seq1 = pF1KA1273.tfa, 1806 bp
seq2 = pF1KA1273/gi568815597f_1378500.tfa (gi568815597f:1378500_1595814), 217315 bp

>pF1KA1273 1806
>gi568815597f:1378500_1595814 (Chr1)

1-246  (100001-100246)   100% ->
247-306  (100550-100609)   100% ->
307-376  (102368-102437)   100% ->
377-542  (103639-103804)   100% ->
543-612  (104046-104115)   100% ->
613-768  (106517-106672)   100% ->
769-825  (107283-107339)   100% ->
826-951  (107611-107736)   100% ->
952-1076  (108045-108169)   100% ->
1077-1128  (109364-109415)   100% ->
1129-1199  (110705-110775)   100% ->
1200-1367  (111758-111925)   100% ->
1368-1476  (112064-112172)   100% ->
1477-1806  (116986-117315)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCTGGAAGCCCTGAACCTGCTGCACACACTAGTCTGGGCACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCTGGAAGCCCTGAACCTGCTGCACACACTAGTCTGGGCACGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTCTGCCGTGCCGGAGCTGTGCAGACACAGGAGCGGCTGTCAGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTCTGCCGTGCCGGAGCTGTGCAGACACAGGAGCGGCTGTCAGGCAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGCCCTGAGCAAGTGCCAGCTGGTGAGTGCTGTGCTCTGCAGGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAGCCCTGAGCAAGTGCCAGCTGGTGAGTGCTGTGCTCTGCAGGAGTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGCCGCCGTGGAGCAGCTCAAGAGCGAGCAGATCCGGGCGCAGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGCCGCCGTGGAGCAGCTCAAGAGCGAGCAGATCCGGGCGCAGGCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGAGGAGGAAGACCCTGAGCGAGGAGACCCGGCAGCACCAGGCC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100201 GGAGAGGAGGAAGACCCTGAGCGAGGAGACCCGGCAGCACCAGGCCGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    247      AGGGCCCAGTATCAAGACAAGCTGGCCCGGCAGCGCTACGAGGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ..CAGAGGGCCCAGTATCAAGACAAGCTGGCCCGGCAGCGCTACGAGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAACTGAAGCAGCAG         CAACTTCTCAATGAGGAGAATTTACG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100595 CAACTGAAGCAGCAGGTG...CAGCAACTTCTCAATGAGGAGAATTTACG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGCAGGAGGAGTCCGTGCAGAAGCAGGAAGCCATGCGGCGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102394 GAAGCAGGAGGAGTCCGTGCAGAAGCAGGAAGCCATGCGGCGAGGTA...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    377    CCACCGTGGAGCGGGAGATGGAGCTGCGGCACAAGAATGAGATGCTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103636 CAGCCACCGTGGAGCGGGAGATGGAGCTGCGGCACAAGAATGAGATGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGAGTGGAGACCGAGGCCCGGGCGCGCGCCAAGGCCGAGCGGGAGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103686 CGAGTGGAGACCGAGGCCCGGGCGCGCGCCAAGGCCGAGCGGGAGAATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGACATCATCCGCGAGCAGATCCGCCTGAAGGCGTCCGAGCACCGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103736 AGACATCATCCGCGAGCAGATCCGCCTGAAGGCGTCCGAGCACCGTCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGTCTTGGAGTCCATCAG         GACGGCTGGCACCTTGTTTGGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103786 CCGTCTTGGAGTCCATCAGGTG...CAGGACGGCTGGCACCTTGTTTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAGGATTCCGTGCCTTTGTGACAGACCGGGACAAAGTGACAGCCACG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104068 GAAGGATTCCGTGCCTTTGTGACAGACCGGGACAAAGTGACAGCCACGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    613        GTGGCTGGGCTGACGCTGCTGGCTGTCGGGGTCTACTCAGCCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104118 A...CAGGTGGCTGGGCTGACGCTGCTGGCTGTCGGGGTCTACTCAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGAATGCGACAGCCGTCACTGGCCGCTTCATCGAGGCTCGGCTGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106560 AGAATGCGACAGCCGTCACTGGCCGCTTCATCGAGGCTCGGCTGGGGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCGTCCCTAGTGAGGGAGACGTCCCGCATCACGGTGCTGGAGGCGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106610 CCGTCCCTAGTGAGGGAGACGTCCCGCATCACGGTGCTGGAGGCGCTGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCACCCCATCCAG         GTCAGCCGGCGGCTCCTCAGTCGACCCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106660 GCACCCCATCCAGGTA...CAGGTCAGCCGGCGGCTCCTCAGTCGACCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGACGTGCTGGAGGGTGTTGTGCTTAGT         CCCAGCCTGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107311 