seq1 = pF1KA1226.tfa, 2112 bp
seq2 = pF1KA1226/gi568815593f_65622374.tfa (gi568815593f:65622374_65922912), 300539 bp

>pF1KA1226 2112
>gi568815593f:65622374_65922912 (Chr5)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-301  (136194-136453)   100% ->
302-450  (140587-140735)   100% ->
451-558  (155054-155161)   100% ->
559-661  (157806-157908)   100% ->
662-822  (158888-159048)   100% ->
823-958  (163402-163537)   100% ->
959-1325  (165745-166111)   100% ->
1326-1527  (170081-170282)   100% ->
1528-1714  (187142-187328)   100% ->
1715-1843  (187664-187792)   100% ->
1844-1980  (189882-190018)   100% ->
1981-2112  (200408-200539)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCGCCCGGTGCCTTTTGGCTGTGCGAAGCCTCCGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGATCGCCCGGTGCCTTTTGGCTGTGCGAAGCCTCCGCAGGTA...TAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGTTGGTGGTTCCAGGATTTTACTCAGAATGACGTTAGGAAGAGAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136194 AGTTGGTGGTTCCAGGATTTTACTCAGAATGACGTTAGGAAGAGAAGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGTCTCCTCTTCAGGCAATGTCTTCCTATACTGTGGCTGGCAGAAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136244 TGTCTCCTCTTCAGGCAATGTCTTCCTATACTGTGGCTGGCAGAAATGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTAAGATGGGATCTTTCACCAGAGCAAATTAAAACAAGAACTGAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136294 TTAAGATGGGATCTTTCACCAGAGCAAATTAAAACAAGAACTGAGGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATTGTGCAGACCAAACAGGTGTACGATGCTGTTGGAATGCTCGGTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136344 CATTGTGCAGACCAAACAGGTGTACGATGCTGTTGGAATGCTCGGTATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGAAGTAACTTACGAGAACTGTCTGCAGGCACTGGCAGATGTAGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136394 AGGAAGTAACTTACGAGAACTGTCTGCAGGCACTGGCAGATGTAGAAGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGTATATAG         TGGAAAGGACCATGCTAGACTTTCCCCAGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 136444 AAGTATATAGGTG...CAGTGGAAAGGACCATGCTAGACTTTCCCCAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTATCCTCTGACAAAGAAGTACGAGCAGCAAGTACAGAAGCAGACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140618 TGTATCCTCTGACAAAGAAGTACGAGCAGCAAGTACAGAAGCAGACAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GACTTTCTCGTTTTGATATTGAGATGAGCATGAGAGGAGATATATTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140668 GACTTTCTCGTTTTGATATTGAGATGAGCATGAGAGGAGATATATTTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGAATTGTTCATTTACAG         GAAACCTGTGATCTGGGGAAGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 140718 AGAATTGTTCATTTACAGGTA...CAGGAAACCTGTGATCTGGGGAAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAAACCTGAGGCCAGACGATACTTGGAAAAGTCAATTAAAATGGGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155077 AAAACCTGAGGCCAGACGATACTTGGAAAAGTCAATTAAAATGGGGAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAAATGGGCTCCATCTTCCTGAACAAGTACAGAAT         GAAATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 155127 GAAATGGGCTCCATCTTCCTGAACAAGTACAGAATGTG...CAGGAAATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAATCAATGAAGAAAAGAATGAGTGAGCTATGTATTGATTTTAACAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157812 AAATCAATGAAGAAAAGAATGAGTGAGCTATGTATTGATTTTAACAAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCTCAATGAGGATGATACCTTCCTTGTATTTTCCAAGGCTGAACTTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 157862 CCTCAATGAGGATGATACCTTCCTTGTATTTTCCAAGGCTGAACTTGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662       GTGCTCTTCCTGATGATTTCATTGACAGTTTAGAAAAGACAGAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157912 ...CAGGTGCTCTTCCTGATGATTTCATTGACAGTTTAGAAAAGACAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATGACAAGTATAAAATTACCTTAAAATATCCACACTATTTCCCTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158932 GATGACAAGTATAAAATTACCTTAAAATATCCACACTATTTCCCTGTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAAGAAATGTTGTATCCCTGAAACCAGAAGAAGGATGGAAATGGCTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158982 GAAGAAATGTTGTATCCCTGAAACCAGAAGAAGGATGGAAATGGCTTTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATACAAGGTGCAAAGAG         GAAAACACCATAATTTTGCAGCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 159032 ATACAAGGTGCAAAGAGGTA...TAGGAAAACACCATAATTTTGCAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTACTCCCACTGCGAACCAAGGTGGCCAAACTACTCGGTTATAGCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163426 CTACTCCCACTGCGAACCAAGGTGGCCAAACTACTCGGTTATAGCACACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGCTGACTTCGTCCTTGAAATGAACACTGCAAAGAGCACAAGCCGCGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163476 TGCTGACTTCGTCCTTGAAATGAACACTGCAAAGAGCACAAGCCGCGTAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAGCCTTTCTAG         ATGATTTAAGCCAGAAGTTAAAACCCTTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 163526 CAGCCTTTCTAGGTT...CAGATGATTTAAGCCAGAAGTTAAAACCCTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGTGAAGCAGAACGAGAGTTTATTTTGAATTTGAAGAAAAAGGAATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165774 GGTGAAGCAGAACGAGAGTTTATTTTGAATTTGAAGAAAAAGGAATGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGACAGGGGTTTTGAATATGATGGGAAAATCAATGCCTGGGATCTATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165824 AGACAGGGGTTTTGAATATGATGGGAAAATCAATGCCTGGGATCTATATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACTACATGACTCAGACAGAGGAACTCAAGTATTCCATAGACCAAGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165874 ACTACATGACTCAGACAGAGGAACTCAAGTATTCCATAGACCAAGAGTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CTCAAGGAATACTTCCCAATTGAGGTGGTCACTGAAGGCTTGCTGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165924 CTCAAGGAATACTTCCCAATTGAGGTGGTCACTGAAGGCTTGCTGAACAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTACCAGGAGTTGTTGGGACTTTCATTTGAACAAATGACAGATGCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165974 CTACCAGGAGTTGTTGGGACTTTCATTTGAACAAATGACAGATGCTCATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TTTGGAACAAGAGTGTTACACTTTATACTGTGAAGGATAAAGCTACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166024 TTTGGAACAAGAGTGTTACACTTTATACTGTGAAGGATAAAGCTACAGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAAGTATTGGGACAGTTCTATTTGGACCTCTATCCAAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 166074 GAAGTATTGGGACAGTTCTATTTGGACCTCTATCCAAGGTA...TAGGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AGGAAAATACAATCATGCGGCCTGCTTCGGTCTCCAGCCTGGCTGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170084 AGGAAAATACAATCATGCGGCCTGCTTCGGTCTCCAGCCTGGCTGCCTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGCCTGATGGAAGCCGGATGATGGCAGTGGCTGCCCTCGTGGTGAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170134 TGCCTGATGGAAGCCGGATGATGGCAGTGGCTGCCCTCGTGGTGAACTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TCACAGCCAGTGGCAGGTCGTCCCTCTCTCCTGAGACACGACGAGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170184 TCACAGCCAGTGGCAGGTCGTCCCTCTCTCCTGAGACACGACGAGGTGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GACTTACTTTCATGAGTTTGGTCACGTGATGCATCAGATTTGTGCACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 170234 GACTTACTTTCATGAGTTTGGTCACGTGATGCATCAGATTTGTGCACAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1528         ACTGATTTTGCACGATTTAGCGGAACAAATGTGGAAACTGAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170284 TG...TAGACTGATTTTGCACGATTTAGCGGAACAAATGTGGAAACTGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TTTGTAGAGGTGCCATCGCAAATGCTTGAAAATTGGGTGTGGGACGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187184 TTTGTAGAGGTGCCATCGCAAATGCTTGAAAATTGGGTGTGGGACGTCGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TTCCCTCCGAAGATTGTCAAAACATTATAAAGATGGAAGCCCTATTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187234 TTCCCTCCGAAGATTGTCAAAACATTATAAAGATGGAAGCCCTATTGCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ACGATCTGCTTGAAAAACTTGTTGCTTCTAGGCTGGTCAACACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 187284 ACGATCTGCTTGAAAAACTTGTTGCTTCTAGGCTGGTCAACACAGGTA..

