seq1 = pF1KA1042.tfa, 2859 bp
seq2 = pF1KA1042/gi568815595f_41991470.tfa (gi568815595f:41991470_42323734), 332265 bp

>pF1KA1042 2859
>gi568815595f:41991470_42323734 (Chr3)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-286  (133951-134145)   100% ->
287-363  (185345-185421)   100% ->
364-480  (193216-193332)   100% ->
481-581  (196576-196676)   100% ->
582-690  (197547-197655)   100% ->
691-769  (200089-200167)   100% ->
770-900  (201606-201736)   100% ->
901-975  (202355-202429)   100% ->
976-1113  (203335-203472)   99% ->
1114-1190  (207708-207784)   100% ->
1191-1427  (209349-209585)   100% ->
1428-1744  (210967-211283)   100% ->
1745-1963  (218298-218516)   99% ->
1964-2066  (228025-228127)   100% ->
2067-2859  (231473-232265)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATTGGTTTTTCAATTCGGGCAGCCCGTCAGGGCTCAGCCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCATTGGTTTTTCAATTCGGGCAGCCCGTCAGGGCTCAGCCTCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGACTCTGCCACGGCAAGCTCATTCGGACAAACGCCTGTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 AGGACTCTGCCACGGCAAGCTCATTCGGACAAACGCCTGTGGTA...TAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGTGTGCAACAGCACCGATCTTCCGGAAGTCGAGATCATTAGCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133951 ATGTGTGCAACAGCACCGATCTTCCGGAAGTCGAGATCATTAGCCTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGAGCAGCTGCCCCATTATAAGTTAAGAGCCGACACCATCTACGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134001 GAGGAGCAGCTGCCCCATTATAAGTTAAGAGCCGACACCATCTACGGTTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGACCACGACGACTGGCTCCATACACCTCTCATTTCTCCAGATGCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134051 TGACCACGACGACTGGCTCCATACACCTCTCATTTCTCCAGATGCCAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGACCTCACAACCGAGCAAATTGAAGAGACGTTAAAATACTTCC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 134101 TTGACCTCACAACCGAGCAAATTGAAGAGACGTTAAAATACTTCCGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287     TTTTATGTGCTGAAAGAGTTGGCCAGATGACTAAGACATATAATGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134151 .CAGTTTTATGTGCTGAAAGAGTTGGCCAGATGACTAAGACATATAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATAGATGCTGTCACTCGGCTTCTTGAGGAG         AAAGAGCGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 185391 CATAGATGCTGTCACTCGGCTTCTTGAGGAGGTA...TAGAAAGAGCGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATTTAGAATTGGCCGCTCGCATCGGCCAGTCGTTGTTGAAGAAGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193226 ATTTAGAATTGGCCGCTCGCATCGGCCAGTCGTTGTTGAAGAAGAACAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCCTAACCGAGAGGAACGAGCTGCTGGAGGAGCAGGTGGAACACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193276 ACCCTAACCGAGAGGAACGAGCTGCTGGAGGAGCAGGTGGAACACATCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGGAG         GTGTCTCAGCTCCGGCATGAGCTGTCCATGAAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193326 GGAGGAGGTA...CAGGTGTCTCAGCTCCGGCATGAGCTGTCCATGAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGAGCTGCTTCAGTTCTACACCAGCGCTGCGGAGGAGAGTGAGCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196610 ATGAGCTGCTTCAGTTCTACACCAGCGCTGCGGAGGAGAGTGAGCCCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCCGTTTGCTCAACCCC         GTTGAAGAGGAATGAGTCGTCCTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 196660 TCCGTTTGCTCAACCCCGTA...CAGGTTGAAGAGGAATGAGTCGTCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTCAGTCCAGAATTACTTTCATTTGGATTCTCTTCAAAAGAAGCTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197571 CTCAGTCCAGAATTACTTTCATTTGGATTCTCTTCAAAAGAAGCTGAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCTTGAAGAGGAGAATGTTGTACTTCGATCCGAG         GCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 197621 ACCTTGAAGAGGAGAATGTTGTACTTCGATCCGAGGTG...CAGGCCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGCTGAAGACAGAGACCATCACCTATGAGGAGAAGGAGCAGCAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200095 CAGCTGAAGACAGAGACCATCACCTATGAGGAGAAGGAGCAGCAGCTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAATGACTGCGTGAAGGAGCTGA         GGGATGCCAATGTCCAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 200145 CAATGACTGCGTGAAGGAGCTGAGTA...AAGGGGATGCCAATGTCCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGCTAGTATCTCAGAGGAACTGGCCAAGAAGACGGAAGATGCTGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201624 TTGCTAGTATCTCAGAGGAACTGGCCAAGAAGACGGAAGATGCTGCCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGCAAGAGGAGATCACACACCTGCTATCGCAAATAGTTGATTTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201674 CAGCAAGAGGAGATCACACACCTGCTATCGCAAATAGTTGATTTGCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAAGGCAAAAGCT         TGCGCAGTGGAAAATGAAGAACTTGTCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 201724 AAAGGCAAAAGCTGTA...TAGTGCGCAGTGGAAAATGAAGAACTTGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGCATCTGGGGGCTGCTAAGGATGCCCAGCGGCAGCTCACAGCCGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 202383 AGCATCTGGGGGCTGCTAAGGATGCCCAGCGGCAGCTCACAGCCGAGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    976       CTGCGTGAGCTGGAGGACAAGTACGCAGAGTGCATGGAGATGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202433 ...CAGCTGCGTGAGCTGGAGGACAAGTACGCAGAGTGCATGGAGATGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCATGAGGCGCAGGAGGAGCTGAAGAACCTCCGGAACAAAACCATGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203379 GCATGAGGCGCAGGAGGAGCTGAAGAACCTCCGGAACAAAACCATGCCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATACCACGTCTCGGCGCTACCACTCGCTGGGCCTGTTTCCCATG      
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||>>>...
