seq1 = pF1KA1162.tfa, 1047 bp
seq2 = pF1KA1162/gi568815578r_7882254.tfa (gi568815578r:7882254_8119613), 237360 bp

>pF1KA1162 1047
>gi568815578r:7882254_8119613 (Chr20)

(complement)

1-176  (100001-100176)   100% ->
177-292  (109299-109414)   100% ->
293-338  (118073-118118)   100% ->
339-467  (119754-119882)   100% ->
468-513  (123543-123588)   100% ->
514-615  (132225-132326)   100% ->
616-679  (135757-135820)   100% ->
680-1047  (136993-137360)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGTGGGCGCTGCGGCCCGCAGCTAACGGCGCTCCTGGCCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGTGGGCGCTGCGGCCCGCAGCTAACGGCGCTCCTGGCCGCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCGCGGCTGTGGCGGCGACGGCAGGCCCCGAGGAGGCCGCGCTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCGCGGCTGTGGCGGCGACGGCAGGCCCCGAGGAGGCCGCGCTGCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGAGCAGAGCCGGGTCCAGCCCATGACCGCCTCCAACTGGACGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGAGCAGAGCCGGGTCCAGCCCATGACCGCCTCCAACTGGACGCTGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGGAGGGCGAGTGGATGCTGAAATT         TTACGCCCCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100151 ATGGAGGGCGAGTGGATGCTGAAATTGTG...TAGTTACGCCCCATGGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCATCCTGCCAGCAGACTGATTCAGAATGGGAGGCTTTTGCAAAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109314 TCCATCCTGCCAGCAGACTGATTCAGAATGGGAGGCTTTTGCAAAGAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGAAATACTTCAGATCAGTGTGGGGAAGGTAGATGTCATTCAAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109364 GTGAAATACTTCAGATCAGTGTGGGGAAGGTAGATGTCATTCAAGAACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 G         GTTTGAGTGGCCGCTTCTTTGTCACCACTCTCCCAGCATT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109414 GGTA...TAGGTTTGAGTGGCCGCTTCTTTGTCACCACTCTCCCAGCATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTTTCA         TGCAAAGGATGGGATATTCCGCCGTTATCGTGGCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118113 TTTTCAGTA...TAGTGCAAAGGATGGGATATTCCGCCGTTATCGTGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGGAATCTTCGAAGACCTGCAGAATTATATCTTAGAGAAGAAATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119789 CAGGAATCTTCGAAGACCTGCAGAATTATATCTTAGAGAAGAAATGGCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCAGTCGAGCCTCTGACTGGCTGGAAATCCCCGGCTTCTCTAAC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 119839 TCAGTCGAGCCTCTGACTGGCTGGAAATCCCCGGCTTCTCTAACGTA...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    468    GATGTCTGGAATGGCTGGTCTTTTTAGCATCTCTGGCAAGATATGG 
        >>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 123540 AAGGATGTCTGGAATGGCTGGTCTTTTTAGCATCTCTGGCAAGATATGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514         CATCTTCACAACTATTTCACAGTGACTCTTGGAATTCCTGCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123590 TA...CAGCATCTTCACAACTATTTCACAGTGACTCTTGGAATTCCTGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGGTGTTCTTATGTCTTTTTCGTCATAGCCACCTTGGTTTTTGGCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132267 TGGTGTTCTTATGTCTTTTTCGTCATAGCCACCTTGGTTTTTGGCCTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TATGGGTCTG         GTCTTGGTGGTAATATCAGAATGTTTCTATG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 132317 TATGGGTCTGGTA...CAGGTCTTGGTGGTAATATCAGAATGTTTCTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGCCACTTCCAAGGCATTTATCTGAGCGTTCTG         AGCAGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 135788 TGCCACTTCCAAGGCATTTATCTGAGCGTTCTGGTA...TAGAGCAGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CGGAGATCAGAGGAGGCTCATAGAGCTGAACAGTTGCAGGATGCGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137001 CGGAGATCAGAGGAGGCTCATAGAGCTGAACAGTTGCAGGATGCGGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGAAAAAGATGATTCAAATGAAGAAGAAAACAAAGACAGCCTTGTAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137051 GGAAAAAGATGATTCAAATGAAGAAGAAAACAAAGACAGCCTTGTAGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATGAAGAAGAGAAAGAAGATCTTGGCGATGAGGATGAAGCAGAGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137101 ATGAAGAAGAGAAAGAAGATCTTGGCGATGAGGATGAAGCAGAGGAAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAGGAGGAGGACAACTTGGCTGCTGGTGTGGATGAGGAGAGAAGTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137151 GAGGAGGAGGACAACTTGGCTGCTGGTGTGGATGAGGAGAGAAGTGAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAATGATCAGGGGCCCCCAGGAGAGGACGGTGTGACCCGGGAGGAAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137201 CAATGATCAGGGGCCCCCAGGAGAGGACGGTGTGACCCGGGAGGAAGTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGCCTGAGGAGGCTGAAGAAGGCATCTCTGAGCAACCCTGCCCAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137251 AGCCTGAGGAGGCTGAAGAAGGCATCTCTGAGCAACCCTGCCCAGCTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACAGAGGTGGTGGAAGACTCCTTGAGGCAGCGTAAAAGTCAGCATGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137301 ACAGAGGTGGTGGAAGACTCCTTGAGGCAGCGTAAAAGTCAGCATGCTGA

   1100     .    :
   1038 CAAGGGACTG
        ||||||||||
 137351 CAAGGGACTG