seq1 = pF1KA1452.tfa, 2124 bp
seq2 = pF1KA1452/gi568815582f_22205154.tfa (gi568815582f:22205154_22433697), 228544 bp

>pF1KA1452 2124
>gi568815582f:22205154_22433697 (Chr16)

1-36  (97816-97851)   100% ->
37-87  (100003-100053)   100% ->
88-165  (102995-103072)   100% ->
166-281  (103772-103887)   100% ->
282-364  (104275-104357)   100% ->
365-472  (108467-108574)   100% ->
473-522  (108926-108975)   100% ->
523-642  (109936-110055)   100% ->
643-728  (111448-111533)   100% ->
729-773  (111842-111886)   100% ->
774-865  (111962-112053)   100% ->
866-986  (113673-113793)   100% ->
987-1068  (117697-117778)   100% ->
1069-1128  (119201-119260)   100% ->
1129-1286  (119350-119507)   100% ->
1287-1348  (120052-120113)   100% ->
1349-1866  (120608-121125)   100% ->
1867-1944  (123357-123434)   100% ->
1945-2070  (126907-127032)   100% ->
2071-2124  (128491-128544)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAATGAAGAGGATGACCCAGTTGTACAGGAG         ATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  97816 ATGGCCAATGAAGAGGATGACCCAGTTGTACAGGAGGTA...CAGATCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGTGTACTTGGCCAAGAGTCTGGCGGAAAAGCTGTATCTATTTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100008 TGTGTACTTGGCCAAGAGTCTGGCGGAAAAGCTGTATCTATTTCAGGTA.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     88      TACCCTGTGCGTCCAGCCTCGATGACCTACGATGACATTCCGCAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100058 ..CAGTACCCTGTGCGTCCAGCCTCGATGACCTACGATGACATTCCGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTCTCAGCCAAGATCAAGCCCAAGCAGCAGAAG         GTAGAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103040 CTCTCAGCCAAGATCAAGCCCAAGCAGCAGAAGGTG...CAGGTAGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TGAGATGGCCATCGACACCCTGAACCCCAACTATTGCCGCAGCAAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103780 TGAGATGGCCATCGACACCCTGAACCCCAACTATTGCCGCAGCAAAGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGCAGATTGCGCTGAACGTGGACGGGGCCTGCGCCGACGAGACCAGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103830 AGCAGATTGCGCTGAACGTGGACGGGGCCTGCGCCGACGAGACCAGCACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TATTCCTC         GAAGCTGATGGACAAGCAGACCTTCTGCTCTTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103880 TATTCCTCGTG...CAGGAAGCTGATGGACAAGCAGACCTTCTGCTCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CCAGACCACCAGTAACACATCCCGTTATGCCGCTGCACTCTACAGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104308 CCAGACCACCAGTAACACATCCCGTTATGCCGCTGCACTCTACAGGCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365          GTGAGCTCCACCTGACACCTTTACATGGCATCCTGCAGCTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104358 GTA...CAGGTGAGCTCCACCTGACACCTTTACATGGCATCCTGCAGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CGGCCCAGCTTCTCCTACCTGGATAAGGCTGACGCCAAGCACCGGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108508 CGGCCCAGCTTCTCCTACCTGGATAAGGCTGACGCCAAGCACCGGGAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGAGGCGGCCAACGAGG         CAGGGGACTCTTCACAGGATGAGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 108558 GGAGGCGGCCAACGAGGGTG...CAGCAGGGGACTCTTCACAGGATGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CGGAAGACGATGTTAAGCAGATCACG         GTGCGGTTCTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108950 CGGAAGACGATGTTAAGCAGATCACGGTG...CAGGTGCGGTTCTCCCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CCGGAGTCAGAGCAGGCCCGCCAGCGCCGTGTGCAGTCCTATGAGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109951 CCGGAGTCAGAGCAGGCCCGCCAGCGCCGTGTGCAGTCCTATGAGTTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GCAGAAGAAGCACGCAGAGGAGCCCTGGGTCCACCTGCATTACTATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110001 GCAGAAGAAGCACGCAGAGGAGCCCTGGGTCCACCTGCATTACTATGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGAGG         GACAGTCGCTCTGAGCATGAGCGTCAGTACCTGCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110051 TGAGGGTG...CAGGACAGTCGCTCTGAGCATGAGCGTCAGTACCTGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TGCCCCGGCTCAAGCGGGGTGGAGAACACGGAGCTCGTCAAGTCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111484 TGCCCCGGCTCAAGCGGGGTGGAGAACACGGAGCTCGTCAAGTCACCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729          TGAGTACCTGATGATGCTGATGCCACCCAGCCAGGAGGAGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111534 GTG...CAGTGAGTACCTGATGATGCTGATGCCACCCAGCCAGGAGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AGAA         AGACAAGCCTGTGGCCCCCAGCAACGTCCTGTCGATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111883 AGAAGTG...CAGAGACAAGCCTGTGGCCCCCAGCAACGTCCTGTCGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GCCCAGCTGCGCACGCTGCCCCTGGCCGATCAGATCAAGATCCTGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111999 GCCCAGCTGCGCACGCTGCCCCTGGCCGATCAGATCAAGATCCTGATGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GAATG         TGAAGGTCATGCCTTTTGCCAACTTGATGAGCCTCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112049 GAATGGTG...CAGTGAAGGTCATGCCTTTTGCCAACTTGATGAGCCTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 TGGGCCCCTCCATCGATTCCGTGGCTGTTCTGCGGGGCATCCAGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113709 