seq1 = pF1KA1140.tfa, 2217 bp
seq2 = pF1KA1140/gi568815596f_46856906.tfa (gi568815596f:46856906_47173920), 317015 bp

>pF1KA1140 2217
>gi568815596f:46856906_47173920 (Chr2)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-160  (101590-101647)   100% ->
161-291  (118068-118198)   100% ->
292-407  (121887-122002)   100% ->
408-486  (136545-136623)   100% ->
487-644  (137452-137609)   100% ->
645-708  (138231-138294)   100% ->
709-846  (149017-149154)   100% ->
847-930  (149736-149819)   100% ->
931-1035  (154426-154530)   100% ->
1036-1153  (164957-165074)   100% ->
1154-1211  (166503-166560)   100% ->
1212-1284  (167382-167454)   100% ->
1285-1445  (172319-172479)   100% ->
1446-1562  (189410-189526)   99% ->
1563-1660  (193044-193141)   100% ->
1661-1795  (194841-194975)   100% ->
1796-1998  (203864-204066)   100% ->
1999-2217  (216797-217015)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCATCAGCATGTACGCACGGGCCGGGATTGATGACATGTCCATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCATCAGCATGTACGCACGGGCCGGGATTGATGACATGTCCATGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACAAGCCCCTGTATCAGATGCGGCTGCTGTCGGAGGCTTTTGTCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACAAGCCCCTGTATCAGATGCGGCTGCTGTCGGAGGCTTTTGTCATCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         CATGCCTCCGGCTTCTTGGGGGAACACAGTCCCGGTGGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTA...CAGCATGCCTCCGGCTTCTTGGGGGAACACAGTCCCGGTGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGAGGTCCTGCAGGGGAG         GCCTCTCTCTGGAACGCCTACC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101629 CAGAGGTCCTGCAGGGGAGGTA...CAGGCCTCTCTCTGGAACGCCTACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAACTCCATCGCCTCCCGCTTCCGCCTGACAGAGAGGGAGGAGGAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118090 CAACTCCATCGCCTCCCGCTTCCGCCTGACAGAGAGGGAGGAGGAAGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCACCTGTTTTGAGAGGGCCTCCTGGATCGCTCAGGTGTTCCTGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118140 TCACCTGTTTTGAGAGGGCCTCCTGGATCGCTCAGGTGTTCCTGCAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGGAGAAG         ACCACAAATAACAGCACGTCGAGGCATCTGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 118190 TTGGAGAAGGTG...CAGACCACAAATAACAGCACGTCGAGGCATCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGGCTGTCACCCGCTTGACTATGAGCTCACCTACTTCCTGGAAGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121919 AGGCTGTCACCCGCTTGACTATGAGCTCACCTACTTCCTGGAAGCTGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCCAGAGCGCCTATGTGAAAAACCTGAAGAAGGG         GAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 121969 TCCAGAGCGCCTATGTGAAAAACCTGAAGAAGGGGTA...CAGGAACATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTGAAGGGCATGAGAGAGCTCCGGGAGGTGCTGCGGACTGTGGAGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136552 GTGAAGGGCATGAGAGAGCTCCGGGAGGTGCTGCGGACTGTGGAGACCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGCAACTCAGAACTTCAAAGTG         ATGGCGGCCAAGCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 136602 AGCAACTCAGAACTTCAAAGTGGTA...CAGATGGCGGCCAAGCACCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CGGGGGTCCTGCTGCACTCCCTGAGTGAGGAGTGCTACTGGAGCCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137471 CGGGGGTCCTGCTGCACTCCCTGAGTGAGGAGTGCTACTGGAGCCCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCCCACCCTCTGCCTGAGTTCATGGGCAAGGAGGAGAGTTCTTTCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137521 TCCCACCCTCTGCCTGAGTTCATGGGCAAGGAGGAGAGTTCTTTCGCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCAGGCCCTGCGGAAACCTCACCTCTATGAAGGAGACAA         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 137571 TCAGGCCCTGCGGAAACCTCACCTCTATGAAGGAGACAAGTA...CAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCTACTGCCCCAAGGACAACATCGAGGAAGCCCTCCTGCTCCTCCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138233 TCTACTGCCCCAAGGACAACATCGAGGAAGCCCTCCTGCTCCTCCTCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGCGAATCCATG         GCAACTCGAGATGTGGTGCTGAGCCGGGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 138283 