seq1 = pF1KA1339.tfa, 1926 bp
seq2 = pF1KA1339/gi568815591f_149053944.tfa (gi568815591f:149053944_149279798), 225855 bp

>pF1KA1339 1926
>gi568815591f:149053944_149279798 (Chr7)

1-24  (93800-93823)   100% ->
25-420  (100002-100397)   100% ->
421-547  (112215-112341)   100% ->
548-661  (112874-112987)   100% ->
662-775  (122525-122638)   100% ->
776-1926  (124705-125855)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGGCGGCCCCGGCCCCG         ACATCTGAATGGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  93800 ATGGCTGAGGCGGCCCCGGCCCCGGTA...CAGACATCTGAATGGGACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGAGTGCCTTACATCCCTGCAGCCCCTTCCTCTTCCTACACCCCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100019 CGAGTGCCTTACATCCCTGCAGCCCCTTCCTCTTCCTACACCCCCAGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAAATGAGGCACACCTGCAGACAGCAGCTATCTCTCTGTGGACAGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100069 CAAATGAGGCACACCTGCAGACAGCAGCTATCTCTCTGTGGACAGTGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCGCCGTGCAGGCTATAGAGAGGAAGGTGGAGATCCACAGCCGGCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100119 GCCGCCGTGCAGGCTATAGAGAGGAAGGTGGAGATCCACAGCCGGCGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTACACCTGGAAGGTCGGACAGGGACAGCAGAGAAGAAACTAGCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100169 CCTACACCTGGAAGGTCGGACAGGGACAGCAGAGAAGAAACTAGCCAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGAAAAGACAGTTACCGAGCTTGGGAACCAGCTGGAGGGCAAGTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100219 GTGAAAAGACAGTTACCGAGCTTGGGAACCAGCTGGAGGGCAAGTGGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGCTGGGAACCCTGCTGCAGGAGTACGGGCTGCTGCAGAGGCGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100269 GTGCTGGGAACCCTGCTGCAGGAGTACGGGCTGCTGCAGAGGCGGCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAACTTGGAGAACCTGCTGCGCAACAGGAACTTCTGGATCCTGCGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100319 GAACTTGGAGAACCTGCTGCGCAACAGGAACTTCTGGATCCTGCGGCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTCCAGGTATTAAGGGAGATATCCCAAAG         GTGCCTGTGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100369 CTCCAGGTATTAAGGGAGATATCCCAAAGGTA...TAGGTGCCTGTGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTGATGATGTCTCCATCTACTTTTCCACTCCAGAGTGGGAAAAATTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112227 TTTGATGATGTCTCCATCTACTTTTCCACTCCAGAGTGGGAAAAATTAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGAATGGCAAAAGGAACTTTACAAGAATATCATGAAGGGCAACTACGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112277 AGAATGGCAAAAGGAACTTTACAAGAATATCATGAAGGGCAACTACGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTCTCATCTCCATGG         ATTATGCTATAAATCAACCTGATGTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112327 CTCTCATCTCCATGGGTG...TAGATTATGCTATAAATCAACCTGATGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTATCTCAGATTCAACCAGAAGGGGAACATAATACAGAGGACCAGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112900 TTATCTCAGATTCAACCAGAAGGGGAACATAATACAGAGGACCAGGCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCCAGAGGAAAGTGAGATTCCCACAGACCCCAGTGAAG         AGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 112950 GCCAGAGGAAAGTGAGATTCCCACAGACCCCAGTGAAGGTA...TAGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTGGTATTTCAACATCAGATATTCTGTCTTGGATTAAACAAGAAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122528 CTGGTATTTCAACATCAGATATTCTGTCTTGGATTAAACAAGAAGAAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCTCAGGTTGGGGCCCCACCGGAGTCCAAGGAGAGTGACGTGTACAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122578 CCTCAGGTTGGGGCCCCACCGGAGTCCAAGGAGAGTGACGTGTACAAAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CACTTATGCTG         ATGAAGAGCTTGTCATCAAAGCTGAAGGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 122628 CACTTATGCTGGTG...CAGATGAAGAGCTTGTCATCAAAGCTGAAGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTGCTAGATCCTCGTTGTGCCCTGAGGTTCCAGTCCCTTTCTCTTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124735 TTGCTAGATCCTCGTTGTGCCCTGAGGTTCCAGTCCCTTTCTCTTCTCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCAGCAGCAGCAAAGGATGCTTTTTCAGATGTGGCTTTCAAAAGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124785 