100% ->
1863-1920  (111749-111806)   100% ->
1921-2064  (113765-113908)   100% ->
2065-2382  (119481-119798)   100% ->
2383-2444  (121338-121399)   98% ->
2445-2575  (121655-121785)   100% ->
2576-2697  (123924-124045)   100% ->
2698-2853  (124425-124580)   100% ->
2854-2932  (127964-128042)   100% ->
2933-3006  (132004-132077)   100% ->
3007-3096  (132364-132453)   100% ->
3097-3222  (133309-133434)   100% ->
3223-3264  (139687-139728)   100% ->
3265-3361  (140316-140412)   100% ->
3362-3378  (140834-140850)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 CAGCTGCCACTGGGCCCAAGAGATGGGTGCTCTCCTAGGCGCCCCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 CAGCTGCCACTGGGCCCAAGAGATGGGTGCTCTCCTAGGCGCCCCTTCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 CTGGCAGGGGCCGAGGACGCTGCTGCTGTACAAAAGTCCCCAGGACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGCAGGGGCCGAGGACGCTGCTGCTGTACAAAAGTCCCCAGGACGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    107 TTGGCTTCACTCTGCGCCACTTCATCGTGTACCCACCCGAGTCGGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGGCTTCACTCTGCGCCACTTCATCGTGTACCCACCCGAGTCGGCCGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    157 CACTGCAGCCTGAAG         GAGGAAGAGAATGGAGGCCGTGGAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACTGCAGCCTGAAGGTA...CAGGAGGAAGAGAATGGAGGCCGTGGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198 AG         GACCCTCCCCCCGGTACCGCCTGGAGCCCATGGACACCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102833 AGGTA...TAGGACCCTCCCCCCGGTACCGCCTGGAGCCCATGGACACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239 TCTTTGTCAAGAATGTGAAGGAAGACGGCCCTGCCCATAGGGCGGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104787 TCTTTGTCAAGAATGTGAAGGAAGACGGCCCTGCCCATAGGGCGGGGCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289 CGCACAG         GAGACCGGCTGGTAAAGGTGAATGGGGAAAGCGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104837 CGCACAGGTG...CAGGAGACCGGCTGGTAAAGGTGAATGGGGAAAGCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    330 CATTGGGAAGACCTACTCTCAGGTCATAGCTCTGATCCAGAATAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105054 CATTGGGAAGACCTACTCTCAGGTCATAGCTCTGATCCAGAATAGGTG..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    375     TGATGACACTCTGGAGCTGTCTATCATGCCCAAGGACGAGGACATC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105104 .TAGTGATGACACTCTGGAGCTGTCTATCATGCCCAAGGACGAGGACATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    421 CTCCAGCTG         GCCTACTCCCAGGATGCCTACCTGAAAGGGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105276 CTCCAGCTGGTG...CAGGCCTACTCCCAGGATGCCTACCTGAAAGGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    462 CGAGCCGTATTCTGGAGAGGCCCGCAGCATCCCAGAGCCACCGCCGATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 108101 CGAGCCGTATTCTGGAGAGGCCCGCAGCATCCCAGAGCCACCCCCGATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    512 GCTACCCCCGCAAGACCTACGCCCCTCCTGCCCGGGCCTCCACCAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108151 GCTACCCCCGCAAGACCTACGCCCCTCCTGCCCGGGCCTCCACCAGGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    562 ACTATGGTGCCTGAGCCCACCTCAGCACTGCCCAGTGACCCCCGGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108201 ACTATGGTGCCTGAGCCCACCTCAGCACTGCCCAGTGACCCCCGGAGTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    612 TGCTGCCTGGAGTGACCCGGGGCTCCGTGTGCCACCTGCTGCCCGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108251 TGCTGCCTGGAGTGACCCGGGGCTCCGTGTGCCACCTGCTGCCCGTGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662 ACCTGGACAACTCTTCCTTGGGGATGAGCCAGCCCCGCCCCAGCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108301 ACCTGGACAACTCTTCCTTGGGGATGAGCCAGCCCCGCCCCAGCCCTGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    712 GCCTTCCCCCACCTCTCCTCGGAGCCCCGGACGCCCCGTGCCTTCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108351 GCCTTCCCCCACCTCTCCTCGGAGCCCCGGACGCCCCGTGCCTTCCCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    762 GCCTGGCAGCCGGGTGCCCCCCAGCAGACTGGAGTGCCAGCAGGCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108401 GCCTGGCAGCCGGGTGCCCCCCAGCAGACTGGAGTGCCAGCAGGCCTTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    812 CACACTGGCTGTCAAACCAGGTACCCCGCCGGGCGGGGGAGAGACGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108451 CACACTGGCTGTCAAACCAGGTACCCCGCCGGGCGGGGGAGAGACGGTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    862 CCAGCCATGGCCCCCCGGGCCCGCAGCGCCTCCCAGGACCGGTTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108501 CCAGCCATGGCCCCCCGGGCCCGCAGCGCCTCCCAGGACCGGTTGGAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    912 