seq1 = pF1KA1361.tfa, 3003 bp
seq2 = pF1KA1361/gi568815581f_29351549.tfa (gi568815581f:29351549_29643019), 291471 bp

>pF1KA1361 3003
>gi568815581f:29351549_29643019 (Chr17)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-204  (115597-115668)   100% ->
205-306  (124122-124223)   100% ->
307-352  (126113-126158)   100% ->
353-449  (126703-126799)   100% ->
450-563  (128820-128933)   100% ->
564-655  (130649-130740)   100% ->
656-749  (138116-138209)   100% ->
750-831  (140236-140317)   100% ->
832-999  (144012-144179)   100% ->
1000-1203  (146770-146973)   100% ->
1204-1338  (151041-151175)   100% ->
1339-1575  (156348-156584)   99% ->
1576-1704  (159316-159444)   100% ->
1705-1908  (165905-166108)   100% ->
1909-2148  (170732-170971)   100% ->
2149-2361  (178859-179071)   100% ->
2362-2544  (182570-182752)   100% ->
2545-3003  (191013-191471)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCATCAACTAACAGAGCAGGCAGCCTGAAGGACCCTGAAATTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCATCAACTAACAGAGCAGGCAGCCTGAAGGACCCTGAAATTGCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCTTCTTCAAAGAAGATCCAGAGAAGCTCTTCACAGATCTCAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCTTCTTCAAAGAAGATCCAGAGAAGCTCTTCACAGATCTCAGAGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGGCCATGGAAGCTTTGGAGCAGTGTATTTT         GCACGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 TTGGCCATGGAAGCTTTGGAGCAGTGTATTTTGTA...TAGGCACGAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGCGTACCAATGAAGTGGTGGCCATCAAGAAAATGTCTTATAGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115606 GTGCGTACCAATGAAGTGGTGGCCATCAAGAAAATGTCTTATAGTGGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGTCTACTGAG         AAATGGCAGGATATTATTAAGGAAGTCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 115656 GCAGTCTACTGAGGTA...CAGAAATGGCAGGATATTATTAAGGAAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTTTCTACAAAGAATAAAACATCCCAACAGTATAGAATACAAAGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124150 AGTTTCTACAAAGAATAAAACATCCCAACAGTATAGAATACAAAGGCTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATTTACGTGAACACACAGCATGG         CTTGTAATGGAATATTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 124200 TATTTACGTGAACACACAGCATGGGTT...TAGCTTGTAATGGAATATTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTTAGGATCTGCTTCGGATTTACTAGAAG         TTCACAAAAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 126130 TTTAGGATCTGCTTCGGATTTACTAGAAGGTA...AAGTTCACAAAAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CATTACAAGAAGTGGAAATAGCAGCAATTACACATGGTGCTCTTCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126715 CATTACAAGAAGTGGAAATAGCAGCAATTACACATGGTGCTCTTCAGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTAGCCTACTTACATTCTCATACTATGATTCATAG         AGATAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 126765 TTAGCCTACTTACATTCTCATACTATGATTCATAGGTA...TAGAGATAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAAAGCAGGAAATATCCTTCTGACAGAACCAGGCCAGGTGAAACTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128826 CAAAGCAGGAAATATCCTTCTGACAGAACCAGGCCAGGTGAAACTTGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACTTTGGCTCTGCTTCCATGGCATCACCTGCCAATTCCTTTGTGGGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128876 ACTTTGGCTCTGCTTCCATGGCATCACCTGCCAATTCCTTTGTGGGAACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCGTATTG         GATGGCCCCAGAAGTAATTTTAGCCATGGATGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 128926 CCGTATTGGTA...TAGGATGGCCCCAGAAGTAATTTTAGCCATGGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGGACAATATGATGGCAAAGTAGATGTGTGGTCTCTTGGAATAACATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130682 AGGACAATATGATGGCAAAGTAGATGTGTGGTCTCTTGGAATAACATGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTGAACTAG         CGGAAAGGAAGCCTCCTTTATTTAATATGAAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 130732 TTGAACTAGGTA...CAGCGGAAAGGAAGCCTCCTTTATTTAATATGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCAATGAGTGCCTTATATCACATAGCCCAAAATGAATCCCCTACACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138148 GCAATGAGTGCCTTATATCACATAGCCCAAAATGAATCCCCTACACTACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GTCTAATGAATG         GTCTGATTATTTTCGCAACTTTGTAGATT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 138198 GTCTAATGAATGGTG...TAGGTCTGATTATTTTCGCAACTTTGTAGATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CTTGCCTCCAGAAAATCCCTCAAGATCGACCTACATCAGAGGAACTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140265 CTTGCCTCCAGAAAATCCCTCAAGATCGACCTACATCAGAGGAACTTTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAG         CACATATTTGTTCTTCGGGAGCGCCCTGAAACCGTGTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140315 