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715     GTCTTCTGACCCTGCGCCAGATTGTTTTGAGCAAAGTTGATCAGTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187334 .TAGGTCTTCTGACCCTGCGCCAGATTGTTTTGAGCAAAGTTGATCAGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 TCTTCATACCAACACATCGCTGGATGCTGCAAGTGAATATGCCAAATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187710 TCTTCATACCAACACATCGCTGGATGCTGCAAGTGAATATGCCAAATACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 GCTCAGAAATATTAGGAGTTGCAGCTACTCCAG         GCACAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 187760 GCTCAGAAATATTAGGAGTTGCAGCTACTCCAGGTA...AAGGCACAAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 ATGCCAGCTACCTTTGGACATTTGGCAGGGGGATACGATGGCCAATATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189890 ATGCCAGCTACCTTTGGACATTTGGCAGGGGGATACGATGGCCAATATTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 TGGATATCTTTGGAGTGAAGTATTTTCCATGGATATGTTTTACAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189940 TGGATATCTTTGGAGTGAAGTATTTTCCATGGATATGTTTTACAGCTGTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TTAAAAAAGAAGGGATAATGAATCCAGAG         GTTGGAATGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 189990 TTAAAAAAGAAGGGATAATGAATCCAGAGGTA...TAGGTTGGAATGAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 TACAGAAACCTAATCCTGAAACCTGGGGGATCTCTGGACGGCATGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200420 TACAGAAACCTAATCCTGAAACCTGGGGGATCTCTGGACGGCATGGACAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 GCTCCACAATTTCTTGAAACGTGAGCCAAACCAAAAAGCGTTCCTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200470 GCTCCACAATTTCTTGAAACGTGAGCCAAACCAAAAAGCGTTCCTAATGA

   2200     .    :    .    :
   2093 GTAGAGGCCTGCATGCTCCG
        ||||||||||||||||||||
 200520 GTAGAGGCCTGCATGCTCCG