seq1 = pF1KA1191.tfa, 915 bp
seq2 = pF1KA1191/gi568815593r_176247603.tfa (gi568815593r:176247603_176455750), 208148 bp

>pF1KA1191 915
>gi568815593r:176247603_176455750 (Chr5)

(complement)

1-28  (96243-96270)   100% ->
29-207  (100002-100180)   100% ->
208-334  (103003-103129)   100% ->
335-459  (105014-105138)   100% ->
460-566  (107395-107501)   100% ->
567-709  (107688-107830)   100% ->
710-915  (107943-108148)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCAAGACAACCAGAAGTGCCTG         CTCTTGAGGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  96243 ATGGCTTCAAGACAACCAGAAGTGCCTGGTA...TAGCTCTTGAGGCTAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGCGCCTCTAGGCAAGATGTCCCTGCCCATCGGGATATACCGCCGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 TGCGCCTCTAGGCAAGATGTCCCTGCCCATCGGGATATACCGCCGGGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAGCTATGATGATACCCTCGAGGACCCTGCGCCCATGACTCCTCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100065 TCAGCTATGATGATACCCTCGAGGACCCTGCGCCCATGACTCCTCCTCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCGGACATGGGCAGCGTCCCTTGGAAGCCAGTGATTCCAGAGCGCAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100115 TCGGACATGGGCAGCGTCCCTTGGAAGCCAGTGATTCCAGAGCGCAAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAGCACCTCGCCAAG         GTGGAGGAAGGAGAGGCCAGTCTAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100165 TCAGCACCTCGCCAAGGTA...CAGGTGGAGGAAGGAGAGGCCAGTCTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTCCCCTGCCATGACCCTGTCATCAGCCATTGACAGTGTGGACAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103028 CCTCCCCTGCCATGACCCTGTCATCAGCCATTGACAGTGTGGACAAGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAGTGGTGAAGGCTAAAGCTACCCATGTCATCATGAATTCTCTGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103078 CCAGTGGTGAAGGCTAAAGCTACCCATGTCATCATGAATTCTCTGATCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AA         AACAGACCCAGGAAAGCATTCAGCATTTTGAGCGACAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103128 AAGTA...CAGAACAGACCCAGGAAAGCATTCAGCATTTTGAGCGACAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGGGCTGAGAGATGCTGGCTACACACCCCACAAGGGCCTCACCACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105053 CAGGGCTGAGAGATGCTGGCTACACACCCCACAAGGGCCTCACCACCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGACCAAGTACCTTCGAGTGGCCGAAGCACTCCAC         AAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105103 GAGACCAAGTACCTTCGAGTGGCCGAAGCACTCCACGTA...CAGAAACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAAGTTACAGAGTGGAGAGGTAACAAAAGAAGAGAGGCAGCCTGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107400 AAAGTTACAGAGTGGAGAGGTAACAAAAGAAGAGAGGCAGCCTGCATCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCCAGTCCACCCCAAGCACCACTCCGCACTCTTCACCTAAGCAGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107450 CCCAGTCCACCCCAAGCACCACTCCGCACTCTTCACCTAAGCAGAGGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AG         GGGCTGGTTCACTTCTGGTTCTTCCACAGCCTTACCTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107500 AGGTG...CAGGGGCTGGTTCACTTCTGGTTCTTCCACAGCCTTACCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCCAAATCCTAGCACCATGGACTCTGGAAGTGGGGATAAGGACAGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107727 CCCAAATCCTAGCACCATGGACTCTGGAAGTGGGGATAAGGACAGAAACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGTCAGATAAGTGGAGCCTCTTTGGACCGAGATCCCTTCAGAAGTACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107777 TGTCAGATAAGTGGAGCCTCTTTGGACCGAGATCCCTTCAGAAGTACGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCTG         GAAGTTTTGCCACCCAGGCCTACCGAGGAGCCCAGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107827 TCTGGTA...TAGGAAGTTTTGCCACCCAGGCCTACCGAGGAGCCCAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCCCTCTCCATTGGAACTGATACGTGCCCAGGCCAACCGAATGGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107980 GCCCTCTCCATTGGAACTGATACGTGCCCAGGCCAACCGAATGGCTGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATCCAGCAGCCTTGAAGCCCCCCAAGATGGACATCCCAGTGATGGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108030 ATCCAGCAGCCTTGAAGCCCCCCAAGATGGACATCCCAGTGATGGAAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAGAAACAGCCACCACGGGCCCATAACCTCAAACCCCGTGACCTGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108080 AAGAAACAGCCACCACGGGCCCATAACCTCAAACCCCGTGACCTGAATGT

    950     .    :    .
    897 GCTCACACCCACTGGCTTC
        |||||||||||||||||||
 108130 GCTCACACCCACTGGCTTC