seq1 = pF1KA1008.tfa, 2784 bp
seq2 = pF1KA1008/gi568815585r_72659798.tfa (gi568815585r:72659798_72881832), 222035 bp

>pF1KA1008 2784
>gi568815585r:72659798_72881832 (Chr13)

(complement)

1-228  (100001-100228)   100% ->
229-296  (100477-100544)   100% ->
297-490  (103453-103646)   100% ->
491-564  (104340-104413)   100% ->
565-732  (105741-105908)   100% ->
733-897  (106458-106622)   99% ->
898-1011  (107774-107887)   100% ->
1012-1149  (108012-108149)   100% ->
1150-1296  (108994-109140)   100% ->
1297-1413  (109558-109674)   100% ->
1414-1515  (109937-110038)   100% ->
1516-1580  (110688-110752)   100% ->
1581-1665  (110845-110929)   100% ->
1666-1793  (112921-113048)   99% ->
1794-1880  (115775-115861)   100% ->
1881-2037  (118226-118382)   100% ->
2038-2252  (119696-119910)   100% ->
2253-2421  (120019-120187)   100% ->
2422-2580  (120312-120470)   100% ->
2581-2703  (121182-121304)   100% ->
2704-2784  (121955-122035)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCAAGTCCAAGACGTTCTTAAAAAAGACCCGGGCGGGCGGCGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCAAGTCCAAGACGTTCTTAAAAAAGACCCGGGCGGGCGGCGTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGATCGTGCGCGAGCACTACCTGCGAGACGACATCGGCTGCGGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGATCGTGCGCGAGCACTACCTGCGAGACGACATCGGCTGCGGTGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGGTGCGCAGCGTGTGGAGGGGCGCACGAGGGGCCGGCCCTGGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGGGTGCGCAGCGTGTGGAGGGGCGCACGAGGGGCCGGCCCTGGAGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCCCCAGGACCCGGCGAGCAGCGTCTGCCCGCAACCGCACTACTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCCCCAGGACCCGGCGAGCAGCGTCTGCCCGCAACCGCACTACTTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCGACACTAATGTGTTACTGCACCAG         ATTGTAAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100201 GCCCGACACTAATGTGTTACTGCACCAGGTG...TAGATTGTAAGTGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGAGGCCGGGGACCTGGGCTTCTGTGGCCTCCAGCCTGCGACTCCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100490 GGAGGCCGGGGACCTGGGCTTCTGTGGCCTCCAGCCTGCGACTCCCAGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCTT         AGAAACCTATGTAGAACAAGAACAGGGAGAAAATGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100540 AGCTTGTA...TAGAGAAACCTATGTAGAACAAGAACAGGGAGAAAATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAATGACAGGAATGATAGAGCGATTCGAGTAGCAGCAAAATGGTACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103489 TAATGACAGGAATGATAGAGCGATTCGAGTAGCAGCAAAATGGTACAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACATTTGAAAAAAATGTCAGCAGACAACCAGCTGCAAGTTATCTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103539 AACATTTGAAAAAAATGTCAGCAGACAACCAGCTGCAAGTTATCTTCATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACAAATGACAGGAGAAACAAAGAGAAAGCCATAGAAGAAGGAATACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103589 ACAAATGACAGGAGAAACAAAGAGAAAGCCATAGAAGAAGGAATACCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTTCACTT         GTGAAGAATATGTAAAGAGCCTAACTGCTAACC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103639 TTTCACTTGTA...CAGGTGAAGAATATGTAAAGAGCCTAACTGCTAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGAACTCATAGATCGTCTTGCTTGTTTGTCTGAAGAAGGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104373 CCGAACTCATAGATCGTCTTGCTTGTTTGTCTGAAGAAGGGGTA...TAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATGAAATAGAAAGTGGAAAAATAATATTTTCAGAGCATCTTCCCTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105741 AATGAAATAGAAAGTGGAAAAATAATATTTTCAGAGCATCTTCCCTTAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAAGCTACAGCAAGGCATAAAATCTGGTACATACCTTCAAGGAACATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105791 TAAGCTACAGCAAGGCATAAAATCTGGTACATACCTTCAAGGAACATTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGCTAGCAGGGAAAATTACTTGGAAGCTACAGTATGGATTCATGGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105841 GAGCTAGCAGGGAAAATTACTTGGAAGCTACAGTATGGATTCATGGCGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AATGAAGAAAATAAAGAG         ATAATCTTACAGGGACTTAAACA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105891 AATGAAGAAAATAAAGAGGCA...CAGATAATCTTACAGGGACTTAAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTTAAACAGAGCTGTTCACGAAGATATTGTGGCTGTGGAGCTTCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106481 TTTAAACAGAGCTGTTCACGAAGATATTGTGGCTGTGGAGCTTCTCCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGAGTCAGTGGGTAGCACCATCTTCTGTGGTTTTACATGATGAAGGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106531 AGAGTCAGTGGGTAGCACCATCTTCTGTGGTTTTACATGATGAAGGTCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AATGAAGAAGATGTGGAGAAAGAAGAAGAGAGAGAACGAATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||>>>...>>