AAGGTC...TAGCACATATTTGTTCTTCGGGAGCGCCCTGAAACCGTGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AATAGATCTCATTCAGAGGACAAAGGATGCAGTAAGAGAGCTGGACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144050 AATAGATCTCATTCAGAGGACAAAGGATGCAGTAAGAGAGCTGGACAATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGCAGTATCGAAAGATGAAGAAACTCCTTTTCCAGGAGGCACATAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144100 TGCAGTATCGAAAGATGAAGAAACTCCTTTTCCAGGAGGCACATAATGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCAGCAGTAGAAGCACAGGAAGAAGAAGAG         GAACAAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 144150 CCAGCAGTAGAAGCACAGGAAGAAGAAGAGGTA...TAGGAACAAGATCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGGTGTTGGCCGGACAGGAACAGTTAATAGTGTTGGAAGTAATCAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146781 TGGTGTTGGCCGGACAGGAACAGTTAATAGTGTTGGAAGTAATCAATCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TTCCCAGCATGTCCATCAGTGCCAGCAGCCAAAGCAGTAGTGTTAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146831 TTCCCAGCATGTCCATCAGTGCCAGCAGCCAAAGCAGTAGTGTTAACAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTTCCAGATGTCTCAGATGACAAGAGTGAGCTAGACATGATGGAGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146881 CTTCCAGATGTCTCAGATGACAAGAGTGAGCTAGACATGATGGAGGGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCACACAGTGATGTCTAACAGTTCTGTTATCCATTTAAAACCA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 146931 CCACACAGTGATGTCTAACAGTTCTGTTATCCATTTAAAACCAGTG...T

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1204   GAGGAAGAAAATTACAGAGAAGAGGGAGATCCTAGAACAAGAGCATCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151039 AGGAGGAAGAAAATTACAGAGAAGAGGGAGATCCTAGAACAAGAGCATCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GATCCACAATCTCCACCCCAAGTATCTCGTCACAAATCACACTATCGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151089 GATCCACAATCTCCACCCCAAGTATCTCGTCACAAATCACACTATCGTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TCGAGAACACTTTGCTACTATACGGACAGCATCACTG         GTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 151139 TCGAGAACACTTTGCTACTATACGGACAGCATCACTGGTA...TAGGTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CGAGGCAAATGCAAGAACATGAGCAGGACTCTGAGCTTAGAGAACAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156352 CGAGGCAAATGCAAGAACATGAGCAGGACTCTGAGCTTAGAGAACAAATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TCTGGCTATAAGCGAATGAGGCGACAACATCAAAAGCAACTGATGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156402 TCTGGCTATAAGCGAATGAGGCGACAACATCAAAAGCAACTGATGACTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGAAAACAAGCTAAAGGCTGAGATGGATGAACATCGCCTCAGATTAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156452 GGAAAACAAGCTAAAGGCTGAGATGGATGAACATCGCCTCAGATTAGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AAGATCTTGAAACTCAGCGTAACAATTTTGCTGCAGAAATGGAGAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156502 AAGATCTTGAAACTCAGCGTAACAATTTTGCTGCAGAAATGGAGAAACTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 ATCAAGAAACACCAGGCTGCTATGGAGAAAGAG         GCTAAAGT
        |||||||||||||||||||| ||||||||||||>>>...>>>||||||||
 156552 ATCAAGAAACACCAGGCTGCCATGGAGAAAGAGGTG...TAGGCTAAAGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GATGTCCAATGAAGAGAAAAAATTTCAGCAACATATTCAGGCCCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159324 GATGTCCAATGAAGAGAAAAAATTTCAGCAACATATTCAGGCCCAACAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGAAAGAACTGAATAGTTTTCTCGAGTCCCAGAAAAGAGAGTATAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159374 AGAAAGAACTGAATAGTTTTCTCGAGTCCCAGAAAAGAGAGTATAAACTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CGAAAAGAGCAGCTTAAAGAG         GAGCTAAATGAAAACCAGAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 159424 CGAAAAGAGCAGCTTAAAGAGGTA...CAGGAGCTAAATGAAAACCAGAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TACCCCCAAAAAAGAAAAACAGGAGTGGCTTTCAAAGCAGAAGGAGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165925 TACCCCCAAAAAAGAAAAACAGGAGTGGCTTTCAAAGCAGAAGGAGAATA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TACAGCATTTCCAAGCAGAAGAAGAAGCTAACCTTCTTCGACGTCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165975 TACAGCATTTCCAAGCAGAAGAAGAAGCTAACCTTCTTCGACGTCAAAGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CAATACCTAGAGCTGGAATGCCGTCGCTTCAAGAGAAGAATGTTACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166025 CAATACCTAGAGCTGGAATGCCGTCGCTTCAAGAGAAGAATGTTACTTGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GCGTCATAACTTAGAGCAGGACCTTGTCAGGGAG         GAGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 166075 GCGTCATAACTTAGAGCAGGACCTTGTCAGGGAGGTA...TAGGAGTTAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 