seq1 = pF1KA1497.tfa, 2148 bp
seq2 = pF1KA1497/gi568815595f_3744642.tfa (gi568815595f:3744642_3946789), 202148 bp

>pF1KA1497 2148
>gi568815595f:3744642_3946789 (Chr3)

1-2148  (100001-102148)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTAGGATGAGCTTTGTTATAGCAGCTTGCCAATTGGTGCTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTAGGATGAGCTTTGTTATAGCAGCTTGCCAATTGGTGCTGGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTAATGACTTCATTAACCGAGTCTTCCATACAGAATAGTGAGTGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTAATGACTTCATTAACCGAGTCTTCCATACAGAATAGTGAGTGTCCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACTTTGCGTATGTGAAATTCGTCCCTGGTTTACCCCACAGTCAACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACTTTGCGTATGTGAAATTCGTCCCTGGTTTACCCCACAGTCAACTTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGAGAAGCCACCACTGTTGATTGCAATGACCTCCGCTTAACAAGGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGAGAAGCCACCACTGTTGATTGCAATGACCTCCGCTTAACAAGGATTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGTAACCTCTCTAGTGACACACAAGTGCTTCTCTTACAGAGCAATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGTAACCTCTCTAGTGACACACAAGTGCTTCTCTTACAGAGCAATAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCGCGAAGACTGTGGATGAGCTGCAGCAGCTTTTCAACTTGACTGAACTA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCGCAAAGACTGTGGATGAGCTGCAGCAGCTTTTCAACTTGACTGAACTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GATTTCTCCCAAAACAACTTTACTAACATTAAGGAGGTCGGGCTGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GATTTCTCCCAAAACAACTTTACTAACATTAAGGAGGTCGGGCTGGCAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTAACCCAGCTCACAACGCTGCATTTGGAGGAAAATCAGATTACCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTAACCCAGCTCACAACGCTGCATTTGGAGGAAAATCAGATTACCGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGACTGATTACTGTCTACAAGACCTCAGCAACCTTCAAGAACTCTACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGACTGATTACTGTCTACAAGACCTCAGCAACCTTCAAGAACTCTACATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AACCACAACCAAATTAGCACTATTTCTGCTCATGCTTTTGCAGGCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AACCACAACCAAATTAGCACTATTTCTGCTCATGCTTTTGCAGGCTTAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AAATCTATTAAGGCTCCACCTGAACTCCAACAAATTGAAAGTTATTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AAATCTATTAAGGCTCCACCTGAACTCCAACAAATTGAAAGTTATTGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTCGCTGGTTTGATTCTACACCCAACCTGGAAATTCTCATGATCGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTCGCTGGTTTGATTCTACACCCAACCTGGAAATTCTCATGATCGGAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AACCCTGTGATTGGAATTCTGGATATGAACTTCAAACCCCTCGCAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AACCCTGTGATTGGAATTCTGGATATGAACTTCAAACCCCTCGCAAATTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAGAAGCTTAGTTTTGGCAGGAATGTATCTCACTGATATTCCTGGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAGAAGCTTAGTTTTGGCAGGAATGTATCTCACTGATATTCCTGGAAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTTTGGTGGGTCTGGATAGCCTTGAGAGCCTGTCTTTTTATGATAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTTTGGTGGGTCTGGATAGCCTTGAGAGCCTGTCTTTTTATGATAACAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGGTTAAAGTCCCTCAACTTGCCCTGCAAAAAGTTCCAAATTTGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGGTTAAAGTCCCTCAACTTGCCCTGCAAAAAGTTCCAAATTTGAAATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTAGACCTCAACAAAAACCCCATTCACAAAATCCAAGAAGGGGACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTAGACCTCAACAAAAACCCCATTCACAAAATCCAAGAAGGGGACTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AAAATATGCTTCGGTTAAAAGAACTGGGAATCAACAATATGGGCGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AAAATATGCTTCGGTTAAAAGAACTGGGAATCAACAATATGGGCGAGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTTTCTGTCGACCGCTATGCCCTGGATAACTTGCCTGAACTCACAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTTTCTGTCGACCGCTATGCCCTGGATAACTTGCCTGAACTCACAAAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGAAGCCACCAATAACCCTAAACTCTCTTACATCCACCGCTTGGCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGAAGCCACCAATAACCCTAAACTCTCTTACATCCACCGCTTGGCTTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GAAGTGTCCCTGCTCTGGAAAGCTTGATGCTGAACAACAATGCCTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GAAGTGTCCCTGCTCTGGAAAGCTTGATGCTGAACAACAATGCCTTGAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