seq1 = pF1KA1122.tfa, 3084 bp
seq2 = pF1KA1122/gi568815594f_94108395.tfa (gi568815594f:94108395_94389531), 281137 bp

>pF1KA1122 3084
>gi568815594f:94108395_94389531 (Chr4)

1-190  (100001-100190)   100% ->
191-368  (117725-117902)   100% ->
369-537  (125560-125728)   100% ->
538-604  (128558-128624)   100% ->
605-705  (132512-132612)   100% ->
706-807  (141260-141361)   100% ->
808-889  (142358-142439)   100% ->
890-1281  (144222-144613)   100% ->
1282-1481  (156313-156512)   100% ->
1482-1572  (162334-162424)   100% ->
1573-1672  (165223-165322)   100% ->
1673-1732  (166344-166403)   100% ->
1733-1808  (166496-166571)   100% ->
1809-1944  (167945-168080)   100% ->
1945-2082  (168628-168765)   100% ->
2083-2178  (170028-170123)   100% ->
2179-2296  (170222-170339)   100% ->
2297-2424  (170529-170656)   100% ->
2425-2613  (172198-172386)   100% ->
2614-2732  (173078-173196)   100% ->
2733-2915  (174727-174909)   100% ->
2916-3025  (176566-176675)   100% ->
3026-3084  (181079-181137)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCTTTTCAACCTGGACCGTTTTCGCTTTGAGAAAAGGAATAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCTTTTCAACCTGGACCGTTTTCGCTTTGAGAAAAGGAATAAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGGAAGCGCCCGAAGCAACCCCTCAACCTTCCCAGCCTGGCCCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGGAAGCGCCCGAAGCAACCCCTCAACCTTCCCAGCCTGGCCCTTCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACCAATTTCTCTTAGTGCTGAAGAGGAGAATGCTGAAGGGGAAGTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACCAATTTCTCTTAGTGCTGAAGAGGAGAATGCTGAAGGGGAAGTTAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGGCAAACACTCCTGATTCAGATATAACTGAAAAAACAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100151 AGGGCAAACACTCCTGATTCAGATATAACTGAAAAAACAGGTG...CAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGATTCTAGTGTTCCAGAAACTCCAGATAATGAAAGAAAAGCAAGTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117726 AGATTCTAGTGTTCCAGAAACTCCAGATAATGAAAGAAAAGCAAGTATAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CATATTTCAAAAATCAAAGAGGAATACAGTATATTGATTTGTCTTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117776 CATATTTCAAAAATCAAAGAGGAATACAGTATATTGATTTGTCTTCTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGTGAAGATGTCGTTTCCCCAAATTGCTCCAATACAGTTCAAGAGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117826 AGTGAAGATGTCGTTTCCCCAAATTGCTCCAATACAGTTCAAGAGAAAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ATTCAACAAAGATACAGTGATTATAGT         TTCTGAGCCATCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 117876 ATTCAACAAAGATACAGTGATTATAGTGTA...TAGTTCTGAGCCATCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGATGAAGAGTCCCAAGGCCTTCCTACCATGGCACGTAGAAATGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125574 AAGATGAAGAGTCCCAAGGCCTTCCTACCATGGCACGTAGAAATGATGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTTCAGAACTGGAAGACCTTTCGGAATTGGAAGACCTTAAAGATGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125624 ATTTCAGAACTGGAAGACCTTTCGGAATTGGAAGACCTTAAAGATGCTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACTTCAGACTTTGAAGGAACTTTTTCCACAAAGAAGTGACAATGATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125674 ACTTCAGACTTTGAAGGAACTTTTTCCACAAAGAAGTGACAATGATTTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTAAG         TTGATTGAATCAACAAGCACTATGGATGGAGCAATT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125724 TTAAGGTT...TAGTTGATTGAATCAACAAGCACTATGGATGGAGCAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTGCTGCCTTGCTGATGTTTGGTGATGCAG         GTGGTGGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 128594 GCTGCTGCCTTGCTGATGTTTGGTGATGCAGGTA...AAGGTGGTGGGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGGAAAAGAAAATTATCTTCTTCTTCAGAGCCATATGAGGAAGATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132522 CAGGAAAAGAAAATTATCTTCTTCTTCAGAGCCATATGAGGAAGATGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTAATGATGATCAATCTATAAAAAAGACAAGACTGGATCAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 132572 TTAATGATGATCAATCTATAAAAAAGACAAGACTGGATCATGTA...TAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGAGAGGAATCAAATGAGTCTGCAGAATCTAGCAGTAATTGGGAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141260 GGAGAGGAATCAAATGAGTCTGCAGAATCTAGCAGTAATTGGGAAAAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGAAAGTATTGTACTGAAATTGCAAAAGGAATTTCCCAATTTTGATAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141310 GGAAAGTATTGTACTGAAATTGCAAAAGGAATTTCCCAATTTTGATAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AG         GAACTTAGAGAAGTACTCAAGGAACATGAATGGATGTAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141360 AGGTG...TAGGAACTTAGAGAAGTACTCAAGGAACATGAATGGATGTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACAGAAGCTTTAGAATCTCTAAAAGTGTTTGCAGAAGACCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 142397 ACAGAAGCTTTAGAATCTCTAAAAGTGTTTGCAGAAGACCAAGGTA...C

