seq1 = pF1KA1265.tfa, 2493 bp
seq2 = pF1KA1265/gi568815596f_195580043.tfa (gi568815596f:195580043_195835038), 254996 bp

>pF1KA1265 2493
>gi568815596f:195580043_195835038 (Chr2)

1-1008  (100001-101008)   100% ->
1009-1216  (103657-103864)   100% ->
1217-1386  (126574-126743)   100% ->
1387-1575  (128614-128802)   100% ->
1576-1696  (133391-133511)   100% ->
1697-2065  (136595-136963)   100% ->
2066-2146  (138210-138290)   100% ->
2147-2337  (148117-148307)   100% ->
2338-2493  (154841-154996)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGTACATATGCACACAAAATTTTGCCTCATTTGTTTGCTGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGTACATATGCACACAAAATTTTGCCTCATTTGTTTGCTGACATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATTTTTCATCATTGCAACCATTGCCATGAAGAACATGACCATGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TATTTTTCATCATTGCAACCATTGCCATGAAGAACATGACCATGGCCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGCGCTTCACAGACAGCATCGTGGAATGACAGAATTGGAGCCAAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGCGCTTCACAGACAGCATCGTGGAATGACAGAATTGGAGCCAAGCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTTCAAAGCAAGCTGCTGAAAATGAAAAAAAATACTATATTGAAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTTCAAAGCAAGCTGCTGAAAATGAAAAAAAATACTATATTGAAAAACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTTGAGCGTTATGGTGAAAATGGAAGATTATCCTTTTTTGGTTTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTTGAGCGTTATGGTGAAAATGGAAGATTATCCTTTTTTGGTTTGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AACTTTTAACAAACTTGGGCCTTGGAGAGAGAAAAGTAGTTGAGATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AACTTTTAACAAACTTGGGCCTTGGAGAGAGAAAAGTAGTTGAGATTAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CATGAGGATCTTGGCCACGATCATGTTTCTCATTTAGATATTTTGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CATGAGGATCTTGGCCACGATCATGTTTCTCATTTAGATATTTTGGCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCAAGAGGGAAAGCATTTTCACTCACATAACCACCAGCATTCCCATAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCAAGAGGGAAAGCATTTTCACTCACATAACCACCAGCATTCCCATAATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATTTAAATTCAGAAAATCAAACTGTGACCAGTGTATCCACAAAAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATTTAAATTCAGAAAATCAAACTGTGACCAGTGTATCCACAAAAAGAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CATAAATGTGATCCAGAGAAAGAGACAGTTGAAGTGTCTGTAAAATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CATAAATGTGATCCAGAGAAAGAGACAGTTGAAGTGTCTGTAAAATCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGATAAACATATGCATGACCATAATCACCGCCTACGTCATCACCATCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGATAAACATATGCATGACCATAATCACCGCCTACGTCATCACCATCGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCATCATCATCTTGATCATAACAACACTCACCATTTTCATAATGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCATCATCATCTTGATCATAACAACACTCACCATTTTCATAATGATTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATTACTCCCAGTGAGCGTGGGGAGCCTAGCAATGAACCTTCAACAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATTACTCCCAGTGAGCGTGGGGAGCCTAGCAATGAACCTTCAACAGAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CAATAAAACCCAGGAACAATCTGATGTTAAACTACCGAAAGGAAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CAATAAAACCCAGGAACAATCTGATGTTAAACTACCGAAAGGAAAGAGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGAAAAAAGGGAGGAAAAGTAATGAAAATTCTGAGGTTATTACACCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGAAAAAAGGGAGGAAAAGTAATGAAAATTCTGAGGTTATTACACCAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTCCCCCTAACCATGATCAGGGTGAACAGTATGAGCATAATCGGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTCCCCCTAACCATGATCAGGGTGAACAGTATGAGCATAATCGGGTCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAAACCTGATCGTGTACATAACCCAGGTCATTCTCATGTACATCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAAACCTGATCGTGTACATAACCCAGGTCATTCTCATGTACATCTTCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AACGTAATGGTCATGATCCTGGTCGTGGACACCAAGATCTTGATCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AACGTAATGGTCATGATCCTGGTCGTGGACACCAAGATCTTGATCCTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AATGAAGGTGAACTTCGACATACTAGAAAGAGAGAAGCACCACATGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AATGAAGGTGAACTTCGACATACTAGAAAGAGAGAAGCACCACATGTTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AAATAATGCAATAATTTCTTTGAGAAAAGATCTAAATGAAGATGACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AAATAATGCAATAATTTCTTTGAGAAAAGATCTAAATGAAGATGACCATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATCATGAA         TGTTTGAACGTCACTCAGTTATTAAAATACTAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ATCATGAAGTA...CAGTGTTTGAACGTCACTCAGTTATTAAAATACTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GGTCATGGTGCCAACTCTCCCATCTCAACTGATTTATTTACATACCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103690 GGTCATGGTGCCAACTCTCCCATCTCAACTGATTTATTTACATACCTTTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCCTGCATTGTTATATCAAATCGACAGCAGACTTTGTATTGAGCATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103740 CCCTGCATTGTTATATCAAATCGACAGCAGACTTTGTATTGAGCATTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 ACAAACTTTTAGTTGAAGATATAAATAAGGATAAAAACCTGGTTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103790 ACAAACTTTTAGTTGAAGATATAAATAAGGATAAAAACCTGGTTCCTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GATGAGGCAAATATAGGGGCATCAG         CCTGGATTTGTGGTAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103840 