GGTGGCTGCCCCCCGCCCGTGGCCCTGCTCCACCTCCCAGGATGCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108551 GGTGGCTGCCCCCCGCCCGTGGCCCTGCTCCACCTCCCAGGATGCTTTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    962 GCCAGCTGGGCCAGGAGGGCTGGCACCGAGCTCGCTCAGATGACTACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108601 GCCAGCTGGGCCAGGAGGGCTGGCACCGAGCTCGCTCAGATGACTACTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1012 AGCCGGGCCACCCGTTCTGCCGAGGCACTGGGGCCAGGGGCACTGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108651 AGCCGGGCCACCCGTTCTGCCGAGGCACTGGGGCCAGGGGCACTGGTGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1062 ACCCCGCTTTGAGCGGTGTGGCTGGGCTTCCCAGCGTTCGTCTGCCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108701 ACCCCGCTTTGAGCGGTGTGGCTGGGCTTCCCAGCGTTCGTCTGCCCGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1112 CCCCCGCCTGCCCAACTCGGGACCTGCCAGGGCCCCAGGCCCCACCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108751 CCCCCGCCTGCCCAACTCGGGACCTGCCAGGGCCCCAGGCCCCACCCCCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1162 TCTGGCCTGCAGGGCCTGGATGACCTCGGGTACATCGGCTACCGGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108801 TCTGGCCTGCAGGGCCTGGATGACCTCGGGTACATCGGCTACCGGAGCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1212 CAGCCCATCATTCCAGCGCCGGACCGGCCTCCTCCATGCGCTCTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108851 CAGCCCATCATTCCAGCGCCGGACCGGCCTCCTCCATGCGCTCTCCTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1262 GGGACTCACCCTTTGGGGGGCTGCCTACCTTCAACCTGGCCCAGTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108901 GGGACTCACCCTTTGGGGGGCTGCCTACCTTCAACCTGGCCCAGTCCCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1312 GCGTCATTCCCACCAGAGGCCTCCGAGCCACCCAGGGTTGTACGGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108951 GCGTCATTCCCACCAGAGGCCTCCGAGCCACCCAGGGTTGTACGGCCGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1362 ACCCAGCACCCGGGCCCTGGAGCCTCCTGCGGAGGATCGCGGCGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109001 ACCCAGCACCCGGGCCCTGGAGCCTCCTGCGGAGGATCGCGGCGATGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1412 TGGTCCTGAGGCAGAAGCCCCCGACGGGCCGCAAGGTTCAGCTGACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109051 TGGTCCTGAGGCAGAAGCCCCCGACGGGCCGCAAGGTTCAGCTGACCCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1462 GCAAGACAGATGAACCTTGGATTTGGTGACGAGTCCCCAGAGCCAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109101 GCAAGACAGATGAACCTTGGATTTGGTGACGAGTCCCCAGAGCCAGAGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1512 CAGTGGGCGAGGGGAACGCCTGGGCAGGAAGGTGGCCCCTTTGGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109151 CAGTGGGCGAGGGGAACGCCTGGGCAGGAAGGTGGCCCCTTTGGCCACCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1562 CCGAAGACTCTCTGGCTTCCATCCCCTTTATTG         ATGAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 109201 CCGAAGACTCTCTGGCTTCCATCCCCTTTATTGGTG...TAGATGAGCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1603 ACCAGCCCCAGCATTGACCTCCAAGCCAAGCACGTCCCTGCCTCTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111054 ACCAGCCCCAGCATTGACCTCCAAGCCAAGCACGTCCCTGCCTCTGCTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1653 GGTCTCCAGTGCCATGAACTCAGCCCCTGTCCTGGGCACCAGCCCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111104 GGTCTCCAGTGCCATGAACTCAGCCCCTGTCCTGGGCACCAGCCCATCTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1703 CCCCGACCTTCACTTTCACCCTCGGACGCCATTACTCGCAGGACTGCA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 111154 CCCCGACCTTCACTTTCACCCTCGGACGCCATTACTCGCAGGACTGCAGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751        GCAGCATCAAGGCTGGCCGCCGCTCCTCCTACCTGCTGGCCAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111204 G...CAGGCAGCATCAAGGCTGGCCGCCGCTCCTCCTACCTGCTGGCCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1794 CACCACGGAGCGCTCCAAGTCCTGCGATGATGGACTCAACACCTTCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111469 CACCACGGAGCGCTCCAAGTCCTGCGATGATGGACTCAACACCTTCCGCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1844 ACGAGGGCCGGGTTCTGCG         GCGCCTGCCAAACCGCATACCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 111519 ACGAGGGCCGGGTTCTGCGGTG...CAGGCGCCTGCCAAACCGCATACCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1885 AGCCTGCGGATGCTCCGGAGCTTCTTCACCGACGGG         TCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 111771 AGCCTGCGGATGCTCCGGAGCTTCTTCACCGACGGGGTG...CAGTCCTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1926 GGATAGCTGGGGCACCTCTGAAGATGCTGACGCTCCTTCTAAGCGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113770 GGATAGCTGGGGCACCTCTGAAGATGCTGACGCTCCTTCTAAGCGACACT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1976 