AGCGAATCCATGGTA...CAGGCAACTCGAGATGTGGTGCTGAGCCGGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCCGGAGCAGGAGGAGGACCGGACAGTGAGCTTGCAGAATGCCGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149046 GCCGGAGCAGGAGGAGGACCGGACAGTGAGCTTGCAGAATGCCGCAGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCTATGACCTCCTGAGCATCACGTTGGGCAGAAGGGGACAGTACGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149096 TCTATGACCTCCTGAGCATCACGTTGGGCAGAAGGGGACAGTACGTCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTCTCGGAG         TGCCTGGAGCGAGCCATGAAGTTTGCGTTTGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 149146 CTCTCGGAGGTA...CAGTGCCTGGAGCGAGCCATGAAGTTTGCGTTTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGAATTTCACCTTTGGTACCAGGTGGCCCTCTCCATGGTGGCTTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149768 AGAATTTCACCTTTGGTACCAGGTGGCCCTCTCCATGGTGGCTTGTGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AG         TCAGCCTACGCTGTGTCCCTGCTGCGGGAGTGTGTGAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149818 AGGTA...CAGTCAGCCTACGCTGTGTCCCTGCTGCGGGAGTGTGTGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTGCGGCCCTCGGACCCCACCGTGCCCCTGATGGCCGCGAAGGTCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154465 TTGCGGCCCTCGGACCCCACCGTGCCCCTGATGGCCGCGAAGGTCTGCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CGGGTCCCTTCGCTGG         CTAGAGGAAGCAGAGCACTTTGCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 154515 CGGGTCCCTTCGCTGGGTG...CAGCTAGAGGAAGCAGAGCACTTTGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGATGGTGATCAGCCTCGGAGAGGAAGCCGGGGAGTTCCTCCCCAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164982 TGATGGTGATCAGCCTCGGAGAGGAAGCCGGGGAGTTCCTCCCCAAGGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TACCTGGCTCTGGGTCTCACCTATAGCCTGCAGGCCACCGACG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 165032 TACCTGGCTCTGGGTCTCACCTATAGCCTGCAGGCCACCGACGGTG...C

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1154   CCACCCTGAAGTCCAAGCAAGATGAATTGCACCGGAAGGCACTGCAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166501 AGCCACCCTGAAGTCCAAGCAAGATGAATTGCACCGGAAGGCACTGCAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CGCTGGAGAG         GGCTCAGCAGCTGGCGCCCAGTGACCCCCAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 166551 CGCTGGAGAGGTG...CAGGGCTCAGCAGCTGGCGCCCAGTGACCCCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GTCATCCTCTATGTCTCGCTGCAGCTGGCCCTCGTCCGACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 167413 GTCATCCTCTATGTCTCGCTGCAGCTGGCCCTCGTCCGACAGGTG...CA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1285  ATCTCCAGTGCCATGGAGCAGCTGCAGGAGGCCCTGAAGGTACGCAAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172318 GATCTCCAGTGCCATGGAGCAGCTGCAGGAGGCCCTGAAGGTACGCAAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 ATGATGCCCACGCCCTCCACCTGCTGGCACTGCTCTTCTCTGCCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172368 ATGATGCCCACGCCCTCCACCTGCTGGCACTGCTCTTCTCTGCCCAGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CACCACCAGCATGCCCTGGATGTTGTCAACATGGCCATCACCGAGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172418 CACCACCAGCATGCCCTGGATGTTGTCAACATGGCCATCACCGAGCACCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TGAGAACTTCAA         CCTGATCTTCACCAAGGTGAAGCTGGAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||| ||||||||||||||||||||||
 172468 TGAGAACTTCAAGTG...CAGCCTGATGTTCACCAAGGTGAAGCTGGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 AGGTGCTGAAAGGCCCAGAGGAAGCCCTCGTGACCTGCAGACAAGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189439 AGGTGCTGAAAGGCCCAGAGGAAGCCCTCGTGACCTGCAGACAAGTGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 AGGCTGTGGCAGACCCTGTACAGCTTCTCCCAGCTGGG         AGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 189489 AGGCTGTGGCAGACCCTGTACAGCTTCTCCCAGCTGGGGTG...CAGAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CCTAGAAAAGGATGGCAGCTTCGGTGAGGGCCTCACCATGAAGAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193047 CCTAGAAAAGGATGGCAGCTTCGGTGAGGGCCTCACCATGAAGAAGCAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 GTGGCATGCACCTGACTTTGCCTGATGCCCATGATGCAGACTCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 193097 GTGGCATGCACCTGACTTTGCCTGATGCCCATGATGCAGACTCTGGTA..