CCAGCAGCAGCAAAGGATGCTTTTTCAGATGTGGCTTTCAAAAGCCAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GTCTACATCCATGACACCTTTTGGACGTCCAGCCACTGACCTGCCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124835 GTCTACATCCATGACACCTTTTGGACGTCCAGCCACTGACCTGCCTGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCTCTGAGGGACAAGTGACTTTTACTCAGTTGGGTAGCTATCCCCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124885 CCTCTGAGGGACAAGTGACTTTTACTCAGTTGGGTAGCTATCCCCTCCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCTCCAGTTGGCGAGCAGGTGTTCTCATGCCACCACTGTGGCAAGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124935 CCTCCAGTTGGCGAGCAGGTGTTCTCATGCCACCACTGTGGCAAGAATCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CAGCCAAGACATGTTGCTGACCCACCAATGTAGCCATGCTACTGAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124985 CAGCCAAGACATGTTGCTGACCCACCAATGTAGCCATGCTACTGAGCACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCTTACCCTGTGCCCAGTGCCCTAAGCACTTTACTCCACAGGCGGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125035 CCTTACCCTGTGCCCAGTGCCCTAAGCACTTTACTCCACAGGCGGACCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AGCAGCACCTCCCAGGACCATGCCAGCGAGACACCCCCCACCTGCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125085 AGCAGCACCTCCCAGGACCATGCCAGCGAGACACCCCCCACCTGCCCACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CTGTGCCAGGACTTTTACTCACCCATCAAGACTTACCTACCATCTTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125135 CTGTGCCAGGACTTTTACTCACCCATCAAGACTTACCTACCATCTTCGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TCCATAACAGCACTGAGCGTCCTTTCCCCTGTCCTGATTGCCCCAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125185 TCCATAACAGCACTGAGCGTCCTTTCCCCTGTCCTGATTGCCCCAAGCGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TTTGCTGACCAGGCTCGACTCACCAGCCACCGGAGAGCTCATGCAAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125235 TTTGCTGACCAGGCTCGACTCACCAGCCACCGGAGAGCTCATGCAAGCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 AAGGCCCTTCCGCTGTGCCCAGTGCGGCAGGAGCTTCAGCTTGAAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125285 AAGGCCCTTCCGCTGTGCCCAGTGCGGCAGGAGCTTCAGCTTGAAAATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 GCCTCCTGCTCCACCAGCGGGGTCATGCACAAGAGCGCCCTTTCTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125335 GCCTCCTGCTCCACCAGCGGGGTCATGCACAAGAGCGCCCTTTCTCCTGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CCTCAGTGTGGCATTGACTTCAACGGCCACTCGGCCCTGATCCGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125385 CCTCAGTGTGGCATTGACTTCAACGGCCACTCGGCCCTGATCCGCCACCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 GATGATCCACACAGGCGAGCGTCCTTACCCCTGCACTGACTGCAGTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125435 GATGATCCACACAGGCGAGCGTCCTTACCCCTGCACTGACTGCAGTAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 GCTTCATGCGCAAGGAGCACCTGCTGAACCACCGGCGGCTGCACACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125485 GCTTCATGCGCAAGGAGCACCTGCTGAACCACCGGCGGCTGCACACAGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GAGCGGCCCTTCAGTTGTCCTCACTGTGGCAAGAGCTTCATCCGCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125535 GAGCGGCCCTTCAGTTGTCCTCACTGTGGCAAGAGCTTCATCCGCAAGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CCACCTAATGAAACACCAGCGCATCCACACCGGGGAGCGGCCCTACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125585 CCACCTAATGAAACACCAGCGCATCCACACCGGGGAGCGGCCCTACCCCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 GCTCCTACTGTGGCAGGAGCTTCCGCTACAAACAGACACTCAAGGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125635 GCTCCTACTGTGGCAGGAGCTTCCGCTACAAACAGACACTCAAGGACCAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 CTCCGTTCAGGCCACAATGGAGGCTGTGGGGGTGATAGTGACCCATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125685 CTCCGTTCAGGCCACAATGGAGGCTGTGGGGGTGATAGTGACCCATCAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 TCAGCCACCCAACCCACCAGGTCCCCTCATAACTGGGCTTGAAACTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125735 TCAGCCACCCAACCCACCAGGTCCCCTCATAACTGGGCTTGAAACTTCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 GCCTGGGTGTCAACACTGAAGGTCTAGAGACCAACCAGTGGTATGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125785 GCCTGGGTGTCAACACTGAAGGTCTAGAGACCAACCAGTGGTATGGGGAA

   1950     .    :    .    :
   1906 GGGAGTGGAGGGGGAGTTTTG
        |||||||||||||||||||||
 125835 GGGAGTGGAGGGGGAGTTTTG