seq1 = pF1KA1310.tfa, 2340 bp
seq2 = pF1KA1310/gi568815596r_96502752.tfa (gi568815596r:96502752_96737135), 234384 bp

>pF1KA1310 2340
>gi568815596r:96502752_96737135 (Chr2)

(complement)

1-215  (100001-100215)   100% ->
216-386  (105654-105824)   100% ->
387-477  (117374-117464)   100% ->
478-663  (117592-117777)   100% ->
664-795  (123517-123648)   100% ->
796-912  (124202-124318)   99% ->
913-1014  (124573-124674)   100% ->
1015-1086  (124783-124854)   100% ->
1087-1161  (125998-126072)   100% ->
1162-1319  (126253-126410)   100% ->
1320-1383  (127574-127637)   100% ->
1384-1584  (128072-128272)   100% ->
1585-1741  (128472-128628)   100% ->
1742-1819  (130089-130166)   100% ->
1820-2011  (131625-131816)   100% ->
2012-2096  (132273-132357)   100% ->
2097-2227  (132756-132886)   100% ->
2228-2340  (134274-134385)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCACCGGGGTGGGGAGAGGGACTTCCAGACTTCAGCTCGACGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCACCGGGGTGGGGAGAGGGACTTCCAGACTTCAGCTCGACGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCACCTCGCTGCTCTTCCAGCTTTCAGTGCATGAACGGGAGCTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCACCTCGCTGCTCTTCCAGCTTTCAGTGCATGAACGGGAGCTGGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTTTTTCTGGATCATAGCTATGCCAAGCCTTGGAGTGCCCACCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTTTTTCTGGATCATAGCTATGCCAAGCCTTGGAGTGCCCACCCAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAGTAGTGCCCGCCCCACCCGCATGCTCTTTGTCACTCCCCGGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCAGTAGTGCCCGCCCCACCCGCATGCTCTTTGTCACTCCCCGGCGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCACGAAAGTACCAT         TGAATCAGACGTCCCAATAGATGTGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCACGAAAGTACCATGTG...CAGTGAATCAGACGTCCCAATAGATGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGACGGTCACATCAACGCCTATGCCACTCTATGACAATCAGAAGGCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105680 AGACGGTCACATCAACGCCTATGCCACTCTATGACAATCAGAAGGCACGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCGTGATGAATGAGTGTGAACGGCATGTCATCTTTGCCAGGACTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105730 AGCGTGATGAATGAGTGTGAACGGCATGTCATCTTTGCCAGGACTGATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGATGCCCCTCCTCCACCAGAGGACTGGGAGGAGCATGTCAACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105780 AGATGCCCCTCCTCCACCAGAGGACTGGGAGGAGCATGTCAACAGGTA..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    387     GACTGGCTGGACAATGGCCCAGAACAAGCTATTCAACAAGATCCTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105830 .TAGGACTGGCTGGACAATGGCCCAGAACAAGCTATTCAACAAGATCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAAGCCCTGCAGTCTGACCGGCTTGCCCGCTTGGCCAACGAAGGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 117420 AAAGCCCTGCAGTCTGACCGGCTTGCCCGCTTGGCCAACGAAGGGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478     GCTTGTAATGAGCCAGTGCTGCGCCGTGTTGCTGTGGACAAGTGTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117470 .CAGGCTTGTAATGAGCCAGTGCTGCGCCGTGTTGCTGTGGACAAGTGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAAGGAGAGTGCGGCAGGCTCTGGCAAGTGTGAGCTGGGATACCAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117638 CAAGGAGAGTGCGGCAGGCTCTGGCAAGTGTGAGCTGGGATACCAAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATCCAGTGGCTGCACACCACCCTTGTGGAGACCTTGAGTCTGCCCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117688 ATCCAGTGGCTGCACACCACCCTTGTGGAGACCTTGAGTCTGCCCATGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGCAGCCTACCTGGATGCTTTGCAGACGCTGAAGGGGAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 117738 GGCAGCCTACCTGGATGCTTTGCAGACGCTGAAGGGGAAGGTA...TAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCCCAACCTTGATTGACCGGATGCTTGTGTCATCCAACACAAAGACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123518 