 106581 AATGAAGAAGATGTGGAGAAAGAAGAAGAGACAGAACGAATGGTA...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    898  CTTAAGACTGCTGTAAGCGAGAAAATGTTGAAGCCTACAGGTAGAGTTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107773 GCTTAAGACTGCTGTAAGCGAGAAAATGTTGAAGCCTACAGGTAGAGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TAGGAATAATAAAAAGGAATTGGAGACCATATTGTGGCATGCTTTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107823 TAGGAATAATAAAAAGGAATTGGAGACCATATTGTGGCATGCTTTCCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCTGACATTAAGGAG         TCAAGAAGACATCTCTTTACACCTGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 107873 TCTGACATTAAGGAGGTG...TAGTCAAGAAGACATCTCTTTACACCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGATAAGAGAATCCCTCGAATTCGCATAGAAACCAGACAGGCTTCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108038 TGATAAGAGAATCCCTCGAATTCGCATAGAAACCAGACAGGCTTCCACAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TAGAAGGACGGAGAATTATTGTTGCTATTGATGGTTGGCCCAGAAATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108088 TAGAAGGACGGAGAATTATTGTTGCTATTGATGGTTGGCCCAGAAATTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AGATATCCAAAT         GGACACTTTGTGAGAAATTTAGGTGATGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 108138 AGATATCCAAATGTA...CAGGGACACTTTGTGAGAAATTTAGGTGATGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGGAGAGAAAGAGACTGAAACAGAAGTTTTGTTACTTGAACACGATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109023 TGGAGAGAAAGAGACTGAAACAGAAGTTTTGTTACTTGAACACGATGTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCCATCAGCCTTTTTCACAGGCTGTTCTTAGTTTTCTGCCAAAGATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109073 CCCATCAGCCTTTTTCACAGGCTGTTCTTAGTTTTCTGCCAAAGATGCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TGGAGCATTACTGAAAAG         GACATGAAAAACCGAGAAGACCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109123 TGGAGCATTACTGAAAAGGTA...TAGGACATGAAAAACCGAGAAGACCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GAGGCATCTGTGTATTTGTAGTGTAGACCCACCAGGATGTACTGATATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109581 GAGGCATCTGTGTATTTGTAGTGTAGACCCACCAGGATGTACTGATATAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ACGATGCTCTACATTGTCGAGAACTCGAAAATGGAAATTTGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109631 ACGATGCTCTACATTGTCGAGAACTCGAAAATGGAAATTTGGAGGTA...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1414    GTTGGTGTTCATATTGCTGATGTGAGCCATTTTATTAGGCCAGGAAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109934 AAGGTTGGTGTTCATATTGCTGATGTGAGCCATTTTATTAGGCCAGGAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGCCTTGGATCAAGAATCAGCCAGAAGAGGAACAACTGTGTATCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109984 TGCCTTGGATCAAGAATCAGCCAGAAGAGGAACAACTGTGTATCTTTGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AAAAG         AGGATTGACATGGTTCCAGAGTTGCTTAGCTCTAAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110034 AAAAGGTA...CAGAGGATTGACATGGTTCCAGAGTTGCTTAGCTCTAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TTGTGTTCCTTAAAATGTGACGTGGACAG         GCTGGCATTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110724 TTGTGTTCCTTAAAATGTGACGTGGACAGGTA...CAGGCTGGCATTTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 ATGTATTTGGGAAATGAATCACAATGCTGAAATCTTAAAAACGAAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110857 ATGTATTTGGGAAATGAATCACAATGCTGAAATCTTAAAAACGAAGTTTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CCAAAAGTGTTATTAATTCAAAG         GCATCTCTGACATATGCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||| ||||||
 110907 CCAAAAGTGTTATTAATTCAAAGGTT...TAGGCATCTCTGACGTATGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GAAGCTCAGTTGAGAATTGATTCAGCAAACATGAATGATGATATTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112939 GAAGCTCAGTTGAGAATTGATTCAGCAAACATGAATGATGATATTACCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TAGTCTCCGTGGACTGAATAAACTAGCCAAAATTCTGAAGAAAAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112989 TAGTCTCCGTGGACTGAATAAACTAGCCAAAATTCTGAAGAAAAGAAGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TTGAAAAAGG         GGCTTTGACTCTATCCTCTCCTGAAGTTCGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 113039 TTGAAAAAGGGTA...TAGGGCTTTGACTCTATCCTCTCCTGAAGTTCGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TTCCACATGGACAGTGAAACTCACGATCCTATAGATCTGCAGACCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115806 TTCCACATGGACAGTGAAACTCACGATCCTATAGATCTGCAGACCAAGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 ACTTAG         GGAAACAAATTCCATGGTTGAAGAATTTATGTTAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115856 ACTTAGGTT...CAGGGAAACAAATTCCATGGTTGAAGAATTTATGTTAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TTGCCAATATTTCTGTTGCAAAAAAAATTCATGAGGAATTTTCTGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118261 TTGCCAATATTTCTGTTGCAAAAAAAATTCATGAGGAATTTTCTGAACAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GCTCTGCTTCGAAAACATCCTGCTCCACCTCCATCAAATTATGAAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118311 GCTCTGCTTCGAAAACATCCTGCTCCACCTCCATCAAATTATGAAATTCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TGTTAAGGCAGCCAGGTCAAGG         AATTTGGAAATTAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 118361 TGTTAAGGCAGCCAGGTCAAGGGTA...CAGAATTTGGAAATTAAGACTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 ATACAGCCAAGTCTTTGGCTGAGTCTTTGGATCAGGCCGAATCTCCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119715 ATACAGCCAAGTCTTTGGCTGAGTCTTTGGATCAGGCCGAATCTCCTACT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 TTTCCATATCTAAACACTCTGTTGAGAATATTAGCCACTCGCTGTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119765 TTTCCATATCTAAACACTCTGTTGAGAATATTAGCCACTCGCTGTATGAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 GCAAGCTGTGTACTTCTGTTCTGGAATGGATAATGATTTTCATCACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119815 GCAAGCTGTGTACTTCTGTTCTGGAATGGATAATGATTTTCATCACTATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 GCTTAGCGTCTCCAATATACACACATTTTACTTCACCCATTAGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 119865 GCTTAGCGTCTCCAATATACACACATTTTACTTCACCCATTAGAAGGTA.