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890   ATATGCAATATGTATCACAAAGTGAGGTTCCAAATGGAAAAGAAGTTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144220 AGATATGCAATATGTATCACAAAGTGAGGTTCCAAATGGAAAAGAAGTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTTCAAGAAGTCAAAATTACCCTAAAAATGCAACTAAAACAAAACTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144270 CTTCAAGAAGTCAAAATTACCCTAAAAATGCAACTAAAACAAAACTAAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAGAAATTTTCAATGAAAGCACAAAATGGCTTTAACAAGAAACGTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144320 CAGAAATTTTCAATGAAAGCACAAAATGGCTTTAACAAGAAACGTAAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AAATGTTTTTAATCCAAAGAGAGTTGTTGAAGACTCTGAATATGATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144370 AAATGTTTTTAATCCAAAGAGAGTTGTTGAAGACTCTGAATATGATTCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GTTCTGATGTCGGTAGTTCACTAGATGAGGACTATAGTAGTGGTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144420 GTTCTGATGTCGGTAGTTCACTAGATGAGGACTATAGTAGTGGTGAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTGATGGAGGATGGCTATAAAGGTAAAATTCTTCACTTCCTTCAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144470 GTGATGGAGGATGGCTATAAAGGTAAAATTCTTCACTTCCTTCAAGATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TTCAATTGGTGAACTTACTTTGATTCCTCAGTGTTCTCAGAAAAAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144520 TTCAATTGGTGAACTTACTTTGATTCCTCAGTGTTCTCAGAAAAAGGCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGAAGATAACAGAACTCCGGCCCTTTAATAGTTGGGAGGCTCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 144570 AGAAGATAACAGAACTCCGGCCCTTTAATAGTTGGGAGGCTCTGGTA...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1282    TTCACAAAGATGTCCAAAACTAATGGCTTATCAGAAGATTTGATATG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156310 TAGTTCACAAAGATGTCCAAAACTAATGGCTTATCAGAAGATTTGATATG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCACTGTAAAACACTGATCCAAGAAAGAGATGTAGTTATAAGGCTTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156360 GCACTGTAAAACACTGATCCAAGAAAGAGATGTAGTTATAAGGCTTATGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ACAAATGTGAAGACATTTCAAATAAATTGACCAAACAAGTTACCATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156410 ACAAATGTGAAGACATTTCAAATAAATTGACCAAACAAGTTACCATGCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ACTGGAAATGGAGGTGGATGGAACATAGAACAACCTTCCATTCTAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156460 ACTGGAAATGGAGGTGGATGGAACATAGAACAACCTTCCATTCTAAACCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 AAG         TTTGTCACTCAAGCCCTATCAGAAGGTTGGTTTGAATT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156510 AAGGTA...CAGTTTGTCACTCAAGCCCTATCAGAAGGTTGGTTTGAATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GGCTGGCATTGGTACATAAACATGGACTTAATGGCATTTTGGCAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162372 GGCTGGCATTGGTACATAAACATGGACTTAATGGCATTTTGGCAGATGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ATG         GGCCTAGGAAAAACTATTCAAGCCATTGCATTTCTGGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162422 ATGGTA...TAGGGCCTAGGAAAAACTATTCAAGCCATTGCATTTCTGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 ATACCTCTATCAGGAGGGTAATAATGGTCCTCATTTGATCGTTGTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165261 ATACCTCTATCAGGAGGGTAATAATGGTCCTCATTTGATCGTTGTTCCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CTTCAACTATAG         ATAACTGGTTAAGGGAAGTTAATTTATGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 165311 CTTCAACTATAGGTT...TAGATAACTGGTTAAGGGAAGTTAATTTATGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TGCCCTACTTTGAAGGTCCTCTGTTACTATG         GTTCTCAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 166373 TGCCCTACTTTGAAGGTCCTCTGTTACTATGGTA...TAGGTTCTCAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AGAACGTAAACAAATTAGATTTAACATTCATAGTAGATATGAAGATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166506 AGAACGTAAACAAATTAGATTTAACATTCATAGTAGATATGAAGATTACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 ATGTAATTGTGACCAC         ATATAACTGTGCGATCAGCAGTTCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 166556 ATGTAATTGTGACCACGTA...CAGATATAACTGTGCGATCAGCAGTTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GATGACCGTAGTCTGTTTCGACGGCTGAAACTTAATTACGCAATTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167970 GATGACCGTAGTCTGTTTCGACGGCTGAAACTTAATTACGCAATTTTTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TGAGGGCCATATGCTGAAGAATATGGGCTCCATTCGCTACCAGCACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168020 TGAGGGCCATATGCTGAAGAATATGGGCTCCATTCGCTACCAGCACCTTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TGACAATTAAT         GCAAATAACCGTTTGCTGCTCACAGGCACA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 168070 TGACAATTAATGTA...CAGGCAAATAACCGTTTGCTGCTCACAGGCACA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CCTGTACAGAACAATCTGTTAGAACTCATGTCGCTGTTGAATTTTGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168658 