seq1 = pF1KA1477.tfa, 2274 bp
seq2 = pF1KA1477/gi568815597f_220428823.tfa (gi568815597f:220428823_220762163), 333341 bp

>pF1KA1477 2274
>gi568815597f:220428823_220762163 (Chr1)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-255  (150532-150735)   100% ->
256-309  (152243-152296)   100% ->
310-358  (169509-169557)   100% ->
359-429  (175245-175315)   100% ->
430-486  (187117-187173)   100% ->
487-723  (189488-189724)   100% ->
724-843  (189814-189933)   100% ->
844-943  (202213-202312)   100% ->
944-1056  (203379-203491)   100% ->
1057-1210  (206554-206707)   100% ->
1211-1404  (207011-207204)   100% ->
1405-1505  (221798-221898)   100% ->
1506-1670  (223164-223328)   100% ->
1671-1922  (224279-224530)   100% ->
1923-2274  (232990-233341)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGCCCGGACGCCATTGCCGACGGTGAACGAGCGGGACACGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGCCCGGACGCCATTGCCGACGGTGAACGAGCGGGACACGGAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 T         CATACATCTGTGGATGGATATACTGAACCACACATCCAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTG...TAGCATACATCTGTGGATGGATATACTGAACCACACATCCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTACCAAGTCGAGTAGCAGACAGAACATCCCCCGGTGTAGAAACTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150572 CTACCAAGTCGAGTAGCAGACAGAACATCCCCCGGTGTAGAAACTCCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACGTCAGCAACAGATGAACAGCCTCACATTGGAAATTACCGTTTACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150622 ACGTCAGCAACAGATGAACAGCCTCACATTGGAAATTACCGTTTACAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACAATAGGGAAGGGAAATTTTGCCAAAGTCAAATTGGCAAGACACGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150672 AACAATAGGGAAGGGAAATTTTGCCAAAGTCAAATTGGCAAGACACGTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAACTGGTAGAGAG         GTTGCTGTGAAAATAATAGACAAAACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 150722 TAACTGGTAGAGAGGTA...TAGGTTGCTGTGAAAATAATAGACAAAACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGCTAAATCCTACCAGTCTACAAAAG         TTATTTCGAGAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 152270 CAGCTAAATCCTACCAGTCTACAAAAGGTA...CAGTTATTTCGAGAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACGAATAATGAAGATACTGAATCATCCTAATATAG         GTGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 169523 ACGAATAATGAAGATACTGAATCATCCTAATATAGGTA...CAGGTGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TATTTGATTACTTAGTTGCCCATGGAAGAATGAAAGAGAAAGAGGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175251 TATTTGATTACTTAGTTGCCCATGGAAGAATGAAAGAGAAAGAGGCCCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCAAAATTTAGGCAG         ATTGTATCTGCTGTACAGTATTGTCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 175301 GCAAAATTTAGGCAGGTA...CAGATTGTATCTGCTGTACAGTATTGTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCAAAAGTACATTGTTCACCGTGATCTTAAG         GCTGAAAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 187143 TCAAAAGTACATTGTTCACCGTGATCTTAAGGTA...TAGGCTGAAAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TTCTCCTTGATGGTGATATGAATATTAAAATTGCTGACTTTGGTTTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189498 TTCTCCTTGATGGTGATATGAATATTAAAATTGCTGACTTTGGTTTTAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AATGAATTTACAGTTGGGAACAAATTGGACACATTTTGTGGAAGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189548 AATGAATTTACAGTTGGGAACAAATTGGACACATTTTGTGGAAGCCCACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTATGCTGCTCCCGAGCTTTTCCAAGGAAAGAAGTATGATGGGCCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189598 CTATGCTGCTCCCGAGCTTTTCCAAGGAAAGAAGTATGATGGGCCTGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGGATGTGTGGAGTCTGGGCGTCATTCTCTATACATTAGTCAGTGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189648 TGGATGTGTGGAGTCTGGGCGTCATTCTCTATACATTAGTCAGTGGCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTGCCTTTCGATGGCCAGAATTTAAAG         GAACTGCGAGAGCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 189698 TTGCCTTTCGATGGCCAGAATTTAAAGGTA...AAGGAACTGCGAGAGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGTTTTACGAGGGAAGTACCGTATTCCCTTCTATATGTCCACAGACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189828 AGTTTTACGAGGGAAGTACCGTATTCCCTTCTATATGTCCACAGACTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAAATCTTCTGAAGAAATTATTAGTCCTGAATCCAATAAAGAGAGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189878 AAAATCTTCTGAAGAAATTATTAGTCCTGAATCCAATAAAGAGAGGCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTGGAA         CAAATAATGAAAGATCGATGGATGAATGTTGGTCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189928 TTGGAAGTA...TAGCAAATAATGAAAGATCGATGGATGAATGTTGGTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGAAGAGGAAGAACTAAAGCCATATACTGAGCCTGATCCGGATTTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202248 TGAAGAGGAAGAACTAAAGCCATATACTGAGCCTGATCCGGATTTCAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACACAAAAAGAATAG         ACATTATGGTCACCATGGGCTTTGCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 202298 ACACAAAAAGAATAGGTA...TAGACATTATGGTCACCATGGGCTTTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CGAGATGAAATAAATGATGCCTTAATAAATCAGAAGTATGATGAAGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203405 CGAGATGAAATAAATGATGCCTTAATAAATCAGAAGTATGATGAAGTTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGCTACTTATATTCTTCTAGGTAGAAAACCACCTGAA         TTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 203455 GGCTACTTATATTCTTCTAGGTAGAAAACCACCTGAAGTA...TAGTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AAGGTGGTGAATCGTTATCCAGTGGAAACTTGTGTCAGAGGTCCCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206558 AAGGTGGTGAATCGTTATCCAGTGGAAACTTGTGTCAGAGGTCCCGGCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGTAGTGACTTAAACAACAGCACTCTTCAGTCCCCTGCTCACCTGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206608 AGTAGTGACTTAAACAACAGCACTCTTCAGTCCCCTGCTCACCTGAAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCAGAGAAGTATCTCAGCAAATCAGAAGCAGCGGCGTTTCAGTGATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206658 CCAGAGAAGTATCTCAGCAAATCAGAAGCAGCGGCGTTTCAGTGATCATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211          CTGGTCCATCCATTCCTCCTGCTGTATCATATACCAAAAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206708 GTA...TAGCTGGTCCATCCATTCCTCCTGCTGTATCATATACCAAAAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CCTCAGGCTAACAGTGTGGAAAGTGAACAGAAAGAGGAGTGGGACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207052 CCTCAGGCTAACAGTGTGGAAAGTGAACAGAAAGAGGAGTGGGACAAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TGTGGCTCGAAAACTTGGCAGCACAACAGTTGGATCAAAAAGCGAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207102 TGTGGCTCGAAAACTTGGCAGCACAACAGTTGGATCAAAAAGCGAGATGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CTGCAAGCCCTCTTGTAGGGCCAGAGAGGAAAAAATCTTCAACTATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207152 CTGCAAGCCCTCTTGTAGGGCCAGAGAGGAAAAAATCTTCAACTATTCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AGT         AACAATGTGTATTCTGGAGGTAGCATGGCAAGAAGGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207202 AGTGTG...AAGAACAATGTGTATTCTGGAGGTAGCATGGCAAGAAGGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TACATATGTCTGTGAAAGGACCACAGATCGATACGTAGCATTGCAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221836 TACATATGTCTGTGAAAGGACCACAGATCGATACGTAGCATTGCAGAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GAAAAGACAGCAG         CCTTACGGAGATGTCTGTGAGTAGCATA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 221886 GAAAAGACAGCAGGTA...AAGCCTTACGGAGATGTCTGTGAGTAGCATA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TCTTCTGCAGGCTCTTCTGTGGCCTCTGCTGTCCCCTCAGCACGACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223192 TCTTCTGCAGGCTCTTCTGTGGCCTCTGCTGTCCCCTCAGCACGACCCCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CCACCAGAAGTCCATGTCCACTTCTGGTCATCCTATTAAAGTCACACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223242 CCACCAGAAGTCCATGTCCACTTCTGGTCATCCTATTAAAGTCACACTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CAACCATTAAAGACGGCTCTGAAGCTTACCGGCCTGG         TACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 223292 CAACCATTAAAGACGGCTCTGAAGCTTACCGGCCTGGGTA...CAGTACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 ACCCAGAGAGTGCCTGCTGCTTCCCCATCTGCTCACAGTATTAGTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224283 ACCCAGAGAGTGCCTGCTGCTTCCCCATCTGCTCACAGTATTAGTACTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GACTCCAGACCGGACCCGTTTTCCCCGAGGGAGCTCAAGCCGAAGCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224333 GACTCCAGACCGGACCCGTTTTCCCCGAGGGAGCTCAAGCCGAAGCACTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TCCATGGTGAACAGCTCCGGGAGCGACGCAGCGTTGCTTATAATGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224383 TCCATGGTGAACAGCTCCGGGAGCGACGCAGCGTTGCTTATAATGGGCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CCTGCTTCACCATCCCATGAAACGGGTGCATTTGCACATGCCAGAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224433 CCTGCTTCACCATCCCATGAAACGGGTGCATTTGCACATGCCAGAAGGGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 AACGTCAACTGGTATAATAAGCAAAATCACATCCAAATTTGTTCGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 224483 AACGTCAACTGGTATAATAAGCAAAATCACATCCAAATTTGTTCGCAGGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1923        AAGTACATCAGGGGAACCAAAAGAAAGAGACAAGGAAGAGGGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224533 C...CAGAAGTACATCAGGGGAACCAAAAGAAAGAGACAAGGAAGAGGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 AAAGATTCTAAGCCGCGTTCTTTGCGGTTCACATGGAGTATGAAGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233033 AAAGATTCTAAGCCGCGTTCTTTGCGGTTCACATGGAGTATGAAGACCAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TAGTTCAATGGACCCTAATGACATGATGAGAGAAATCCGAAAAGTGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233083 TAGTTCAATGGACCCTAATGACATGATGAGAGAAATCCGAAAAGTGTTAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 ATGCAAATAACTGTGATTATGAGCAAAAAGAGAGATTTTTGCTTTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233133 ATGCAAATAACTGTGATTATGAGCAAAAAGAGAGATTTTTGCTTTTCTGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 GTCCATGGAGACGCTAGACAGGATAGCCTCGTGCAGTGGGAGATGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233183 GTCCATGGAGACGCTAGACAGGATAGCCTCGTGCAGTGGGAGATGGAAGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 CTGCAAGTTGCCACGACTGTCACTTAATGGGGTTCGCTTCAAGCGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233233 CTGCAAGTTGCCACGACTGTCACTTAATGGGGTTCGCTTCAAGCGAATAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 CTGGGACATCTATTGCCTTTAAGAACATTGCATCAAAAATAGCAAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233283 CTGGGACATCTATTGCCTTTAAGAACATTGCATCAAAAATAGCAAATGAG

   2400     .
   2266 CTTATGCTG
        |||| ||||
 233333 CTTAAGCTG