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2253      ATACGCAGATGTCATTGTTCATCGGCTTTTGGCTGTGGCTATTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119915 ..TAGATACGCAGATGTCATTGTTCATCGGCTTTTGGCTGTGGCTATTGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 GGCTGACTGTACTTATCCAGAGTTGACAGACAAACACAAGCTTGCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120064 GGCTGACTGTACTTATCCAGAGTTGACAGACAAACACAAGCTTGCAGATA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 TATGTAAAAATCTAAATTTCCGGCACAAAATGGCTCAATATGCCCAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120114 TATGTAAAAATCTAAATTTCCGGCACAAAATGGCTCAATATGCCCAACGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 GCATCAGTGGCTTTTCATACCCAG         TTATTCTTCAAAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 120164 GCATCAGTGGCTTTTCATACCCAGGTA...CAGTTATTCTTCAAAAGCAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 AGGAATAGTAAGTGAAGAAGCCTATATTTTATTTGTAAGAAAGAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120329 AGGAATAGTAAGTGAAGAAGCCTATATTTTATTTGTAAGAAAGAATGCCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 TTGTGGTATTAATTCCAAAGTATGGTTTAGAAGGGACAGTCTTTTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120379 TTGTGGTATTAATTCCAAAGTATGGTTTAGAAGGGACAGTCTTTTTTGAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 GAAAAGGACAAACCAAACCCACAGCTTATTTATGATGATGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 120429 GAAAAGGACAAACCAAACCCACAGCTTATTTATGATGATGAGGTA...TA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2581  ATACCCTCACTTAAAATAGAAGATACAGTGTTCCATGTATTTGATAAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121181 GATACCCTCACTTAAAATAGAAGATACAGTGTTCCATGTATTTGATAAAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 TTAAAGTGAAAATCATGTTAGACTCATCTAATCTTCAACATCAGAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121231 TTAAAGTGAAAATCATGTTAGACTCATCTAATCTTCAACATCAGAAGATC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2680 CGAATGTCCCTGGTAGAACCACAG         ATACCAGGAATAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 121281 CGAATGTCCCTGGTAGAACCACAGGTA...TAGATACCAGGAATAAGCAT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2721 TCCTACTGATACTTCAAACATGGACCTTAATGGACCAAAGAAAAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121972 TCCTACTGATACTTCAAACATGGACCTTAATGGACCAAAGAAAAAGAAGA

   2950     .    :
   2771 TGAAGCTTGGAAAA
        ||||||||||||||
 122022 TGAAGCTTGGAAAA