 203429 ATACCACGTCTCGGCGCTACCACTCACTGGGCCTGTTTCCCATGGTG...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1114    GATTCCTTGGCAGCAGAGATTGAGGGAACGATGCGCAAGGAGCTGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207705 CAGGATTCCTTGGCAGCAGAGATTGAGGGAACGATGCGCAAGGAGCTGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GTTGGAAGAGGCCGAGTCTCCAGACATCAC         TCACCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 207755 GTTGGAAGAGGCCGAGTCTCCAGACATCACGTA...TAGTCACCAGAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GTGTCTTTGAGACAGTAAGAAACATCAACCAGGTTGTCAAGCAGAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209360 GTGTCTTTGAGACAGTAAGAAACATCAACCAGGTTGTCAAGCAGAGATCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CTGACCCCTTCTCCCATGAACATCCCCGGCTCCAACCAGTCCTCGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209410 CTGACCCCTTCTCCCATGAACATCCCCGGCTCCAACCAGTCCTCGGCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GAACTCCCTCCTGTCCAGCTGCGTCAGCACCCCCCGGTCCAGCTTCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209460 GAACTCCCTCCTGTCCAGCTGCGTCAGCACCCCCCGGTCCAGCTTCTACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GCAGCGACATAGGCAACGTCGTCCTCGACAACAAGACCAACAGCATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209510 GCAGCGACATAGGCAACGTCGTCCTCGACAACAAGACCAACAGCATCATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CTGGAAACAGAGGCAGCCGACCTGGG         AAACGATGAGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 209560 CTGGAAACAGAGGCAGCCGACCTGGGGTG...CAGAAACGATGAGCGGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TAAGAAGCCGGGGACGCCGGGCACCCCAGGCTCCCACGACCTGGAGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210982 TAAGAAGCCGGGGACGCCGGGCACCCCAGGCTCCCACGACCTGGAGACGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CGCTGAGGCGGCTGTCCCTGCGCCGGGAGAACTACCTCTCGGAGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211032 CGCTGAGGCGGCTGTCCCTGCGCCGGGAGAACTACCTCTCGGAGAGGAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TTCTTTGAGGAGGAGCAAGAGAGGAAGCTCCAGGAGCTGGCGGAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211082 TTCTTTGAGGAGGAGCAAGAGAGGAAGCTCCAGGAGCTGGCGGAGAAGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CGAGCTGCGCAGCGGCTCCCTCACACCCACTGAGAGCATCATGTCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211132 CGAGCTGCGCAGCGGCTCCCTCACACCCACTGAGAGCATCATGTCCCTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GCACGCACTCCCGCTTCTCCGAGTTCACCGGCTTCTCTGGCATGTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211182 GCACGCACTCCCGCTTCTCCGAGTTCACCGGCTTCTCTGGCATGTCCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AGCAGCCGCTCCTACCTGCCTGAGAAGCTCCAGATCGTGAAGCCGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211232 AGCAGCCGCTCCTACCTGCCTGAGAAGCTCCAGATCGTGAAGCCGCTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AG         GTTCTGCCACACTTCACCACTGGCAGCAGTTGGCCCAAC
        ||>>>...>>>|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211282 AGGTG...AAGGTTCCGCCACACTTCACCACTGGCAGCAGTTGGCCCAAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CTCACCTTGGGGGCATCCTGGACCCCCGGCCTGGTGTGGTCACCAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 218337 CTCACCTTGGGGGCATCCTGGACCCCCGGCCCGGTGTGGTCACCAAGGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 TTCCGGACGCTGGATGTTGACCTGGACGAAGTGTACTGCCTTAACGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218387 TTCCGGACGCTGGATGTTGACCTGGACGAAGTGTACTGCCTTAACGACTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TGAAGAAGATGACACAGGTGACCACATTTCTCTCCCACGCCTAGCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218437 TGAAGAAGATGACACAGGTGACCACATTTCTCTCCCACGCCTAGCTACCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CCACTCCAGTTCAGCACCCAGAGACCTCAG         CGCACCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 218487 