seq1 = pF1KA1147.tfa, 1365 bp
seq2 = pF1KA1147/gi568815591r_141562659.tfa (gi568815591r:141562659_141802153), 239495 bp

>pF1KA1147 1365
>gi568815591r:141562659_141802153 (Chr7)

(complement)

1-268  (100001-100268)   100% ->
269-368  (115496-115595)   100% ->
369-527  (116518-116676)   100% ->
528-681  (127934-128087)   100% ->
682-820  (135729-135867)   100% ->
821-952  (136836-136967)   100% ->
953-1103  (137100-137250)   99% ->
1104-1172  (137914-137982)   100% ->
1173-1365  (139303-139495)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGAGCAGGGAGACGCGGCGCCGCTGCTGCGCTGGGCCGAGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGAGCAGGGAGACGCGGCGCCGCTGCTGCGCTGGGCCGAGGGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGTCTCCCTGCCGCAGGCCCCGCAGCCGCAGGCGGGAGGCTGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGTCTCCCTGCCGCAGGCCCCGCAGCCGCAGGCGGGAGGCTGGGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGGCGGCGGCGGGGGCGCCCGGCCGGCCGCGGAGCCGCCCCGGAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGGCGGCGGCGGGGGCGCCCGGCCGGCCGCGGAGCCGCCCCGGAGGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCCCGAGGAGCCGGCCGCCCCGGAGGTGCTGCTGCAGCCCGGGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCCCGAGGAGCCGGCCGCCCCGGAGGTGCTGCTGCAGCCCGGGCGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGCTGGGCGACGTGGAGGAGGACCAGGTGGTGGCCGTGTTCGTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAGCTGGGCGACGTGGAGGAGGACCAGGTGGTGGCCGTGTTCGTGGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTTCGACCCCCGCTCGG         GAAACATGGTAGAATGGTGCTTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100251 CCTTCGACCCCCGCTCGGGTG...CAGGAAACATGGTAGAATGGTGCTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTCAAGATATTGACCTTGAAGGTGTTGAGTTCAAGTCTATGGCCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115519 CCTCAAGATATTGACCTTGAAGGTGTTGAGTTCAAGTCTATGGCCAGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTCCCATAAAATCCAATCTGATTTCAT         CTATTTCCGAAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 115569 GTCCCATAAAATCCAATCTGATTTCATGTA...TAGCTATTTCCGAAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCCCTTCTTCGGCCTGGCCTGCTTTGCCAACATGCCCGTGGAGAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116532 GGCCCTTCTTCGGCCTGGCCTGCTTTGCCAACATGCCCGTGGAGAGCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGAACGTGGCGCGCGGATGAAGTCTGTGGGCATCCTCTCTCCCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116582 CTGGAACGTGGCGCGCGGATGAAGTCTGTGGGCATCCTCTCTCCCTCCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACACTGCTTTACCGCTACATGCACTTCTTGGAGAACCAGGTTCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 116632 CACACTGCTTTACCGCTACATGCACTTCTTGGAGAACCAGGTTCGGTA..

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    528     GCACCAGTTGGAGATGCCAGGACATTACTCTCATCTGGCTGCCTTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116682 .CAGGCACCAGTTGGAGATGCCAGGACATTACTCTCATCTGGCTGCCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TATGAGGACAAAAAGGGGGTGCTCCATGCTGGTCCCGGCAGAGGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127980 TATGAGGACAAAAAGGGGGTGCTCCATGCTGGTCCCGGCAGAGGCAGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTGCCCCCTGTCTACTGGCTGCCTTCCATCCACCGATACATGTACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128030 CCTGCCCCCTGTCTACTGGCTGCCTTCCATCCACCGATACATGTACCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGATGAAG         ATCACACACCCAGCTGGCTGCATGTCTCAGTTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 128080 AGATGAAGGTG...CAGATCACACACCCAGCTGGCTGCATGTCTCAGTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATAAAGTTCTTTGGAGAACAGATCCTCATCCTCTGGAAATTTGCCTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135762 ATAAAGTTCTTTGGAGAACAGATCCTCATCCTCTGGAAATTTGCCTTACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCGAAAGCGCATTTTGATATTTTCTCCCCCACCTGTGGGCGTGGTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135812 TCGAAAGCGCATTTTGATATTTTCTCCCCCACCTGTGGGCGTGGTGTGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATAGAG         TGTACTGCTGCTGCTGCTTGGCCAACGTTTCACTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135862 ATAGAGGTA...CAGTGTACTGCTGCTGCTGCTTGGCCAACGTTTCACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCTGGCATCGGGGGCACCATTCCTGAGTCCAAACCTTTCTTCTACGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136871 CCTGGCATCGGGGGCACCATTCCTGAGTCCAAACCTTTCTTCTACGTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CGTGGCTGACATCGAGAGCCTGGAGGTAGAGGTGTCCTATGTGGCCT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 136921 CGTGGCTGACATCGAGAGCCTGGAGGTAGAGGTGTCCTATGTGGCCTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    953       GCACCACAGAGAAGATATTCGAGGAGAAGCGGGAGCTGTATGAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136971 ...CAGGCACCACAGAGAAGATATTCGAGGAGAAGCGGGAGCTGTATGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTCTACGTGGATAACCAGAATGTGAAGACACACCACGACCACCTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137144 GTCTACGTGGATAACCAGAATGTGAAGACACACCACGACCACCTGCAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCTGCTGAAGATCAACAGTGCTGACAGGGAGAAGTACCGCCGGCTCAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 137194 GCTGCTGAAGATCAACAGTGCTGACAGGGAGAAGTACCGCCGGCTCAACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGCAGAG         GCAGATGCTGTTGTACTCCCAGGAAGTAGAAGAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137244 AGCAGAGGTA...CAGGCAGATGCTGTTGTACTCCCAGGAAGTAGAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GACTACAACCCTTGTGAAGAGGACCTCTTCGTGCT         GTTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 137948 GACTACAACCCTTGTGAAGAGGACCTCTTCGTGCTGTG...CAGGTTTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCTAGAACAAAACAACCGGATATTTCAGACTTTGTTGGAGGTGTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139309 CCTAGAACAAAACAACCGGATATTTCAGACTTTGTTGGAGGTGTCTGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GTCAAGACAAAACTCTGACAGCAGAGCATGCCCGGGGCATGGGCCTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139359 GTCAAGACAAAACTCTGACAGCAGAGCATGCCCGGGGCATGGGCCTAGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CCCCAAGGAGACCGGAGCTTTCTCCTGGACCTGCTGGAGGCCTATGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139409 CCCCAAGGAGACCGGAGCTTTCTCCTGGACCTGCTGGAGGCCTATGGCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .
   1329 TGATGTCATGCTGGTTATCGACAACCCCTGTTGCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139459 TGATGTCATGCTGGTTATCGACAACCCCTGTTGCCCG