seq1 = pF1KA1271.tfa, 1620 bp
seq2 = pF1KA1271/gi568815578f_3754625.tfa (gi568815578f:3754625_3966144), 211520 bp

>pF1KA1271 1620
>gi568815578f:3754625_3966144 (Chr20)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-292  (103011-103185)   100% ->
293-465  (106708-106880)   100% ->
466-625  (107630-107789)   100% ->
626-1158  (109632-110164)   100% ->
1159-1620  (111059-111520)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGTTTGCTGAAGACAAGACCTATAAGTATATCTGCCGCAATTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGTTTGCTGAAGACAAGACCTATAAGTATATCTGCCGCAATTTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATTTTTGCAATGTGGATGTTGTAGAGATTCTGCCTTACCTGCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATTTTTGCAATGTGGATGTTGTAGAGATTCTGCCTTACCTGCCCTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACAGCAAGAGACCAG         GATCGACTGCGGGCCACCTGCACA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 TCACAGCAAGAGACCAGGTG...CAGGATCGACTGCGGGCCACCTGCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCTCAGGGAACCGGGACACCCTCTGGCATCTCTTCAATACCCTTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103035 CTCTCAGGGAACCGGGACACCCTCTGGCATCTCTTCAATACCCTTCAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCGGCCCGGCTGGGTGGAGTACTTCATTGCGGCACTGAGGGGCTGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103085 GCGGCCCGGCTGGGTGGAGTACTTCATTGCGGCACTGAGGGGCTGTGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAGTTGATCTCGCGGACGAAGTGGCCTCTGTCTACCAGAGCTACCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103135 TAGTTGATCTCGCGGACGAAGTGGCCTCTGTCTACCAGAGCTACCAGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 C         GGACCTCGGACCGTCCCCCAGACCCACTGGAGCCACCGTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103185 CGTG...TAGGGACCTCGGACCGTCCCCCAGACCCACTGGAGCCACCGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTTCCTGCTGAGAGGCCAGGGCCCCCCACACCTGCTGCGGCCCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106748 ACTTCCTGCTGAGAGGCCAGGGCCCCCCACACCTGCTGCGGCCCACAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCCCTACAACAGCTGCAGAGAGAAGGAGCCAAGTTACCCCATGCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106798 TCCCCTACAACAGCTGCAGAGAGAAGGAGCCAAGTTACCCCATGCCTGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGGAGACCCAGGCGCCAGAGTCCCCAGGAGAG         AATTCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106848 CAGGAGACCCAGGCGCCAGAGTCCCCAGGAGAGGTC...CAGAATTCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAAGCCCTGCAGACGCTCAGCCCCAGAGCCATCCCAAGGAATCCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107638 GCAAGCCCTGCAGACGCTCAGCCCCAGAGCCATCCCAAGGAATCCAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTGGCCCCCTGGAGTCCTCCTCTGACCTGGCAGCCCTCAGCCCTCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107688 GTGGCCCCCTGGAGTCCTCCTCTGACCTGGCAGCCCTCAGCCCTCTGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCCAGCGGGCATCAGGAGCAGGACACAGAACTGGGCAGTACCCACACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107738 TCCAGCGGGCATCAGGAGCAGGACACAGAACTGGGCAGTACCCACACAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AG         GTGCGACCTCCAGCCTCACACCATCCCGTGGGCCTGTGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107788 AGGTA...CAGGTGCGACCTCCAGCCTCACACCATCCCGTGGGCCTGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTCCATCTGTCTCCTTCCAGCCCCTGGCCCGTTCCACCCCCAGGGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109671 CTCCATCTGTCTCCTTCCAGCCCCTGGCCCGTTCCACCCCCAGGGCAAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGCTTGCCTGGACCCACAGGGTCAGTTGTATCTACTGGCACCTCCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109721 