seq1 = pF1KA1435.tfa, 1230 bp
seq2 = pF1KA1435/gi568815596r_223778674.tfa (gi568815596r:223778674_224045284), 266611 bp

>pF1KA1435 1230
>gi568815596r:223778674_224045284 (Chr2)

(complement)

1-137  (100001-100137)   100% ->
138-205  (127275-127342)   100% ->
206-279  (132959-133032)   100% ->
280-334  (139284-139338)   100% ->
335-485  (143952-144102)   100% ->
486-598  (146215-146327)   100% ->
599-725  (149655-149781)   100% ->
726-831  (150946-151051)   100% ->
832-933  (160536-160637)   100% ->
934-1064  (163213-163343)   100% ->
1065-1173  (165053-165161)   100% ->
1174-1230  (166555-166611)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCGAAATCCACTCCAGGCCGCAGAGCAGCCGCCCGGTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCGAAATCCACTCCAGGCCGCAGAGCAGCCGCCCGGTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCAAGATCGAGGGGCACCAGGACGCCGTCACGGCCGCGCTGCTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCAAGATCGAGGGGCACCAGGACGCCGTCACGGCCGCGCTGCTCATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAGGAGGACGGCGTGATCACGGCCAGCGAGGACAG         AACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100101 CCAAGGAGGACGGCGTGATCACGGCCAGCGAGGACAGGTA...CAGAACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCGGGTATGGCTGAAAAGAGACAGTGGTCAATACTGGCCCAGCATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127279 ATCCGGGTATGGCTGAAAAGAGACAGTGGTCAATACTGGCCCAGCATTTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCACACAATGGCCT         CTCCTTGCTCTGCTATGGCTTACCATC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 127329 CCACACAATGGCCTGTA...CAGCTCCTTGCTCTGCTATGGCTTACCATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGACAGCAGACGGATATTTGTGGGCCAGGATAATGGAGCTGTAATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 132986 ATGACAGCAGACGGATATTTGTGGGCCAGGATAATGGAGCTGTAATGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       GAATTTCACGTTTCTGAAGATTTTAATAAAATGAACTTTATCAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133036 ...TAGGAATTTCACGTTTCTGAAGATTTTAATAAAATGAACTTTATCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GACCTACCCAG         CTCATCAGAACCGGGTGTCTGCGATTATCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 139328 GACCTACCCAGGTA...CAGCTCATCAGAACCGGGTGTCTGCGATTATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCAGCTTGGCCACAGAGTGGGTGATCAGTACCGGCCACGACAAGTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143982 TCAGCTTGGCCACAGAGTGGGTGATCAGTACCGGCCACGACAAGTGTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGCTGGATGTGCACGCGGAGCGGGAACATGCTCGGGAGGCACTTCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144032 AGCTGGATGTGCACGCGGAGCGGGAACATGCTCGGGAGGCACTTCTTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTCCTGGGCTTCGTGTCTGCA         ATATGACTTTGACACTCAGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 144082 GTCCTGGGCTTCGTGTCTGCAGTA...CAGATATGACTTTGACACTCAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATGCTTTCGTTGGTGATTATTCTGGGCAGATCACCCTGCTGAAGCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146235 ATGCTTTCGTTGGTGATTATTCTGGGCAGATCACCCTGCTGAAGCTTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGAACACGTGTTCAGTCATCACAACCCTCAAAGGACATGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 146285 CAGAACACGTGTTCAGTCATCACAACCCTCAAAGGACATGAAGGTA...T

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    599   GTAGTGTCGCCTGCCTCTGGTGGGACCCTATTCAGCGGTTACTCTTCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149653 AGGTAGTGTCGCCTGCCTCTGGTGGGACCCTATTCAGCGGTTACTCTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGGAGCATCTGACAACAGCATCATCATGTGGGACATCGGAGGAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149703 CAGGAGCATCTGACAACAGCATCATCATGTGGGACATCGGAGGAAGGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGCCGGACGCTGTTACTTCAGGGCCATCA         TGACAAGGTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 149753 GGCCGGACGCTGTTACTTCAGGGCCATCAGTG...CAGTGACAAGGTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GTCGCTGTGCTACCTTCAGCTCACCAGGCAGCTCGTCTCCTGTTCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150958 GTCGCTGTGCTACCTTCAGCTCACCAGGCAGCTCGTCTCCTGTTCCTCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACGGCGGAATTGCAGTGTGGAACATGGATGTTAGCAGAGAAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 151008 ACGGCGGAATTGCAGTGTGGAACATGGATGTTAGCAGAGAAGAGGTA...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    832    GCTCCTCAGTGGTTGGAAAGTGATTCTTGTCAGAAATGTGAGCAGCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160533 CAGGCTCCTCAGTGGTTGGAAAGTGATTCTTGTCAGAAATGTGAGCAGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ATTTTTCTGGAACATAAAGCAGATGTGGGACACCAAGACGCTGGGGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160583 ATTTTTCTGGAACATAAAGCAGATGTGGGACACCAAGACGCTGGGGCTAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GACAA         CATCACTGCAGGAAATGCGGGCAGGCTGTCTGCGGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160633 GACAAGTG...AAGCATCACTGCAGGAAATGCGGGCAGGCTGTCTGCGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAGTGCAGCAGCAAGCGCTCAAGTTACCCAGTCATGGGCTTCGAGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163249 AAGTGCAGCAGCAAGCGCTCAAGTTACCCAGTCATGGGCTTCGAGTTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGTCCGGGTTTGTGATTCTTGTTACGACTCCATCAAAGATGAAGA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 163299 AGTCCGGGTTTGTGATTCTTGTTACGACTCCATCAAAGATGAAGAGTG..

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065     TCGGACTTCTCTAGCGACCTTTCATGAAGGAAAACATAACATTTCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163349 .TAGTCGGACTTCTCTAGCGACCTTTCATGAAGGAAAACATAACATTTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CACATGTCCATGGACATTGCCAGGGGACTGATGGTGACCTGTGGGACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165099 CACATGTCCATGGACATTGCCAGGGGACTGATGGTGACCTGTGGGACCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCGCATTGTAAAG         ATCTGGGACATGACACCTGTGGTGGGCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 165149 CCGCATTGTAAAGGTA...TAGATCTGGGACATGACACCTGTGGTGGGCT

   1300     .    :    .    :    .
   1202 GCAGTCTGGCGACTGGGTTTTCTCCGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 166583 GCAGTCTGGCGACTGGGTTTTCTCCGCAC