seq1 = pF1KA1296.tfa, 2343 bp
seq2 = pF1KA1296/gi568815588r_95215062.tfa (gi568815588r:95215062_95537556), 322495 bp

>pF1KA1296 2343
>gi568815588r:95215062_95537556 (Chr10)

(complement)

10-76  (100001-100067)   100% ->
77-172  (102840-102935)   100% ->
173-301  (104981-105109)   99% ->
302-328  (115341-115367)   100% ->
329-441  (115484-115596)   100% ->
442-586  (126780-126924)   100% ->
587-616  (131410-131439)   100% ->
617-789  (138368-138540)   100% ->
790-853  (140274-140337)   98% ->
854-901  (153272-153319)   100% ->
902-1031  (153443-153572)   100% ->
1032-1146  (155758-155872)   99% ->
1147-1196  (169858-169907)   100% ->
1197-1369  (179754-179926)   100% ->
1370-1455  (182590-182675)   100% ->
1456-1623  (186181-186348)   100% ->
1624-1670  (191105-191151)   97% ->
1671-1785  (195879-195993)   100% ->
1786-1911  (196147-196272)   100% ->
1912-2106  (198230-198424)   100% ->
2107-2165  (215536-215594)   100% ->
2166-2278  (219125-219237)   100% ->
2279-2343  (222431-222495)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     10 GAATGTGATGGTGGTTCCAAAGCTGTGATGAATGGCTTGGCACCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GAATGTGATGGTGGTTCCAAAGCTGTGATGAATGGCTTGGCACCTGGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     60 CAATGGGCAAGACAAAG         CAACTGCCGACCCTTTACGCGCAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATGGGCAAGACAAAGGTA...CAGCAACTGCCGACCCTTTACGCGCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCTATTTCTGCTGTTAAAATCATTCCTGTGAAGACAGTGAAAAACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102864 GCTCTATTTCTGCTGTTAAAATCATTCCTGTGAAGACAGTGAAAAACGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCAGGCCTAGTTCTCCCTACAG         ACATGGATCCTACAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||| |||||||||
 102914 TCAGGCCTAGTTCTCCCTACAGGTA...CAGACATGGATCTTACAAAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGCACTGGGAAGGGAGCGGTGACTCTCCGGGCCTCGTCTTCCTACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105000 CTGCACTGGGAAGGGAGCGGTGACTCTCCGGGCCTCGTCTTCCTACAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAACCCCAAGCAGTAGCCCTGCGAGCCCTCAGGAAACCCGGCAACACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105050 AAACCCCAAGCAGTAGCCCTGCGAGCCCTCAGGAAACCCGGCAACACGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCAAACCAG         GTCTGGAGCCAGAGCCTTCTTCAGCAG    
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105100 AGCAAACCAGGTG...TAGGTCTGGAGCCAGAGCCTTCTTCAGCAGGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    329      ATGAGTGGAGGCTTTCTTCCAGTGCTGATGCCAATGGAAATGCCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115372 ..CAGATGAGTGGAGGCTTTCTTCCAGTGCTGATGCCAATGGAAATGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCCCTCTTCACTCGCTGCCAAGGGCTACAGAAGTGTGCATCCCAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115529 AGCCCTCTTCACTCGCTGCCAAGGGCTACAGAAGTGTGCATCCCAACCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTTCTGACAAGTCCCAG         GATTCCAGTCCTCTACTAAATGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 115579 CCTTCTGACAAGTCCCAGGTA...CAGGATTCCAGTCCTCTACTAAATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGTTTCTTCTTCCCTTATTGGAACTGATTCCCAAGCCTTTCCATCAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126803 AGTTTCTTCTTCCCTTATTGGAACTGATTCCCAAGCCTTTCCATCAGTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCAAGCCTTCATCCGCCTATCCCTCCACAACGATTGTCAATCCTACTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126853 GCAAGCCTTCATCCGCCTATCCCTCCACAACGATTGTCAATCCTACTATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGCTCTTGCAACACAATCGAG         AACAGCAAAAACGACTCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 126903 GTGCTCTTGCAACACAATCGAGGTA...CAGAACAGCAAAAACGACTCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAGCCTTTCAG         ATCCTGTCTCAGAAAGAAGAGTGGGAGAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 131429 TAGCCTTTCAGGTA...CAGATCCTGTCTCAGAAAGAAGAGTGGGAGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGGACTCAGCACCAACCCAGGAAAAACCCACCTCACCTGGCAAGGCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138398 AGGACTCAGCACCAACCCAGGAAAAACCCACCTCACCTGGCAAGGCTATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAAAAAGAGCAAAGGATGACAGTAGGCGGGTGGTGAAGAGCACTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138448 GAAAAAAGAGCAAAGGATGACAGTAGGCGGGTGGTGAAGAGCACTCAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTAAGCGATGTTTCCATGGATGAAGTGGGCATCCCACTCCGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 138498 CTTAAGCGATGTTTCCATGGATGAAGTGGGCATCCCACTCCGGGTA...C