CCTGTACAGAACAATCTGTTAGAACTCATGTCGCTGTTGAATTTTGTTAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GCCACACATGTTTAGTAGTAGCACCAGTGAAATACGAAGAATGTTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168708 GCCACACATGTTTAGTAGTAGCACCAGTGAAATACGAAGAATGTTTTCCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 CTAAGACA         AAATCAGCAGATGAGCAAAGCATATATGAAAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 168758 CTAAGACAGTA...CAGAAATCAGCAGATGAGCAAAGCATATATGAAAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 GAGAGAATAGCACATGCAAAACAAATTATAAAGCCATTTATTCTCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170061 GAGAGAATAGCACATGCAAAACAAATTATAAAGCCATTTATTCTCAGAAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 AGTAAAAGAAGAG         GTTCTCAAGCAGTTACCCCCCAAGAAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 170111 AGTAAAAGAAGAGGTA...CAGGTTCTCAAGCAGTTACCCCCCAAGAAAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 ATCGAATTGAGTTGTGTGCAATGTCGGAGAAGCAGGAGCAACTCTATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170250 ATCGAATTGAGTTGTGTGCAATGTCGGAGAAGCAGGAGCAACTCTATTTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 GGTCTTTTCAACAGATTGAAAAAATCTATCAATAACTTGG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 170300 GGTCTTTTCAACAGATTGAAAAAATCTATCAATAACTTGGGTA...GAGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 CACAGAAAAAAACACAGAAATGTGCAATGTCATGATGCAGTTGAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170530 CACAGAAAAAAACACAGAAATGTGCAATGTCATGATGCAGTTGAGGAAAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 TGGCCAATCATCCTTTATTACATCGCCAATATTACACAGCTGAAAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170580 TGGCCAATCATCCTTTATTACATCGCCAATATTACACAGCTGAAAAACTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 AAGGAAATGTCTCAGCTTATGCTAAAG         GAACCTACACATTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 170630 AAGGAAATGTCTCAGCTTATGCTAAAGGTA...AAGGAACCTACACATTG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 TGAGGCTAACCCTGACCTGATCTTTGAAGATATGGAAGTTATGACAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172212 TGAGGCTAACCCTGACCTGATCTTTGAAGATATGGAAGTTATGACAGACT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 TCGAACTACATGTACTTTGTAAACAGTACCGACACATTAATAACTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172262 TCGAACTACATGTACTTTGTAAACAGTACCGACACATTAATAACTTTCAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 TTAGACATGGACTTGATTTTAGATTCTGGAAAATTTCGAGTTTTAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172312 TTAGACATGGACTTGATTTTAGATTCTGGAAAATTTCGAGTTTTAGGATG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 CATCTTGTCTGAATTGAAACAGAAG         GGTGATAGAGTTGTGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 172362 CATCTTGTCTGAATTGAAACAGAAGGTA...CAGGGTGATAGAGTTGTGT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 TATTTAGCCAATTTACCATGATGCTGGATATCTTAGAGGTTCTATTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173094 TATTTAGCCAATTTACCATGATGCTGGATATCTTAGAGGTTCTATTAAAA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2680 CATCATCAGCATAGGTACCTCAGATTAGATGGAAAGACTCAGATTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173144 CATCATCAGCATAGGTACCTCAGATTAGATGGAAAGACTCAGATTTCTGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2730 AAG         GATTCATCTAATTGATGAGTTTAATACCGATATGGATA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173194 AAGGTT...CAGGATTCATCTAATTGATGAGTTTAATACCGATATGGATA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2771 TCTTTGTGTTTCTGCTATCAACAAAAGCTGGTGGATTAGGAATAAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174765 TCTTTGTGTTTCTGCTATCAACAAAAGCTGGTGGATTAGGAATAAATCTG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2821 ACTTCAGCAAATGTTGTTATACTTCACGATATTGACTGTAATCCTTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174815 ACTTCAGCAAATGTTGTTATACTTCACGATATTGACTGTAATCCTTATAA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2871 TGACAAACAAGCAGAAGATAGATGCCATAGAGTAGGCCAGACTAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 174865 TGACAAACAAGCAGAAGATAGATGCCATAGAGTAGGCCAGACTAAGTA..

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2916     AGAAGTACTAGTTATAAAACTAATAAGCCAAGGGACGATTGAAGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174915 .TAGAGAAGTACTAGTTATAAAACTAATAAGCCAAGGGACGATTGAAGAA

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2962 TCCATGCTAAAAATTAACCAACAGAAATTGAAACTAGAACAGGATATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176612 TCCATGCTAAAAATTAACCAACAGAAATTGAAACTAGAACAGGATATGAC

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3012 TACAGTAGATGAAG         GTGATGAAGGGAGTATGCCAGCAGATA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 176662 TACAGTAGATGAAGGTG...CAGGTGATGAAGGGAGTATGCCAGCAGATA

   3250     .    :    .    :    .    :
   3053 TAGCCACATTACTAAAAACATCAATGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 181106 TAGCCACATTACTAAAAACATCAATGGGCCTG