seq1 = pF1KA1080.tfa, 1839 bp
seq2 = pF1KA1080/gi568815582r_23367593.tfa (gi568815582r:23367593_23610411), 242819 bp

>pF1KA1080 1839
>gi568815582r:23367593_23610411 (Chr16)

(complement)

1-91  (100001-100091)   98% ->
92-176  (114634-114718)   100% ->
177-252  (116034-116109)   100% ->
253-351  (116954-117052)   100% ->
352-475  (118612-118735)   100% ->
476-579  (121703-121806)   100% ->
580-660  (123622-123702)   100% ->
661-798  (124260-124397)   100% ->
799-880  (127408-127489)   100% ->
881-1006  (129642-129767)   100% ->
1007-1129  (130525-130647)   100% ->
1130-1158  (131501-131529)   100% ->
1159-1292  (131911-132044)   99% ->
1293-1450  (135351-135508)   100% ->
1451-1620  (140247-140416)   100% ->
1621-1731  (141416-141526)   100% ->
1732-1839  (142712-142819)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGACCGCGGTGGCGGCGGCTGTGGCGGGAACCGAGTCGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGACCGCGGTGGCGGCGGCTGTGGCGGGAACCGAGTCGGCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTCCCCCGGGCCCGGCAGCGTCGCTGGAGCTGTGGCTGA         
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |>>>...>>>
 100051 GGGTCCCCCGGGCCCGGCAGCGTCGCTGGAGCTGTGGCTCAGTG...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAAAGCCACAGACCCAAGCATGTCGGAACAGGATTGGTCAGCTATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114634 ACAAAGCCACAGACCCAAGCATGTCGGAACAGGATTGGTCAGCTATCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATTTCTGTGAGCAGGTGAACACTGACCCCAATGG         CCCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114684 AATTTCTGTGAGCAGGTGAACACTGACCCCAATGGGTA...TAGCCCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACATGCGCCCTGGCTACTGGCCCACAAGATCCAGTCTCCGCAAGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116040 ACATGCGCCCTGGCTACTGGCCCACAAGATCCAGTCTCCGCAAGAGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGCTCTTTATGCCTTAACG         GTGCTGGAGATGTGCATGAAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 116090 AAGCTCTTTATGCCTTAACGGTG...CAGGTGCTGGAGATGTGCATGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CACTGTGGGGAGAAGTTCCACAGCGAGGTGGCCAAATTTCGTTTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116975 CACTGTGGGGAGAAGTTCCACAGCGAGGTGGCCAAATTTCGTTTCCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGAACTGATCAAAGTGTTGTCCCCAAAG         TACCTGGGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 117025 CGAACTGATCAAAGTGTTGTCCCCAAAGGTG...CAGTACCTGGGGTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGGCCACAGGAAAAGTTAAAGGAAGAGTCATTGAAATACTCTTCAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118625 GGGCCACAGGAAAAGTTAAAGGAAGAGTCATTGAAATACTCTTCAGTTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACAGTCTGGTTTCCGGAAGACATCAAGATTCGAGACGCTTATCAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118675 ACAGTCTGGTTTCCGGAAGACATCAAGATTCGAGACGCTTATCAGATGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAGAAACAAG         GAATTATAAAACAAGACCCTAAACTACCAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118725 GAAGAAACAAGGTC...TAGGAATTATAAAACAAGACCCTAAACTACCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGATAAAATCTTACCCCCACCATCTCCCTGGCCCAAGAGCTCCATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121733 TGGATAAAATCTTACCCCCACCATCTCCCTGGCCCAAGAGCTCCATCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATGCTGATGAAGAAAAGTCCAAG         CTTCTGACAAGGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 121783 GATGCTGATGAAGAAAAGTCCAAGGTA...CAGCTTCTGACAAGGCTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAAGAGCAACCACCCCGAGGACCTTCAGGCTGCAAACCGGTTAATCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123639 AAAGAGCAACCACCCCGAGGACCTTCAGGCTGCAAACCGGTTAATCAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATTTGGTCAAGGAG         GAACAAGAAAAATCGGAGAAGGTGTCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 123689 ATTTGGTCAAGGAGGTG...AAGGAACAAGAAAAATCGGAGAAGGTGTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAGAGGGTCAGTGCGGTGGAGGAAGTGCGAAGCCATGTGAAGGTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124287 AAGAGGGTCAGTGCGGTGGAGGAAGTGCGAAGCCATGTGAAGGTGCTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGAGATGCTGAGCATGTACCGCAGGCCAGGGCAGGCCCCGCCCGACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124337 GGAGATGCTGAGCATGTACCGCAGGCCAGGGCAGGCCCCGCCCGACCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGGCCCTGCAG         GTCGTGTATGAGAGGTGTGAAAAGCTGCGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 124387 