seq1 = pF1KA1097.tfa, 2733 bp
seq2 = pF1KA1097/gi568815597r_77597320.tfa (gi568815597r:77597320_77841697), 244378 bp

>pF1KA1097 2733
>gi568815597r:77597320_77841697 (Chr1)

(complement)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-135  (100269-100322)   100% ->
136-198  (100759-100821)   100% ->
199-351  (102281-102433)   100% ->
352-454  (105540-105642)   100% ->
455-524  (107282-107351)   100% ->
525-638  (110967-111080)   99% ->
639-717  (111760-111838)   100% ->
718-1135  (112986-113403)   100% ->
1136-1276  (115936-116076)   100% ->
1277-1389  (118255-118367)   100% ->
1390-1562  (119502-119674)   100% ->
1563-1657  (119773-119867)   100% ->
1658-1691  (120493-120526)   100% ->
1692-1737  (123057-123102)   100% ->
1738-1918  (123651-123831)   100% ->
1919-2045  (125830-125956)   100% ->
2046-2215  (126915-127084)   100% ->
2216-2297  (128417-128498)   100% ->
2298-2406  (129843-129951)   100% ->
2407-2509  (140227-140329)   100% ->
2510-2578  (143767-143835)   100% ->
2579-2733  (144224-144378)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGCTTTTCGAAATCATTGTCCACATTTGGATTCAGTTGGTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGCTTTTCGAAATCATTGTCCACATTTGGATTCAGTTGGTGAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACAAAAGAAGATTTGATACAAAAATCCCTT         GGTACTTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 AACAAAAGAAGATTTGATACAAAAATCCCTTGTA...TAGGGTACTTGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGATTGTAAAGTCCAAGGACCAAATCTTTGGGCATGTCTGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100279 AGGATTGTAAAGTCCAAGGACCAAATCTTTGGGCATGTCTGGAGGTG...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    136    AATAGATGTTCATATGTTGGCTGTGGTGAATCACAAGTAGATCACAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100756 TAGAATAGATGTTCATATGTTGGCTGTGGTGAATCACAAGTAGATCACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CACCATACATTCTCAG         GAGACAAAGCATTATCTAACTGTGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100806 CACCATACATTCTCAGGTA...TAGGAGACAAAGCATTATCTAACTGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ACCTTACCACTCTTCGAGTATGGTGTTATGCTTGCAGCAAAGAAGTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102306 ACCTTACCACTCTTCGAGTATGGTGTTATGCTTGCAGCAAAGAAGTATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTGGATAGGAAATTAGGAACTCAGCCTTCATTGCCTCATGTAAGACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102356 TTGGATAGGAAATTAGGAACTCAGCCTTCATTGCCTCATGTAAGACAACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCACCAAATACAAGAAAACAGTGTCCAG         GATTTTAAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102406 TCACCAAATACAAGAAAACAGTGTCCAGGTA...AAGGATTTTAAAATAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCAGTAATACAACATTAAAAACTCCTCTGGTTGCCGTATTTGATGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105553 CCAGTAATACAACATTAAAAACTCCTCTGGTTGCCGTATTTGATGATCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATATAGAAGCGGATGAAGAAGATGAACTTAGGGCCAGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105603 GATATAGAAGCGGATGAAGAAGATGAACTTAGGGCCAGAGGTA...TAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCTTACAGGTTTGAAAAATATTGGAAATACTTGTTACATGAATGCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107283 TCTTACAGGTTTGAAAAATATTGGAAATACTTGTTACATGAATGCAGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCAGGCTCTTTCTAATTG         CCCACCTTTGACACAGTTTTTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107333 TGCAGGCTCTTTCTAATTGGTA...TAGCCCACCTTTGACACAGTTTTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTTGATTGTGGAGGACTAGCTCGAACAGATAAGAAACCTGCCATTTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110989 CTTGATTGTGGAGGACTAGCTCGAACAGATAAGAAACCTGCCATTTGTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAGTTATCTCAAACTAATGACAGAGCTGTGGTATAAAAGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||>>>...>>