GATGAGGCAAATATAGGGGCATCAGGTA...CAGCCTGGATTTGTGGTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CATTTCTATCACTGTCATTAGCCTGCTTTCCTTGCTAGGCGTGATCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126590 CATTTCTATCACTGTCATTAGCCTGCTTTCCTTGCTAGGCGTGATCTTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TTCCTATCATTAACCAAGGATGCTTCAAATTCCTTCTTACATTCCTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126640 TTCCTATCATTAACCAAGGATGCTTCAAATTCCTTCTTACATTCCTTGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GCATTAGCTGTAGGAACAATGAGTGGAGACGCCCTTCTTCATCTACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126690 GCATTAGCTGTAGGAACAATGAGTGGAGACGCCCTTCTTCATCTACTGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 CCAT         TCTCAGGGTGGACATGATCACAGTCACCAACATGCAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126740 CCATGTA...TAGTCTCAGGGTGGACATGATCACAGTCACCAACATGCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 ATGGGCATGGACATTCTCATGGACATGAATCTAACAAGTTTTTGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128651 ATGGGCATGGACATTCTCATGGACATGAATCTAACAAGTTTTTGGAAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 TATGATGCTGTATTGAAAGGACTTGTTGCTCTAGGAGGCATTTACTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128701 TATGATGCTGTATTGAAAGGACTTGTTGCTCTAGGAGGCATTTACTTGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 ATTTATCATTGAACACTGCATTAGAATGTTTAAGCACTACAAACAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128751 ATTTATCATTGAACACTGCATTAGAATGTTTAAGCACTACAAACAACAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 GA         GGAAAACAGAAATGGTTTATGAAACAGAACACAGAAGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128801 GAGTA...TAGGGAAAACAGAAATGGTTTATGAAACAGAACACAGAAGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 TCAACTATTGGAAGAAAGCTTTCAGATCACAAGTTAAACAATACACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133430 TCAACTATTGGAAGAAAGCTTTCAGATCACAAGTTAAACAATACACCAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 TTCTGACTGGCTTCAACTCAAGCCTCTTGCCG         GAACTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 133480 TTCTGACTGGCTTCAACTCAAGCCTCTTGCCGGTA...CAGGAACTGATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 ACTCGGTTGTTTCTGAAGATCGACTTAATGAAACTGAACTGACAGATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136604 ACTCGGTTGTTTCTGAAGATCGACTTAATGAAACTGAACTGACAGATTTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GAAGGCCAACAAGAATCCCCTCCTAAAAATTACCTTTGTATAGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136654 GAAGGCCAACAAGAATCCCCTCCTAAAAATTACCTTTGTATAGAAGAGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 GAAAATCATAGACCATTCTCACAGTGATGGATTACATACCATTCATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136704 GAAAATCATAGACCATTCTCACAGTGATGGATTACATACCATTCATGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 ATGATCTCCATGCTGCTGCACATAACCACCACGGCGAGAACAAAACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136754 ATGATCTCCATGCTGCTGCACATAACCACCACGGCGAGAACAAAACTGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 CTGAGGAAGCATAATCACCAGTGGCACCACAAGCATTCTCATCATTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136804 CTGAGGAAGCATAATCACCAGTGGCACCACAAGCATTCTCATCATTCCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 TGGCCCCTGTCATTCTGGATCCGATCTGAAAGAAACAGGAATAGCTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136854 TGGCCCCTGTCATTCTGGATCCGATCTGAAAGAAACAGGAATAGCTAATA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 TAGCCTGGATGGTGATCATGGGGGATGGCATCCACAACTTCAGTGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136904 TAGCCTGGATGGTGATCATGGGGGATGGCATCCACAACTTCAGTGATGGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 CTCGCAATTG         GTGCAGCTTTCAGTGCTGGATTGACAGGAGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 136954 CTCGCAATTGGTA...CAGGTGCAGCTTTCAGTGCTGGATTGACAGGAGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 AATCAGTACTTCTATAGCCGTCTTCTGTCATGAACTGCCACATGAATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138241 AATCAGTACTTCTATAGCCGTCTTCTGTCATGAACTGCCACATGAATTAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147          GAGATTTTGCAGTTCTTCTTAAAGCAGGCATGACTGTAAAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138291 GTA...CAGGAGATTTTGCAGTTCTTCTTAAAGCAGGCATGACTGTAAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 CAAGCAATTGTATACAACCTCCTCTCTGCCATGATGGCTTACATAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148158 CAAGCAATTGTATACAACCTCCTCTCTGCCATGATGGCTTACATAGGCAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 GCTCATAGGCACAGCTGTTGGTCAGTATGCCAATAACATCACACTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148208 GCTCATAGGCACAGCTGTTGGTCAGTATGCCAATAACATCACACTTTGGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2288 TCTTTGCAGTCACTGCAGGCATGTTCCTCTATGTAGCCTTGGTGGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148258 TCTTTGCAGTCACTGCAGGCATGTTCCTCTATGTAGCCTTGGTGGATATG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2338          CTTCCAGAAATGTTGCATGGTGATGGTGACAATGAAGAACA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148308 GTA...TAGCTTCCAGAAATGTTGCATGGTGATGGTGACAATGAAGAACA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2379 TGGCTTTTGTCCTGTGGGGCAATTCATCCTTCAGAATTTAGGATTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154882 TGGCTTTTGTCCTGTGGGGCAATTCATCCTTCAGAATTTAGGATTGCTCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2429 TTGGATTTGCCATTATGCTGGTGATTGCCCTCTATGAAGATAAAATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154932 TTGGATTTGCCATTATGCTGGTGATTGCCCTCTATGAAGATAAAATTGTG

   2550     .    :    .
   2479 TTTGACATCCAGTTT
        |||||||||||||||
 154982 TTTGACATCCAGTTT