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661     GCTCCCGGCGGGCTTCGTCCATCGCCGCCTCCCGGCTGGAGGAGGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193147 .CAGGCTCCCGGCGGGCTTCGTCCATCGCCGCCTCCCGGCTGGAGGAGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 CATGTCAGAGCTGACTATGCCCTCTTCGGTCCTGAAGCAGGGCCCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194887 CATGTCAGAGCTGACTATGCCCTCTTCGGTCCTGAAGCAGGGCCCCATGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 AGCTGTGGACCACGCTGGAACAGATCTGGCTGCAGGCTG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 194937 AGCTGTGGACCACGCTGGAACAGATCTGGCTGCAGGCTGGTG...CAGCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 GAGCTGTTCATGGAGCAGCAGCACCTCAAGGAAGCAGGTTTCTGCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203866 GAGCTGTTCATGGAGCAGCAGCACCTCAAGGAAGCAGGTTTCTGCATCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 GGAGGCGGCGGGCCTCTTCCCCACTTCTCACTCAGTACTCTATATGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203916 GGAGGCGGCGGGCCTCTTCCCCACTTCTCACTCAGTACTCTATATGCGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 GCCGGCTGGCTGAGGTGAAGGGCAACCTGGAGGAGGCCAAGCAGCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203966 GCCGGCTGGCTGAGGTGAAGGGCAACCTGGAGGAGGCCAAGCAGCTGTAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 AAGGAGGCGCTCACGGTGAACCCAGATGGCGTGCGCATCATGCATAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204016 AAGGAGGCGCTCACGGTGAACCCAGATGGCGTGCGCATCATGCATAGCCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 G         GGTCTGATGCTGAGTCGGCTGGGCCACAAGAGCTTGGCCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204066 GGTG...CAGGGTCTGATGCTGAGTCGGCTGGGCCACAAGAGCTTGGCCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 AGAAGGTGCTTCGTGATGCCGTGGAGAGGCAGAGTACGTGCCACGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216837 AGAAGGTGCTTCGTGATGCCGTGGAGAGGCAGAGTACGTGCCACGAGGCG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 TGGCAGGGCCTGGGCGAGGTGCTGCAGGCCCAGGGCCAGAACGAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216887 TGGCAGGGCCTGGGCGAGGTGCTGCAGGCCCAGGGCCAGAACGAGGCTGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 CGTTGACTGCTTCCTCACCGCCCTTGAGCTGGAGGCCAGCAGCCCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216937 CGTTGACTGCTTCCTCACCGCCCTTGAGCTGGAGGCCAGCAGCCCTGTAC

   2350     .    :    .    :    .
   2189 TGCCCTTCTCCATCATCCCCAGAGAGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 216987 TGCCCTTCTCCATCATCCCCAGAGAGCTC