 111039 AAGTTATCTCAAACTAATGACAGAGCTGTGGCATAAAAGCAGGTA...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    639  GCCAGGATCTGTTGTGCCTACTACTCTGTTTCAAGGAATTAAAACTGTA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111759 GGCCAGGATCTGTTGTGCCTACTACTCTGTTTCAAGGAATTAAAACTGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AATCCAACATTTCGGGGGTATTCTCAGCAG         GATGCTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111809 AATCCAACATTTCGGGGGTATTCTCAGCAGGTT...TAGGATGCTCAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 ATTCCTTCGATGTTTAATGGATTTGCTTCATGAAGAATTGAAAGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112997 ATTCCTTCGATGTTTAATGGATTTGCTTCATGAAGAATTGAAAGAGCAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TCATGGAAGTAGAAGAAGATCCGCAAACCATAACCACTGAGGAGACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113047 TCATGGAAGTAGAAGAAGATCCGCAAACCATAACCACTGAGGAGACAATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAAGAAGACAAGAGCCAGTCGGATGTAGATTTTCAGTCTTGTGAATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113097 GAAGAAGACAAGAGCCAGTCGGATGTAGATTTTCAGTCTTGTGAATCTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TAGCAACAGTGATAGAGCAGAAAATGAAAATGGCTCTAGATGCTTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113147 TAGCAACAGTGATAGAGCAGAAAATGAAAATGGCTCTAGATGCTTTTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAGATAATAATGAAACAACAATGTTAATTCAGGATGATGAAAACAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113197 AAGATAATAATGAAACAACAATGTTAATTCAGGATGATGAAAACAATTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAAATGTCAAAGGATTGGCAAAAAGAGAAGATGTGCAATAAGATTAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113247 GAAATGTCAAAGGATTGGCAAAAAGAGAAGATGTGCAATAAGATTAATAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGTAAATTCTGAAGGCGAATTTGATAAAGATAGAGACTCTATATCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113297 AGTAAATTCTGAAGGCGAATTTGATAAAGATAGAGACTCTATATCTGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CAGTCGACTTAAACAACCAGGAAACTGTCAAAGTGCAAATACACAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113347 CAGTCGACTTAAACAACCAGGAAACTGTCAAAGTGCAAATACACAGCAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCTTCAG         AATATATCACTGATGTCCATTCGAATGACCTGTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113397 GCTTCAGGTG...CAGAATATATCACTGATGTCCATTCGAATGACCTGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TACACCACAGATCCTTCCATCAAATGAAGGTGTTAATCCACGTTTATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115970 TACACCACAGATCCTTCCATCAAATGAAGGTGTTAATCCACGTTTATCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CAAGCCCTCCTAAATCAGGCAATTTGTGGCCAGGATTGGCACCACCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116020 CAAGCCCTCCTAAATCAGGCAATTTGTGGCCAGGATTGGCACCACCACAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAAAAAG         CTCAGTCTGCATCTCCAAAGAGAAAAAAACAGCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116070 AAAAAAGGTA...TAGCTCAGTCTGCATCTCCAAAGAGAAAAAAACAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAAGAAATACAGAAGTGTTATTTCAGACATATTTGATGGAACAATCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118289 CAAGAAATACAGAAGTGTTATTTCAGACATATTTGATGGAACAATCATTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GTTCAGTGCAGTGTCTGACTTGTGACAGG         GTGTCTGTAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 118339 GTTCAGTGCAGTGTCTGACTTGTGACAGGGTG...TAGGTGTCTGTAACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CTCGAGACCTTTCAAGATCTGTCCTTGCCAATTCCTGGCAAGGAAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119514 CTCGAGACCTTTCAAGATCTGTCCTTGCCAATTCCTGGCAAGGAAGACCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGCTAAGCTGCATTCATCAAGTCATCCAACTTCTATAGTCAAAGCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119564 TGCTAAGCTGCATTCATCAAGTCATCCAACTTCTATAGTCAAAGCAGGAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CATGTGGCGAAGCATATGCTCCACAAGGGTGGATAGCTTTTTTCATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119614 CATGTGGCGAAGCATATGCTCCACAAGGGTGGATAGCTTTTTTCATGGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TATGTGAAGAG         GTTTGTTGTCTCATGTGTCCCTAGCTGGTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 119664 TATGTGAAGAGGTA...CAGGTTTGTTGTCTCATGTGTCCCTAGCTGGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TTGGGGTCCAGTAGTAACCTTGCAAGATTGTCTTGCTGCCTTCTTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119803 TTGGGGTCCAGTAGTAACCTTGCAAGATTGTCTTGCTGCCTTCTTTGCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GAGATGAACTAAAAG         GTGACAATATGTACAGTTGTGAAAAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 119853 GAGATGAACTAAAAGGTA...CAGGTGACAATATGTACAGTTGTGAAAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TGCAAAAA         GTTGAGAAATGGAGTGAAGTTTTGTAAAGTACA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 120519 TGCAAAAAGTA...TAGGTTGAGAAATGGAGTGAAGTTTTGTAAAGTACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AAACTTTCCTGAG         ATTTTGTGCATCCACCTTAAAAGATTCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 