TGGGCCCCTCCATCGATTCCGTGGCTGTTCTGCGGGGCATCCAGAAGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GCGATGTTGGTCCAAGGGAACTGGGTGGTGAAGAG         TGACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 113759 GCGATGTTGGTCCAAGGGAACTGGGTGGTGAAGAGGTA...CAGTGACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 CCTATACCCCAAGGACTCGTCCAGCCCTCACAGCGGCGTGCCTGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117703 CCTATACCCCAAGGACTCGTCCAGCCCTCACAGCGGCGTGCCTGCTGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TGCTCTGCAGGGGCCGAGACTTCGTT         ATGTGGAAGTTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 117753 TGCTCTGCAGGGGCCGAGACTTCGTTGTA...CAGATGTGGAAGTTCACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 CAGAGCCGCTGGGTGGTTAGGAAAGAGGTGGCAACCGTGACCAAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 119216 CAGAGCCGCTGGGTGGTTAGGAAAGAGGTGGCAACCGTGACCAAAGTA..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129     CTCTGCGCCGAGGATGTGAAGGACTTCCTGGAGCACATGGCCGTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119266 .CAGCTCTGCGCCGAGGATGTGAAGGACTTCCTGGAGCACATGGCCGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 TGAGGATCAACAAAGGCTGGGAGTTCATTCTGCCTTATGATGGGGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119396 TGAGGATCAACAAAGGCTGGGAGTTCATTCTGCCTTATGATGGGGAGTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 ATCAAGAAGCACCCGGATGTGGTCCAGCGGCAGCACATGCTGTGGACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119446 ATCAAGAAGCACCCGGATGTGGTCCAGCGGCAGCACATGCTGTGGACGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TATCCAGGCCAA         ACTGGAAAAAGTCTATAATCTTGTAAAGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119496 TATCCAGGCCAAGTA...CAGACTGGAAAAAGTCTATAATCTTGTAAAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 AAACCATGCCAAAGAAGCCGGATGCACAATCAG         GGCCTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120081 AAACCATGCCAAAGAAGCCGGATGCACAATCAGGTG...CAGGGCCTGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1357 GGGCTGGTCTGTGGGGACCAGCGGATCCAAGTAGCCAAAACCAAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120616 GGGCTGGTCTGTGGGGACCAGCGGATCCAAGTAGCCAAAACCAAGGCCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 GCAGAACCACGCGTTGCTGGAGCGGGAGCTGCAGCGGCGGAAGGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120666 GCAGAACCACGCGTTGCTGGAGCGGGAGCTGCAGCGGCGGAAGGAGCAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 TGCGGGTGCCTGCGGTCCCGCCCGGTGTGCGGATCAAGGAGGAGCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120716 TGCGGGTGCCTGCGGTCCCGCCCGGTGTGCGGATCAAGGAGGAGCCCGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 AGCGAGGAGGGCGAGGAGGACGAGGAGCAGGAGGCGGAGGAGGAGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120766 AGCGAGGAGGGCGAGGAGGACGAGGAGCAGGAGGCGGAGGAGGAGCCCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 GGACACTTCCCCCAGCGGCCTCCACAGCAAGCTGGCCAACGGGCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120816 GGACACTTCCCCCAGCGGCCTCCACAGCAAGCTGGCCAACGGGCTGCCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 TCGGGCGGGCTGCGGGCACAGACAGCTTCAACGGGCACCCGCCCCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120866 TCGGGCGGGCTGCGGGCACAGACAGCTTCAACGGGCACCCGCCCCAGGGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 TGCGCCAGCACCCCTGTGGCTCGGGAACTGAAGGCCTTCGTGGAGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120916 TGCGCCAGCACCCCTGTGGCTCGGGAACTGAAGGCCTTCGTGGAGGCCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 CTTTCAGAGACAGTTTGTGCTCACGCTGAGCGAACTCAAGCGCCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120966 CTTTCAGAGACAGTTTGTGCTCACGCTGAGCGAACTCAAGCGCCTCTTCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 ATCTGCACTTGGCCAGCCTGCCCCCCGGCCACACACTCTTCAGCGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121016 ATCTGCACTTGGCCAGCCTGCCCCCCGGCCACACACTCTTCAGCGGCATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 TCGGACCGCATGCTACAGGACACGGTGCTGGCCGCCGGTTGCAAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121066 TCGGACCGCATGCTACAGGACACGGTGCTGGCCGCCGGTTGCAAGCAGAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 ACTGGTGCCT         TTTCCCCCCCAGACTGCTGCTTCCCCGGATG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 121116 ACTGGTGCCTGTA...CAGTTTCCCCCCCAGACTGCTGCTTCCCCGGATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 AGCAGAAGGTGTTTGCCCTCTGGGAGTCTGGAGACATGAGTGATCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 123388 AGCAGAAGGTGTTTGCCCTCTGGGAGTCTGGAGACATGAGTGATCAGGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1945       CATCGACAGGTTTTGCTTGAAATTTTTTCCAAAAATTACCGGGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123438 ...AAGCATCGACAGGTTTTGCTTGAAATTTTTTCCAAAAATTACCGGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 ACGCCGAAACATGATCCAGTCTCGGTTGACTCAAGAGTGTGGAGAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126951 ACGCCGAAACATGATCCAGTCTCGGTTGACTCAAGAGTGTGGAGAAGATC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 TCAGTAAACAGGAGGTGGATAAAGTACTAAAG         GACTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 127001 TCAGTAAACAGGAGGTGGATAAAGTACTAAAGGTA...TAGGACTGCTGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2080 GTAAGCTATGGTGGCATGTGGTACCTTAAAGGGACAGTACAGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128500 GTAAGCTATGGTGGCATGTGGTACCTTAAAGGGACAGTACAGTCT