AGGCCCTGCAGGTA...CAGGTCGTGTATGAGAGGTGTGAAAAGCTGCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCCACGCTGTTCCGGTTGGCGAGTGACACCACTGATGACGATGATGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127438 CCCACGCTGTTCCGGTTGGCGAGTGACACCACTGATGACGATGATGCACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CG         CGGAAATTCTCCAGGCAAATGACCTCCTCACCCAAGGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127488 CGGTA...CAGCGGAAATTCTCCAGGCAAATGACCTCCTCACCCAAGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TTCTGCTGTACAAACAGGTGATGGAGGGCCGGGTCACCTTTGGAAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129681 TTCTGCTGTACAAACAGGTGATGGAGGGCCGGGTCACCTTTGGAAACAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GTGACCAGCTCATTGGGAGACATCCCTGTCTCCAGAG         TCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 129731 GTGACCAGCTCATTGGGAGACATCCCTGTCTCCAGAGGTA...TAGTCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TCAGAATCCAGCAGGCTGCATGAAGACCTGCCCCCTGATTGACTTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130529 TCAGAATCCAGCAGGCTGCATGAAGACCTGCCCCCTGATTGACTTGGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGGACAATGGACCTGCGCAGATGGGGACTGTGGTGCCATCTTTGCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130579 TGGACAATGGACCTGCGCAGATGGGGACTGTGGTGCCATCTTTGCTTCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CAGGACCTGGCAGCCTTGG         GAATCAGTGATGCTCCTGTTAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 130629 CAGGACCTGGCAGCCTTGGGTG...CAGGAATCAGTGATGCTCCTGTTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AGGCATG         GTTTCTGGTCAGAATTGCTGTGAGGAAAAGAGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131523 AGGCATGGTA...CAGGTTTCTGGTCAGAATTGCTGTGAGGAAAAGAGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 ATCCCTCCTCCAGCACGCTGCCAGGCGGTGGTGTTCAGAACCCTTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131945 ATCCCTCCTCCAGCACGCTGCCAGGCGGTGGTGTTCAGAACCCTTCTGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GACAGGAATTTGCTGGACCTCCTCTCACCACAGCCAGCTCCGTGCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 131995 GACAGGAATTTGCTGGACCTCCTCTCAGCACAGCCAGCTCCGTGCCCTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293          GAATTATGTTTCGCAGAAAAGTGTCCCCAAGGAAGTGCCAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132045 GTG...TAGGAATTATGTTTCGCAGAAAAGTGTCCCCAAGGAAGTGCCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CAGGTACTAAGTCCTCTCCAGGTTGGTCCTGGGAGGCTGGCCCGTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135392 CAGGTACTAAGTCCTCTCCAGGTTGGTCCTGGGAGGCTGGCCCGTTGGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CCTTCCCCATCTTCACAGAATACACCTCTGGCTCAAGTGTTTGTCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135442 CCTTCCCCATCTTCACAGAATACACCTCTGGCTCAAGTGTTTGTCCCTTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GGAGTCTGTTAAGCCCA         GCAGCCTGCCGCCTCTCATTGTGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 135492 GGAGTCTGTTAAGCCCAGTA...CAGGCAGCCTGCCGCCTCTCATTGTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 ATGACCGGAATGGATTCAGAATTCTGCTCCACTTCTCCCAGACGGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140271 ATGACCGGAATGGATTCAGAATTCTGCTCCACTTCTCCCAGACGGGAGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CCTGGGCACCCAGAGGTACAGGTGCTGCTCTTGACCATGATGAGCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140321 CCTGGGCACCCAGAGGTACAGGTGCTGCTCTTGACCATGATGAGCACGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TCCCCAGCCTGTCTGGGATATCATGTTTCAAGTGGCTGTGCCAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 140371 TCCCCAGCCTGTCTGGGATATCATGTTTCAAGTGGCTGTGCCAAAGGTG.

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1621      TCAATGAGAGTGAAGCTGCAGCCGGCATCCAGCTCCAAGCTTCCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140421 ..TAGTCAATGAGAGTGAAGCTGCAGCCGGCATCCAGCTCCAAGCTTCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GCATTCAGTCCTTTGATGCCTCCAGCTGTGATATCTCAGATGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141461 GCATTCAGTCCTTTGATGCCTCCAGCTGTGATATCTCAGATGCTGCTGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TGACAATCCACACAAA         GAACCTATCCGCTTACGGTACAAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 141511 TGACAATCCACACAAAGTA...CAGGAACCTATCCGCTTACGGTACAAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 TGACATTCAACCAAGGTGGACAGCCTTTCAGCGAAGTAGGAGAAGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142737 TGACATTCAACCAAGGTGGACAGCCTTTCAGCGAAGTAGGAGAAGTGAAA

   1950     .    :    .    :    .    :
   1807 GACTTCCCAGACCTGGCTGTCTTGGGCGCAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 142787 GACTTCCCAGACCTGGCTGTCTTGGGCGCAGCC