AGGACGTGCTGGAGGGTGTTGTGCTTAGTGTA...CAGCCCAGCCTGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCACGGGTGCGCGACATCGCCATAGCAACCAGGAACACCAAGAAGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107623 GCACGGGTGCGCGACATCGCCATAGCAACCAGGAACACCAAGAAGAACCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGGCCTGTACAGGCACATCCTGCTGTATGGGCCACCAGGCACCGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107673 GGGCCTGTACAGGCACATCCTGCTGTATGGGCCACCAGGCACCGGGAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CGCTGTTTGCCAAG         AAACTCGCCCTGCACTCAGGCATGGAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107723 CGCTGTTTGCCAAGGTG...CAGAAACTCGCCCTGCACTCAGGCATGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TACGCCATCATGACAGGCGGGGACGTGGCCCCCATGGGGCGGGAAGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108072 TACGCCATCATGACAGGCGGGGACGTGGCCCCCATGGGGCGGGAAGGCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GACCGCCATGCACAAGCTCTTTGACTGGGCCAATACCAGCCGGCGCGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108122 GACCGCCATGCACAAGCTCTTTGACTGGGCCAATACCAGCCGGCGCGGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1077        CCTCCTGCTCTTCATGGATGAAGCAGACGCCTTCCTTCGGAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108172 G...CAGCCTCCTGCTCTTCATGGATGAAGCAGACGCCTTCCTTCGGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CGAGCCACT         GAGGAGATAAGCAAGGACCTCAGAGCCACACT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109407 CGAGCCACTGTG...CAGGAGGAGATAAGCAAGGACCTCAGAGCCACACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GAACGCCTTCCTGTACCACATGGGCCAACACAGCAACAA         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110737 GAACGCCTTCCTGTACCACATGGGCCAACACAGCAACAAGTG...CAGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TCATGCTGGTCCTGGCCAGCAATCTGCCTGAGCAGTTCGACTGTGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111760 TCATGCTGGTCCTGGCCAGCAATCTGCCTGAGCAGTTCGACTGTGCCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AACAGCCGCATTGACGTGATGGTCCACTTCGACCTGCCGCAGCAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111810 AACAGCCGCATTGACGTGATGGTCCACTTCGACCTGCCGCAGCAGGAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCGGGAGCGCCTGGTGAGACTGCATTTTGACAACTGTGTTCTTAAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111860 GCGGGAGCGCCTGGTGAGACTGCATTTTGACAACTGTGTTCTTAAGCCGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CCACAGAAGGAAAACG         GCGCCTGAAGCTGGCCCAGTTTGAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111910 CCACAGAAGGAAAACGGTG...CAGGCGCCTGAAGCTGGCCCAGTTTGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TACGGGAGGAAGTGCTCGGAGGTCGCTCGGCTGACGGAGGGCATGTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112089 TACGGGAGGAAGTGCTCGGAGGTCGCTCGGCTGACGGAGGGCATGTCGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCGGGAGATCGCTCAGCTGGCCGTGTCCTGGCAG         GCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 112139 CCGGGAGATCGCTCAGCTGGCCGTGTCCTGGCAGGTG...TAGGCCACGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CATATGCCTCCAAGGACGGGGTCCTCACTGAGGCCATGATGGACGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116993 CATATGCCTCCAAGGACGGGGTCCTCACTGAGGCCATGATGGACGCCTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GTGCAAGATGCTGTCCAGCAGTACCGACAGAAGATGCGCTGGCTGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117043 GTGCAAGATGCTGTCCAGCAGTACCGACAGAAGATGCGCTGGCTGAAGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGAGGGGCCTGGGCGCGGGGTCGAGCACCCCCTATCCGGAGTCCAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117093 GGAGGGGCCTGGGCGCGGGGTCGAGCACCCCCTATCCGGAGTCCAAGGCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGACCCTCACCTCATGGAGCCTGGCCACGGACCCCTCCTACCCCTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117143 AGACCCTCACCTCATGGAGCCTGGCCACGGACCCCTCCTACCCCTGCCTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GCCGGCCCCTGCACATTTAGGATATGCTCCTGGATGGGGACTGGGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117193 GCCGGCCCCTGCACATTTAGGATATGCTCCTGGATGGGGACTGGGCTGTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CCCAGGGCCTCTGTCCCCCAGGATGTCTTGTGGTGGCGGTCGGCCGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117243 CCCAGGGCCTCTGTCCCCCAGGATGTCTTGTGGTGGCGGTCGGCCGTTCT

   1900     .    :    .    :
   1784 GCCCCCCAGGGCACCCCCTGTTG
        |||||||||||||||||||||||
 117293 GCCCCCCAGGGCACCCCCTGTTG