CAACCTCTGACCTCTCAGATGCGACCTTCAGCGATATCAGGAGAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113820 CAACCTCTGACCTCTCAGATGCGACCTTCAGCGATATCAGGAGAGAAGGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2026 TGGTTGTATTATAAGCAGATTCTCACCAAGAAGGGGAAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 113870 TGGTTGTATTATAAGCAGATTCTCACCAAGAAGGGGAAGGTA...CAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2067 AGCGGGCAGCGGCCTGCGCCAGTGGAAGCGGGTGTACGCCGCGCTGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119483 AGCGGGCAGCGGCCTGCGCCAGTGGAAGCGGGTGTACGCCGCGCTGCGGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2117 CGCGCTCGCTCTCGCTGAGCAAGGAGCGGCGGGAGCCCGGGCCGGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119533 CGCGCTCGCTCTCGCTGAGCAAGGAGCGGCGGGAGCCCGGGCCGGCGGCG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2167 GCGGGGGCTGCGGCGGCCGGCGCAGGTGAGGACGAGGCGGCGCCCGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119583 GCGGGGGCTGCGGCGGCCGGCGCAGGTGAGGACGAGGCGGCGCCCGTCTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2217 CATCGGCTCCTGCCTCGTGGACATCTCCTACAGCGAGACCAAGAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119633 CATCGGCTCCTGCCTCGTGGACATCTCCTACAGCGAGACCAAGAGGAGGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2267 ACGTGTTCCGGCTGACCACCGCTGACTTCTGTGAATATCTCTTTCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119683 ACGTGTTCCGGCTGACCACCGCTGACTTCTGTGAATATCTCTTTCAGGCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2317 GAGGACCGGGATGACATGCTGGGCTGGATCAGAGCGATCCGGGAGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119733 GAGGACCGGGATGACATGCTGGGCTGGATCAGAGCGATCCGGGAGAACAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2367 CAGGGCCGAGGGCGAG         GACCCCGGCTGTGCCAACCAAGCTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119783 CAGGGCCGAGGGCGAGGTG...CAGGACCCCGGCTGTGCCAACCAAGCTC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2408 TGATCAGCAAGAAGCTTAATGATTATCGCAAAGTGAG         CCAT
        ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||>>>...>>>||||
 121363 TGATCAGCAAGAAGCTTAACGATTATCGCAAAGTGAGGTG...CAGCCAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2449 AGCTCTGGGCCCAAAGCTGATTCCTCCCCCAAAGGCTCTCGCGGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121659 AGCTCTGGGCCCAAAGCTGATTCCTCCCCCAAAGGCTCTCGCGGCCTGGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2499 GGGCCTCAAGTCTGAGTTCCTCAAGCAGAGTGCGGCACGTGGCCTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121709 GGGCCTCAAGTCTGAGTTCCTCAAGCAGAGTGCGGCACGTGGCCTCAGGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2549 CTCAGGACCTGCCCGCAGGGAGCAAGG         ATGACAGTGCTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 121759 CTCAGGACCTGCCCGCAGGGAGCAAGGGTA...CAGATGACAGTGCTGCA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2590 GCCCCCAAAACCCCCTGGGGCATCAACATCATCAAGAAAAATAAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123938 GCCCCCAAAACCCCCTGGGGCATCAACATCATCAAGAAAAATAAGAAGGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2640 CGCTCCGAGGGCGTTTGGGGTCAGGCTGGAGGAGTGCCAGCCAGCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123988 CGCTCCGAGGGCGTTTGGGGTCAGGCTGGAGGAGTGCCAGCCAGCCACGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2690 AGAACCAG         CGCGTCCCCTTAATCGTGGCTGCATGCTGTCGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 124038 AGAACCAGGTG...CAGCGCGTCCCCTTAATCGTGGCTGCATGCTGTCGC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2731 ATTGTGGAGGCACGAGGGCTGGAGTCCACAGGCATTTACCGAGTGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124458 ATTGTGGAGGCACGAGGGCTGGAGTCCACAGGCATTTACCGAGTGCCCGG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2781 CAACAATGCAGTGGTGTCCAGCCTACAGGAGCAGCTCAACCGCGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124508 CAACAATGCAGTGGTGTCCAGCCTACAGGAGCAGCTCAACCGCGGGCCTG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2831 GTGACATCAACCTGCAGGATGAG         CGCTGGCAAGACCTCAAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 124558 GTGACATCAACCTGCAGGATGAGGTG...CAGCGCTGGCAAGACCTCAAT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2872 GTGATCAGCAGCCTGCTCAAGTCCTTCTTCCGAAAGCTGCCCGAGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127982 GTGATCAGCAGCCTGCTCAAGTCCTTCTTCCGAAAGCTGCCCGAGCCTCT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2922 TTTCACTGATG         ACAAATACAACGACTTCATCGAGGCCAACC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 128032 TTTCACTGATGGTG...TAGACAAATACAACGACTTCATCGAGGCCAACC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2963 GCATTGAGGACGCGCGGGAGCGAATGAGGACGCTGCGGAAGCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 132034 GCATTGAGGACGCGCGGGAGCGAATGAGGACGCTGCGGAAGCTGGTA...

