seq1 = pF1KA1238.tfa, 1158 bp
seq2 = pF1KA1238/gi568815586f_8613867.tfa (gi568815586f:8613867_8873781), 259915 bp

>pF1KA1238 1158
>gi568815586f:8613867_8873781 (Chr12)

1-175  (100001-100175)   100% ->
176-406  (135996-136226)   100% ->
407-493  (138091-138177)   100% ->
494-697  (140024-140227)   100% ->
698-1158  (159455-159915)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTAGTTCTGTGGCTGCCAAGTTGTGGTTTTTGACAGATCGTCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTAGTTCTGTGGCTGCCAAGTTGTGGTTTTTGACAGATCGTCGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGGGAAGACTATCCTCAAAAAGAGATTTTACGAGCATTGAAGGCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGGAAGACTATCCTCAAAAAGAGATTTTACGAGCATTGAAGGCCAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTTGTGAGGAGGAACTGGACTTTAGGGCTGTGGTGATGGATGAGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTTGTGAGGAGGAACTGGACTTTAGGGCTGTGGTGATGGATGAGGTGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGACAATCGAGCAAGGAAACCTGG         GTCTGCGGATCAATGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100151 CTGACAATCGAGCAAGGAAACCTGGGTA...CAGGTCTGCGGATCAATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAGCTAATCACTGCCTACCCACAAGTGGTGGTAGTCAGAGTACCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136012 AGAGCTAATCACTGCCTACCCACAAGTGGTGGTAGTCAGAGTACCAACCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTGGGTGCAAAGTGATAGTGACATCACTGTTTTGCGCCATCTAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136062 CTTGGGTGCAAAGTGATAGTGACATCACTGTTTTGCGCCATCTAGAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGGGATGTCGGTTAATGAACCGACCTCAAGCCATCCTGAACTGCGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136112 ATGGGATGTCGGTTAATGAACCGACCTCAAGCCATCCTGAACTGCGTTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TAAGTTCTGGACATTTCAAGAGTTGGCTGGCCATGGTGTTCCTCTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136162 TAAGTTCTGGACATTTCAAGAGTTGGCTGGCCATGGTGTTCCTCTGCCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATACTTTCTCTTATG         GTGGCCACGAAAATTTTGCTAAAATG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 136212 ATACTTTCTCTTATGGTG...CAGGTGGCCACGAAAATTTTGCTAAAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTGATGAGGCTGAAGTTCTGGAGTTCCCAATGGTAGTAAAGAATACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138117 ATTGATGAGGCTGAAGTTCTGGAGTTCCCAATGGTAGTAAAGAATACGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGTCACAGAG         GTAAAGCTGTTTTCTTGGCTCGAGATAAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 138167 GGGTCACAGAGGTA...TAGGTAAAGCTGTTTTCTTGGCTCGAGATAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCATTTGGCTGATCTAAGCCATCTTATTCGCCATGAAGCGCCATACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140054 ACCATTTGGCTGATCTAAGCCATCTTATTCGCCATGAAGCGCCATACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTCCAGAAGTATGTTAAAGAGTCTCATGGACGGGATGTACGTGTCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140104 TTCCAGAAGTATGTTAAAGAGTCTCATGGACGGGATGTACGTGTCATTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGTGGGAGGCCGTGTGGTTGGCACCATGTTACGTTGTTCAACAGATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140154 CGTGGGAGGCCGTGTGGTTGGCACCATGTTACGTTGTTCAACAGATGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GAATGCAAAGCAACTGCTCATTAG         GTGGTGTGGGGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 140204 GAATGCAAAGCAACTGCTCATTAGGTA...CAGGTGGTGTGGGGATGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGCTCATTGAGTGAACAAGGGAAGCAGCTAGCTATCCAGGTGTCTAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159472 TGCTCATTGAGTGAACAAGGGAAGCAGCTAGCTATCCAGGTGTCTAATAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTGGGGATGGATGTGTGTGGCATTGACCTGCTGATGAAAGATGACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 159522 CCTGGGGATGGATGTGTGTGGCATTGATCTGCTGATGAAAGATGACGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCTTCTGCGTCTGTGAGGCCAATGCAAATGTAGGTTTCATCGCCTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159572 CCTTCTGCGTCTGTGAGGCCAATGCAAATGTAGGTTTCATCGCCTTTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AAGGCTTGTAATCTAGATGTAGCTGGTATCATAGCAGACTATGCCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159622 AAGGCTTGTAATCTAGATGTAGCTGGTATCATAGCAGACTATGCCGCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCTTCTACCCTCTGGCCGGCTCACCCGGCGTATGTCCCTGCTCTCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159672 CCTTCTACCCTCTGGCCGGCTCACCCGGCGTATGTCCCTGCTCTCCGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGTCCACTGCCAGTGAGACTAGTGAGCCGGAGCTGGGTCCCCCAGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159722 TGTCCACTGCCAGTGAGACTAGTGAGCCGGAGCTGGGTCCCCCAGCCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ACTGCTGTTGACAACATGAGTGCAAGTTCCAGCTCTGTTGACAGCGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159772 ACTGCTGTTGACAACATGAGTGCAAGTTCCAGCTCTGTTGACAGCGACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGAAAGCACGGAGCGAGAGCTGCTCACCAAGCTCCCAGGGGGCCTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159822 TGAAAGCACGGAGCGAGAGCTGCTCACCAAGCTCCCAGGGGGCCTGTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ACATGAACCAGCTGCTAGCCAATGAAATCAAACTACTGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159872 ACATGAACCAGCTGCTAGCCAATGAAATCAAACTACTGGTGGAC