ACAAAAGACAGACTCAGAAGGACTTAGAGCATGCCATGCTACTCCGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170739 ACAAAAGACAGACTCAGAAGGACTTAGAGCATGCCATGCTACTCCGACAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CATGAATCTATGCAAGAACTGGAGTTCCGCCACCTCAACACAATTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170789 CATGAATCTATGCAAGAACTGGAGTTCCGCCACCTCAACACAATTCAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GATGCGCTGTGAGTTGATCAGATTACAGCATCAAACTGAGCTCACTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170839 GATGCGCTGTGAGTTGATCAGATTACAGCATCAAACTGAGCTCACTAACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 AGCTGGAATATAATAAGCGAAGAGAACGAGAACTAAGACGAAAGCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170889 AGCTGGAATATAATAAGCGAAGAGAACGAGAACTAAGACGAAAGCATGTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 ATGGAAGTTCGACAACAGCCTAAGAGTTTGAAG         TCTAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 170939 ATGGAAGTTCGACAACAGCCTAAGAGTTTGAAGGTA...CAGTCTAAAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 ACTCCAAATAAAAAAGCAGTTTCAGGATACCTGCAAAATCCAAACCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178867 ACTCCAAATAAAAAAGCAGTTTCAGGATACCTGCAAAATCCAAACCAGAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 AGTACAAAGCATTAAGAAATCACCTGCTGGAGACTACACCAAAGAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178917 AGTACAAAGCATTAAGAAATCACCTGCTGGAGACTACACCAAAGAGTGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 CACAAAGCTGTTCTGAAACGGCTCAAGGAGGAACAGACCCGGAAATTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178967 CACAAAGCTGTTCTGAAACGGCTCAAGGAGGAACAGACCCGGAAATTAGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 TATCTTGGCTGAGCAGTATGATCACAGCATTAATGAAATGCTCTCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179017 TATCTTGGCTGAGCAGTATGATCACAGCATTAATGAAATGCTCTCCACAC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 AAGCC         CTGCGTTTGGATGAAGCACAGGAAGCAGAGTGCCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179067 AAGCCGTG...CAGCTGCGTTTGGATGAAGCACAGGAAGCAGAGTGCCAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 GTTTTGAAGATGCAGCTGCAGCAGGAACTGGAGCTGTTGAATGCGTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182606 GTTTTGAAGATGCAGCTGCAGCAGGAACTGGAGCTGTTGAATGCGTATCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 GAGCAAAATCAAGATGCAAGCTGAGGCACAACATGATCGAGAGCTTCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182656 GAGCAAAATCAAGATGCAAGCTGAGGCACAACATGATCGAGAGCTTCGCG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 AGCTTGAACAGAGGGTCTCCCTCCGGAGGGCACTCTTAGAACAAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 182706 AGCTTGAACAGAGGGTCTCCCTCCGGAGGGCACTCTTAGAACAAAAGGTA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2545       ATTGAAGAAGAGATGTTGGCTTTGCAGAATGAGCGCACAGAACG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182756 ...CAGATTGAAGAAGAGATGTTGGCTTTGCAGAATGAGCGCACAGAACG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 AATACGAAGCCTGTTGGAACGTCAAGCCAGAGAGATTGAAGCTTTTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191057 AATACGAAGCCTGTTGGAACGTCAAGCCAGAGAGATTGAAGCTTTTGACT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 CTGAAAGCATGAGACTAGGTTTTAGTAATATGGTCCTTTCTAATCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191107 CTGAAAGCATGAGACTAGGTTTTAGTAATATGGTCCTTTCTAATCTCTCC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2689 CCTGAGGCATTCAGCCACAGCTACCCGGGAGCTTCTGGTTGGTCACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191157 CCTGAGGCATTCAGCCACAGCTACCCGGGAGCTTCTGGTTGGTCACACAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2739 CCCTACTGGGGGTCCAGGACCTCACTGGGGTCATCCCATGGGTGGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191207 CCCTACTGGGGGTCCAGGACCTCACTGGGGTCATCCCATGGGTGGCCCAC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2789 CACAAGCTTGGGGCCATCCAATGCAAGGTGGACCCCAGCCATGGGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191257 CACAAGCTTGGGGCCATCCAATGCAAGGTGGACCCCAGCCATGGGGTCAC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2839 CCTTCAGGGCCAATGCAAGGGGTACCTCGAGGTAGCAGTATGGGAGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191307 CCTTCAGGGCCAATGCAAGGGGTACCTCGAGGTAGCAGTATGGGAGTCCG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2889 CAATAGCCCCCAGGCTCTGAGGCGGACAGCTTCTGGGGGACGGACAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 191357 CAATAGCCCCCAGGCTCTGAGGCGGACAGCTTCTGGGGGACGGACGGAGC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2939 AGGGCATGAGCAGAAGCACGAGTGTCACTTCACAAATATCCAATGGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191407 AGGGCATGAGCAGAAGCACGAGTGTCACTTCACAAATATCCAATGGGTCA

   3150     .    :    .
   2989 CACATGTCTTATACA
        |||||||||||||||
 191457 CACATGTCTTATACA