seq1 = pF1KA1160.tfa, 993 bp
seq2 = pF1KA1160/gi568815595r_128995028.tfa (gi568815595r:128995028_129258559), 263532 bp

>pF1KA1160 993
>gi568815595r:128995028_129258559 (Chr3)

(complement)

1-26  (99382-99406)   96% ->
27-78  (100001-100052)   100% ->
79-144  (101640-101705)   100% ->
145-187  (101885-101927)   100% ->
188-300  (112687-112799)   100% ->
301-418  (118075-118192)   100% ->
419-541  (123606-123728)   100% ->
542-663  (124365-124486)   100% ->
664-750  (127924-128010)   100% ->
751-851  (128372-128472)   100% ->
852-993  (163391-163532)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGAAATGCAGAAAAGGCCAT         GACGGCCTTAGCAAG
        |-||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  99382 A GGCCCGAAATGCAGAAAAGGCCATGTA...TAGGACGGCCTTAGCAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ATTTCGCCAGGCTCAGCTGGAAGAGGGAAAAGTGAAG         GAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100016 ATTTCGCCAGGCTCAGCTGGAAGAGGGAAAAGTGAAGGTT...TAGGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 GAAGACCCTTTCTGGCCTCAGAATGTACTGAACTGCCTAAAGCTGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101644 GAAGACCCTTTCTGGCCTCAGAATGTACTGAACTGCCTAAAGCTGAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TGGAGACGACAG         ATCATTGGAGAGATCTCTAAAAAAGTGGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101694 TGGAGACGACAGGTA...TAGATCATTGGAGAGATCTCTAAAAAAGTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TCAGATTCAGAATG         CTGGTTTAGGTGAATTTCGAATTCGTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101914 TCAGATTCAGAATGGTA...TAGCTGGTTTAGGTGAATTTCGAATTCGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 ACCTGAATGATGAAATTAACAAGCTGCTAAGGGAGAAAGGACACTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112714 ACCTGAATGATGAAATTAACAAGCTGCTAAGGGAGAAAGGACACTGGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GTCCGGATAAAGGAGCTGGGAGGTCCTGATTATGGA         AAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 112764 GTCCGGATAAAGGAGCTGGGAGGTCCTGATTATGGAGTG...AAGAAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 TGGCCCTAAAATGCTGGATCATGAAGGAAAAGAAGTCCCAGGAAACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118080 TGGCCCTAAAATGCTGGATCATGAAGGAAAAGAAGTCCCAGGAAACCGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 GTTACAAGTACTTTGGAGCAGCAAAAGATTTGCCTGGTGTTAGAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118130 GTTACAAGTACTTTGGAGCAGCAAAAGATTTGCCTGGTGTTAGAGAGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TTTGAAAAAGAAC         CTCTTCCTCCTCCCAGAAAGACACGTGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 118180 TTTGAAAAAGAACGTA...TAGCTCTTCCTCCTCCCAGAAAGACACGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TGAGCTCATGAAGGCAATCGATTTTGAGTACTATGGTTACCTAGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123634 TGAGCTCATGAAGGCAATCGATTTTGAGTACTATGGTTACCTAGATGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ATGATGGTGTTATTGTGCCTTTGGAACAGGAATATGAAAAGAAAC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 123684 ATGATGGTGTTATTGTGCCTTTGGAACAGGAATATGAAAAGAAACGTA..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542     TCAGAGCCGAGTTAGTGGAAAAGTGGAAAGCAGAGAGAGAGGCTCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123734 .CAGTCAGAGCCGAGTTAGTGGAAAAGTGGAAAGCAGAGAGAGAGGCTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GCTGGCAAGAGGAGAAAAGGAAGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAAGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124411 GCTGGCAAGAGGAGAAAAGGAAGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAAGAGATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ACATCTATGCAGTCACCGAGGAGGAG         TCGGACGAGGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 124461 ACATCTATGCAGTCACCGAGGAGGAGGTA...TAGTCGGACGAGGAAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AGCCAGGAGAAAGGAGGGGACGACAGCCAGCAGAAGTTCATTGCTCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127939 AGCCAGGAGAAAGGAGGGGACGACAGCCAGCAGAAGTTCATTGCTCACGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CCCTGTTCCCTCGCAGCAAGAG         ATTGAGGAGGCACTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 127989 CCCTGTTCCCTCGCAGCAAGAGGTA...CAGATTGAGGAGGCACTGGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 GAAGGAAGAAAATGGAACTCCTCCAGAAGTATGCAAGCGAGACCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128391 GAAGGAAGAAAATGGAACTCCTCCAGAAGTATGCAAGCGAGACCCTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GCCCAAAGTGAAGAAGCCAGAAGGCTCCTGGG         CTGCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 128441 GCCCAAAGTGAAGAAGCCAGAAGGCTCCTGGGGTA...TAGCTGCAGATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TGGGACACGGCCGGCCAGGAGCGGTTCCGCACCATCACCCAGAGCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163400 TGGGACACGGCCGGCCAGGAGCGGTTCCGCACCATCACCCAGAGCTACTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CCGCAGTGCCAATGGGGCCATCCTTGCCTACGACATCACCAAGAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163450 CCGCAGTGCCAATGGGGCCATCCTTGCCTACGACATCACCAAGAGGAGCT

   1050     .    :    .    :    .    :
    961 CCTTCCTGTCGGTGCCTCACTGGATTGAGGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 163500 CCTTCCTGTCGGTGCCTCACTGGATTGAGGATG