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3007    ATCCGGGATCTCCCAGGACACTACTATGAAACGCTCAAATTCCTTGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132361 CAGATCCGGGATCTCCCAGGACACTACTATGAAACGCTCAAATTCCTTGT

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3054 GGGCCATCTCAAGACCATCGCTGACCACTCTGAGAAAAACAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 132411 GGGCCATCTCAAGACCATCGCTGACCACTCTGAGAAAAACAAGGTG...C

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3097   ATGGAACCCCGGAACCTGGCCCTGGTCTTTGGGCCGACACTGGTGAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133307 AGATGGAACCCCGGAACCTGGCCCTGGTCTTTGGGCCGACACTGGTGAGG

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3145 ACGTCTGAGGACAACATGACAGACATGGTGACCCACATGCCTGACCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133357 ACGTCTGAGGACAACATGACAGACATGGTGACCCACATGCCTGACCGCTA

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3195 CAAGATCGTGGAGACACTGATCCAGCAC         TCAGACTGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 133407 CAAGATCGTGGAGACACTGATCCAGCACGTA...CAGTCAGACTGGTTCT

   3400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3236 TCAGTGACGAAGAGGACAAGGGAGAGAGA         ACCCCTGTGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 139700 TCAGTGACGAAGAGGACAAGGGAGAGAGAGTA...CAGACCCCTGTGGGC

   3450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3277 GACAAGGAGCCTCAGGCAGTGCCCAACATTGAGTACCTCCTGCCCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140328 GACAAGGAGCCTCAGGCAGTGCCCAACATTGAGTACCTCCTGCCCAACAT

   3500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3327 TGGCAGGACAGTGCCCCCTGGCGACCCGGGGTCAG         CGGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 140378 TGGCAGGACAGTGCCCCCTGGCGACCCGGGGTCAGGTG...CAGCGGACC

   3550     .    :
   3368 TGTTGGAGATT
        |||||||||||
 140840 TGTTGGAGATT