CGCTTGCCTGGACCCACAGGGTCAGTTGTATCTACTGGCACCTCCTTCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTCCTCATCCCCTGGCTTGGCCTCTGCAGGGGCTGCAGAGGGTAAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109771 CTCCTCATCCCCTGGCTTGGCCTCTGCAGGGGCTGCAGAGGGTAAACAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTGCAGAGAGTGACCAGGCCGAGCCTATCATCTGCTCCAGTGGGGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109821 GTGCAGAGAGTGACCAGGCCGAGCCTATCATCTGCTCCAGTGGGGCAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GCACCTGCCAACTCTCTGCCCTCCAAAGTGCCTACCACCTTGATGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109871 GCACCTGCCAACTCTCTGCCCTCCAAAGTGCCTACCACCTTGATGCCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GAACACAGTGGCCCTGAAAGTGCCTGCCAACCCAGCATCTGTCAGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109921 GAACACAGTGGCCCTGAAAGTGCCTGCCAACCCAGCATCTGTCAGCACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGCCCTCCAAGTTGCCAACTAGCTCAAAGCCCCCTGGTGCAGTGCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109971 TGCCCTCCAAGTTGCCAACTAGCTCAAAGCCCCCTGGTGCAGTGCCTTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AATGCGCTCACCAATCCAGCACCATCCAAATTGCCCATCAACTCAACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110021 AATGCGCTCACCAATCCAGCACCATCCAAATTGCCCATCAACTCAACCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGCTGGCATGGTGCCATCCAAAGTGCCTACTAGCATGGTGCTCACCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110071 TGCTGGCATGGTGCCATCCAAAGTGCCTACTAGCATGGTGCTCACCAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TGTCTGCCAGCACAGTCCCCACTGACGGGAGCAGCAGAAATGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 110121 TGTCTGCCAGCACAGTCCCCACTGACGGGAGCAGCAGAAATGAGGTG...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1159    GAGACCCCAGCAGCTCCAACACCCGCCGGCGCCACTGGAGGCAGCTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111056 CAGGAGACCCCAGCAGCTCCAACACCCGCCGGCGCCACTGGAGGCAGCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 AGCCTGGCTAGACAGCAGCTCTGAGAATAGGGGCCTTGGGTCGGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111106 AGCCTGGCTAGACAGCAGCTCTGAGAATAGGGGCCTTGGGTCGGAGCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GTAAGCCTGGCGTGCTGGCATCCCAGGTAGACAGCCCGTTCTCGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111156 GTAAGCCTGGCGTGCTGGCATCCCAGGTAGACAGCCCGTTCTCGGGCTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TTCGAGGATCTTGCCATCAGTGCCAGCACCTCCTTGGGCATGGGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111206 TTCGAGGATCTTGCCATCAGTGCCAGCACCTCCTTGGGCATGGGGCCCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CCATGGCCCAGAGGAGAATGAGTATAAGTCCGAGGGCACCTTTGGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111256 CCATGGCCCAGAGGAGAATGAGTATAAGTCCGAGGGCACCTTTGGGATCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 ACGTGGCTGAGAACCCCAGCATCCAGCTCCTGGAGGGCAACCCTGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111306 ACGTGGCTGAGAACCCCAGCATCCAGCTCCTGGAGGGCAACCCTGGGCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CCTGCGGACCCGGATGGCGGCCCCAGGCCACAAGCCGACCGGAAGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111356 CCTGCGGACCCGGATGGCGGCCCCAGGCCACAAGCCGACCGGAAGTTCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 GGAGAGGGAGGTGCCATGCCACAGGCCCTCACCTGGGGCTCTGTGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111406 GGAGAGGGAGGTGCCATGCCACAGGCCCTCACCTGGGGCTCTGTGGCTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 AGGTGGCTGTGACAGGGGTGCTGGTAGTCACACTCCTGGTGGTGCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111456 AGGTGGCTGTGACAGGGGTGCTGGTAGTCACACTCCTGGTGGTGCTGTAC

   1650     .    :    .
   1606 CGGCGGCGTCTGCAC
        |||||||||||||||
 111506 CGGCGGCGTCTGCAC