TCCCAACCTTGATTGACCGGATGCTTGTGTCATCCAACACAAAGACTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCTGCAGGAGCTGAGGCCTTGTCTCTCCTACTGAAGAGGCCCTGGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123568 GCTGCAGGAGCTGAGGCCTTGTCTCTCCTACTGAAGAGGCCCTGGGACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGCTGTGGGTGTGCTTTCTCATAACAAACCA         AGCAAACTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 123618 TGCTGTGGGTGTGCTTTCTCATAACAAACCAGTA...TAGAGCAAACTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGGCTCTCCGCTGATTCTCATCGCCTCCTCTGGTCCCTCCAGCTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124212 CTGGCTCTCCGCTGATTCTCATCGCCTCCTCTGGTCCCTCCAGCTCTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTTCCCACTTCACGCCGCCACCGCTTCTGGCAATCTCAGCTGTCTTGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 124262 TTTCCCACTTCACGCCGCCACCGCTTCTGGCAATCTCAGCTGTCCTGCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGGCAAG         GTCATCCCTGTAGCCACCCATCTGCTGAACAATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124312 GGGCAAGGTA...CAGGTCATCCCTGTAGCCACCCATCTGCTGAACAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCAGTGGGGTAGGAGTTCTACAGTGTCTCGAGCATATGATTGGGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124607 GCAGTGGGGTAGGAGTTCTACAGTGTCTCGAGCATATGATTGGGGCAGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGAAGCAAAGTGCTGGAG         ATTCACAGCCATTTCCCACACAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 124657 AGAAGCAAAGTGCTGGAGGTG...AAGATTCACAGCCATTTCCCACACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ACCCATTATCTTGATTGGCTGGAACACAGGAGCTTTGGTGGCCTGTCAT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 124806 ACCCATTATCTTGATTGGCTGGAACACAGGAGCTTTGGTGGCCTGTCATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087         GTGTCAGTAATGGAGTATGTCACTGCAGTTGTCTGCCTTGGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124856 TA...CAGGTGTCAGTAATGGAGTATGTCACTGCAGTTGTCTGCCTTGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTTCCTCTGCTTACTGTGGATGGCCCCAGAGGG         GATGTAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 126040 TTTCCTCTGCTTACTGTGGATGGCCCCAGAGGGGTA...TAGGATGTAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGATCCCCTCTTGGATATGAAGACTCCAGTCCTCTTTGTCATTGGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126261 TGATCCCCTCTTGGATATGAAGACTCCAGTCCTCTTTGTCATTGGTCAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ATTCCCTTCAATGTCACCCTGAAGCCATGGAGGACTTCCGGGAGAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126311 ATTCCCTTCAATGTCACCCTGAAGCCATGGAGGACTTCCGGGAGAAGATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CGAGCTGAGAACAGCTTGGTGGTGGTTGGGGGAGCTGATGACAATCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126361 CGAGCTGAGAACAGCTTGGTGGTGGTTGGGGGAGCTGATGACAATCTCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320          AATAAGCAAAGCAAAGAAGAAATCAGAAGGGTTGACTCAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126411 GTG...TAGAATAAGCAAAGCAAAGAAGAAATCAGAAGGGTTGACTCAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCATGGTGGACAGATGTATTCAG         GATGAGATTGTGGACTTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 127615 GCATGGTGGACAGATGTATTCAGGTA...TAGGATGAGATTGTGGACTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CTGACTGGAGTGCTCACTCGTGCTGAGGGTCACATGGGCTCTGAACCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128090 CTGACTGGAGTGCTCACTCGTGCTGAGGGTCACATGGGCTCTGAACCTCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGATCAGGATGCTGAGAAGAAGAAGAAGCCCCGCGATGTGGCCCGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128140 