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    790   AACACTGAGAGATCAAAAGACTGGTACAAGACTATGTTCAAACAGATC
        >>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 140272 AGAACACTGAGAGATCAAAAGACTGGTACAAGACTATGTTTAAACAGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CACAAACTGAACAGAG         ATGATGATTCAGATCTGTACTCTCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 140322 CACAAACTGAACAGAGGTA...TAGATGATGATTCAGATCTGTACTCTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAGATACTCATTTTCTGAAGACA         CAAAATCTCCCCTTTCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 153297 CAGATACTCATTTTCTGAAGACAGTA...CAGCAAAATCTCCCCTTTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGCCTCGCTCAAAAAGTGAGATGAGCTACATTGATGGTGAGAAGGTAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153461 TGCCTCGCTCAAAAAGTGAGATGAGCTACATTGATGGTGAGAAGGTAGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAGAGGTCGGCCACACTACCCCTCCCAGCCCGCTCTTCCTCACTGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153511 AAGAGGTCGGCCACACTACCCCTCCCAGCCCGCTCTTCCTCACTGAAGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AAGCTCAGAAAG         AAATGACTGGGAACCCCCAGATAAGAAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 153561 AAGCTCAGAAAGGTA...CAGAAATGACTGGGAACCCCCAGATAAGAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TAGATACAAGAAAATATCGTGCAGAGCCCAAGAGCATTTACGAATATCAG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155787 TAGACACAAGAAAATATCGTGCAGAGCCCAAGAGCATTTACGAATATCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCTGGCAAGTCTTCCGTTCTGACCAACGAAAAGATG         AGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 155837 CCTGGCAAGTCTTCCGTTCTGACCAACGAAAAGATGGTA...CAGAGCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AGCCATCAGCCCTACTCCGGAAATTTCTTCAGAGACTCCTGGATA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 169863 AGCCATCAGCCCTACTCCGGAAATTTCTTCAGAGACTCCTGGATAGTA..

