seq1 = pF1KA1154.tfa, 1428 bp
seq2 = pF1KA1154/gi568815592r_24074733.tfa (gi568815592r:24074733_24457750), 383018 bp

>pF1KA1154 1428
>gi568815592r:24074733_24457750 (Chr6)

(complement)

1-293  (100001-100293)   100% ->
294-348  (104128-104182)   100% ->
349-425  (155707-155783)   100% ->
426-557  (155905-156036)   100% ->
558-704  (166673-166819)   99% ->
705-759  (168845-168899)   100% ->
760-922  (179540-179702)   100% ->
923-1023  (252649-252749)   100% ->
1024-1326  (279119-279421)   100% ->
1327-1428  (282917-283018)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGGCAGCAGCGCCAGGTCCAGCCACCTGTCTCAGCCCGTCGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGGCAGCAGCGCCAGGTCCAGCCACCTGTCTCAGCCCGTCGTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCGTGCTTGTGTACCGCAACGGGGACCCCTTCTACGCGGGGCGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCGTGCTTGTGTACCGCAACGGGGACCCCTTCTACGCGGGGCGCCGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGTCATCCATGAGAAGAAGGTGTCCAGCTTCGAAGTCTTCCTGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGTCATCCATGAGAAGAAGGTGTCCAGCTTCGAAGTCTTCCTGAAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGACCGGCGGCGTTCAGGCACCCTTTGGGGCCGTCAGGAACATCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGACCGGCGGCGTTCAGGCACCCTTTGGGGCCGTCAGGAACATCTACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCGCGGACTGGCCACCGAATCCGGAAGCTAGACCAGATCCAGAGCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCGCGGACTGGCCACCGAATCCGGAAGCTAGACCAGATCCAGAGCGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAATTACGTGGCTGGAGGCCAGGAAGCCTTCAAGAAACTCAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100251 GCAATTACGTGGCTGGAGGCCAGGAAGCCTTCAAGAAACTCAAGTG...C

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    294   TTACTTGGACATAGGAGAAATCAAGAAAAGACCAATGGAAGTTGTTAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104126 AGTTACTTGGACATAGGAGAAATCAAGAAAAGACCAATGGAAGTTGTTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TACAGAG         GTAAAACCAGTAATCCATAGCAGGATCAACGTGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104176 TACAGAGGTA...AAGGTAAAACCAGTAATCCATAGCAGGATCAACGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGCTCGCTTTAGAAAACCGCTTCAGGAGCCGTGCACTATCTT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 155741 CAGCTCGCTTTAGAAAACCGCTTCAGGAGCCGTGCACTATCTTGTA...C

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    426   CTTGATTGCAAATGGAGACCTCATAAACCCAGCTTCTCGCCTCCTTAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155903 AGCTTGATTGCAAATGGAGACCTCATAAACCCAGCTTCTCGCCTCCTTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCCAGAAAAACCTTGAATCAGTGGGATCATGTACTACAAATGGTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155953 CCCCAGAAAAACCTTGAATCAGTGGGATCATGTACTACAAATGGTCACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAAAAATCACTCTGAGGAGCGGGGCTGTTCACAG         GCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 156003 AAAAAATCACTCTGAGGAGCGGGGCTGTTCACAGGTA...CAGGCTTTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTTTAGAAGGAAAACTTGTTGAGAGTGGAGCAGAGTTGGAGAATGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166680 ACTTTAGAAGGAAAACTTGTTGAGAGTGGAGCAGAGTTGGAGAATGGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTTTTATGTGGCTGTTGGCAGAGATAAGTTTAAGAAACTGCCTTACGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 166730 GTTTTATGTGGCTGTTGGCAGAGATAAGTTTAAGAAACTGCCTTACAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTTACTTTTTGACAAGTCAACGATGAGAAGGCCTTTTGG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 166780 AGTTACTTTTTGACAAGTCAACGATGAGAAGGCCTTTTGGGTA...CAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGAAAGCTTCTTCACTACCTCCTATTGTAGGATCCAGAAAGTCTAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168846 CAGAAAGCTTCTTCACTACCTCCTATTGTAGGATCCAGAAAGTCTAAAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAGT         GGAAATGATCGCCACTCTAAGTCAACAGTTGGATCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168896 GAGTGTA...TAGGGAAATGATCGCCACTCTAAGTCAACAGTTGGATCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTGACAACTCATCTCCTCAGCCCCTGAAGAGGAAAGGGAAAAAAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179577 GTGACAACTCATCTCCTCAGCCCCTGAAGAGGAAAGGGAAAAAAGAAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGAATTCAGAAAAACTGACGAAATTGAAACAAAATGTAAAATTAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179627 GTGAATTCAGAAAAACTGACGAAATTGAAACAAAATGTAAAATTAAAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTCACAAGAAACCATTCCAAATAGTG         ATGAAGGCATTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 179677 TTCACAAGAAACCATTCCAAATAGTGGTA...TAGATGAAGGCATTTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGCTGGAGCAGAGAGGTCTGAAACACGGGGGGCAGCAGAAGTCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252664 AAGCTGGAGCAGAGAGGTCTGAAACACGGGGGGCAGCAGAAGTCCAAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GATGAAGATACTCAGGTTGAGGTTCCAGTCGATCAG         AGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 252714 GATGAAGATACTCAGGTTGAGGTTCCAGTCGATCAGGTA...CAGAGGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGCAGAAATAGTAGACGAGGAAGAAGATGGAGAGAAGGCAAACAAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279124 AGCAGAAATAGTAGACGAGGAAGAAGATGGAGAGAAGGCAAACAAGGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CAGAACAGAAAGAAGACTTTTCAGGAATGAATGGTGACCTTGAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279174 CAGAACAGAAAGAAGACTTTTCAGGAATGAATGGTGACCTTGAAGAGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GGAGGTAGGGAGGCTACAGATGCCCCTGAGCAAGTCGAGGAGATTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279224 GGAGGTAGGGAGGCTACAGATGCCCCTGAGCAAGTCGAGGAGATTCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TCACAGTGAGCAGCAGGCACGCCCTGCTCGTGTAAATGGAGGCACCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279274 TCACAGTGAGCAGCAGGCACGCCCTGCTCGTGTAAATGGAGGCACCGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGGAGAATGGTGAGGAGCTGCAGCAGGTTAATAATGAGCTTCAACTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279324 AGGAGAATGGTGAGGAGCTGCAGCAGGTTAATAATGAGCTTCAACTGGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTAGACAAGGAAAGAAAGTCTCAAGGAGCTGGCAGTGGACAAGATGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 279374 CTAGACAAGGAAAGAAAGTCTCAAGGAGCTGGCAGTGGACAAGATGAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1327        GCTGATGTAGACCCTCAAAGACCACCAAGGCCAGAAGTAAAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279424 A...TAGGCTGATGTAGACCCTCAAAGACCACCAAGGCCAGAAGTAAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TTACCAGTCCAGAAGAAAATGAAAACAACCAACAAAACAAGGACTATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282960 TTACCAGTCCAGAAGAAAATGAAAACAACCAACAAAACAAGGACTATGCT

   1500     .
   1420 GCCGTGGCT
        |||||||||
 283010 GCCGTGGCT