GCCATTTACCAAAAGACAGTCGAATCCCTCCCCAATCTGCGTGAGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GCCATTTACCAAAAGACAGTCGAATCCCTCCCCAATCTGCGTGAGATCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TATCCATAGCAATCCCCTCAGGTGTGACTGTGTGATCCACTGGATTAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TATCCATAGCAATCCCCTCAGGTGTGACTGTGTGATCCACTGGATTAACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CCAACAAAACCAACATCCGCTTCATGGAGCCCCTGTCCATGTTCTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CCAACAAAACCAACATCCGCTTCATGGAGCCCCTGTCCATGTTCTGTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ATGCCGCCCGAATATAAAGGGCACCAGGTGAAGGAAGTTTTAATCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 ATGCCGCCCGAATATAAAGGGCACCAGGTGAAGGAAGTTTTAATCCAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TTCGAGTGAACAGTGCCTCCCAATGATATCTCACGACAGCTTCCCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TTCGAGTGAACAGTGCCTCCCAATGATATCTCACGACAGCTTCCCAAATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GTTTGAACGTGGATATCGGCACGACGGTTTTCCTAGACTGTCGAGCCATG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GTTTAAACGTGGATATCGGCACGACGGTTTTCCTAGACTGTCGAGCCATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GCTGAGCCAGAACCTGAAATTTACTGGGTCACTCCCATTGGAAATAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GCTGAGCCAGAACCTGAAATTTACTGGGTCACTCCCATTGGAAATAAGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 AACTGTGGAAACCCTTTCAGATAAATACAAGCTAAGTAGCGAAGGTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 AACTGTGGAAACCCTTTCAGATAAATACAAGCTAAGTAGCGAAGGTACCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TGGAAATATCTAACATACAAATTGAAGACTCAGGAAGATACACATGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TGGAAATATCTAACATACAAATTGAAGACTCAGGAAGATACACATGTGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GCCCAGAATGTCCAAGGGGCAGACACTCGGGTGGCAACAATTAAGGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GCCCAGAATGTCCAAGGGGCAGACACTCGGGTGGCAACAATTAAGGTTAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CGGGACCCTTCTGGATGGTACCCAGGTGCTAAAAATATACGTCAAGCAGA
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 TGGGACCCTTCTGGATGGTACCCAGGTGCTAAAAATATACGTCAAGCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 CAGAATCCCATTCCATCTTAGTGTCCTGGAAAGTTAATTCCAATGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 CAGAATCCCATTCCATCTTAGTGTCCTGGAAAGTTAATTCCAATGTCATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 ACGTCAAACTTAAAATGGTCGTCTGCCACCATGAAGATTGATAACCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 ACGTCAAACTTAAAATGGTCGTCTGCCACCATGAAGATTGATAACCCTCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 CATAACATATACTGCCAGGGTCCCAGTCGATGTCCATGAATACAACCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 CATAACATATACTGCCAGGGTCCCAGTCGATGTCCATGAATACAACCTAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 CGCATCTGCAGCCTTCCACAGATTATGAAGTGTGTCTCACAGTGTCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 CGCATCTGCAGCCTTCCACAGATTATGAAGTGTGTCTCACAGTGTCCAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 ATTCATCAGCAGACTCAAAAGTCATGCGTAAATGTCACAACCAAAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 ATTCATCAGCAGACTCAAAAGTCATGCGTAAATGTCACAACCAAAAATGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 CGCCTTCGCAGTGGACATCTCTGATCAAGAAACCAGTACAGCCCTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 CGCCTTCGCAGTGGACATCTCTGATCAAGAAACCAGTACAGCCCTTGCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 CAGTAATGGGGTCTATGTTTGCCGTCATTAGCCTTGCGTCCATTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 CAGTAATGGGGTCTATGTTTGCCGTCATTAGCCTTGCGTCCATTGCTGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 TACTTTGCCAAAAGATTTAAGAGAAAAAACTACCACCACTCATTAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 TACTTTGCCAAAAGATTTAAGAGAAAAAACTACCACCACTCATTAAAAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 GTATATGCAAAAAACCTCTTCAATCCCACTAAATGAGCTGTACCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 GTATATGCAAAAAACCTCTTCAATCCCACTAAATGAGCTGTACCCACCAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 TCATTAACCTCTGGGAAGGTGACAGCGAGAAAGACAAAGATGGTTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 TCATTAACCTCTGGGAAGGTGACAGCGAGAAAGACAAAGATGGTTCTGCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2101 GACACCAAGCCAACCCAGGTCGACACATCCAGAAGCTATTACATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 GACACCAAGCCAACCCAGGTCGACACATCCAGAAGCTATTACATGTGG