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197     TATATATTCTTCCAACTTCCATGCAGTGAAGAGGGAATCAGACGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169913 .TAGTATATATTCTTCCAACTTCCATGCAGTGAAGAGGGAATCAGACGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GCTCCTGGGGATCTCACTAGCTTGGAGAATGAGAGACAAATTTATAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179800 GCTCCTGGGGATCTCACTAGCTTGGAGAATGAGAGACAAATTTATAAAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGTCTTGGAAGGTGGTGACATCCCTCTTCAGGGCCTGAGTGGGCTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179850 TGTCTTGGAAGGTGGTGACATCCCTCTTCAGGGCCTGAGTGGGCTCAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GACCATCCAGCTCTGCTTCCACTAAAG         ATTCAGAATCGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 179900 GACCATCCAGCTCTGCTTCCACTAAAGGTA...AAGATTCAGAATCGCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 AGACATTTTATACCAGCTGATTACTTGGAATCCACGGAAGAATTTATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182604 AGACATTTTATACCAGCTGATTACTTGGAATCCACGGAAGAATTTATTCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 AAGACGTCATGATGATAAAGAG         AAACTTTTAGCGGACCAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 182654 AAGACGTCATGATGATAAAGAGGTA...CAGAAACTTTTAGCGGACCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 GACGACTTAAACGCGAGCAAGAAGAGGCTGATATTGCAGCTCGACGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186200 GACGACTTAAACGCGAGCAAGAAGAGGCTGATATTGCAGCTCGACGCCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 ACAGGCGTCATTCCGACGCACCATCAGTTTATCACTAATGAGCGCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186250 ACAGGCGTCATTCCGACGCACCATCAGTTTATCACTAATGAGCGCTTTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GGACCTCCTCAATATAGACGATACTGCAAAAAGGAAATCTGGGTCAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 186300 GGACCTCCTCAATATAGACGATACTGCAAAAAGGAAATCTGGGTCAGAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624         ATGAGACCTGCCAGAGCCAAATTTGACTTTAAAGCTCAGACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186350 TC...CAGATGAGACCTGCCAGAGCCAAATTTGACTTTAAAGCTCAGACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 CTGAA         GGAGCTTCCTCTGCAGAAGGGAGATATTGTTTACAT
        || ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191147 CTAAAGTA...CAGGGAGCTTCCTCTGCAGAAGGGAGATATTGTTTACAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 TTATAAGCAAATTGATCAGAACTGGTATGAAGGAGAACACCACGGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195915 TTATAAGCAAATTGATCAGAACTGGTATGAAGGAGAACACCACGGCCGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 TGGGAATCTTCCCACGCACCTACATCGAG         CTTCTTCCTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 195965 TGGGAATCTTCCCACGCACCTACATCGAGGTA...CAGCTTCTTCCTCCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 GCTGAGAAGGCACAGCCCAAAAAGTTGACACCAGTGCAGGTTTTGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196159 GCTGAGAAGGCACAGCCCAAAAAGTTGACACCAGTGCAGGTTTTGGAATA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 TGGAGAAGCTATTGCTAAGTTTAACTTTAATGGTGATACACAAGTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196209 TGGAGAAGCTATTGCTAAGTTTAACTTTAATGGTGATACACAAGTAGAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 TGTCCTTCAGAAAG         GGTGAGAGGATCACACTGCTCCGGCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 196259 TGTCCTTCAGAAAGGTA...CAGGGTGAGAGGATCACACTGCTCCGGCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 GTAGATGAGAACTGGTACGAAGGGAGGATCCCGGGGACATCCCGACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198257 GTAGATGAGAACTGGTACGAAGGGAGGATCCCGGGGACATCCCGACAAGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 CATCTTCCCCATCACCTACGTGGATGTGATCAAGCGACCACTGGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198307 CATCTTCCCCATCACCTACGTGGATGTGATCAAGCGACCACTGGTGAAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 ACCCTGTGGATTACATGGACCTGCCTTTCTCCTCCTCCCCAAGTCGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198357 ACCCTGTGGATTACATGGACCTGCCTTTCTCCTCCTCCCCAAGTCGCAGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 GCCACTGCAAGCCCACAG         CAACCTCAAGCCCAGCAGCGAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 198407 GCCACTGCAAGCCCACAGGTA...CAGCAACCTCAAGCCCAGCAGCGAAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 AGTCACCCCCGACAGGAGTCAAACCTCACAAGATTT         ATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 215559 AGTCACCCCCGACAGGAGTCAAACCTCACAAGATTTGTA...TAGATTTA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 GCTATCAAGCATTATATAGCTATATACCACAGAATGATGATGAGTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219130 GCTATCAAGCATTATATAGCTATATACCACAGAATGATGATGAGTTGGAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 CTCCGCGATGGAGATATCGTTGATGTCATGGAAAAATGTGACGATGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219180 CTCCGCGATGGAGATATCGTTGATGTCATGGAAAAATGTGACGATGGATG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2271 GTTTGTTG         GTACTTCAAGAAGGACAAAGCAGTTTGGTACTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 219230 GTTTGTTGGTA...TAGGTACTTCAAGAAGGACAAAGCAGTTTGGTACTT

   2500     .    :    .    :    .    :
   2312 TTCCAGGCAACTATGTAAAACCTTTGTATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 222464 TTCCAGGCAACTATGTAAAACCTTTGTATCTA