123090 AAACTTTCCTGAGGTA...TAGATTTTGTGCATCCACCTTAAAAGATTCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 GACATGAACTAATGTTTTCCACCAAAATCAGTACCCATGTTTCATTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123679 GACATGAACTAATGTTTTCCACCAAAATCAGTACCCATGTTTCATTTCCG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CTAGAAGGCTTGGATCTTCAGCCATTTCTTGCTAAGGATAGTCCAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123729 CTAGAAGGCTTGGATCTTCAGCCATTTCTTGCTAAGGATAGTCCAGCTCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 AATTGTGACATATGATCTTCTGTCAGTCATTTGCCATCATGGAACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123779 AATTGTGACATATGATCTTCTGTCAGTCATTTGCCATCATGGAACTGCAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 GTA         GTGGACACTATATAGCCTACTGCCGAAACAATCTAAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123829 GTAGTA...CAGGTGGACACTATATAGCCTACTGCCGAAACAATCTAAAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 AATCTCTGGTATGAATTTGATGATCAGAGTGTCACTGAAGTTTCAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125868 AATCTCTGGTATGAATTTGATGATCAGAGTGTCACTGAAGTTTCAGAATC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 TACTGTACAAAATGCAGAAGCTTACGTTCTTTTCTATAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 125918 TACTGTACAAAATGCAGAAGCTTACGTTCTTTTCTATAGGTA...TAGGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 AGAGCAGCGAAGAGGCACAAAAAGAGAGGAGAAGGATATCAAATTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126917 AGAGCAGCGAAGAGGCACAAAAAGAGAGGAGAAGGATATCAAATTTATTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 AACATAATGGAACCAAGCCTCCTTCAGTTTTATATTTCTCGACAGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126967 AACATAATGGAACCAAGCCTCCTTCAGTTTTATATTTCTCGACAGTGGCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 TAATAAATTTAAGACCTTTGCCGAACCTGGCCCTATTTCAAATAATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127017 TAATAAATTTAAGACCTTTGCCGAACCTGGCCCTATTTCAAATAATGACT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TTCTTTGTATTCATGGAG         GTGTTCCTCCAAGAAAAGCTGGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 127067 TTCTTTGTATTCATGGAGGTA...TAGGTGTTCCTCCAAGAAAAGCTGGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 TATATTGAAGACCTGGTTTTGATGCTGCCTCAGAACATTTGGGATAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128440 TATATTGAAGACCTGGTTTTGATGCTGCCTCAGAACATTTGGGATAACCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 ATATAGCAG         GTATGGTGGAGGACCAGCTGTCAACCATCTGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 128490 ATATAGCAGGTT...TAGGTATGGTGGAGGACCAGCTGTCAACCATCTGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 ACATTTGTCATACTTGCCAAATTGAGGCGGAGAAAATTGAAAAAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129875 ACATTTGTCATACTTGCCAAATTGAGGCGGAGAAAATTGAAAAAAGAAGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 AAAACTGAATTGGAAATTTTTATTCGG         CTTAACAGAGCGTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 129925 AAAACTGAATTGGAAATTTTTATTCGGGTA...TAGCTTAACAGAGCGTT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 CCAAAAAGAGGACTCTCCAGCTACTTTTTATTGCATCAGTATGCAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140241 CCAAAAAGAGGACTCTCCAGCTACTTTTTATTGCATCAGTATGCAGTGGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 TTAGAGAATGGGAAAGTTTTGTGAAGGGTAAAGATGGAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 140291 TTAGAGAATGGGAAAGTTTTGTGAAGGGTAAAGATGGAGGTA...TAGAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 CCTCCAGGTCCTATTGACAATACTAAGATTGCAGTCACTAAATGTGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143769 CCTCCAGGTCCTATTGACAATACTAAGATTGCAGTCACTAAATGTGGTAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 TGTGATGCTTAGGCAAG         GAGCAGATTCTGGCCAGATTTCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 143819 TGTGATGCTTAGGCAAGGTA...AAGGAGCAGATTCTGGCCAGATTTCTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2603 AAGAAACATGGAATTTTCTGCAGTCTATTTATGGTGGAGGGCCTGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144248 AAGAAACATGGAATTTTCTGCAGTCTATTTATGGTGGAGGGCCTGAAGTT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2653 ATCCTGCGACCTCCGGTTGTTCATGTTGATCCAGATATACTTCAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144298 ATCCTGCGACCTCCGGTTGTTCATGTTGATCCAGATATACTTCAAGCAGA

   2900     .    :    .    :    .    :
   2703 AGAAAAAATTGAAGTAGAAACTCGGTCTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 144348 AGAAAAAATTGAAGTAGAAACTCGGTCTTTG