CCACTCCAGTTCAGCACCCAGAGACCTCAGGTG...TAGCGCACCATCCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GGGAAGTGCATGTCTCAGACCAACTCCACCTTCACCTTCACCACCTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228036 GGGAAGTGCATGTCTCAGACCAACTCCACCTTCACCTTCACCACCTGTCG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 CATCCTGCATCCTTCAGATGAGCTCACTCGGGTCACACCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 228086 CATCCTGCATCCTTCAGATGAGCTCACTCGGGTCACACCAAGGTA...CA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2067  CCTTAACTCAGCCCCAACTCCAGCTTGTGGCAGCACCAGCCACTTGAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231472 GCCTTAACTCAGCCCCAACTCCAGCTTGTGGCAGCACCAGCCACTTGAAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 TCCACGCCGGTGGCCACACCATGCACTCCACGGAGACTGAGCCTGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231522 TCCACGCCGGTGGCCACACCATGCACTCCACGGAGACTGAGCCTGGCTGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 GTCCTTCACTAACACCCGTGAGTCCACGACCACCATGAGCACATCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231572 GTCCTTCACTAACACCCGTGAGTCCACGACCACCATGAGCACATCCCTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 GGCTCGTGTGGCTGTTGAAGGAGCGGGGCATTTCTGCTGCCGTGTACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231622 GGCTCGTGTGGCTGTTGAAGGAGCGGGGCATTTCTGCTGCCGTGTACGAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 CCCCAGAGCTGGGACAGGGCCGGCCGGGGCTCCCTCCTGCACTCCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231672 CCCCAGAGCTGGGACAGGGCCGGCCGGGGCTCCCTCCTGCACTCCTACAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 GCCCAAGATGGCTGTGATCCCCTCTACTCCGCCGAACTCGCCTATGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231722 GCCCAAGATGGCTGTGATCCCCTCTACTCCGCCGAACTCGCCTATGCAGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 CACCCACATCCTCCCCACCCTCCTTTGAGTTCAAGTGCACGAGCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231772 CACCCACATCCTCCCCACCCTCCTTTGAGTTCAAGTGCACGAGCCCTCCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 TACGACAATTTCCTGGCTTCCAAGCCAGCCAGCTCCATCCTGAGGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231822 TACGACAATTTCCTGGCTTCCAAGCCAGCCAGCTCCATCCTGAGGGAAGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 GAGAGAAAAGAACGTCCGCAGCAGCGAGAGCCAGACCGACGTGTCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231872 GAGAGAAAAGAACGTCCGCAGCAGCGAGAGCCAGACCGACGTGTCCGTCT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 CCAACCTCAACCTCGTGGACAAAGTCAGGAGGTTTGGGGTGGCCAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231922 CCAACCTCAACCTCGTGGACAAAGTCAGGAGGTTTGGGGTGGCCAAAGTG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 GTGAACTCAGGGCGAGCCCATGTCCCCACCTTGACTGAGGAGCAGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231972 GTGAACTCAGGGCGAGCCCATGTCCCCACCTTGACTGAGGAGCAGGGACC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2616 CCTCCTCTGTGGGCCCCCGGGGCCAGCACCAGCCCTTGTTCCCAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232022 CCTCCTCTGTGGGCCCCCGGGGCCAGCACCAGCCCTTGTTCCCAGAGGCC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2666 TGGTACCTGAGGGCCTGCCCCTCAGATGCCCCACTGTCACCAGTGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232072 TGGTACCTGAGGGCCTGCCCCTCAGATGCCCCACTGTCACCAGTGCCATC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2716 GGTGGGCTGCAGCTCAATAGTGGCATCCGGCGGAATCGCAGCTTCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232122 GGTGGGCTGCAGCTCAATAGTGGCATCCGGCGGAATCGCAGCTTCCCCAC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2766 CATGGTGGGATCTAGCATGCAGATGAAAGCTCCTGTGACTCTCACCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232172 CATGGTGGGATCTAGCATGCAGATGAAAGCTCCTGTGACTCTCACCTCGG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :
   2816 GCATCTTGATGGGTGCTAAGCTCTCCAAACAAACTAGCTTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232222 GCATCTTGATGGGTGCTAAGCTCTCCAAACAAACTAGCTTACGG