GGATCAGGATGCTGAGAAGAAGAAGAAGCCCCGCGATGTGGCCCGCAGAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ACTTGGCCTTTGAAGTCCCTGAGCGGGGCAGTCGACCTGCCTCCCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128190 ACTTGGCCTTTGAAGTCCCTGAGCGGGGCAGTCGACCTGCCTCCCCAGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GCCAAGCTGCCCGCCTCACCCTCAGGCTCAGAG         GATCTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 128240 GCCAAGCTGCCCGCCTCACCCTCAGGCTCAGAGGTA...CAGGATCTCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CAGTGTGTCCAGCAGCCCCACCTCCAGTCCCAAGACCAAAGTGACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128480 CAGTGTGTCCAGCAGCCCCACCTCCAGTCCCAAGACCAAAGTGACCACAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TGACCTCTGCCCAGAAGTCCAGTCAGATTGGAAGTTCTCAGCTGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128530 TGACCTCTGCCCAGAAGTCCAGTCAGATTGGAAGTTCTCAGCTGCTGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AGACATGTGCAGCGGACAGAAGCTGTGCTGACCCACAAACAAGCTCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 128580 AGACATGTGCAGCGGACAGAAGCTGTGCTGACCCACAAACAAGCTCAAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742         CACAGTTTGCTGCTTTTCTGAAACAAAATATGCTGGTGAGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128630 TA...CAGCACAGTTTGCTGCTTTTCTGAAACAAAATATGCTGGTGAGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 AAGCTCTTCCTCCTGGCACCTCCTCCTGTCTCTTTG         TTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 130131 AAGCTCTTCCTCCTGGCACCTCCTCCTGTCTCTTTGGTG...TAGTTCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 ATTTCATCAGAACCACCAGAGGAAGGAGAGAAAGAGGATCTTAGGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131630 ATTTCATCAGAACCACCAGAGGAAGGAGAGAAAGAGGATCTTAGGGTTCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GCTGAAGCGACACCATCCCTCGAGTCCCCTTCCTGGCAGTAAGACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131680 GCTGAAGCGACACCATCCCTCGAGTCCCCTTCCTGGCAGTAAGACCTCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 AACGACCGAAGATCAAGGTGTCCCTTATCTCCCAAGGGGACACAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131730 AACGACCGAAGATCAAGGTGTCCCTTATCTCCCAAGGGGACACAGCTGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GGGCCTTGTGCTCCTTCCCAAGGAAGTGCTCCAGAAG         CTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 131780 GGGCCTTGTGCTCCTTCCCAAGGAAGTGCTCCAGAAGGTG...AAGCTGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 AGGTGGGAAGCCCATCACCATGACACTGGGGCAGGCTTCAGCAGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132277 AGGTGGGAAGCCCATCACCATGACACTGGGGCAGGCTTCAGCAGGGGCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 AGGAGCTCACAGGACTTCTCACCACAGCCAA         GTCCAGTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 132327 AGGAGCTCACAGGACTTCTCACCACAGCCAAGTG...CAGGTCCAGTTCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 TCTGAAGGTGGAGTCTCAGCCAGCCCAGTCCCTTCAGTGGTCTCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132766 TCTGAAGGTGGAGTCTCAGCCAGCCCAGTCCCTTCAGTGGTCTCCAGCAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CACTGCACCCAGTGCCTTGCACACACTGCAGAGCCGCCTGGTGGCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132816 CACTGCACCCAGTGCCTTGCACACACTGCAGAGCCGCCTGGTGGCCACAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 CTCCTGGCAGCTCCCTCCCAG         GGGCCACATCAGCCAGCAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 132866 CTCCTGGCAGCTCCCTCCCAGGTA...TAGGGGCCACATCAGCCAGCAGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 CTCCTCCAAGGCCTCAGCTTCAGCTTGCAGGATATCAGCAGCAAGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134294 CTCCTCCAAGGCCTCAGCTTCAGCTTGCAGGATATCAGCAGCAAGACCTC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 TGGCCTTCCAGCAAATCCCTCCCCAGGACCAGCCCCACAGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|
 134344 TGGCCTTCCAGCAAATCCCTCCCCAGGACCAGCCCCACAGG T